FBANextにて、ロムセットの内容をしっかりさせParentRom(元のロム)や
内容もしっかりさせておいたほうがPS3のHDDを最大限利用出来ると思います。
要は無駄を無くすためにということでclrmameproを御紹介します。
まずは自分にあった環境をDLして下さい。
ロムセンターというのを昔使用していましたが
FBANextのdat出力がこのソフトだった為、使用してみました。

clrmameproダウンロード
ダウンロードが終了しましたら何処かへ解凍して下さい。
cmproXX.exe(←恐らく環境によって実行ファイル名が違います。) 
を起動して下さい。※64bit版ですとcmpro64.exe

最初に起動すると下記のようになります。
↓まぁ解説をしていますがこの画面のまま進めれば良いわけです。
01
Profilerボタンをクリック。(初回は自動で起動します)
  Add DatFileを押します。
02
②FBANextで出力させたDATファイルを読み込みます。選択後開く
03
 ③OKを押して下さい。
04
↓このようにリストをダブルクリックしてください。
01
④度々下記のような画面が出ますが【OK TO ALL】【Yes To ALL】を押して下さい。
05
06
⑤終わりましたら、Rebuilderをクリック。
 名前のとおりですが、ロムをリビルドして行きます。
07
⑥変更前(リビルドするロムフォルダ)のフォルダを選択し
 保存するフォルダを指定します。設定終わりましたらRebuildを押します。
08
こんな感じに↓作業が進み
09
ドーン!
10
終了です。

後は、リビルド後のファイルをPS3のロムパスへ入れてあげれば
終了でございます。

FBANextのロムパスの設定はこちらの記事を参照下さい。