試用期間を過ぎても正社員にならない

うだうだ言ってないで、労働契約交わしたのなら直接会社と交渉したらどうですか

手当てとか労働契約で締結したなら、支払われなければ賃金不払いで訴えなさい
訴え先は労基署です。

3ヵ月後に社員という契約したなら、その「契約書だして、会社に言えばしまいでしょう
契約したなら、普通はその通りになりますよ
ならないのであれば、条件いはんじゃないですか

これって、就職時のトラブルとか、そういうことですよね？

就職するときって、会社との契約を交わすってことだから、雇う人、雇われる人それぞれに責任があると思います。

まず、契約したときにそのことについて会社側とやり取りはありましたか？

また、手当てなどについて記載されている書類などは取っておいてますか？

とりあえず、上司に質問する感じで「どうなるんですか？」と聞いてみて、相手がいい対応をしてくれなかったら、書類などの資料を持っていけば良いのでは？

普通に上司に試用期間が過ぎていますが、諸手当がつかないのは何でか聞けばいいのでは？
その職場でこれからも働きたいか・転職してもいいかにもよりますが、転職してもいいのなら職安に
相談して、法的な処置(賃金遅配に相当すると思われます)をすることも可能だと思います。

気が長いですねぇ・・・
こんなことは、使用期間が終わって、入社年月日はいつになるのでしょうか？とすぐに総務にでも確認するべきことです。