地平線の彼方で

とりあえずbromodomainのmanuscriptは投稿するレベルに達したので，自らの手で投稿したいという人がおられるのでその人に任せてある．

この手の仕事はもう2度とやりたくないというもの．
しかもまだアクセプトになったわけでもないのだけれども，苦痛の日々だった（過去形）．

-間違ってもらってはあれなんだけれども，どの仕事が論文として終わった時は，もう二度とやりたくないと言っているので．凄まじいエネルギーが使われているので．




経緯は2015年にapo structureの結晶のデータを取得
すぐにMRでフェーズを決め，おそらく2018年4月まで放置．
同年の2月にボスがお亡くなりになられ，ラボが1年後をめどに閉じるということになり，論文としてまとめたいということで，手伝ったもの．
正確には3回程度Skype meetingをしたけれども，ま，そういうのはここの総括にいれない．


最初に，論文を書くために，どのような思いで仕事をしたのか教えて欲しいということで，レポートをお願いしたけれども，なぜ，nuclear poreのラボの人がなぜbromodomainの構造解析をしようとしたのか？全く意図もわからなかった．

唯一調べて，１つ，論文があったけれどもdiscussionのレベルでこのレベルのもので，実際に実験を始めるの？？？というものがあったのは確か．ただ，それがきっかけだったかどうかは不明．

話によれば，このプロジェクトは現在企業にいるPDの人のプロジェクトを引き継いだらしく，意図などは全く不明だった．

論文を書くのを手伝ってあげて欲しいということで，2018年6月3週目ごろから書き始めた．

その当時渡されたのはあまりに役に立たないレポート１枚と，リファインメントが終わっていないdata set, ITCでの結合実験3つのみ．




基本的にはbromodomainの構造は2012年にSGCが網羅的に解析したものがCellに出ているので，構造自体は全く新しくない．データを取ったのが2015年なので，そういう時代背景も大切になる．

なぜあえて調べないといけないのか？それがはっきりしていない．
つまり，そこが明確だと余裕だったわけ．


ということで，原稿には色々書いてはあるけれども，computational modelingは非常に正確でswiss-modelでほぼ正しいものが出てくる．当然．４つのαヘリシースからなる8 kDaほどのものなので間違えるはずがないもの．


だから，結晶があってもなくてもなんら世界は変わらないということ．


さらに僕は結晶屋さんではないので，Apoの構造を見てもなにも面白みを感じることができなかった．
もし，substrate peptideとのcomplex structureであればもっと燃えていたかもしれない．


アブストの書き方でもそうだけれども，
こういうのがわかっている
ここが面白いから調べた
結果はこうです．


で，そこで終わったらダメで，だからどうなの？？？っていう結果から何が得られたのかというセンテンスが１つ必要になる．

結果がどうだったかというのは簡単に描けるけれども，その結果をどのように意義づけるのか？


それが，さらなる今後の研究が必要である．
ではダメなのよ．

そんな全く意味のない駄文を書く暇があるなら．．．って事になる．



せっかく時間をかけて，お金もかけた結果の結論がそれ？？？ってならないようにしないと．．．








イライラも積もりながらだけれども，それは総括とは関係のないことなので省く．


ITCでの結合実験はyeast H2AZ, H3のアセチル化ペプチドとyeast H2A.Zのアセチル化ペプチドがすでに合成されており，ITCでKdが求められていた．

それだけが渡されたもの．
全く役に立たない紙切れ１枚と，精密化が終わっていないApoの構造，そして３つのアセチル化ペプチドを用いた結合実験．

精密化は絶対必要だけれども，したから何か新しいことがわかるというものではない．
物理化学的に正しいモデルを作るのに必要な過程．




これだけで論文を書いて欲しいと言われてもかなり不可能な粋なので，簡単なものをいくつか付け加えてもらえれば論文という形にすることができるということを確信できたのでお願いした．


そのためにまず僕がはじめに作ったものはsequence alignment
これを作ってこのbromodomainの面白さを引き出した．

もちろん背景となるbromodomainの構造の論文はある程度読んだ．
bromodomainの構造，biochemistryの問題は，acetylated peptideとの結合が非常に弱い．さらに基質特異性があまりないということ．

これはなぜか？ということに答えようとした．



本来弱い結合のはずなのに異常に結合解離定数が高いものは眉唾になる．
１つめ．higher pIのものでnucleic acidsのコンタミが考えられる．nucleic acidsがノンスペについているbromodomainとpositively chargeされたpeptideとの結合を見ているだけ？という可能性があるので必ずnegative control が必要になる．10倍差があるというのでは不十分．最低100倍はないと．
Kdが0.5 mM であっても差が出ていれば十分．一方で20 uMといいつつ，negative ctrが100 uMとかは正確に測れていない可能性が高い．
案の定Ni-NTAだけで精製したとか，脇が甘すぎる論文がいくつかある．．．




それはともかく，
実際自分が実験しなくても，自分がいつもやっているように書いていけばいいわけ．
こういう思考は，実験をする前にやっているので，そのあたりは構造解析はまだやっていない．もちろん精密化は3日ぐらいでサクッとやったけれども．（つまり3日でできることが3年間全くされていなかったということ）


必ず仮説があってから，構造を見る
構造を見て仮説というのではない（僕の場合だけれども

もちろん確信的な部分は構造を元にmutationをいれて確かめるけれども，そういう仕事は面白くない．


scienceというのは神様との対話．


自分の最高の知識を，試す機会．
うまくいくときもあるし，そうでない場合もある．



政治的なこととか，身分が不安定なことはあるけれども，これほどエキサイティングな仕事はないと思われる．


自分で調べるなら気軽なものだけれども，人にやってもらうわけで，極限に達してくる．


まるまる勘ではなくsequence alignmentを作ると，見えていなかったものが見えてくる．
結構にらめっこをした状態になる．
こういうことも，構造がなくても出来ること．

個人的にはこういう事前の調査は非常に大切だと思う．
これをすると，ここを見ればいい！！というのがわかっているので，簡単．


もし，そういう調査なしに構造を見ても，どこを見ればいいのかわからないし，どこが面白いところなのか？という本質を逃す．


co-factor がどういう風に結合しているのか？ということのような，構造解析をする前から分かりきっていることに注目してしまい，結晶構造がなければ成し遂げることができなかった問題，そしてそれに対する答えというのを導くことが出来なくなる．


所詮，最初から答えがわかっている問題に答えても面白くないってことだわ．



周りから見れば，ぼーっとしているようにみえるらしい．
考えている時なんて，周りから見たらぼーっとしているように見えて驚きではない．

あとうろうろしている時も考えている時か．

考えているふりをしても意味がない．．．




シークエンスアラインメントは機械的に色をつけることができたりするけれども，これは手動でやっている．手動でだと頭の中に叩き込めるので．見落としがないかなんども自分の目で見る必要があるので．

１週間ぐらいかけて．（そういうことの評価は色々あると思う

で，見つけたのがSerとTrp あとベータヘアピンのsalt bridgeを潰したのは論文で見たことがなかったのでそれに興味があった．


ということで，僕が選んだmutationはそれらと，dead mutantの合計4つ．


基本的には今あるデータをもとになので，，，あと実験できる時間もほとんどないということで．．．ただ，コントロールも何もない実験結果というのは許しがたいのでdead mutantを使うか，non-acetylated peptideを使うか


その結果は絶対なければならないはずが，それもなかった．
これがなければ問答無用でrejectだわな．見ているものが正しいという保証がないところにどうやって評価できるのでしょうか？

controlがないまま，pHがどうとか，塩濃度がどうとかやっても全てが無駄なことに気が付いてもらわなければ困る．


peptideを合成するとお金がかかると言い訳をされていたけれども，それは最初から必要な予算だと頭の中に入っていなければならない．もしくはdead mutationをいれたもので特異性を確認する．


偉そうにPh.D.と標榜しながらなんら基本ができていない．（ま，こういう人は結構いるので驚かない）




また，２つについては調べられていたけれども，2010年に出された論文ではH2AK15アセチル化も結合すると言われていたので，それもということに．H2AK15アセチル化はhumanのsequenceで，似たような代わりの配列はyeast H2A.Z. K14アセチル化だった．ということらしいのだけれどもそれでは書けない．

それを踏まえて．

が，彼の主張は，そんなことよりも，pHと塩濃度を変えてみて，Kdを出すということ．

全く意味がないのよ．多少はあると思うけれども，なぜ，それが重要だと思ったの？それが論文を書く上でどう重要なの？？？

彼に質問してそんなのは後回しの方がいいと説得したけれども，
なにせ1本も1st authorとしてresearch paperをPD 8年もやっていても書いたことがないお方で，2回目のskypeでうんざりしていた．



そういう条件検討ってテンプレート実験で，その結果をどう評価するのか？つまり，論文にどういうセンテンスを書くのか？という頭を使っていないやり方．

しかも完璧にするならまだしも，微妙な条件検討ほど無駄になる．pH 6.5, pH7.5とpH8.5で調べるとか．．．pH 10とかpH 4とか，0.5刻みですればわかることもちょろっとやるだけとかほとんど意味がない．

これは誤差の範囲なのか，トレンドとしてあるのか？ポイントが少なすぎるとなんとでもかけてしまうことが問題になる．






こういう実験はやれば数字が出てくるのだけれども，最初に仮説も何もないからどうしようもない．
キャラクタリゼーションだけれども，時間が限られている中，論文としてまとめるという制限の中ちんたらやっても無駄になる．



いい実験は，結果がどっちに転んでも使えるもの．
それは仮説があるから，結果がどっちでもいいわけ．

予想した通りだった！

というか，予想に反することが起こった！！

と書けること．
実際に予想に反することが起こったように見えたとしても，時間をかけて調べていけばそれは必然で起きることがわかってしまう．本当に予想に反することが起きるというのはレア中のレアになる．

簡単にinterestinglyとかsurprisingly とか書くのは自らの勉強不足である確率が高い．




あと，～は知られているけど，～は知られていない．だから～を調べたとかロジックになっていない．穴がなかったから掘りました理論．

さらに言わせてもらえば，イントロで結果，ディスカッションに出てこないことは書かないこと．イントロは伏線を張る場．知識を披露する場ではないので．．．知識といってもうっすい知識だろうけど．．．だから余計なことは書く必要もないし，書いたらダメ．





そういうこともあって，dead mutantは絶対に結合しないというのがわかるのだけれども，ユニークなアミノ酸にmutationをいれることによって，僕が疑問に抱いていたsubstrate affinityとspecificityに対して答えが出せるのではないかと思った．

お金と時間があればいろいろなpeptideを試してみたりすることができたかもしれないけれども，今回は3つのmutantだけ．1個1週間でできるから4つmutantを作って精製しても4週間．ITCは自動でやってくれるから今の条件のまますればいいので２週間あれば余裕でしょ？って時間配分．

まぁ，なんというか，グダグダのやりとり．．．
結局グダグダであっても，ツンデレキャラな人なのでやってくださった．

βヘアピンのソルトブリッジのほうはほとんど何も影響がなかった．
論文を色々調べたけれどもそういう実験はこれまでになされていなかった．
それはそれで重要な知見．

ネガティブデータであっても，コントロールが取られていればおっけー


あとの2つのmutationはsubstrate affinityを10倍向上させ，selectabilityはH3K14ac specificなものを作ることができた．僕の右目は視野が欠けてしまって見えない部分もある分（視力検査のあのでっかいEが見えない），他の人には見えないものが見えているらしい（これは前からだったけれども．．．）

ま，これぐらいあれば，biochemistなので書けるわけで，最初のApo structureとwild-typeのbinding assayだけでは不可能だった．さらにnegative controlもなかった状態．



タンパク質の構造だけ見てもわかる人なんてほとんどいない．
機能を解析するには検証可能な仮説，実験をして結果としてshowする必要がある．


Apo structureだけで，discussionに~かもしれない．さらなる研究が必要であるみたいな，無責任かつ一番面白いところが欠けている自由研究って面白いか？？？

構造と機能と結びつけると，見えなかったものが見えてきます．





が，そのことが引き金となり，論文に口を出されて本来ならば昨年の10月にほぼ完成していたものが．．．



I am not a robotなので個人的な感情はあるけれども，そういうのを除いて，ようやく投稿できる段階に至ることができて本当に良かったとおもう．

書くのはエネルギーが必要で，どれだけのエネルギーと時間を費やしてしまったか．．．ということを考えれば，どこでもいいので，公開されればと思う．




ただし，いろいろ不満はある原稿で，実験のデザインや結果は素晴らしい出来だけれども，ライティングがね．．．ちょっとどころかかなり甘さが残ってしまっている妥協の産物．

ただ，やっていること自体は面白いと思う．


レビューが返ってきて，リバイズが本領発揮の瞬間かつ，疲労がたまる瞬間だけれども，これはもう勘弁して欲しいという感じ．



ちなみに人間が頑張って色々やっても所詮活性を上げるというのはかなり難しいこと．失活させるのは簡単．こういうprotein engineeringでこつこつ成功を積み重ねていきたいというのはある．そして人工タンパク質を作っていきたい．あんまり人の役に立たないと思うけれども．．



興味がある人はBioRxiveにあるので，僕のgoogle scholarからリンクされている．
3月8日現在はレビューに回っているところ．

なんて，やってもそんなに意味がないし，公式を記憶する意味はあまりない．


摂氏は水の氷点と沸点を100分率したものなので，度Cになる．
華氏は人間の体感温度の尺度で．致死の危機を覚える寒さが0度Fで，暑い方は100度Fになる
体温は98 Fぐらいだから，寒さに耐えることはできるけれども，暑さには耐えるのが難しいというのがわかる．100 Fを越えるとやばいことになっている．

水だって，標高の高いところでは80℃ぐらいで沸騰するし，人間の体感温度ってのも．．．
なので，absolute values自体に意味はあまりない．




70-75 Fが快適で，それ以上が暑く，それ以下は寒いというのがあれば十分．


70 Fが何度Cになるかは知らないし，知ったところであまり関係ない．



いわば英語で話しているときに，日本語に変換しなくても理解できるようになるというのと同じ
ふたつのスケールが脳内に存在しているけれども，それは矛盾しないで理解できる．



つまり，その数字自体には何も意味を持たない．尺度なので．
例えば，昨日と今日の数字の上下，年間を通しての変化というのが必要になってくる．



支持率というものもそう．
45%という数字だけ見ても意味がなく，前回との比較，就任当時との比較
就任当時70-80%あったものが月日を減るたびにだだ滑りして45%になっていたらもうだめだということだし，就任当時と今でも44%で変わらなければ，良くやっているということになる．


不景気と思うか，好景気と思う人の割合も．
その数字だけ見ていたら間違った結論になる．こんなに不景気だ！！という結論に陥るのは1つの数字の絶対数だけ見ているから．時間を軸に取れば，数字だけ見ていたら見えなかったものまで見え，今が好景気というのがわかる．

失業率も，騰落レシオもそうだわな．




数字の絶対値だけを見ていても意味がないこと．
こういうものの見方というのはトレーニングが必要．

研究も教育もしていない教員を首にしろ、というのは一見、既得権にあぐらをかいている人間の排除だから合理的に見えますが、単なる権利の侵害です。例を挙げます。勉強せず、留年した学生は、退学させてもっとやる気のある学生を次年度入学させるのが合理的でしょう（続）


ってのを読んでさ，続きを含めて読んだけれどもさ，



学生は大学にとって授業料を払ってくださるお客様で，教員はお客様でもなんでもない，サービスを提供する側．

サービスを提供する側が怠慢なら首にして当然でしょ？
なんでお金を払う学生が出てくるのか意味がわからん．


このような議論のすり替えを行っていること自体，何様？？？って感じになる．これこそ権力にアグラをかいている人の典型だわな．



USの自然科学系の大学院のように，学生がPIの研究費から授業料・給料が払われいるのであれば，パフォーマンスが悪ければラボから首になるだけ．学生の授業料・給料も払っているの？？？

実務系のような自分で払っているなら自己責任．

そうであったとしても，入学を許可した以上，卒業させることが教員にとっての仕事．
勉強しないからダメだというのはある意味，職場放棄だわな．

そういう学生がいれば，何か勉強以外にも問題を抱えている場合もあるわけだし，サポートが必要になる．必要ならばカウンセリングも必要になる．コミッティーが入学させるということは，コミッティーが責任をある程度持って卒業させるということだからな．

退学にさせればいいというのはなんの解決策にもならない．









お金をもらっているという意識が欠如している人だわな．

てか研究も教育もしていない教員って何しているの？
大学のためにどう貢献しているの？？？
学生のためにもならない，大学のためにもならない人がなぜいるの？？？

学生にとって全く無駄な人材じゃない？
授業料を払っているのにそれが無駄に使われているってことでしょ？


意味不明


はっきり言えばいいのに．
私の契約書は，終身雇用．
犯罪でも起こさない限り，何をしても，何もしなくても解雇されることはない

解雇しろというのは私の権利の侵害だ


とはっきり言えばいいだけのことなのに，学生なら．．．．と話をすり替えてくるのはな．



ま，それはともかく，何をやっている人なのかなかなか顔が見えない人だ．．．学生じゃないんだし．．．

ということで，先日ファイルした．

Fed+StateでファイルするのにTurboTaxで税込$91なので，そんなに悪くはない．


USでは年末調整なるものが存在してなく，自らがファイルする
こういうのって，小さいながら重要だと思うわけ．

どれぐらい税金を払っているのか知るいい機会だし．


すっごい額を払っている．．．



所詮移民なので．


トランプ氏は，いろいろな意見があるかもしれないけれども，よくやっていると思う．．


減税法案も通したし，不法移民を入国させないためにメキシコとの境に壁を作るというものも．
キャラバンにだって，麻薬保持者が混ざっているわけで危険は排除すべき．あの野蛮さは排除すべき対象でしょ？

国境警備を性悪説で取り組むのは当然のこと．
低所得は犯罪に結びついている．
ホンジャラスで何が起こっているのか？超危険地帯で，犯罪，ギャング，麻薬，危険そのもの．

USをヒッチハイクするとかいう反日の未成年がいるらしいけれども，危険すぎる．
基本12-14歳ぐらいまでは一人で留守番もしてはいけない年齢．
親がいれば，その場の現行犯で，児童虐待で逮捕．知らない人の車に乗るなんて事故に突撃しているもの．脳が溶けている人なんてたくさんいる．

人身売買の被害者になりにきたのと同じ．
砂漠で無理やり降ろされたら餓死しかない．．．
乗せた方は誘拐罪になりかねない．



それにまず1日3000円では生きていけません．
旅行者ならゼロが一つ足りないんではないですか？ってこと．


なぜ国境を越えられたのかが不思議になる．
2,3か月ほどの滞在で，現金が10万円ほどしかない，クレジットカードもない
夏休みでもないのに中学生である．親もいない．


通常これは入国拒否になる．
20歳女性がこれをやったらまず売春をする疑いで入国拒否になる．



クレジットカードがなければ，大人であってもホテルには泊まれません
ましてや未成年が泊まりたいですと言っても即通報になる．児童虐待の疑いがある．
さらに虚偽記載は，一生アメリカ入国禁止になる．







日本は麻薬に対して非常に甘いことをしているけれども，基本死刑という国がたくさんある．刑務所に入れて治るものではない．


中国に対峙することも素晴らしいこと．
コピー商品で溢れかえる知的財産権を守ることのできない覇権国家と民主党ヒラリークリントンは手を組もうとしていた．オバマ氏でさえ何もできなかった．参政権を持たない中国人からの献金を受けていた．これは政治介入で絶対に許してはならないこと．

左派というのは，人権というものを最も大切にしていると思っているのだけれども，中国で起きているチベットウイグル人の弾圧問題にだんまり．


左派はなにをしていたのか？？？
アメリカの不法移民は助けるけれども，生まれてくるであろう子供の命，人工中絶には民主党の女性議員は何も言わない．リベラルという正体が見えてきている．メッキは禿げる．三村先生が言っておられた．




CNN, NY timesこれらの偏向報道もうんざりだし，極度のPolitical Correctも．






だから共産主義はダメなんだ．人々は平等という一面の裏には，指導者は特権階級というものがある．日本共産党の不破委員長だって，別荘で毎日御付きの人の作るフレンチを食しながら，国民はなぜ不幸なんだろうと言っているような人．独裁政党そのもの．委員長何年やっておられましたか？そこに正当な選挙がありましたか？




それを知らないで共産党支持者が安倍政治は独裁だとか．
冗談もいいかげんにしろってこと．






それに，かつての民進党，民主党の悪夢の時代ように，埋蔵金がある！でもなかった．
沖縄の基地移設問題にしても，最低でも県外移設．でも出来なかった．
あの事業仕分け．あれは一体何だったんだ？日本の国を崩壊させる意図をもっていたのではないだろうか？
二重国籍を持つ人間が国会議員になり，外国籍のひとから献金を受け取り，しかも前原誠司氏は，韓国籍の人から献金を5年間も，国籍を知っていた上でしかも，外務大臣やってのける．


額ではなく，外国人の政治参加というのが問題になる．




菅直人氏においてはあのG8の大失態．．．
加えて，原子力は詳しいと言って現場に乗り込んでいくあの5歳児脳

詳しいって．．．



長妻氏が厚生労働大臣で取り組んだ，国民年金もそう．なにもかもがゼロベースといえば聞こえがいいけれども全く計画も何もなく，無責任だったということ．

外国人参政権もそう．日本国の主権の侵害

尖閣諸島での中国船の領海侵犯に対する船長の中国からの圧力に屈した釈放．



これは日本の主権を全く理解していない民主党の大失態．これだけで民主党にいた人間に政権を担う能力はゼロということになる．


民主党というものの看板を架け替えて，野党としていろいろとにかく反対されておられるが，反対は誰にでもできること．その実現可能な対案を出すということが出来なければ，かつての民主党政権時代以上の混乱を招くだけ．

埋蔵金があるからとか，結局なかった．

これは国民を騙すことで政権を奪ったのではないだろうか？

結局はマニュフェストで書いたこと，なにも出来なかった，投票した人を裏切り続けた悪夢の政権という評価は当然になる．

社会党も，自衛隊反対と言っておきながら，自社公さきがけ政権で，村山内閣は手のひらを変えたように自衛隊を承認した．

日本人としての大和魂というのが感じ取れない．





トランプ氏を僕は，彼が公約したことを守ろうと全力をかけているというのが見えているので好感を持てる．






一部日本の大学所属の研究者の嘆かわしいところは運営費交付金を復活？増額させろというところ．
過去のノスタルジーやファントムに縛られてどうするのでしょうか？？？

じゃぁ，運営費交付金を復活させれば世界ナンバー２か３になるのですか？ってことになる．

一旦壊れ始めたものを立て直すにはそれだけではダメなんですよ．


大学はレジャーランドとか言っている文部科学大臣も．．．
レジャーランドと言われていたのは1980－90年のバブルの時期でしょ？
30年前の認識をされている方は，トップにふさわしいですか？

民主党なんて問題外．






沼研がどうととかも，40年前のやり方を今もやろうと言っているのと同じ．
時代にあった戦略を立てないといけない

昔の方が良かったというのは理解できるけれども，制度に弱点があったから財務省が減額したわけで同じバグありのレガシーを要求するのはあまり感心しない．．．過去と決別して未来へ視点を向けることが大切なんではないでしょうか？

それは韓国政府がやっていることと同じ．
50年前を蒸し返しているだけのこと．朝日新聞によるなかったことをあたかもあったような記事を書いて，調子に乗っているだけ．朝日新聞のセコさは，英語記事には彼らが認められた誤報を検索できないようにメタファイルがうみこまれていること．非常に悪質なこと．

未来志向？どこが未来志向？






所詮どういう全体像をしているのかわからないので，何も知らないし，所詮外国籍の研究者なのだけど，回顧ばっかりだと説得力がない．

身の回りの半径2メートル以内の話ばっかりしていたら，カモだわな．
誰も有無を言わせないぐらいの証拠を固めて話をする．
感情で話をしない．
裏打ちする証拠能力が十分ある議論が必要なこと．

下っ端研究者の意見を言っても太刀打ちできないこと．
軽くあしらわれるだけ．やっても財務省で骨抜きにされてかえってくるだけ．

そうならないように，専門的に研究している，理解している，理論武装をしている人が必要なこと．



外国人から政治資金をもらいました．ばれたので返しました．領収書があります．
本当に返した客観的な証拠があるのですか？
現金で返したというのはどれぐらい証拠能力がありますか？
ということ．

領収書があるからそれが正しいものであるという証拠にはなり得ない．第三者の目というのが必要になる．

らしい．．．


この10年近く論文を書いたこともなく，論文を書けないから僕に泣きついてきたロックフェラーのお偉いResearch Associate様のコメント．
ほんと何様のつもり？？？って感じ．



本人はノーベル賞受賞者のような態度であったりする．


余計なことを書き出し，アホか？ってなる．




論文を10年以上書いたこと，もちろん書いたことがないわけだと通したことがない人間の態度ではない．仕事の進め方も知らない人間が論文を書けるわけもなく，いちいち難癖をつけてくる．
一体どういうトレーニングを受けてきたのか？？？ということになる．
大学院3年生ならまだしも，，，



大学院時代からして彼は残念ながら失敗だった．まず大学院時代ですら1st authorの論文がreview paper１つという，，，ま，初めから終わっているというキャリアだったわけで．



自由に書かれるのは結構だけれども，これでは通せないということになる．
明確じゃない時点でリバイズをすればというのは時代遅れ．
まずレビューにすら回らなくなる．




これが頭痛の種で，普通に話をすることができるのであればいいのだけれども，あらゆる方向の人々をイラつかせる頭の悪さ．


そうね．いう通りね．というのならまだしも，論文も書けない人間が一体何をいっているのか．．．

なんというか，頭脳が足りない．．．
頭が悪いというのは致命的なこと．



暗記できるというのは大切だけれども，そこから産み出すというのは才能が必要になる．
何かを生み出すには，情報が頭の中に入っていつでも取り出せる状態でないとダメってこと．
調べたらわかるというのはね．．．


調べたらわかるというのは一見もっともらしいことだけれども，何を調べればいいのかわかっていなければ調べることもできないってこと．

ノックアウトしました．胎生致死でした．終わりです！！

というのと同じ．






簡単にやってのけることができるということと，自分でもできるというのとは違うことで，構造をというか，フェーズを決めてから3年も，リファイメントもできないまま，眺めているだけで何も手も打てなかったことを忘れてもらったら困る．１ヶ月で，突貫工事だけれども，どういう戦略がいいのか練ったのは僕の頭脳なのを忘れてもらっては困るのよね．



厳しいことを指摘するとすぐに上から目線とか言いたい人たちもいるらしいけれども，
そういう人って素人なのよね．

小保方捏造問題で，かわいそうとかいっていた人たちは全てど素人ってことを忘れてもらったら困る．

ど素人相手の新聞記者向けに記者会見は開けても，サイエンティストに向けては逃げまくっていた人たちもいるわけ．偉そうにしていた人もいたらしいけれども．．．プロなら厳しい目で見られるのは当然でしょ？

ま，そのド素人新聞記者も「再現性が取れるかが鍵です」みたいな，わかっているようなことを言っていたけれども，再現性があろうがなかろうが，画像を操作していた点でアウト．博士論文も２０ページもコピペをしていた時点でアウト．再現性なんて関係がない．

スポーツ新聞記者相手にムキになっておられたけれども．．．






本来突き放すべきだったのでは？って感じになる．
しかも彼はというか，奴は非凡な才能を持つ絶滅危惧種ではないので，絶滅しようが全く関係ないこと．世界はビクともしない．
10年間で論文がゼロというのが物語っている．．．．優秀と全く思えない要素で満たされている．．．この勢いで行けば人生で．．．


論文自体は突貫工事だけれども，助言も聞こうとしていなかったのはだれ？
僕に言われたことをやっただけでしょ？
理解していないでしょ？？？ってか外部から見れば僕は理解不能扱いだからな．理解できるわけがない．









今後そういうことで手伝うにはもっと人を選ばないとダメだということが．．．
学ぼうという姿勢が少なくともないと，精神的に無理になる．
リバイズになるとどうしてもストレスが溜まるわけで，背中から刺されたらたまったものではない．

実験をしたからコレスポが欲しいらしい．
だったらテックが取ればいいこと．



もう二度と関わりたくないリストの上位に入るな．４人ぐらいしかいない．
10年で論文が1st authorの1つでというのはキャリアとして終わっているわけで，今更あがいても無駄ってことになる．

こういうのはロスジェネダメダメ研究者の例か？本人の才能に難があるってのはどうしようもない．





不思議なのが，論文を全く出さずに，出せずに8年もロックフェラーに在籍することが可能だということ．よく首にならなかったとある意味感心する．

こういうタイプはNatureに論文を通したことがないのに，これができたらNatureだ！とか言って，あらゆる雑誌からrejectになってG2Cに通るまで2年書けるとかそういう根性のように思える．

書き方も知らないのに．．．って感じだわ．




ちなみにこのお方は嘘を原稿に頻繁に書かれておられる．
これは勉強不足から起こることで，理解していないために起こる．

こういうことを言うと，上から目線だとか言う人もいるけれども，嘘は嘘．
小保方みたいな（全国の小保方さんは不評被害だと思う），意図的な嘘つきではなく，理解する才能がないから嘘をついていると言うことになるのだろうか．

才能がなくというのは致命的だろ．

運がないというのはしょうがないにしても，才能がないですとかね．手の施しようがない．．．



読み始めると，本人はノリノリなのかもしれないのだけれども，書き換えられたところは，ここは違う！！ここも違う！！というのがいっぱいで，



初心者に多い過ち．

日本語で言えば，てにおは

も使いこなせないのか？？？ということになる．





本人はそれが正しいと思っているのだろうけど．．．
ちんたら論文を読んでいるだけの人が書けるわけがない．常に書き続けないとダメということ．10年も論文を書いていないのに研究者を名乗るのは生き恥だわな．

401Kをすると，リタイアメントする年(67歳？？？ちなみに自分で決められるが，経済的な後ろ盾が必要になる．59.5歳までは働いた方がいいと思うけど，USだと医療保険代をどう確保するかが鍵になる)

に応じてターゲットイアープランが自動で選択される．



social securityは60歳だと月に1000ドル程度，65歳だと1800ドル程度になるらしい．さらにMedicare Bがそこから引かれる(130ドル程度　Aは10年以上払っていたら無料になる．
となると，最低2500ほど必要なので，年間税金を入れて36Kほど必要になる．36Kだと税率は15%程度＋stateになるので，social securityを引くと，年に30Kほど必要になってくる．
そうなれば，年利10%で運用できれば，300Kほど必要になる．かつ，何があるかわからないので500Kほどあれば最低限の生活ができると考えられる．

S&P500の平均的な成長率は10%なので，20年あれば現在の6－7倍に増えるので，40歳で401K, IRAなどが100Kあれば目標に十分到達する．
なので，僕は追加に401K, IRA-ROTHを投入する必要はないけれども，matchがもらえるのでその分だけ．．．メインは年6000ドルのIRA_ROTHと401Kの10Kほどと，余った分はtaxable

Roth-IRAは，引き出したいときにいつでも元本はペナルティーなしで引き出せるので便利．
利子分は5年以上経てば59.5歳からペナルティーなしで引き出せる．かつ，税法上，収入に換算されないので，タックスブラケットを２番目に維持するために必要になる．





日本の場合は良くわからないけれども，
個人年金？は，税金優遇制度の枠組みがあるので，契約社員みたいな非正規？みたいな働き方でも税金の優遇処置は受けることができる．

退職（積み立て）金を含んだ額を，現金で支給されると税制の優遇処置を受け取れなくなるので日本の非正規雇用は税制でも非常に不利になる．



ターゲットイアープランの基本は株式と債権の割合がリタイアするまでの年によって割合が変動するものになる．概ね90％ equityから30% equityに50年ほどかけていくというもの．


問題は債権の金利になる．


金融危機以前の金利は3%, 4%, 5%近くあったわけで，それなりに増えていたけれども，ここ10年はほぼゼロなわけで，債権に多くを割くのは感心しない．

さらに，債権の金利は基本的にはインフレ調整なので，2%物価が上がれば2%金利を上げようとする圧力があるということ．だからこそ失業率よりも，物価上昇にかかわる指標の方が，金利上昇に重要になってくると同時に，金利が上がると株価は下がる．



そういった基本情報を元にこの2018年の1年と，2013-2018年までの5年間の影響，Nasdaq株価指数とgrowth index株とを比較．

target yearは2040年で，2019年現在は85%がequity, 15%がbondsになっている．
equityというのは何を指すのか？
基本は世界全体に投資している分になる．
つまり，USの市場だけではなく，インド中国も含まれる．．．




常識としてUSの市場が震源地で，震源地に近い方がより利益を得ることができる．
USに住んでいて，中国の市場に投資しても，メリットはあまり少ない．
USに住んでいれば，USに投資することで，USの経済が周り，外部的な経済効果も得られるという事になる．

お金にならなければ，インド，中国市場に投資する意味が存在しない．



1年間の成績．
緑がNasdaqでピンクがgrowth index, 水色と紫はTIAA, Vanguardの2040 target fundになる．



2月の景気が良すぎて株が下がったところから始まって，3月4月には中国との貿易摩擦，それからどんどん増えていってリーマンショクから10年目というだけで，株が急落したのが10月，さらに12月には不用意なパウエル氏のタカ派発言．1月になるとその発言を撤回するかのような，2019年は利上げしないという発言

がメインになる．

基本Nasdaq, VUGは共にgrowth株のindexなので，連動していて10月までどんどん増えていっている．が，中国との懸念などで（実際かなり儲かっていたので，売りを入れるチャンスを伺っていたと思われる），20-25%ほど大暴落．．．

が，大暴落しても，結局はtarget yearのものとほぼ同じになっている．
これはtarget yearのequityが世界分散投資になっているので，耐えきれないで落ちてしまう事．
bondsが15%であっても下がるのは下がるのは仕組み的に必然性を伴っている．

しかもこの現象は短期で見た場合，どこでも同じという事になる．
下がるときは下がる．

が，usが一人勝ちしているので，下がった時のリバウンドの入り方が震源地に近い方が速く，日本の株式を見ていても，DJI, Nasdaq, S&P500との戻り方が遅くなっている．DJIもすでに$25,000を回復しているのに日経平均はまだ2万円台でくすぶっている．これはアベノミクスというよりもお金の流れの仕組みの違いにある．

さらにUSの金利上昇の圧力が常にあること．
USの金利が上がれば新興市場から資金が安全なUS債権に移動するので，ドル高傾向になり現地の株安に繋がる．さらに世界全体(50%をUS以外）に投資していれば，株が下がるのは当然の結果になる．




12月27日に底をつけても，回復度が違っていて共にパウエル発言以前のレベルに戻っているけれども，その絶対的な数字というのはNasdaqそのものははるかに高いわけで，ターゲットイアーのものは若干マイナスであるものの，1年間は悪いなりのプラス6％程度になってくる．




5年間で見ればもっと差が開いてくる
VUGのファンドはdividends (1%)や手数料 (0.05%) がかかってくるので株価指数とは差が開いてくるけれども，target yearと比べて大幅に違ってくる．

これはequityの内容の問題で，世界全体に投資すれば，ダメっぽいところにも投資してしまうので，利益が思った以上に上がらない．companyのサイズ，growthかvalue株か？どの市場で上場しているか？というところもあるので変わってくる．いろいろあると思うけれども，indexで投資をするならばUS以外に投資をするとあまり価値があがらない．

常に変動があるので，2015年の夏のチャイナ，ギリシャ危機があったりして下がっているけれども，実際下がるときは下がるけれども，それまでにどれだけ成長しているか？下がった後どれだけ速く戻るか？ということに掛かっている．

直近で買うと赤くなりやすいけれども，3年，5年という期間で見ればってことになるし，たとえ下がったとしても必ず戻ることがわかっているわけだし，底で売るということをするよりも持っていた方がいいと思われる．どこが頂点でどこが底かは結果論なわけなので，結果論からみて30%の成績ならいいんじゃない？って感じがする．


ちなみに，本来はy軸はlogで表さないとダメなのだけど，この表示方法だとすごく落ちているように見えるけれども，直近で見れば落ちている割合というのはbondsをいれても結局同じということになる．これは大クラッシュで見ても，時々にある調整でも同じ．

債権が80%とかだったら違うだろうけれども，平均的な人はリタイアしたから投資をやめることはできないので10億円ぐらいないとな．．．

1億円あって毎年税込で500万円使えば20年で枯渇．80歳になった時に国からの年金だけでは生きていけなくなる．1億円あっても5%で運用し続ければ80歳になった時でもまだ1億円残っている．それが資産というもので，資産は食いつぶすものではない．


S&P500に連動したものが$800Bぐらいあるので，target fundはかなりあると思われる．が，他のものと比較したらちょっとね．．．って感じになる．
あとファンドオブファンドなので手数料が若干高いのが問題点になる

0.5%違えば40年で1000万円ほど違ってくるので．


ロボアドバイザーは手数料以上のものだといいけれども，手数料が年0.3%というのは高い．
それに加えてファンドの手数料も加わると．．．
わからなければS&P500に連動するもの，Growth Indexに連動するもので（共に手数料は0.05%程度）全然増える．


ちなみにバイオ系の株には全く通しする気が起こらない．
それなら，自分が起業する方がって感じ．
NIHのsmall business grant　実験うまくいって欲しい．

というものに，アホか？という感じがある．in vitroに持ってきているのに．．．
論文書きも20％ぐらい出来てきたけれども，引用文献を見ていて（読んでいてではない）いちいち引っかかる．
あと２週間ほどでかなり書き上げたい．



まず．偉い人によるとPhysiological conditionというのはもっぱら150 mM saltを指すらしい．


ってかそれだけ？？？って感じ．

local concentrationとか無視？？？100 mM Proteinとかって状況だと全部結合するんじゃない？
ATPもあるし，Mgもあるし，なんかよくわからないものもあるし．ってか一つの塩濃度の俺様視点で捉えようとしているだけでしょ？バカじゃないの？？？って






表面の+チャージのアミノ酸をneutralにして，non-specificな結合に関係しているとかってのも．．．しかも自然界にはほぼ存在しないようなprobeに対しての．X線で10 Gy当てても，そこまでぶちぶちきれないでしょ？ってぐらいのもの（ゲノムを電気泳動で流せばわかる）．20 bpのnon-specificな配列を含むDNAの断片がどれほどin vivoのnon-specificな結合を反映しているか？ということにも問題がある．

ほとんどのDNA-proteinのnon-specificな結合というのは，DNAの末端で結合している．
DNAはDSBが起こらない限り，DNAの末端というのはほぼ現れないので，in vitroでのnon-specificな結合というものを見る意味が理解できない．

かといって，長いnon-specificなDNAを使って．．．ということは技術的に難しい．
Plasmidをつかってnon-specificな結合を調べるならまだ理解できる．


なんの驚きもない，全く面白みのない結論でがっかり．
in vitroの結果がin vivoの結果を説明するに全く至っていない残念な論文がたくさんある．．．



基本はタンパク質のキャラクタリゼーションなので，150 mM NaClであろうが，150 mM KClであろうが，350 mM NaClであろうが，それぞれのin vitroの環境の下でどういう特徴があるのか？ということで，Physiological conditionでは～とかいう事自体全く意味のない議論になる．しかも都合のいいようにトランケートしているとかあるわけだし．．．他に必要なfactorsも入っていないわけだし．．．


色々な条件下で調べた結果の総合的な判断こそが重要になるわけで，150 mM KClで調べました．で終わりになるわけがない．


結構な割合で酵素は150 mM NaCl / KCl で活性は見られないものもたくさんあるわけで，0 mMに近づけないと活性が見えないものもある．physiologicalでは活性がありませんというのですか？？？
って事になる．

都合のいい解釈と言われるかもしれないけれども，in vivoで活性がみれていて，in vitroで150 mM NaClでほぼ活性がなく，も10 mM NaClで活性がみえるのであれば，10 mM NaClの条件で調べていくことが重要で，150 mM NaClでほとんどない活性を追っていくのは正しい方向か？？？って事になる．

37℃で酵素が不安定でほぼ活性が見えなく，25℃で活性が見えるならそっちでしょ？あえて酵素が不安定な条件で調べて活性はないですっていうのもおかしいでしょ？って事になる．




in vitro とin vivoとの間のtranslationというのは複雑すぎるけれども，in vitroで調べたことはある程度in vivoでも反映している．が，そのin vitroの実験は1つの条件のみによって決まるのではなく，総合的に見てということになる．

だからこそin vitorの実験から出た結果をサポートするin vivoの実験やcell based assayの結果があって初めて成り立つ．



基本活性を測定するにも問題があるものはたくさんある．
co-factorがless than Kd valueとか．
だいたい必要なco-factorのKd valuesは似ているので最低Kd valueほどは入れた方がいい．
10-20 μMのものなのに1 μMしか入れていなければ何を見ているかわからない．こういう実験はたくさんある．．．ほとんどの人はmethodsなんて読まないでしょう．．．

1 mM Kdのmetalが必要なのにmetalを入れないで活性を測っても見れるわけがない．
こういうのは勉強不足ということになる．

Fe2+（フェーラス）なんかも重要なメタルで，これらは速攻でFe3+（フェーリック）に酸化されるので，Fe2+に保てる条件，つまり嫌気性の条件下でないとだめになる．Fe2+をpH 8のbufferに入れれば速攻で3+になる．酸素分圧の違う条件はPhysiological???って事にもなる．



low saltでunstableなものもたくさんある．
基質がsaltと似たような役割をすることだってあるし，もしかしたらPhosphate bufferやMESなんて使えば核酸との結合だって弱まる．


精製するときの基本はHigh Salt，活性を測る時はlow saltになる．
Low saltで活性が高いからということで，Low saltで精製すればアグルか，ロスることが多い．
カラムの入り口にあるフィルターに詰まるな．
substrateがある状態かない状態の違いが大きい．表面チャージがやばいと，high saltでないと保てないことが多い．内部はhydrophobicが主体なので，基質もないのに不必要にlow saltに晒しまくるというのは良くない．



薄い濃度なら問題がなくとも結晶に持って行くとき，100-1000 μMにするときに問題が起こりやすい．濃縮しようとしても時間がかかるというときに，+500 mM NaClほど加えてあげると簡単に濃縮することができる場合は非常によくある．

ちんたら100 mM NaClの条件で濃縮しようとして．．．というのは感心しないしアホか？って感じになる．

もちろん吸着の問題や，あまり良くないコンストラクトの場合もあるけれども，塩を加えるというのは濃縮時に起こるnon-specificな結合を防ぐためになる．ノンスペが起こってアグルと，可逆性の時もあるけれども，ってなことで．





DTT or TCEPを入れて還元状態にしていないで，このコンストラクトはアグる傾向にあるとかいう論文ものもあった．が，彼らが10年かけても出来なかったものがDTT, TCEPをいれればいとも簡単にmonomericなものが精製できたし，１週間で一瞬で結晶だって作ることができた．計算上は瞬間500倍速になる．実際は2, 3ヶ月ちんたらやっていたわけで50倍速ぐらいになる．
そとから見れば，のらりくらりのように見えていても，本質が違うのよ．．．



還元剤を入れないのは細胞質にあるので．．．というのが理由らしい．細胞質にあったらアグっている状態にあると見ればいいの？？？ってことになる．タンパク質を愛していなく，happyな環境を探そうとしていないって事になる．

何も考えずに．．．というのは結構簡単に仕事ができるけれども，うまくいくことがたくさんあるけれども，限界がある．限界を超えるには，ね．．．ってこと．時間がかかっているように見えても，結果的に見れば一瞬の問題になる．



これらは固定観念にとらわれ過ぎていたからできなかったんじゃないか？？？って感じになる．
Proteinがhappyな条件を探るとかではなく，俺様ルールでやってきたからじゃないの？？？



Low saltがいいとかいうのも，”え？？？”とか思ってしまうし，20 mM bufferがダメで10 mM bufferにすればいいとか頭がおかしいとしか思えない．．．ほとんどの結晶化のbufferは100 mM, or 50 mMなので，20 mMも10 mMも関係がない．関係あるかもしれないけれども，元のbuffer pHの方が重要で，スクリーニングの段階で取れなかったらどうしようもない．結局は結晶ができたものでしか調べるしかないわけでバイアスが常にかかっている．



DNAだってMQに溶かしまくっているのも感心しない．
10 mM Tris 8.0-8.5がいいに決まっているし，もっともbufferの影響をすくなくしたければ2 mM Tris 7.0なんかでも．それぞれnucleic acidsにもpKaがあるわけで，7.0はかなりギリギリのpH. 8.0-8.5はTrisのpKaではなく，核酸のpIが重要ということ．別にHepes pH 7.5でもいいけれども，Hepes 8.0はかなりギリギリのところ．核酸はいうまでもなく，酸なので，水に溶かせば酸性になって，時間とともに酸化が進み，phosphateバックボーンのところで切れる．

タンパク質はbufferに溶かすのに核酸はbufferに溶かさないの？？？というダブルスタンダードも理解できない．

plasmidでもMqでelutionしても長期保存には向かないし，Mqでelutionする意味がわからない．
あのsilica columnは弱塩基性である方がelution効率もいい．

pH 7以上ということが書いてあって，MQにHClを加えてpH 7.0にしようとしていたケミストがいたのは驚き．それはHCl水ということになる．．どうしてもなら2 mM Tris 7.0を使えばいいこと．．．
いろいろできても，基本がわかっていなかったという事になる．


基本がわからないままでも生きていけるという事なんだろうけれども．基本をおろそかにするというのはね．．．そして指摘した人に上から目線だとか本末転倒．







いくつかのsmall compoundはHClやAcetateに溶けるものもあるので，なんでもDMSOとかいうのもあれだわ．．．

Metalが必要な時は最低50 mM bufferをいれないと，buffer actionがほとんどなくなる．
ほとんどのメタル（HAも同様）は高濃度にすると酸性になる．もしくは錯体を作るので酸性にしないと解けない．

500 mM NaClでも高濃度だと，150 mM NaClにしただけでほとんど見えなくなった酵素活性も見えてくることがある．

150 mM NaClから0 mMにすると酵素が不安定になって酵素活性がみえなくなるものもある．
素早くするの時間の問題で，water, buffer, co-factor, substate, enzymeの順番を変えたり，incubateの時間をかえたりすれば答えが変わってくることもある事．






上から目線だとか言いたい人たちがいるらしいけれども
不勉強なアマチュアが見よう見まねで出来るものではない．タンパク質はDNAのように適当にやって出来るものではないし．
だから1ヶ月や1年かけても出来ないことがプロにかかると１週間で出来てしまうということになる．



もっといえば，10年ぐらいなにも技術的に進んでいないで結果が出せていないプロジェクトなんてたくさんある．やる気の問題ではなく頭脳の問題．突破口が開かれれば，（開かれたという噂だけでも）誰でも出来るようになる．

どんなけハードワークしてもダメなものはだめで，実はアミノ酸を２個ずらせば超余裕というのもある．ハードワークでわかるものではなく，頭脳，経験になる．

頭が弱いとできないよね．．．って感じになる．
ちんたら何をやっているんだ？？？って感じになる．







ちなみに構造を見て，この結合の解離定数はどれぐらいになるのか？なんて予想もできない．
seedとなるsmall compoundなしで，このsmall compoundはどれぐらい結合するのか？というのも無理で，in silicoでスクリーニングされてきたものはことごとく外れ．あの人たちは現状で満足しているの？？？って思ってしまう．

seedがあっても結局はin vitroでIC50, Ki, Kdの数字を出さなければ難しい．
なので，基本は350K, 500Kのsmall compoundのHT screeningになる．





あるものは150 mM でspecificityを示すけれども，あるものはnon-specificにベタベタついてしまう．
300 mM にすると特異性は見られるけれども，150 mMでspecificityが見られていたものを300 mMにあげると何も結合しないように見える．

結合能が強いものだと350 mM NaClで見なければ特徴づけることができなかったりするわけで150 mMでみても，タンパク質の特異性を見ることは難しくなる．

結局はnon-specific + specificな結合から成り立っているので，non-specificな影響をみないようにするにはいろいろ考えないといけないが，150 mM一択というのは頭を使っていないってことになる（←こういう質問をする人たちは結局は何もわかっていない素人質問になる．



色々な酵素でも0 mMである方が圧倒的に活性が高いものがたくさんある．これを150 mM NaClにしてもKClにしても活性がmaxの5％ほどになるものもたくさんある．それでは体内で活性がないのか？
in vitroよりも圧倒的に酵素活性が高いわけで，そのin vivoとin vitroの間に大きな解離がある．


ものが結合するかしないか？というのは程度の問題
それと同じでsalt concentrationも程度の問題．
150 mM KClというのは一部を切り出してみているだけのもので，全体を捉えているということにはならない．