| 記事欄には二万字書けます。コメントをここに貼り付けますので、よろしくお願いいたします。 ため息さんはすでにブログをお持ちなのでそちらにお願いいたします。 他にブログをお持ちの方は、そちらに主たる内容を、こちらにまとめ版で、ご協力お願いいたします。 わがまま言ってすみません。 追加 28日14時、ブログ主が追加します。 せっかく、構想したスペースでしたが、ため息氏以外からのアクセスがありません。 ため息氏は、次々と、学とみ子批判のコメントを書き込んできます。 いづれも未承認ですが、最初の分だけアップしました。 記事に、「ため息さんはご自身のブログをお持ちなので、そちらでお願いします」 と、書いてあるにもかかわらず、堂々とここへ書き込むため息氏です。 教授とかのポストにいた高齢男性の中には、こうした傍若無人な行動を平気でとれる方がいますね。 多くの忙しい人たちが集まる評議会などで、延々とどうでもよい話を始める元教授とか、たまにいますね。 こうした人は、奥様もだめな人で、暴走をとめないタイプのご夫婦に多いのでは・・・と思います。 （奥様が） 「あなた、みっともないから、お止めになって！」 と注意してくれる奥様を持つことが大事です。 若い時から、奥様とフェアな人間関係を築ける人ではないと、高齢になってからでは、男性はもう無理ですね。お酒が男性をだめにします。 今回、うっかり体内時計さん批判を書き込んでしまった学とみ子ですが、数１０分後にやめとこ！と（自ら）思って消したのですが、すでに時遅く、体内さんが待機していたようです。 さっそく、引用されてしまっていましたので、コメントを復活しました。 こうした状況で、体内時計さんを守らんと、必死で書き込むため息氏です。 ため息氏のような特殊な方を除けば、普通の感覚の人なら、コメントを止められた人が、そのサイトには書き込まないでしょう。 ブログ主が勝手な都合で設定しても、書き手には書き手の都合があります。 学とみ子もバカなことをしていまいました。 考えてみれば、それが普通の人の普通反応だと思いました。 ブログのコメントは、書き手の意思にピュアに依存してます。 書きたい時に書きたい場所に書き、書きたくない時は書かないです。 ですから、そうした書き手の意思を尊重すれば、書き込む場を設定しても、書き手の意思とはそぐわないということでした。 又、ひとつ、学とみ子の人間理解が進み、自らの未熟性を反省しました。 追加です。17時 ため息氏からの抗議がありました。 私は、属する学会の総会や評議員会で、こうした行動をする高齢な元教授の話を思い出してかきました。ため息氏とは無関係です。 ため息氏はご自身と関係ある文章だと勝手に読んで、学とみ子に謝罪要求をすること自体が常識外れです。 毎日、中傷、罵倒、嘘つき呼ばわりのコメントや記事を書いているため息氏自身の行動の方がよっぽど謝罪ものです。 そちらのブログの全員が、毎日のように学とみ子を貶める記事を書いています。 そうした人たちは、謝罪を要求する立場にはなれません。 |
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補足しておくと、この生データを読むために必要な基礎知識としては、PCRの原理 と 電気泳動の原理 でしょうね。
その上で、例えば GLバンドとは何を意味するのか？ とかの考察が必要になるでしょう。
2019/5/29(水) 午後 0:23 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん
これって、前と同じコメントじゃない？
詫摩さんが、TCRの説明で、超初歩的などの言葉を使ってます。超初歩的なんて表現は変ですよね。細胞学の専門家でも、なじみが少ないコンセプトだったみたいね。やっぱりさんもTCR理解に苦労したでしょう？
でも、ここでいろいろと解説が出てからは、あなたの理解も大丈夫でしょう。
やっぱりさんの指摘した図表はSTAP細胞のもので、ここにTCRがあるのは当たり前です。STAP実験の度に、違うTCRになり、二度と同じパターンをとることは無い！のも理解できましたね。
これらを見比べれば、尻尾細胞TCRも一目瞭然じゃない？そちらの皆さんに説明してあげて！
2019/5/29(水) 午後 1:00
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おやおや、学さんが勉学して得た基礎知識では、そんなことしか読み取れないのですか？ 残念ですねえ。
少なくとも、二つの 電気泳動画像を比較して読み取れることを論ぜよ という質問なのだから、Fig.1iではLymphocytesにGLバンドが見られないが、Ex.Fig.2gではLymphocytesにGLバンドが見えているという相違点くらいは気づいてほしいんですけどね。
それから、、、
＞STAP実験の度に、違うTCRになり、二度と同じパターンをとることは無い！のも理解できましたね。
学さんが、そのような理解であるならば、 Extended Data Figure 2g の画像を、400％くらいに拡大して、じっくり見ることをお勧めします。
それで何も読み取れないとしたら、学さんの勉学の方向は間違っていたということでしょうね。
2019/5/29(水) 午後 1:32 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
ついでですが、少し気になったので。
＞これって、前と同じコメントじゃない？
はて？ 何か勘違いされてませんか？
学さんの記憶力の問題か、理解力の問題か不明ですが、、
私の質問を真剣に考えたら、今まで学さんが考えたことも無い考察になるかもしれませんよ。
＞詫摩さんが、TCRの説明で、超初歩的などの言葉を使ってます。超初歩的なんて表現は変ですよね。細胞学の専門家でも、なじみが少ないコンセプトだったみたいね。
もしかして、「TCR再構成 ～超初心者向け：STAP細胞よもやま話～」のことを言ってますか？ 脳内で勝手に作り話しないで、ちゃんと元のソースを確認しましょうね。
TCR再構成という一般人には非常に難しい話を、 「超初心者向けに分かりやすく説明した」という話であって、「TCR再構成が超初歩的」だなんて、まるっきり逆になってますよ。
相変わらず、出鱈目ですねえ。
2019/5/29(水) 午後 1:59 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん
＞例えば GLバンドとは何を意味するのか？ とかの考察が必要になるでしょう。
やっぱり氏の理解は、私の理解方法とは違う。TCRを、DNAか？蛋白か？分けて考えないといけないとか、GLが何を意味するか？なんて言い方が素人っぽい。
そんなに事、いちいち区別しなくとも、各レーンの違いを瞬時に見比べてみるのが、普通じゃあないのかな？
2019/5/29(水) 午後 2:12
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> yap*ari*w*katt*na*さん
相変わらず、でたらめなのはあなたです。
そうした虚勢はもうお止めなさい。
倍率で見比べて、あそこがおかしい、こちらがおかしいなど、いろいろ、あなた方は議論してたじゃあない！
でも、一目でわかるゲル２所見は指摘されてないのよ。
あなたも、ささっと、一目でわかるTCRの違いをため息氏グループに、説明してあげなさいよ。
2019/5/29(水) 午後 2:30
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やっぱりさんは、ゲル２の説明ができないようです。
STAP論文のSTAP細胞TCRは出ていて当たり前です。それ以上の説明は必要無いです。
詫摩さんが、「TCR再構成 ～超初心者向け：STAP細胞よもやま話～」で書いたTCRの説明は、超初心者がいくら読んでも理解できません。
超初心者に興味をもってもらうには、詫摩さんご自身が真に理解する事、ごまかさない事です。
詫摩さんが超初心者にTCRを理解させようと本気で考えたら、あのような説明にはなりません。
彼女は、説明したふりをしただけです。だから、実際の問題点となってるゲル図２の解説ができません。やっぱりさんも同じく読めない？
2019/5/29(水) 午後 3:13
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やっぱりさんのコメントは、いつもと同じ、学とみ子を出鱈目呼ばわりをしてますので、ここでは承認されません。
2019/5/29(水) 午後 3:18
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ため息氏の新記事見ました。大事なゲル図二本、再掲ありがとうございます。
この図を見比べた不特定多数の中には、学とみ子が説明した通りに、ゲル図の尻尾細胞TCR意味を理解して、その方も説明してくれるででょう。
2019/5/29(水) 午後 4:33
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ため息さんのところのやり取りを見ると、そろそろSTAPのお話も終わりそうな雰囲気ですね。ゲル２と特許図２０について改めてコメントした上で、個人的な総括をしておきます。
ゲル２と特許図２０は、いずれも再構成バンドのサイズが不明（ゲル２にはマーカーがありますが、マーカーのサイズが不明）なので、一番小さいバンドが再構成バンドなのかプライマーダイマーなのか分かりません。ゲル２にはGLコントロールもないので、一番大きいバンドがGLかどうかも分かりません。ゲル２のキメラから（と思われる）のサンプルがどのように採取されたかも不明です。特許図２０では「２Nキメラ由来SAC」となっているので、キメラから再度STAP細胞塊を作って解析した可能性もあります。サンプル作成及び解析条件の詳細が分からないと、厳密な議論は不可能です。
2019/5/30(木) 午前 8:39 [ L ] 返信する
これらの状況をふまえた上で、あえてコメントするならば、ゲル２のレーン２７・２８のバンドパターンは、純化したT細胞由来サンプル（レーン１６－１９）とは明らかに異なります。 レーン２０・２１のCD45細胞のサンプルで見られる一番大きなサイズのバンドをGLと仮定（コントロールがないので断定不能ですが）すると、それより少し小さなサイズのバンドが、レーン２７・２８では最低でも２本見られますが、レーン１６－１９では見られません。サイズから考えて、これらが再構成バンドとは考えにくく、非特異増幅あるいは再構成とは異なる形での欠失が生じた結果である可能性などがあり、バンドを切り出して配列を読むか、PCR-サザンでTCRb領域由来の増幅産物であるか確認するか、何らかの追加実験が必要だったと思います。
2019/5/30(木) 午前 8:40 [ L ] 返信する
また、他のレーンで見られる、小さい方から２番目のバンドが、レーン２７・２８では見られません。結果として、これらのサンプルでは、再構成バンドと思われるバンドは４本まで絞られる可能性があり、オリゴクローナルなT細胞（２ないし３クローン）の寄与で説明できるかもしれません。レーン２７・２８で見られる各バンドの配列を読めば、決定的なデータが得られたかもしれません。
特許図については、キメラマウスの尾組織からのDNA解析であれば、#6-#9のテンプレート量が多いと思われるサンプルで見られる微かなバンドは、コンタミした血液中のT細胞由来で良いと思います。しかし、これがキメラマウスの脾臓から再度STAP細胞塊を作って抽出したDNAであるならば、理解不能なデータです。「２Nキメラ由来SAC」というのがどういうサンプルなのか、詳細が分からないと何とも言えないです。「SAC由来２Nキメラ 」の間違いではないか、とも思ったりはします。
なお、この図で一番問題なのは#1と思われ、捏造の可能性を疑います。サンプルを取り違えた可能性、とも言えなくもないですが、いずれにせよ問題です。
2019/5/30(木) 午前 8:41 [ L ] 返信する
plus99%さんの最近のコメントを見ると、概念的には私の考えとあまり変わらない気もします（一緒にされるとplusさんは不愉快かもしれませんが）。不正は不正ですが、公正な裁きが行われたのか疑問です。一部の人（たち）に責任が集中しているのはアンフェアではないか？ これだけ騒いだ結果として、何がどのように改善されたのか、総括されているのか？ 喉元過ぎれば忘れ去り、何も改善していないのではないか？
あまり後味の良いものではありません。
サラリーマン生活さんの疑問についての 私見としては、研究者全体のシステム的な問題と、小保方さん一個人の問題とは、分けて考える必要があると思っています。一個人の問題に関しては、あくまで「小保方さんご自身の問題」であり、ご本人が動かない状況で他人が何を言っても仕方ないですよね。木星さんのところなどは、ご本人が見ていた可能性が高かったわけで、あの時点でどのようなメッセージを出せば本人が動けたのか、という事でしょう。もう何も起きないと思う一方で、もし何か将来起きるならば、それはVacantiが特許を完全に諦めた時ではないかと思っています。
2019/5/30(木) 午前 8:42 [ L ] 返信する
Lさん
特許図の左から１～５レーン、どこかで見たことはありませんか？
これ、例のNature論文で不正とされた Fig.1i ですよ。
何のサンプルを流したのか、どんな実験の画像を切り貼りして並べたのか、何にも信頼性のないゲル図で議論する意味はあるのでしょうか？
2019/5/30(木) 午後 2:16 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
やっぱりさん、もちろん分かってますよ。図２０のリンパ球レーンは、ゲル２の#16の切り貼りで、純化したT細胞サンプルですよね。これはTCR再構成のPCRがワークしている事を示すためのポジコンですから、科学的な意味でのインパクトはないです（不正であることは間違いないですから、誤解ないようお願いします）。図２０を見たとき、#1レーンも切り貼りではと疑い、ため息さんやoTakeさんに伺いましたが、この図の解像度でははっきりしないとのお答えだったように記憶してます。#1レーンの科学的な意味合いは非常に大きいですが、2Nキメラではありえないレベルの再構成なので、何らかの問題があると思います。この図を作った人（小保方氏？）だけでなく 、この特許に関わったシニアの誰一人としてこの図を問題視しなかった事は、STAP騒動の特徴をよく表してますよね。真摯にデータと向き合った笹井先生は、この問題に気づいて論文から外したのではと思いますが、そんな笹井先生が小保方氏と責任を一手に背負う事になってしまった事に、今でも理不尽を感じますよ。
2019/6/2(日) 午前 6:26 [ L ] 返信する
[質問1]
>>Lさん
学さんから頂いた情報で、吉村さんのコメントは以下でしたが、"理論的"に 0本になるケース(GLすらないケース)がどういう場合なのか。90%は何であるかについてご教授願えませんか。
>>
*ttps://blog.miraikan.jst.go.jp/topics/20140317stap-2.html
理論的な組み合わせは相当数ありますが、実験的にはD2J2のプライマーで検出されるGLをもつT細胞は10%程度ではないかと言われています。もし１個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの１本のみ、GLと組み換えの２本、組み換えの２本、あるいは全く検出できない、となります。
2019/6/2(日) 午前 7:38 [ 一言居士 ] 返信する
[質問2]
今の私の理解では理論的にGLが無いケースはありえませんが、現に二つも事例があるのですし、吉村さんは90%もあるとおっしゃってるのですから、私の理解が間違ってるに決まっています。私の理解は以下の通り既述しています。こんな大事なところで理解が間違っていては先に進めませんので困っています。ご教授いただけませんか。以上です。
>>
0本になる場合というのは検体細胞のDNA混合液の中に(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟まれている配列が存在し無いないことを意味するので、こんなことは普通ありません。
2019/6/2(日) 午前 7:38 [ 一言居士 ] 返信する
ため息さんのところに、やっぱりさんからの質問があったので、お答えしておきます（もうそろそろ終わりにしたい気もしますが）。
Fig 1iのリンパ球レーンは、ゲル２の#16ですから、CD3で純化したT細胞（リンパ球とラベルするのは不適切）サンプルです。純化したT細胞の場合でも、理論的にはD2J2がGLで残る可能性がありますが、PCRではより小さい再構成バンドの増幅の方が効率よく起きるため、GLのバンドが見えなくなる事があってもおかしくないと思います。Oct4-GFP STAPサンプルでは、D2J2.1からD2J2.6まで６本の再構成バンドとGLバンドが見られ、生き残ったCD45陽性細胞（B細胞、T細胞、非リンパ球が混ざっている）の所見として矛盾しないと思います。
2019/6/2(日) 午前 9:57 [ L ] 返信する
Ext Fig 2gでは、LymphocyteのレーンでGLの直下に変なバンドがあり、このバンドはT cell (CD90+CD45+) STAP#1でも見られます。これは再構成バンドではなくGLに関連したバンドではないかと私は考えており、CD90+ではT細胞を純化できない（TCRbがGLで維持されているCD90+CD45+造血前駆細胞が混じっている）と考えます。興味深い事に、この図のレジェンドには、「配列を確認した」と書いてあるのですが、どのバンドがどのような配列だったのか、桂調査委で確認してもらえたらよかったんですけどね。
ため息さんのところでplus99%さんからも私宛のコメントを頂いております（5月31日 11:48 AM）が、「結論ありき」の「雑談コーナー」に私見をコメントする事にしました。お手数ですが宜しくお願いします。
2019/6/2(日) 午前 10:02 [ L ] 返信する
> 一言居士さん
D1J2で再構成すると、D2上流のプライマー結合配列が切り取られ、D2J2プライマーペアでは検出不能。よって両アレルでD1J2再構成だと0本。
学さんのallelic exclusionの説明を理解する事が先決。再構成は両方のアレルで同時進行し、機能性（インフレーム）のVDJ再構成が一方で完了したところで、もう一方の再構成が止まる。その後、胸腺から末梢（脾臓など）へ出る。この時点でDJ再構成までは両アレルで終了しており、DJ全体がGLであるT細胞は脾臓にはほとんど無い。ただし、D1J1で再構成した場合は、D2J2はGLで残る可能性があり、これが実験的に10%の末梢T細胞で見られるという事。
あなたにお答えするのは今回限り。過去のご自身の発言を振り返られた方が良い。物を聞く時のみ態度を変えるのはダメ。以前、一研究者ブログで感想さんが忠告されていた事を覚えてますから。以上。
2019/6/2(日) 午前 10:54 [ L ] 返信する