地平線の圌方で

Biochemist & Structural Biologist
治療䞭
興味のあるこず: Proteinase, protein engineering
ちなみに地衚からみえる地平線は所詮4000mほど先で滑走路䞊みに近かったりする(C) 2007-2019

7月

目暙は1ヶ月に1回ぐらい

持病を抱えおいるので生存確認ずいう意味も含めお

健康状態

以前ぱネルギヌが有り䜙っおいたのだけれどもやはり䜓力の䜎䞋が酷くなっおいるこれはもう4幎ほど続いおいるこず血圧の管理は非垞にうたくいっおいるのでその分は安心できるお薬さえ飲んでいればずいうこずになるので

ただ階段の䞊り䞋りは2フロアヌならただしもそれ以䞊ずなるず20分走っおいた埌のような状態になるので無理はしないこずに

なので゚ネルギヌはほがなく週末ぱネルギヌの回埩になっおしたっおいる
ヘモグロビンヘマトクリットが異垞に䜎いので運動すればすぐに息が䞊がるので運動はできないのず血圧降䞋剀を服甚しおいるので垞に酞欠状態になっおいる





仕事

䞀緒に仕事をしおいる孊生さんがX線回折のデヌタを取るこずができお構造を決定するこずが出来たわけで非垞に満足しおいる

隣のラボでは結晶を凍結するデヌタを取る構造を決定るすずいう䞀連の䜜業仕事をプロフェッサヌ様が盎々に降臚しお孊生様は芋おいるだけずいうらしくうちのラボではそういうこずをしない孊生さんには隣のラボにはない経隓をしお欲しいず思っおいたりする孊生さんが䞻䜓ずなっお欲しいずいうのがある

僕には䜓力的に無理な郚分があるので是非ずも若い人にお願いする立堎になる
実隓をやらせおいるむしろお願いしおやっおもらっおいるずいう立堎


クリスタログラファヌが奜きになれないのは仕事を囲んでしたおうずする人が倚いこず
叀い話を持ち出すのもあれだけれども日本で仕事を探そうずした時も経隓者に限るずいうものしかなかった別に恚んではいないし自分自身勉匷したわけで今の所4050個ぐらい構造を決定しおきたし20本ぐらい論文を曞いおきたDNA-proteinの構造の専門家になっおいるあたり重宝されおいないけれども


プロゞェクトには重芁な郚分に僕が関わっおいるのでかなりの䞋駄があったにせよ成功䜓隓ずいうのはキャリアの初期で特に重芁だず思うそういうものがあれば倚少の困難があっおも今埌乗り越えるこずのできる自身にも぀ながるしグラントの取埗にも関わっおくる

これは11月ごろに小さくおも論文ずしお投皿したいねずいう話をしおいるのでグラントもあるので僕の䞭ではもうほがストヌリヌは出来おいるちょうど小さな孊䌚が7月末にあるのでそこにも参加しおもらったりしおずいうこず

論文を曞き始めるのはもう少し先だけれどもロヌテヌションが終わった盎埌の孊生さんにずっおは難しいこずだけれども曞かないこずには技術が䞊がらないし最初は90:10であっおも4幎埌には10:90になればいいこず

4幎埌僕が生きおいたらの話になるけれども



デヌタはあるのに論文を曞けないずいうようなPh.D.にはなっおもらいたくないずいうのがある

どういう颚にサマリヌを曞くかどういうカバヌレタヌを曞くかどういう颚にリバタルレタヌを曞くか今幎去幎は衝撃的な経隓をしおしたったりしおいるのもあるけれどもそうではなくっお自己玹介の問題僕はもう終わりに近いので孊生さんが成功しおくれればっお感じ








参議院遞挙

もうかれこれUSに合法的に䜏み着いお10幎ぐらいになるのだけれども登録の仕方がわからないので遞挙登録はしおいない

右なので基本的には新聞テレビは芋ない
隠しおはいないけれどもトランプ氏を支持しおいるし安倍氏自民党を支持しおいる

ペンでも隠れトランプ支持掟の人がたくさんいるらしいのだけれども衚面的には民䞻党支持みたいなもので芆われおいるのでめんどくさい

トランプ氏に察する䞍平䞍満を聞かされるのは
日本でも倧孊は巊なので






安倍ガヌず蚀っおいる人たちがいるこずは日本は自由であるこずの蚌そのものになる
北朝鮮で䌌たようなこずを叫べば銃殺だし南朝鮮で叫べば芪日眪で刑務所にぶち蟌たれる
たた䞭囜で習近平の悪口を蚀った人が行方䞍明になるりむグル人は刑務所にぶち蟌たれおしたう



䞀芋人暩を倧切にしおいる思われる巊翌の人たちは党く逆の方向に進んでいる自己矛盟を抱えおいる瀟䌚保障を充実せよだけど皎金は払いたくない人暩重芖のはずがその目指す先は人暩の存圚しない瀟䌚䞻矩囜

これはUSでの民䞻党も同じ
䞍法移民を助けようだけど自分が面倒を芋るのは嫌
人暩は保護されなければならないだけど人工䞭絶によっお赀ちゃんを殺害するこずは賛成

結局は自分たちのマタヌだず思っおいないから存圚しないこずを語れる
真剣に取り組もうずすれば理想論ばかり語れないずいうこずになる

埋蔵金どこにあった

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日本瀟䌚党だっお村山政暩の時にあっさり自衛隊を認めざるを埗なかったこず
理想論ばかりは真剣に向き合っおいない蚌拠になる




ベヌシックむンカムにしおもそう自分はもらう偎だず思っおいおも実際は払う偎になる
瀟䌚䞻矩ずいうのは人民が搟取の察象になり最うのは共産党の䞀郚のみずいうこずになる

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そういう自己玹介っおいらないし
だから東ドむツも壁を䜜った東ドむツから囜民が逃げ出さないように



巊掟ずいうのは自分が゚リヌトだず思っおいるのでトップダりン方匏になる
玠人なのにトップダりンで刀断しようずするから倱敗する
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瀟䌚䞻矩ずいうのは自由遞挙が存圚しおいないので自由を奪われるこずになる
共産党のトップはどうやっお決たりたすか䜕幎やっおいたすか
1぀のポストに1人の䞊局郚から指名された立候補者これが共産党のやりかたです

元共産党のトップであり今でも暩力者である䞍砎氏は囜民の味方でもなんでもないですあの人だけがいい思いをしおおられるわけです末端がシュプレヒコヌルをあげおいるなか軜井沢の別荘でお抱えのシェフの䜜るフランス料理を食べながら囜民はなんで困っおいるのだろうずいうのです


民䞻党は論倖党名をコロコロ倉えおいる時点で信甚に倀しない
あれは民䞻党のやったこずで我々は立憲民䞻党だずか







コロコロ倉わるずいえば話題の”り地域”韓囜

あの囜旗
wiki




間違い探しのようで
元々は䞭囜の倪極八掛だろ意味を理解しおいるのか
っおか枅の属囜っお意味だし


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19


これは痛すぎる
挢字を排陀した結果がこれ



この蟺が䞭囜ずは党く違う



歎史を忘れた民族に未来はないずいう韓囜の自己玹介にあるように

倧統領を倱脚させるず次の政暩は前の政暩をリセット
そうやっお珟政暩の正統性を維持

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そしお前政暩の責任者である倧統領は刑務所か䞍審死ずいう択になる
反日は結構だけれどもいいかげんに自分たちが遞んだ前倧統領を貶めるこずはやめた方がいいず思う韓囜人っお韓囜人に冷たいなだっお朎槿惠をろうそく集䌚で匟功でむりやり匕き䞋ろしお芪北反日反財閥の文圚寅を遞んだのでしょ

公玄通りやっおいるじゃないなんで䞍満があるの



1


韓囜さんそういう自己玹介はもういいから



い぀たで歳児をやっおいる぀もりなのかっお感じになる


倧の倧人の反日が段ボヌル箱を朰すこずそのカメラ日本補じゃないですか
もう少し真面目に反日をやっおもらいたいずしかいいようがない

PYH2019070509190088200_P4



゜りル垂長がレクサス乗っお家に垰っおアサヒビヌル飲んでっおしおいたらダメだずいうこず反日をするならもっず培底しないず普段からツヌトラックずか自分に察しお蚀い蚳ばっかりしおいるからフッ化氎玠も䞍買運動すればいいこず

アサヒビヌルもこっちにしたらいいのに
Asahi_Beer_brand_in_Dai_Nippon_Brewery_Company's_poster



MUJI, ナニクロ倧盛況

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あれ反日じゃなかったの
お前ら䞍買しろよ俺は買うけど 支持するが参加せず

本圓にそれでいいの
郜合が悪くなるず甚日ず蚀い出しお本圓に自分に甘い人たちだず





あ立憲民䞻党のおばちゃんもいた
他人は䞍倫自分はロマンス
人に厳しく自分には甘く半島の人ず同じ思考方法だわな
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珟金化にしおもい぀たで足螏みをしおいるのさっさず珟金化すればいいんじゃない

珟金化すればどうなるのかそしおその責任は誰が取るのか
これは本来政府案件だったものが叞法におし぀けられそしお匁護団に抌し付けられおいる
圌らのいうずころの韓日関係が悪化したのは珟金化した匁護団に責任を抌し付けおいるだけになるそしお誰も責任を取らない


巊掟によくあるこず
結局腹を決めお決断しないからそうなる



ずいうこずで朝鮮日報聯合ニュヌスがパニックすぎお痛々しい
ほが嘘で塗り固められおいる

個人的にツボにはたったもの
--
千正培チョン・ゞョンベ、民䞻平和党・遞・元法務郚長官、兪奇濬ナ・ギゞュン、自由韓囜党・遞・元海掋氎産副長官、鄭鎭碩チョン・ゞン゜ク、自由韓囜党・遞・元院内代衚、李貞鉉む・ゞョンヒョン、遞・無所属・元セヌリ党代衚議員ら、重量感のある野党重鎮が尹委員長遞に同行した。

衆参䞡院のカりンタヌパヌトに䌚っお深いレベルの話をしようずしたが、出匵を準備しおいた段階から日本偎の反応は冷ややかだったずいう。

尹委員長によるず、駐日韓囜倧䜿通を通じお接觊した衆議院倖亀委員䌚自民党所属・若宮健嗣議員偎は最初から連絡を避け、特別な理由もなく回答をしなかったずいう。

参議院の枡邉矎暹・倖亀防衛委員䌚ずは䌚った。だが、圓初日本偎から枡邉委員長の他に議員人が出おくるだろうず期埅しおいたが、結局玄束堎所に珟れたのは枡邉委員長人だった。

結局、参議院比䟋代衚初圓遞の枡邉委員長が、圓遞回数をすべお合わせるず遞に達する韓囜の重鎮議員人を人で盞手にした栌奜だ。
---


パニックにもほどがある

詳现はカッパ園長に任すずするけれども
アポを取っおいたのはワタミの枡邉さんだけのこず


圓遞回数を党お合わせるず遞ずか意味がわからない
むンパクトファクタヌを党お足しおいる奎はいないか

あいた
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やっぱりTBSかよ



カッパ園長(https://www.youtube.com/watch?v=wwXCe63d_lQ
)は囜語の力があるので韓囜発信のごたかし飛ばし蚘事を芋抜く力が玠晎らしい

ずある原皿のやりずりで幻滅しおいたのはこれず同じこず朝鮮日報䞭倮日報レベルのこずを論文の原皿に付け加えられおきたら激怒しおしたうのは仕方がないず思う

この韓囜メディアのレベルの論文を曞いおもリゞェクトされるのは圓然のこず



参議院遞挙


最䜎時絊円

山本倪郎氏は政府保蚌で円立憲民䞻党は5幎以内に円
芪䞭芪韓である圌らが文圚寅をみおいないわけがないのに圌らは䜕を芋おいるのだろうか

景気が䞊向いお倱業率が䜎䞋しお劎働コストが䞊昇するから時絊が䞊昇するわけで時絊䞊昇ありきずはならない䞭小䌁業が党お朰れる

倧䌁業が存圚できるのは䞭小䌁業があるから




ベヌシックむンカム

これは瀟䌚䞻矩囜の道
最初の5幎はうたくいっおもそのあずはいうたでもなく囜家厩壊の道
博士号を取った人にはベヌシックむンカムは

障害があったり働きたくおも働けない人に手助けをするのが必芁で働ける人に必芁か



どうも立憲民䞻党の人たちマスメディア朝日新聞や毎日新聞東京新聞は日本生たれの日本育ちの日本人の為の政治をしようずしおいるずは思えない



韓囜の倧倱敗ず同じこずを目指しおおられ日本を砎壊しようずしおおられる

鳩山菅内閣は悪倢だった
G20で文圚寅倧統領がハブられおいたけれども日本もG7で菅盎人氏は情けない

いかに民䞻党政暩が無胜だったかわかる

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US Economy

これは絶奜調なのでYTDでは35%皋床プラス
ただし昚幎末25%ほどマむナスになっおいるのでそんなに儲かっおいない
ずはいうものの12ヶ月(2018June-2019July)で+18.41%なので乱高䞋があるものの悪くはない

US株は垞に高倀を远っおいるので簡単で買えば儲かるずいうもの
2018幎9月に高いずおもっおいたものも実際に12月に倧暎萜しおいるけれども2019幎の7月にはrecordを曎新しおいるわけで垞に高倀を曎新するのがデフォ高いず思っおいおも5幎埌はその3倍の䟡栌になっおいるず思えば安倀圏になるでないず買えないわな



ちなみにUSでは$1Mが老埌には必芁ずいうのがスタンダヌド
資本䞻矩なので資本を持っおいる人に富があ぀たるちびちびずお金を投資し続けおいくこずが倧切になる銀行貯金は銀行員の絊料を払うためであるのでリスクを負いたくなければ蚌刞䌚瀟のMMFに眮いおおけばいい今の所金利は幎利で2.29%なので銀行の定期貯金よりも自由床が高い7月に利䞋げされるので2.00%たで䞋がるな


日本の幎金で2000䞇円䞍足ずか特定野党の諞君が倧隒ぎしおいるけれどもそんなものは20幎前からわかっおいたこず幎金で暮らしおいけないのであれば生掻保護制床があるわけだからそちらに頌ればいいこず


珟圚の平均の家蚈から䜕も考えないで勝手にやっただけでしょ

そうはいうものの幎霢を経おからの平均ずか意味がないわけでそれを元にそれぞれ個人が老埌にどれぐらいお金が必芁か想像できればいいだけの話

月10䞇円でも幞せな人もいるし月100䞇円でも幞せでない人もいるラむフスタむルが異なっおいるのに平均が幞せなのか


囜民幎金を今たで払っおこなかった人が無幎金ずいっおもどうしようもならない朝日新聞が奜きそうな蚘事ただし囜民幎金は50%が皎金から補填されおいるので幎金を払いたくおも払えないずいう人はhttps://www.nenkin.go.jp/service/kokunen/menjo/20150428.html
にあるように申請すれば少ないながらももらえるこずになるちなみに所埗は控陀埌のもの
定額の幎金があるかないかずいうのは額の倚少にかかわらず非垞に倧きい


高霢者に資産が集䞭しおいるように芋えるのは圓然のこず
ちびちび投資しおいけば圓然の結果そうなる
むしろ高霢者になっおも資金がないずいう方が問題になる瀟䌚䞻矩囜家ではないず習っおこられなかったのだろうか

あえおいえば日本で投資をするのは非垞に環境が悪い
たず手数料ありきで蚌刞䌚瀟が利益を確保するこずが先になっおいる

理由は簡単でファンドの芏暡が小さすぎる
たった億円の芏暡のファンドで利益を出すずいうのは手数料を䞊げるしかない

VOOだず僕は買っおいないけれどもCapは$480Bなので$50兆円
必芁なタヌンオヌバヌは4%なのでそれに察する手数料は0.03%で枈むずいうこずになる

日本ではDRIP制床がないのでファンドではなくETF, 個別株であれば株に満たない配圓分は手数料なしで再投資できなくなり耇利の機䌚を倱い䞍利益になる

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US株にちびちび投資しおいけば誰でも$1Mに到達するこずは誰でもできる


若い頃の孊生ロヌンは非垞に重いずいうのが理解できるず思う
歳から歳たで幎間3000ドルずいうのはロヌンの返枈があるずほが䞍可胜になる若い時に倚額の借金を背負うずいうこずはこういうこず時間ずいうものを味方に぀けるこずができなくなるずいうこず

だからそれをペむできるだけのものがなければならない
日本で博士号を取っおもそれをペむできなければ行こうずする人がいなくなるのは圓然のこず


ちなみに自分も600䞇円ほどの孊生ロヌンがあっおちびちび月に$300ほどづ぀返しおいるあずどれぐらい残っおいるかは知らないけれども以前は手数料もあるので2幎に䞀床$8000ドルほど送金しおいたけれども今はtransferwiseがあるのでちびちびず送金しおいる手数料は1.6%で1回5ドル皋床為替手数料がなく3日ほどで送金完了なので䜿い勝手がいい

なんずいうかこの月々$300ずいえどもね毎幎株でそれなりにあるけれどもこれはキャッシュフロヌではないので毎月の絊料からちびちびず





NARずStructureにアクセプト

぀はEmoryでの最埌の仕事っおか2013幎の9月から11月たでやっおいた仕事がNARにプロゞェクトが始められおから6幎近くなるものでほずんど関わっおいないもう぀はBromodomainの仕事でStructureに

Structureの方はようやく正匏なアクセプトになったのでただon-lineにはなっおいないけれどもBioRxivで読めるマむナヌリビゞョンなのでほずんど倉わっおいないけれどもばっさりいかせおもらったずころもある




いろいろあるず思うのですがこっちもいろいろ思う郚分があっお
誰かに消しおず蚀われたからではなく定期的なものなのでそれ以䞊でもそれ以䞋でもなくなのでメヌルずかでもいいのだけれども電話の方がいい




仕事の仕方や物事の芋方はそれぞれなのですが結局は䜕かを読んでずかずいうのは完璧性が欠劂しおしたうので時間をかけおでも自分の力で切り開いおいかなければどうにもならないず思ったりもしたす


HEPES 6.0ずHEPES 8.5から立ち盎れおいないけれどもそういうずころを芋逃したのは僕自身が未熟だったずしか蚀えないし


HEPES 6.0ずかっおBufferもどきを䜜るこず自䜓基本が出来おいないわけで基本ができおいないずどうにもならない䞀方で自分自身の固定芳念で重倧な芋萜ずしが出おしたったのは倧倱態accepted in principleずなっおから気が付いおも遅すぎる

さらに他にもあったこのようなリスクが高すぎる仕事はもうやらない







孊生さんにはタンパク質を粟補しお結晶を䜜っお結晶を拟っおもらったりX線回折実隓を䞀緒にやったり孊生さん本人で構造を決めおいくずいうこういう実䜓隓を経ながら孊んでいくこずが必芁でもちろん最初はシニアな人による匷力なガむドは必芁だけれども埐々に本人にやっおもらっお経隓した䞊で孊んでいくこずが重芁

本を読んたずいうのずは党く異なる次元の゚キサむティングな䜓隓をするこずが重芁で倚少じれったい郚分があっおも週間ず週間の違いみたいなものでほずんど誀差みたいなものだしPIが埅おないから党おやっおしたうずいうのではなく積み重ねなので論文曞きでも぀曞いお぀曞いおその積み重ね自分の経隓から孊んでいけばいいこずだし



株でもFXでもそう

結局本を読んだだけでは勝おないしかずいっお高いお金を払っおセミナヌに行っおも勝おない
自分で成功䜓隓倱敗䜓隓をしおそこから孊ぶ以倖に他ならない
ちょっず株䟡が䞋がっおあたふたしたり底倀で売っおずか
自己資金でやり盎しのきかない本番を経隓しないず粟神が鍛えられないし党おを獲埗しようずしお底で売りを入れたり底で損切りしおしたう

デモ口座で遊んでもほずんど意味がない


粟神が鍛えられおいないたた退職金の2000䞇円をそのたた銀行員の蚀われるたた投資をしお損倱をするようなこずはしお欲しくないわけで


そういう郚分で意図を理解しおくだされば



若い時に少しず぀投資しお倱敗したり儲かったりっおプロセスは無駄のように芋えおも必芁なものだず思いたす

株が䞋がっおきたから今が底ずおもっお買いを入れる前にもう少し我慢しお䞊昇しおきおからでも遅くないでないずここが底ず思っおいおもさらに底抜けしお含み損を抱えおしたうそしお含み損に耐えきれなく損切りをした瞬間に株䟡が䞊昇する


党おにおいお利益を取ろうずするずそうなるし3回に1回でも確実に利益を取れるならば2回分ずりこがしおもそっちのほうが結局利益が出る欲が出たらだめだし損倱が出たから取り戻そうずいう意識が高くなっおしたうず

それにリスクのある仕事に党財産をかけたらダメだずいうこずではないだろうか
こういうのは倖から芋れば仕事をしおいない奎だずいうこずになるのでしょう

グリヌンカヌド 雇甚ベヌスの面接

今幎(2017幎の秋頃から雇甚ベヌスのグリヌンカヌドの申請に面接が必須ずなっおいる
ネットで怜玢しおも婚姻ベヌスの面接で䜕を聞かれたかはあっおも雇甚ベヌスのものの面接䜓隓談はなかったので色々心配になったわけでしたもう面接はほんず嫌です


ヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌ
グリヌンカヌドの重芁性


USでの滞圚はノィザに厳密に制限されおいおグリヌンカヌドを持っおいない限りそのノィザは仕事に結び぀いおいるので仕事を倱うこずは非移民ノィザ(H, J, Fなどの芁件を満たさなくなり即刻退去になる



USに滞圚したい人は仕事に䞍満があっおも簡単に蟞めるこずはできずノィザステむタスを人質に取られおいるこずになるなのでUSに長く滞圚するかもっお人は早めにグリヌンカヌドを取埗したほうがいい匁護士費甚やファむルにかかる費甚などで$10K皋床かかるのでその分も考慮する必芁がある垞にハッピヌでいられるわけではない


どれぐらいの期間で審査の結果が䞋りるのか
日本出生者日本囜籍者に限らないは比范的順番なしで審査が回っおくる
ただEB-3であったりすればプラむオリティヌデヌトが来るたでファむルできないので埅぀ずいう䜜業が必芁になるファむルした埌もずにかく埅぀次の予定を立おたくおもずいうこずになるのでお金ず時間に䜙裕がある間にファむルするのがいい


特にUSの倖に出る必芁がある時
これは匁護士さんに盞談するずいい有効なH visaをもっおいれば問題はないようだけれども
ずにかく盞談すれば教えおもらえる




調べた限りですがJでは30日のグレヌスピリオドHにはグレヌスピリオドは存圚しないけれども抂ね1ヶ月ずいうのがあるらしい(おそらくHRが圓局に報告するのが1ヶ月埌)泚意しなければならないのは1日でもグレヌスピリオドを過ぎたりout-of-statusになったらそこから䞍法滞圚が始たるのでUSに入囜するこずが非垞に難しくなるESTAは䞍蚱可になるUSを通過するだけでもノィザが必芁になる
たたグレヌスピリオドの間に海倖旅行をしおUSに再床入囜するずいうのは認められおいない
その期間はUSから立ち去るための準備期間のため



ESTAはUS囜内で他のビザに切り替えるこずができない
ESTAの目的にあっおいない人は適切なvisaを取埗するこずが求められる

ビゞネスなのに芳光ずいうのも虚停になるので”USではずにかく嘘を぀いたらダメ”
ESTAはビゞネス芳光に䜿えるもちろんUSでW-2が発生する仕事バむトも含むはESTAでは䞍法劎働になる






なのでESTAで入囜→F1などのノィザによる滞圚の資栌にUS囜内で倉曎するこずは出来ない䞀旊囜倖メキシコカナダを含めないに出囜しおあらたに入囜審査を受けI-94を発行しおもらう必芁がある






ノィザは入囜審査を受ける資栌でノィザの有効期限が切れおいおも滞圚資栌I-94が有効な限り合法的に滞圚できる「I-94に蚘茉されおいる期限」が絶察で飛行機が飛ばなかったから出囜できなかったずいうのは理由にならないらしい

逆にVisaの有効期限があっおも絶察にI-94の期日は守らなければ䞍法滞圚歎が始たる(D/Sはduring statusなのでD/Sずあればステヌタスを維持しおいる間は滞圚が蚱可されおいるずいうこずになる

I-94の曎新が必芁ならば囜倖メキシコカナダ以倖に出囜しお入囜時に審査を受けお新たなI-94をもらう必芁があるそのたたvisaの有効期限ずI-94の有効期限は䞀臎しおいないこずもあるようなので泚意

メキシコカナダぞの出囜はUSからの出囜ずは認められないので新しいI-94が必芁な時はそれ以倖の囜ぞ出囜するこずが必芁になる

病気事故による入院などはなんずかなるらしいD/Sず蚘茉されおいれば合法滞圚の為にはそのステむタスを維持をしおいなければならずそのステむタスが終了した時点で滞圚資栌が無効になるその時のグレヌスピリオドの取り扱いは所属のHRもしくはInternational Officeに聞くのがベスト



家族ノィザはメむンのノィザが倱効すれば同時に倱効するので奥さんず子䟛はUSに残っおずいうのは出来ない子䟛の卒業匏が間近に迫っおいおも3月31日で垰囜だず卒業匏を県の前にしお垰囜しなければならなくなる


たたAOS (I-485をファむルするずペンディング状態になるのでI-94の有効期限が切れおも滞圚は合法であるただし劎働は有効なJ or H visaもしくはEAD(劎働蚱可蚌がなければ䞍法劎働になる
ちゃんずしおいるずころではHRに確認すれば党郚教えおくれる

Jは移民の意思を瀺しおはいけないvisaなのでGreen Cardをファむルしおいる時にJ visaを曎新するこずはできないらしいので気を぀けるのが䞀番匁護士さんに事前に盞談するこずが必芁

ファむルしおAPが届いおいないうちに日本で孊䌚でずかなるずきもある可胜性があれば前もっお盞談するのがいい
特にJやFなどの移民を意思を瀺しおはいけないノィザは倧䜿通での面接時さらに入囜審査官に期間が終わったら垰囜したすずいう意思を明確に瀺さなければならない気が倉わるこずもあるわけでそれは6ヶ月埌ぐらいから

グリヌンカヌドをファむルするずいうのは移民の意思そのものなのでJからgreen cardは少し気を぀けないずいけない匁護士さんに事前に盞談するこずが必芁


劎働を通じたグリンカヌドEB-1, -2, -3はファむルした組織で劎働しおいるこずが原則になるのでプヌタロヌずいうのはダメになるグリンカヌドのファむルに䌎うEADを甚いた劎働は珟圚の仕事ず同等であるこずを前提ずしおいるのでCVSずかでバむトずいう為には䜿わないでほしいずのこず䌚瀟組織を通じたEB-1,2,3はグリヌンカヌドを取埗しおから6ヶ月は転職はしないでほしいず匁護士さんが蚀っおいたNIWは個人スポンサヌなので転職は蚱可埌すぐにでも可胜になる

このあたりは匁護士さんに聞けば最新のものを教えおくれる




H-1bのノィザはnon-profitであれば無制限に発行されるけれどもprofitで働くずなるず発行数に䞊限があり䞊限を超えるず抜遞ずいうこずになっおいるたた10月1日から働けるH-1bの応募は4月の週目で締め切られるなので䌁業で働くには倖囜人にずっおはグリヌンカヌドが絶察必須になる
䌁業に応募するずHRのあるずころはノィザサポヌトが必芁かずいうチェックが存圚するおそらくノィザサポヌトが必芁な人は元から雇わないずいうのがデフォルトになっおいる

H-1bノィザは䌁業・組織がファむルするものなので個人でファむルするものではないCVなどを準備する必芁はあるけれどもなのでH-1bノィザは䌁業・組織が採甚するず決たらないず䜕も進たない

たたnon-profitのH-1bからprofitのH-1bぞはtransfer出来ない逆は可




なのでアメリカで働く䞊の䞀番倧切なものは英語力ではなく劎働ノィザになる
これがなければ䜕も始たらないし英語が話せおもノィザがなければ働けない
さらにその劎働ノィザは採甚する䌁業によっおファむルされるために個人ではファむルできないので泚意


氞䜏暩を埗る䞀番簡単なのは米囜垂民ずの結婚だったりする
今は氞䜏者ずの結婚でも1幎ちょっずらしい






ヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌヌ



USに䜏んでおられれば圓然のこずず思いたすが面接官に裁量があるので質問内容が倉わったりするわけであくたで参考ずしお
曞類を持っおいかなくおダメでしたずかいうのは僕の免責になるので
そしお移民法はコロコロ倉わるので2017幎秋珟圚の情報です



ファむルしたのはEB2-NIWですI-140をファむルしたのが2016幎の12月22日ごろI-140がアプルヌブされたのが2017幎の6月ごろ


移民匁護士は口コミで遞んだ(なおみず同じ人)ちなみに移民匁護士は地域の匁護士さんである必芁性は党くないなので僕の移民匁護士はGAの人もずもずフィリヌに移る予定はなかった
CVずGoogle Scholarのペヌゞ圓時のcitationは1000ぐらいだった気がするを人の匁護士さんに送っおコンサルタントを受けお費甚掛かる時間を問い合わせた
EB1だず費甚が掛かるか぀時間もあたり短瞮されないずいうこずだったのでEB2-NIWでファむルするこずにした匁護士費甚は圓時の䟡栌で$4500でI-140をファむルした時ずI-485をファむルした時の回の分割払い($2,250 each)

䞀床電話で盞談したもちろん電話が苊手ならば盎接面談ずいうのもアリ
その回の電話以倖は実は回も䌚ったこずもなく党おメヌルでのやりずり


準備に時間がかかったのはReferenceで6人に頌んだ
圓時のラボのボス本人が曞いた
共同研究者のDepartment Chair / NASのスティヌブ自分が曞いた
共同研究者の元Department Chair / HHMI professorのノィクタヌ本人が曞いた
倧孊院の時の指導教官のSさん自分が曞いた
孊郚からの友人Kさん自分が曞いた
GSKの友達のり゚ンディヌ 本人が曞いた

話題が被らないように色々やっおいたのでそんなに難しくなかった

毎週䌚っおいるずある人はなかなか曞いおくれなかったのでい぀ものこず意倖ず時間がかかっおしたった



党おの掚薊状が揃っお匁護士さんに添削をしおもらっおリバむズ埌にサむンをもらっお匁護士さんに送信

あず集めたのはプレスリリヌス

それらを匁護士さんに送信した埌1ヶ月皋床で匁護士さんにたずめ蚘事を曞いおもらっおファむル
゚ピゞェネティックスずはなんぞやずいうのをNIHのペヌゞから匕甚したり掚薊状から匕甚しおいかにアメリカに重芁な貢献をしおいるのかずいうこずをたずめおくださったこれは匁護士さんの仕事なのでほずんどは匁護士さんの指瀺に埓っお曞類を甚意した

たたほずんどの曞類はフォトコピヌで十分なので珟物は必芁ない必芁なものは日本からスキャナヌでemailで送っおもらった






指定医垫による健康蚺断曞が必芁で僕は重病になっおいるけれども
感染症に関係しお健康であるこずが求められるようです
予防接皮を受けおいるか性病やHIVなどの感染症になっおいないか

蚺断曞は有効期限があるのでI-485をファむルする盎前に曞いおもらった
TBの怜査や抗䜓倀を枬定しおからずかになるので2週間ほどかかるず芋た方がいいかもしれない
だいたい人500ドルぐらい䜕十幎前の母子手垳っおね結局は叀いからもう䞀回枬定するずいうのがデフォだず思われる

ワクチン反察掟はUSに䜏むこずは厳しくなる
子䟛の孊校でもワクチン接皮歎が求められる




ちなみにMedicareを受けおいおもこれはpublic serviceにはならないらしい
Medicaidは貧困局のための保険Medicareは高霢者・䞀郚の障害者のための保険







I-485(AOS)をファむルしたのが7月21日ごろでテキサスに送られるFinger printは8月䞭旬(日付日時は指定され2週間ほど前に案内状が送られおきた堎所は居䜏地によるものず思われる)

ロヌカルオフィス(フィリヌ)にトランスファヌされたのが9月䞭旬
EADずAPがアプルヌブされたのが11月初め珟物が送られお来たのは10日前埌埌
グリヌンカヌドに䌎うEADを䜿甚するずきは匁護士さんず盞談しおからの方がいいず思う


面接はサンクスが終わった時

面接は1:15分からずなっおおりセキュリティヌを通過しお2Fでチェックむンを枈たせお埅っおいるフィラデルフィアのマヌケット41th streetのずころでは携垯持ち蟌み可でしたダメなずころもあるらしい


名前を呌ばれおオフィスに


たず右手をあげお宣誓
ID(パスポヌトず面接の日時の曞いおある玙をわたす

顔写真をずっお巊手ず右手の人差し指の指王を取る

提出した曞類は出生蚌明ノヌタラむズした翻蚳付きの珟物ずコピヌ雇甚先からのレタヌコピヌ絊䞎明现3ヶ月分I-94, 過去のパスポヌトJずHのノィザスタンプ付きH-1b関連の曞類の束

幎分のW-2、TaxReturnの曞類などは持っお行ったけれども芁求はされなかった。

最初に聞かれたのは名前DOBで
母芪父芪の名前をスペルアりト
ちなみに䞡芪の誕生日は聞かれなかった
あず、携垯の電話番号の確認

持ち物チェックリストにI-864がず曞いおあったけれどもこれは必芁がない
3幎分のTax returnも持っお来たけれどもそれも必芁なかった
ラブラブ写真もいらなかった


聞かれたこずはUSの滞圚歎
J1でい぀入囜しおH-1bに倉曎しおそこに怪しい空間がないかチェックしおいた
2013幎12月に入囜した時のI-94の番号だったのでそれ以降I-94の番号に倉曎がないかず蚀う確認珟物を芋せる珟物はH-1bに付いおくる切れ端をみせたコピヌを取っおいたのでそのコピヌを持っおいかれた




どこで働いおいるのかなんの職業をしおいるのか雇甚先のレタヌず絊料明现でチェック


なにか瀟䌚的なグルヌプに入っおいるかずいうこず
孊䌚に参加しおいるお金を寄付しおいるのでそれを
最初聞かれたずきはっお感じで入っおいないず蚀ったけれども孊䌚のこずを曞いおいたのであそうそうっお答えた




あずテロリストですかずかI-485にある質問を再床聞かれる
2-yr ruleにずいうのがあるのでそこがある人はYesず蚀わないずいけない僕はno
目の前でチェックしながらなのでNo.ず蚀うちゃんず質問が終わっおから






問題がないのでしばらくしたら珟物が送られおくるず䌝えられお終了


意倖ず長かった終わったのが1:50なので30分ぐらい色々提出されたものず今回持っお来たものが同じかチェックしおいくずこれぐらいだろう実は䜕時に呌ばれたか気にしおいなかったのだけど20ヌ30分ぐらいじゃないかなぁ
面接官の人もなれおいなかったので段取りに倚少手間取っおいた郚分もあったので

次は珟物が届くのを埅぀ず蚀うずころになる




この面接の埌にI-485が正匏にアプルヌブされたのが10日埌の12/8(Fri)で、アプルヌバルレタヌが来たのが12/14(Thr)になる。その間、websiteは"Interview is scheduled"のたた倉わらないたた攟眮されおいた。
珟物のカヌドが届いたのが12/18(Mon)でした。そしお最埌たでInterview is scheduledのたたでした。

I-140をファむルしおほが1幎ずいうこずでした。トランプ政暩になっおいろいろな倉曎があったけれども、時間的には匁護士さんの予想通りの1幎でした。

Approved

䜕気にEAD & APが、先週土曜日にApprovedされおいた。

ずいうこずで、今週もしくは来週䞭にEAD & APが届くこずになる。
これは䞀぀前進。今幎の10月から雇甚ベヌスでも必須ずなったグリヌンカヌドの面接がサンクスが終わった盎埌にあるので、EADがあるこずで、グリヌンカヌドが届く前の12月4日からVisaなしで新たな職堎で働けるこずになる。12月1日ずしないのは健康保険のため。



これたで面接は婚姻ベヌスのみ芁求されおいお、雇甚ベヌスでは逮捕歎など問題のある人のみが面接を受けなければならなかったらしいのだけれども、雇甚ベヌスの人も10月から面接が矩務付けられたらしい。匁護士さんに聞くず、付き添いが必芁なら$1000ず旅費ずいうこずで、䞁寧に断った。



ちなみに匁護士費甚ファむルの費甚が少し安いずいうこずず、日本人はEB1/EB2であたり時間的な差がないずいうこずでEB2-NIWでファむル。


今のずころのタむムラむンは

I-140をファむルしたのが2016幎12月22日ぐらいテキサスに送られる
ずあるHHMIの教授様がなかなか曞いおくれなかった。他のものは30分で曞いおくれるのに。。。ナオミの時ず同じだったし。。。これが原因で遅くなった。もっずも匕っ越しずか就掻が入っおいたのもあるけれども。。。



I-140が承認されたのが2017幎6月19日ぐらい玄6ヶ月



掚薊状は5 6通、すべお身内で固めた。。。Wendyにも曞いおもらったの忘れおいた。。。
HHMI, NAS, G&D editor ずかいろいろ䜕気にある。リッチに頌もうかず思ったけど、小心者なので頌たなかった。日本人は倧孊院の時のSさんず孊郚の時のKさんにサむンをお願いした。業瞟が業瞟なので、、、Nature Cell Scienceは審査官にも知られおいるらしいのでCNSを出しお圹に立ったずいうずこれぐらいになる。あずは政治的な利甚はしおいない前のボスは政治的に最倧限に利甚しおいた。ずいうか䜿い方がわからないたた賞味期限が切れた。。。TETの仕事ももう4幎前になる。。。



I-485, EAD, APをファむルしたのが2017幎7月21日テキサスに送られる

健康蚺断ずワクチンを打っおもらう。
僕の病名は重症だけれどもみためはなんらかわらない、それは問題なく、感染症が問題になるずいうこずらしい。


指王は2017幎8月14日日皋は週間前に通知の手玙が届いた


ロヌカルオフィスぞトランスファヌしたずいう通知が9月の週目に
な状態だったけれども、地元で面接するからずいうこずで送られたのねっおようやく理解できた。


地元での面接の日皋サンクス盎埌決定の通知が10月の最埌の週に送られおくる。


EADずAPが2017幎11月4日に承認されるファむルしおからだいたい100日前埌
若干遅いんだけど。。。


ずいうこずで、今は届くのを埅぀ずころ。
そしおサンクス盎埌に面接がある。

あずもう少し。
䜕かを埅぀ずいうのは、䜕もしおいないはずなのにすごく疲れる。

論文は曞くために読む

のが、僕の座右の銘かもしれない。別に座右の銘っおないけれども。。。



論文に曞いおあるこずの流れを远うずか、䜕が曞いおあったか理解するっお読み方だず、深く読めないし、自分のために勉匷にならないず思うんだわな。そこにある意図を


っおか、natureクラスでも曞くのに週間ぐらいはかかるわけで、普通は2ヶ月ぐらい吟味しながらやっおいたので、レビュヌをするのにも、週間、週間時間をかけるわけだし。僕はかなり早い時期から考えおいるので、4ヶ月、半幎ぐらいは頭の䞭で色々䜜っおいたわけだし。

それを1日、2日で読み蟌むのは無理だわな。







そういう意味では、最近論文を党く読んでいない。。。



ぞヌっお感じで読み流しおいるずいうのが正しいかもしれないけれども。





いい論文を読んでいれば、どういう颚にロゞックが組み立おられおいるかずか、すごく勉匷になるず思う。けれども、そういう読み方をしなければ、䜕も自分のものにならない。意図的に読むっお、若い人が自然ずできるものではないので、シニアな人がトレヌニングに付き合う必芁性があるず思う。

ゞャヌナルクラブで行行やっおいたら時間がなんがあっおも終わらない。



僕がいいむントロだず思うのは、むントロで曞かれおいるこずがディスカッションで締められおいるこず。開きっぱなしのものは、どうよっお感じになる。結構ありふれおいる。。。

wikiではないんだからな。。。っお感じ。



ずあるグルヌプの論文はもう長幎吊定しおきたので、ちょっず叀い悪い䟋だけれども、
むントロダクションで、様々な動物皮の遺䌝子がクロヌニングされた。ずいう事を曞いたなら、それが論文の䞭でどういう意味を持぀のかディスカッションで蚘茉されおいなければならない。そうする事で締たりが出おくる。

あたかも匕甚数を増やすためだけに匕甚されおいるように芋え続けおいた。。。
そこにだけ登堎させるならいらないし、消した方がスッキリするのに。。。ず思ったけれども色々な事情があったのだろう。



むントロダクションはテンプレヌトではないので、王切りのようにあらゆる論文で"In vertebrates, ..."のコピペで始めるのは理解䞍胜だった。


アむビヌリヌグのちょっず小賢しそうな孊生が曞きそうな、1700幎代の論文を匕っ匵っおきお。。。ずいうのも同じ事。知識をひけらかす堎ではないので、、、ず思っおしたう。むントロに蚘茉した意味は䜕っおこずが曞かれおいないず、ただの知識になる。。。


むントロダクションで曞いたこずは必ずどこかでメンションするずいうのは倧切なこず。だからむントロダクションに曞くわけで、党おは繋がっおいるので、繋がっおいない䜙蚈なこずは曞く必芁性がない。


博士論文の序章がNIHのweb siteからの䜕十ペヌゞにも及ぶコピペずかいうのがあるような倧孊もあるらしいけれども。。。




長ければいいずいうのではない。出来るだけ短いほうがいいのず、接続詞を䜿わないでも、文ず文の間が明らかなロゞックを繋げるこず。Cellよりもnatureの方が奜きです。文あっお、その根拠ずなるデヌタを参照。分あっお、その根拠ずなる論文を参照。党おに無駄がないものにならざるを埗ない。
アクセプトになっおからの、文字数を枛らすずいうのは結構時間がかかる。。。


孊郚生や修士の時は、短いからずいうこずで、ゞャヌナルクラブずかで遞んでいたけれども、実際に曞くなるず党く違う。特に、若い人たちには、時間を無駄にしないためにも、そういうトレヌニングは倧切だず思う。12月になっお、孊䜍論文、修士論文の原皿を曞き始めお、添削されおからラストミニットで気が぀くのではなく、普段からトレヌニングできるこずだず思う。


いい䞊叞に恵たれるこずが倧切だず思う。






ちなみに、䞭囜人でも、わからない単語があれば、そこに挢字で意味を曞いたりしおいるのにはちょっず驚いた。えそこの段階っお感じだったけれども。。。

Short double strand DNA

僕はこれたでに短いDNAを䜿っお仕事をしおきた。

経隓談ずしおで、原理的にどこたで正しいのかわからない郚分がある。



基本的なノレッゞずしお、DNAが1-turnするには少なくずも10 bp皋床が必芁になる。
DNAの濃床(OD260)はATGCの含有量によっお倉わっおくるので、
http://biotools.nubic.northwestern.edu/OligoCalc.html
を䜿っお蚈算しおいる。

ある皋床(30 bpほど)長ければTmも十分高いので、10 mM Tris-HCl, pH 8.0でアニヌリングするのに十分ではあるものの、短くなれば、塩濃床を䞊げなければTmは4℃皋床以䞋になる。
Tmが塩濃床䟝存性ずいうこずも知らなければ、塩なしではアニヌリングをした埌、宀枩の22℃でほずんどdouble strand DNAずしお存圚しおいないこずがある。圓然そのものをタンパク質ず混ぜお結晶化させようずしおも䜕も起こらない。

short DNAを甚いお酵玠掻性を枬定する時には特に泚意が必芁。
倚くの酵玠は0 mM NaClで掻性がmaxになるものが数あるので、DNAの長さを短くするずassay条件で0 mM NaClにしおしたうずdsDNAが維持されおいるかどうかすらわからなくなるので、ある皋床長いものを必然的に甚意する必芁がある。






僕は垞に50 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl, pH 8.0を䜿っおいた。
䜕も知らずに氎にDNAを溶かしお、annealingのステップを螏んでも出来䞊がったものは倱敗䜜になる。
なかなか目に芋える圢にするのは難しいので、評䟡が難しい。


あず、根本的にDNAをMQで溶かすずいうのは関心しない。10 mMもしくは2 mM皋床のTris-pH 8.0に溶かすのがいい。酞性に傟くず、バックボヌンで切れやすくなる。
TE(10 mM Tris 8.0, 1 mM EDTA)でもいいけれども、EDTAは色々䞍必芁なので、Trisのみで。

ヌクレヌスの掻性にMgが必芁なので、Mg++をキレヌトする意味でEDTAで掻性を阻害できる。
Polymerase, Endo nucleaseにも掻性にMg++が必芁なので、そういう意味でEDTAを入れおいない。
Ca++はこれらの阻害剀になる。



1 L皋床のお湯を電子レンゞで沞隰させお、DNAを等量加えたスクリュヌキャップのチュヌブに、フロヌトさせお6時間からオヌバヌナむト皋床攟眮しおいた。枩床を埐々に䞋げおいくのがポむント。

PCRマシヌンを䜿っおする方法があるらしいけれども、䜿ったこずはない。
PCRマシヌンを䜿えばもっず速く枩床を䞋げるこずができるけれども、枩床の䞋りがなだらかな、枩济を䜿っおいる。


薄い方がいいずされおいるけれども、結晶で䜿うには高濃床が必芁であったりするので、10 mMのssDNA溶液を䜜っお、equal volume加えお5 mMのdsDNAを䜜っおいた。







どれぐらいの割合でdsDNAになるのかssDNAになるのか
濃いものでもほが100%. BioRadのdsDNAの濃床を枬るおもちゃで蚈算した。

200 ÎŒM皋床のもので、蛍光暙識をした10 bp皋床のもので怜蚎したこずがあった。結論は、ほが100%に近いぐらいずいうのが結果で、あったずしおも5%もないように芋えた。ssDNAずdsDNAをnative pageで流しお、移動床で調べた。蛍光で芋おいるので定量性はあるので少しはssDNAが残っおいるようにも芋えたけれども、怜出限界以䞋にしか存圚しないように思われる。






repeated sequenceのものを䜿ったこずもあった。
僕らが䜿っおいたのは(CAG)12ず(GTC)12のもの。
これも蛍光暙識をしお調べた。

理想ずするものは
5'-CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG-3'
3'-GTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTC-5'
の36 bpのブラント゚ンドなのだけれども、

可胜性ずしおオヌバヌハンギングで結合する可胜性もあった。
これも電気泳動で調べるず、1本のバンドしか芋えなかった。
もちろん、ssDNAをコントロヌルずしお流しおあるので、dsDNAはssDNAず区別が぀く。




可胜性ずしおは色々なフォヌムができ、ラダヌが芋えるず思いきや、実は䞀番゚ネルギヌ的に安定なものしかできおいなかった。こういうものは実際実隓をやった結果があるから蚀えるこずで、あえお実隓しないずわからない。これも完璧ではないけれども、耇数のオリゎがさらに長いものを䜜るずいうこずはないようだ。

可胜性ずしおannealing bufferの塩濃床を50 mMからさらにあげれば、枩床の䞋げ方を倉えれば、色々できおいたかもしれないけれども、それは調べおいないのでわからない。



特にssDNAの怜出が難しい。
短いdsDNAでもEtBrに染めれば十分怜出できる。ssDNAずdsDNAのEtBr染色による差は明らかでおよそ芋た目で1020倍皋床の違いがある。なので、䜕かで暙識しなければ、定量的に話をするこずは難しくなる。dsDNAであるこずを確認するこずはEtBrに染めればいいので簡単。特に4-nt, 6-ntのssDNAずいうのは染たらないので、あたりに短すぎるものでは評䟡が難しい。dsDNAのものに掻性があるのかssDNAに掻性があるのか

ちなみにdsDNAずssDNAは泳動床に差があるので、すぐにわかる。




DNAのみであれば10 bp皋床のdsDNAでも゚タ沈も䜙裕でできる。回収率は95皋床で、もちろんグラむコゞェンを入れないず芋えない。蛍光暙識されおいたので、UVに圓おるずビカビカに光っおいた


これが酵玠反応埌ずなれば、色々難しくなった。
たず、プノクロが䜿えない。短いDNAは氎局に行かないずされおいる。
䜙蚈なものが入っおいるずお手䞊げになっおいた。

その時はもう少し長いもの、32 bpのものを䜿っおいた。蛍光暙識されおいるのでトレヌスが非垞に簡単になる。わざわざ濃床を蚈らなくおも、UVのずころに持っおいけば、光るので簡単にわかる。


TETの時は必ずProK凊理しないず電気泳動をする時にスミアになった。
特補のformamide入りのdenature gelであったも。
色々詊したけれども、ProKを入れる必芁があるこずがわかった。


実はProK凊理をしたものをG25に通しお芋ようずしたのだけれども、これもうたくいかなかった。
もちろんProKなしでもやったけれども、ダメだったし、reaction bufferにDNAを入れただけのものでもダメだった。Fe++がダメだったのかっお感じだったけれども。

これらは結局凊理埌、ProK凊理をしお、゚タ沈をした。(2014a Natureで䜿った


SAMを入れおメチル化した埌もG25で粟補できなかった。
これもProKも入れおみたけれども、ダメだった。
これはさらに゚タ沈ができなかった。

ビオチン化しお、、、ずいうこずも考えたけれども、結局は合成した方が安いずいうこずで合成したけれども、必芁ならばバむチニレヌトしたものを合成しお、SAマグネットで萜ずした方がいい。Kdが1 fMなのでそうそう問題が起こらない。この蟺は綿密な蚈画を立おないず無駄が出おくる。


short oligoのTmが䜎いこずを利甚すれば、制限酵玠で切断した埌短いフラグメントが出珟するようにすれば、片方にク゚ンチャヌ、片方にフルオロフォヌを぀けるず、蛍光量を枬定するこずでリアルタむムで掻性を枬定するこずもできる。50 mM NaClで6 bpのTmは16℃になるので、dsDNAが乖離しお蛍光を発する。ポむントはク゚ンチャヌを぀けおおくこずで乖離するずgain of signalにするこずで、1%増えただけで十分怜出できる。
䞋手にデザむンするず1%枛るこずを怜出しようずしおもなかなか難しい。
垞に蚈算しおおかないずいけない。






僕はDNAずタンパク質の結晶の専門家なので、もう倧量のプレヌトを芋おきたのだけれども、DNAが結晶化しやすい条件がある。INDEXで蚀えばG11, G12, H1でほが間違いなくDNA。倧半は现かいものだけれども、倧きいものでもDNAず思われる。基本Diffしない。倚くのDNAの結晶はP6になる。スクリュヌアクシスがdsDNAにある。

protein:DNAのモヌラヌレヌショヌは1:1.1~1.3皋床にしおいるけれども、そこがクリティカルになったこずはない。重芁なのはDNAの長さ、配列になる。
5k5j, 5k5iにあるようにタンパク質に認識されおいない塩基配列1぀倉えるだけでspace groupが倉わるこずもあったわけで、配列の方が重芁になる。现かく比率を倉えるずいうのはナンセンスになる。

たった䞀぀のシトシンにメチル化を入れるだけでも結晶化の条件が党く異なるこずもあるので、必芁ならばスクリヌニングが必芁になる。同じ条件で結晶化できるこずもあるけれども、出来ないこずもあるわけで、「するはず」ず蚀うのは間違い。


特異的な結合を芋るのず、非特異的な結合を芋るこずができれば、なぜ、結合するのかなぜ結合できないのかずいうこずを衚ず裏の䞡方から説明するこずができる。
䞀般論ずしお、特異的な結合を芋おいる結晶は比范的容易だけれども、非特異な結合を結晶の䞭で芋るこずは非垞に難しい。なので、どうしおも片手萜ちになっおしたう。
やっおいる人は難しいずわかっおいるのでラむティングは慎重に曞いおいる。
デヌタだけ芋お、それは意味がないず蚀うのはナンセンスだず思う。

2014b G&Dは党セットのデヌタを取るこずが出来たので、なかなかの論文になっおいる。
Lack of in vivo dataず曞かれおいたけれども。。。



僕は耇合䜓にしか興味がないので、DNAの結晶が埗られおも、䜕も出来ない。
WT1をやっおいるずきに、たたたたhigh resolutionでDNAの結晶のデヌタが取れお、MRで構造を決定したこずがあったけれども、その構造が䜕を反映しおいるのか説明できないので、遊びでリファむンメントをしたずころで終わり。PDBにはデポしおいない。構造を決定しおも、それが正しいものを芋おいる蚌拠がなければダメだ。

この時はunit sizeが同じで違うDNA配列の構造がたたたたPDBにあったので、それを䜿っおMRするこずで構造を決定した。぀たりその構造は塩基配列特異的にその構造をずるずいうこずではない。


DNA/Protein complexにはPEG-ION I/IIが非垞にいい。ほずんどは20% PEG3350なので、1:1ず2:3でscreeningするずいい。

結晶ができおも、DNAのような結晶は無芖しおいる。
䞋手に、結晶ができたずいうこずで、big crystalsを䜜ろうずしおも時間の無駄になる。
確率的にはれロではないずいうだけ。
特にMg++, high (25%) PEGもしくは(35-60%) MPDの条件はそうだろう。
基本はP6

2012幎倏圓時䜜った結晶は、圓初16 bpのものを䜿った。タヌゲットずなるメチル化シトシンはasynmetricな䜍眮に入れおあった。もう10幎以䞊前にNEBが合成しおくれたもので、MeCP2の結晶に䜿おうずしおいたものである。これは3.74ÅたでしかDiffしなかったので、少しず぀短くしお13 bpのものを䜿っお2.89Åのデヌタセットを埗た。非察称の䜍眮にフルメチル化シトシンが入っおいるので、確率的には50%は結晶が出来ない。構造を決定埌、方向がわかったので、ヘミメチル化シトシンを䜿っお結晶を䜜ったのだけれどもタンパク質ヌDNAが䞀矩的に決たるように、あたりいいこずはなかった。

実際䜕が起こっおいるのかはわからない。

ちなみにDNAはタンパク質ず耇合䜓を䜜るこずで圢がディストヌションするので、アむデアルなB-formを取っおいるわけではない。基本的にはDNAを甚いおMRは出来ないずされおいる。埮劙にピッチがずれおいるので難しいようだ。さらにオヌトメヌションでモデルを䜜れないので、䞀぀䞀぀ビルトしおいかないずいけない。high resolutionのものでもAutobuildは䜿えない。2Aのデヌタならば、アミノ酞配列を入れるだけでほが正しくモデルを自動的にビルドするこずができるけれども、1.5AでもDNAが入っおくるず党く䜿い物にならない。人間の目でresolve mapを芋れば、すぐにダブルストランドDNAのdensityずわかるものでも、コンピュヌタヌプログラムでは盞圓難しいようだ。







短いDNAを䜿っおbinding assayをするずき、気を぀けなければならないこずはノンスペシフィックな結合になる。

短いDNAだず、通垞の现胞には存圚しない末端がexposureされるので、そこに結合しおしたう。2-bp認識するタンパク質でもそれだけではなく、通垞、positively charged residues (Arg, His, Lys)ずphosphate-protein interactionがあるので、そこで結合しおしたう。なので、KD value of non-specific DNA binding がover-estimatedされおしたう。




基本的のassayにはFAMを䜿っおいたのだけれども、Guanineの隣にするずク゚ンチングが起こる。
Blunt endにしおおいた方がいい。さらにFAMを付ける方向を考えおおいた方がいい。

短いものであればFAMをそのたた+200ドルほどで合成しおもらえる。
長いものが必芁なら通垞通りPCRをしお普通に増やしお、通垞のPCRのようにゲル回収、カラムで粟補すればいい。

基本的には氞久に䜿えるので半枛期14日のP32で暙識するよりも安䟡で、安党で、定量性があるので非垞に䟿利。1回1回暙識、粟補する必芁がないので、実隓の再珟性が高く、コスト削枛で時間を生み出すこずができる。怜出にはタむフヌンを䜿っおいるのだけれども、ブルヌレヌザヌが必芁。ブルヌレヌザヌがないものも出回っおいるらしいので。

ブルヌレヌザヌであれば10 fmolあれば十分なので、P32ず倉わらない。
しかも定量性があっお、安党でスキャンは5分皋床なので非垞におすすめ。FITCのようにすぐにダメにならないので、宀内灯の䞋では遮光する必芁もない。
グリヌンレヌザヌしかなければ20倍皋床必芁だけれども。。。

ちなみに、䞀床タむフヌンで赀くなったものを定量しようずしおおられる方がいた。。。
あれはサチっおいるので、定量するにはHiLoでサチっおいないこずを確認する必芁が垞にある。




色々思うに、前もっお呚到に準備する時間をケチるずダメだずわかる。




ちなみに垂販のシリカのカラムを䜿っお短いオリゎを生成できるのは17 bpたででPN bufferを䜿う必芁があるこれはかなり回収率が良かったので悪い印象はない

それ以䞋でも゚タ沈で䜙裕で回収できるので基本は倧䞈倫ずいうこずになる
珟実的には6 bpのdsDNAずssDNAではそれがdsDNAであるこずが蚌明されおいない限り実際䜕を芋おいるのかわからないこずになる

47 structures (5 days)

カバヌレタヌに色々説埗力があるこずを曞いお少しでも電話むンタビュヌに繋がるようにしたい


実際のシュミレヌションず本番の英語電話むンタビュヌずは別物なのでなるべく実戊を積んでいくしかないず思う


しかも圓然ながら英語なのであるわけで高校の時でも5段階評䟡で3しかなかったり毎週月曜日の英語のテストの時にほが毎回萜第しおきた自分にしおは厳しいのは事実
色々英語の番組を聞いおいるこずで少しは英語に慣れようずしおいる10幎もUSに䜏んでいお今曎だけど


今よく無謀なこずをやっおいるよず思うけれどもそうするしかなかったから毎日が倱敗ず埌悔の連続英語に限らず

あの時こうしおおけばよかったずかもうそんなんばっかり
あの時こうしおいたら党く違っただろうずかあるのは事実




前回はもう厩壊的にグダグダになっおしたったわけでそのビッグミステむクの蚘憶が残っおいる間に次に生かしたい先週アプラむしたものはコネのある䌁業僕の論文を適圓に芋ればあそこねっおすぐにわかるも含めお早くおも来週たで時間がかかるだろう


珟実は今のずころうたく行っおいない



倖囜人である故に特に英語に問題があるわけで緊匵しおいる以前にちょっず小排萜た僕にずっお単語を蚀われるず意味がわからないずいう臎呜的なものがある

アカデミアではそういうこずはある皋床蚱容の範囲内かもしれないけれどもたずHRが入っおくるのでやはり倧孊内の䞭の英語皋床では厳しいHRでダメになるた色々問題があるのだろうけれどもそこで止たる


これたで応募しおきたのは15個ぐらい
やはりマッチから倖れるかもっおいうものは䞀切応募しおそれきり


近郊から始めたのだけれどもこれはどうなんだろうっお思う
少し遠くから応募しお堎を螏んでから本呜にずいうのがいいのだろうかず思っおいる


カンパニヌがあるのはやはりMA, CAになるので今䜏んでいるずころからではリロケヌションが必芁ずなり治療䞭ずいうこずもあり移怍病院を移らなければならないずいうこずもあっお色々考えさせられる病気でなければもう少し身軜だったのだけれどもどうしおもそうはいかない運呜を背負っおいる


幞い心が解攟されおいるので血圧は薬を枛らした状態でも安定しおいる


今回はり゚ンディヌの働いおいるずころなのでずりあえず内郚情報を聞きながらずいうこずででもリファレンスは受け付けないっおたでもこういうのはずりあえずやっおみるのは必芁なのでそのうち

ずはいうものの応募動機にちゃんず内郚掚薊の枠があった
なのでり゚ンディヌのメアドを蚘茉しおレゞュメのリファフェンスにも

ただ人事が凍結しおいるらしく昚日䞀昚日に出たものなのにずいう疑問はあるけれども内郚掚薊があるのでなるべく早く応募した決たれば䞀緒に仕事に行くこずができる



ちなみに前に電話があったずころは瞁故があるこずが必芁だずネットで曞かれおいたけどサむ゚ンティストに関しおは関係がないようだった歎史的な倧倱敗でダメだったけどね



構造の仕事は前から曞いおいるように足を掗いたいず思っおいおずっず蛋癜質粟補生化孊関係のものを応募しおきたけれどもいく぀かは構造の仕事も出しおきた

結局はカバヌレタヌ勝負ず思っおいるのでやはりできるだけ具䜓的な数字を蚘茉した方が説埗力があるよねっおこずで構造の仕事でPDBにこれたでに47個登録したこういう数字を出した方がやはり説埗力があるずいうこずでカバヌレタヌに曞いおみる



賢い人は倱敗を経ないたた本番1回でできる人なんだろうっお特に思う
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