| カツラ報告書さんが示唆に富むコメントを書き込んでくれました。青字 ChIP-seqに使われたのは129B6F1ES1っていうのは間違っているな。報告書のタイトルを鵜呑みにしちゃダメよ。内容的には、ほぼ同じと書いているでしょ。この理由がB.C.A論文の拡張データ2Cの第6染色体のSNPマップ図。このデータ、まだ見られるから、目ん玉ひん剥いて見てみてよ。ChIP-seqはAC129-1（129B6F1ES1）とはちょっと違っている。だから、調査委員会が調べたChIP-seqは129B6F1ES1～6のどれにも当てはまらない。ESが混入したとするにも元のES細胞がないんです。GRASに残っていたChIP-seqはES捏造を否定しているんですよ。メデタシメデタシ。  2019/8/5(月) 午後 7:16[ カツラ報告書 ] これに対するため息氏の反論です。 ため息氏はＢＣＡ論文を読んでコメントしたとは思えません。 茶字 sigh より: ・・・・ をしています。これに対して 2019年8月6日 10:27 AM 体内時計さんがB.C.A論文の終わりから２つめのパラグラフには、「the STAP cell sample used for ChIP-seq was derived from 129B6F1 ES1 cells.（Google翻訳：ChIP-seqに使用されるSTAP細胞サンプルが129B6F1 ES1細胞に由来することを示しています。）」とあるからカツラ報告書さんの言い分はおかしいと反論しているのですよ。 ＢＣＡ論文です。 STAP cells are derived from ES cells ARISINGFROMH.Obokata et al.Nature505,641–647 (2014)doi:10.1038/nature12968; retraction511,112 (2014) doi:10.1038/nature13598; and H. Obokata et al. Nature 505, 676–680 (2014) doi:10.1038/nature12969; retraction 511, 112 (2014) doi:10.1038/nature13599 SNP analysis revealed that two independent STAP stem-cell lines, AC129-1 and AC129-2, had a 129B6F1 genetic background, while they were documented in the original article1 as being established from 129 cag-GFP mice. We identified five heterozygous genomic anomalies: four deletions, and a duplication in these STAP stem-cell lines (Extended Data Fig. 2b, d), which were not found in the sequenced parental mouse genomes. We identified that these anomalies and sexual identity were shared by one of six control ES cell lines with cag-gfp, 129B6F1 ES1, established earlier than AC129. This is also the case for the other cag-GFP STAP stem-cell lines, FLS-T1 and T2, established in 2013. The 129B6F1 ES1 also shares a characteristic homozygous B6-SNP cluster in chromosome 6 with these four cag- GFP STAP stem-cell lines (Extended Data Fig. 2c, d). It is unlikely that the 129B6 ES1 line and these cag-GFP STAP stem-cell lines independently inherited all five chromosomal anomalies, the Y chromosome, and the same chromosome 6 from parental mice at establishment. ・・・・ Control genomic DNA sequences for STAP cell chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experiments (Fig. 4 in ref. 2) had been deposited in the NCBI database2. To gain sufficient sequencing coverage, we re-sequenced the genomic DNA prepared from the STAP cell lysate used for ChIP-seq (Extended Data Fig. 1a). We confirmed that this STAP cell sample shared all the genomic characteristics described above for 129B6F1 ES1 (Extended Data Fig. 2c), indicating that the STAP cell sample used for ChIP-seq was derived from 129B6F1 ES1 cells. In summary, our investigations based on WGS of STAP-cellrelated materials reveal that all of these materials are derived from previously established ES cell lines and refute the evidence shown in the two Nature papers1,2 that cellular stress can reprogram differentiated cells into pluripotent cells. Data described here were presented to an external investigative committee convened by RIKEN. Raw data are available at the DDBJ sequence read archive (DRA) under accession number DRA002862. AC129-1、 AC129-2のSTAP stem-cell lines (Extended Data Fig. 2b, d), にはfour deletionsとa duplication があるといっていて、これが129B6F1 ES1と共通だと言っています。129B6F1 ES1の解析の図はこれだけです。 これを根拠に同じと言っているのです。 実際に、SNPが図に示されているのは、129B6F1 ES6ですよ。129B6F1 ES1はB6-SNPパターンデータがないのです。 ところが、ＢＣＡ論文の記述では、幹細胞と129B6F1 ES1の両者はB6-SNPパターンが一致していると書かれています。 B6-SNPパターンは、ＳＴＡＰｃｈＩＰ lysateは、129B6F1 ES6とは違います（Ｅｘｔ Ｆｉｇ１ａ，Ext Ｆｉｇ２ｃ）。 |
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コメント（17）
以上を書いてから、体内さんのコメント読みました。
体内時計 2019年8月6日 8:25 PM
＞私は学さんを「憎い」などと思ったことは微塵もありません。
ただ、哀れだと感じているだけです
カツラ報告書さんは、ＢＣＡ論文がご都合主義になっていて、文章を説明するに必要なデータをきちんと載せていないとコメントしています。
ため息さんも体内さんも、そこがわからないのです。
私もＢＣＡ論文の解説文とExt Figのギャップを書きました。
体内さんは、英文の文章の意味しか追ってないので、書かれていることの問題点がわからないのです。
体内さん、ＳＴＡＰ疑義を追及したいなら、もっと別のアプローチにチャレンジしたらいかがでしょうか？
2019/8/6(火) 午後 9:36 
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サラリーマン生活29年 2019年8月6日 10:02 PM のコメントです。
＞当主とは？
ブログってさ、発言の場をお借りて、意見を戦わせるところであって、徒党を組んでる訳でもないでしょうに
確かに一般論はそうです。
しかし、体内さんのコメントは、しばしば間違っています。ため息氏のＳＴＡＰ攻撃ブログの影響で、体内さんは自論が正しいと独走してしまう要因になっています。
コメントを入れる人に、大きな勘違いやミスがあった時、ブログ主は、注意をしてあげた方が良いと思います。
ため息さんが正しい指導力を発揮すべきと、学とみ子が皮肉って書きました。失礼しました。
特に科学を議論しあっているブログ同士ですから、でたらめを容認しないようにしたいです。
2019/8/6(火) 午後 10:26 返信する
澪標さん、2019年8月7日 6:41 AMのコメントです。
確かに両方複数ですね。英語に精通しない日本人の書いた英文タイトルに、たいした意味はありません。タイトルだけでは、論文中身がわかりません。科学者は、しばしば、大風呂敷を広げます。知ってますか？
本文に、タイトルを支持できない内容が書かれています。
せっかくご解説いただけるなら、129B6F1 ES1と129B6F1 ES6との関連や、STAP細胞データを勘案してお願いします。
新解説に期待します。
2019/8/7(水) 午前 7:03 返信する
体内さんのコメントです。
＞学さんがこちらから情報や知識を得ようとしていることが見え見えだったので、
そちらで、ため息さんが体内さんを注意するかな？と思ったんですよ。
学とみ子は、ため息さんやそちらから知識を得ようなんて思ってませんよ。
でも、ため息さんは学とみ子に教えてやってるとの去勢がいまだにあります。
こと、細胞については、ため息さんは、STAP議論に付いて来ません。今回も、BCA論文を読んでません。的外れな過去の質問を蒸し返してごまかそうとしました。
大学の部下が論文解釈で困っていたら、大学教官なら、すぐ問題となってる原著にあたって、反論出来ないといけませんね。
学とみ子を否定したいなら、ため息さんの力を見せつける必要があります。
2019/8/7(水) 午前 7:57 返信する
エクゼビアさんのコメントです。
2019年8月7日 6:38 AM
＞英語わからないからお前ら訳せ、そおれなのに訳してもらった途端にお前らわかってない、恩を仇で返すですねえ、
これに反論します。
学とみ子は、訳してもらおうと思ったりはしない
そちらにが訳せる人がいるのか？解説できる人がいるのか？を私は知らない
実際、ため息さんも含め、そちらは誰も訳していない
今のところ、そちらは論文内容に誰も触れてない
そもそも、日本語に置き換えて理解する内容ではない
日本語に置き換えてもらったとの恩を、そちらからうけたわけでない
仇で、かえしてない
上記のエクゼビアコメント内容は、エクゼビアさんが正しく理解したことが、一つも無い！
これは、むしろすごい！
2019/8/7(水) 午前 8:51 返信する
ため息さんのコメントです。
＞学とみ子のクレームはお門違いです。Extended Data Figure 2cはSTAP ChIPのSNPsのパターンは129B6F1 ES6 ではなくAC129-1＝129B6F1 ES1と一致してますよというわけで、論文の本文「the STAP cell sample used for ChIP-seq was derived from 129B6F1 ES1 cells」となにも矛盾はないのです。
29B6F1 ES1 の大事なSNPの証拠が示されていません。カツラ報告書さんもそれを指摘してます。
2019/8/7(水) 午前 9:28 返信する
問題の本質が理解されていないようだから、もう一度。
まず、129B6F1ES1については全ゲノム解析されていないのでSNPパターンの詳細は不明である。ここで、B.C.A論文はAC129と129B6F1ES1は性別は雄で、同じように染色体に４つの欠失と１つの重複の異常を持ち、6番染色体のB6ホモ部分の長さも共通だから、それぞれが別の細胞株由来とは考えられないとした。そして、Chip-seqもそれらと同じ特徴をもつのでこれも129B6F1ES1由来だと書いてある。
ところが、論文の拡張データ2Cには全ゲノム解析されたAC129とChip-seqの6番染色体のB6ホモ部分のパターンが載っていて、B6ホモ部分の長さは共通だがこのパターンには違いがある。→ttps://blogs.yahoo.co.jp/p2_xx_p/63383567.html
だから、AC129を129B6F1ES1由来とするなら、Chip-seqは129B6F1ES1由来でなくなり、逆にChip-seqを129B6F1ES1由来とするなら、AC129に混入したES細胞がなくなるという困ったことになるんだよ。
2019/8/7(水) 午前 10:14 [ カツラ報告書 ] 返信する
10:09のため息さんのコメントです。
＞AC129-1 を示せば、ほとんどおなじなのだから
幹細胞AC129と129B6F1ES1が同じものかどうかを、B６SNPで確かめようとの議論の時に、一方のAC129しか示さないで、129B6F1ES1は書いてない。調べて無いから書けない。
論文文章にAC129と129B6F1ES1は同じと書いてあるから、AC129と129B6F1ES1は同じなんだとため息さんらは主張している。
幹細胞だけB6SNPを示して、それと同じとするESのB６SNPを示さないのは、証拠を示せていない。
細胞が同じと判定できるデータが無いままで、文章だけで同一を書いてある部分に目を向けないため息さんです！
このまま、ため息さんがAC129だけ示せば十分と考えるなら、この科学論についてこれない人のみ、ため息さんは騙せれば十分と考えているのでしょう。
論文を正しく読むためのサポートを、ため息さんはしたくないのでしょう。
2019/8/7(水) 午後 0:22 返信する
カツラ報告書さんは、さらにその先の話に言及してます。
幹細胞がESというなら、STAP細胞の元ESがなく、STAP細胞がESというなら、幹細胞の元ESがないと言ってます。
様々な遺伝子sNPを持つ動物を材料にSTAP細胞にするのだから、ぴったり合うSNPのESを探すことはできない。あそこの人にはわからないです。
2019/8/7(水) 午後 1:09 返信する
plusさんがコメントしました。
＞STAP細胞のサンプルの遺伝子を調べたことで最も重要なことは、論文に書かれたようなマウスからはその遺伝子はでないということと、
この疑惑にかかわった人物は、小保方氏だけでない。小保方ES混入以外に、論文以外のマウスが小保方氏に渡されたかも知れない。実験中に細胞に操作することは、誰でもいくらでもできる。
複数の立場の人が疑われるべき状況で、小保方氏のみ、問題視された。
2019/8/7(水) 午後 2:20 返信する
plusさんのコメントです。
＞生きたマウスを交配して実験ごとに違う個体から細胞を得たと記してあるけれどそのようには考えられないほど互いに似ているということでしょ。
実験室の近交マウスの遺伝子の相似性は高い。どこまで近ければすり替えで、どこまで遠ければ違う細胞か？の判断は、専門家でも迷う。
実際、捏造を疑ったES説学者たちは、おおまかな遺伝子解析ではきめられないため、全ゲノム解析をした。それでも一致するESは見つけられなかった。
そこで、次は、SNPのデータを示さずに、ES説学者は、STAPはESとほぼ一致との言い方にして、ES説で結論した。
2019/8/7(水) 午後 2:32 返信する
2:13の時点のため息氏のご立腹です。同じとか、同じでないとか、起源はどうかとは、言葉を混ぜ返さないで。
議論している事は、STAP(幹)細胞がESから作られたのか？違うのか？の議論でしょう。
BCA論文著者が、証拠を示さなくても、論文文章に、STAP(幹)細胞は、ESから作られたと書けば、ため息さんは、根拠を確かめずに、その説を支持するのです。
染色体の欠損や重複などBCA論文に書かれた根拠で、AC129がES１から作られたとする主張をため息さんは認めている。
それを学とみ子も認めろ！と。
近交系のマウスは、そのくらいの近似性はあるから、確認のために、大枚はたいて全ゲノム解析をしたのです。その結果を示したのは、ES１でなくES６です。
主要実験が終わってるのに、なぜ若山氏は、異なる胚からES６種作ったのでしょう？
2019/8/7(水) 午後 4:08 返信する
とにかく、ため息氏は、幹細胞の遺伝子背景を示せば、それと同じとするES細胞の遺伝子背景は示す必要は無い！と、７日10:09に、(科学者とは思えない)コメントしてます。
その後、やっぱりそれではまずいと思ったのでしょう、12:04にやっと、BCA論文から引用してます。
ESからSTAPを作ったら長期培養してるわけでなく、SNPは高頻度で一致している必要があります。
2019/8/7(水) 午後 4:30 返信する
plusさんコメントです。
＞専門家でも迷うというなら専門家でもないおばあちゃんの私見に意味はないでしょ。
その先の文章を書くために、[専門家でも迷う]と学とみ子は書いたんです。
より精度を上げて細胞の同一性を論じたいから全ゲノム解析をするのでしょう。
そして全ゲノム解析をやった結果、AC129はうまく合致するESを見つけられなかったのです。
2019/8/7(水) 午後 4:40 返信する
ため息さんコメントです。
＞Extended Data Figure 2ｃに129B6F1ES1がないのが不満なの？生データがみたいのなら理研に請求したらいいでしょうが。
理研に生データは無いです。129B6F1ESは４、５もありますが、全ゲノム解析に回されたかはわかりません。かかった費用も、どれを選んで全ゲノムしたのか？詳細は何も明らかでないです。税金が研究者の自由な裁量で使われます。もっとB６SNPに良いデータがあれば、そちらが論文採用になったはずなので、一致するのはなかったのです。
BCA論文著者らは、全ゲノム解析しデータを示さず、出てきた条件で幹細胞はESから作ったと判断しました。BCA論文著者がそう思っていても、それはおかしいと第三者が反論するのは自由です。
でも、ため息さんは、AC129のB６SNPが示してあるから、129B6F1ES１のデータは不要と言ったのです。最初から、幹細胞とESを同一視していて、ため息さんの頭は、そこから一歩も出れません。
あきれました。
2019/8/7(水) 午後 6:49 返信する
ため息さんのコメントです。
>・・この結果から導かれた結論のどこが不十分なんだ？
十分に不十分だろう。BCA論文のExt Fig２を見てみろ！それぞれ別の日に作られた幹細胞とESの５欠損と1重複が同じじゃないか？
今度のエピソードはため息さんの無知はホントにひどいよ。
どうしてこれで、体内さんがついてくるの？
体内さんは、ため息さんのミスが全くわかってないのじゃないの？
ため息さんの口先だけのごまかしで、ため息さんの方が正しいとおもっているのじゃないの？
2019/8/7(水) 午後 10:47 返信する
