基本,構造生物学ってのは,議論にとどめを刺すためにあるわけで,とどめを刺せないようなままってのは中途半端なまま.
原子レベルで原理を説明するから,誰もが納得できる状態になるので,議論に決着をつけることができる.つまり物理法則が覆らない限り,永遠性を持つ.
p53はお医者研究者様たちが好きそうな,がん抑制遺伝子であるはずで,もっと明確に答えが出されていてもいいのだけれどもグダグダなもの.p53に類似したp63, p73の構造解析はもっとグダグダ...
普通のお医者研究者様がこんな論文を読んでも,ほとんど理解不能だろう.
p53の構造だけやってるから,答えが目の前にあってもとんちんかんな方向に行くわけで,結局お前らは何にも価値をわかっていないままちんたら構造を決定して楽しんでいただけってことになる.
これはp53に限らずの問題.構造が明らかになればそれで終わりというような姿勢.
結局見えているもの,見ているものは何を意味しているのか?
重要だからというだけでプロジェクトが進んでいたような気しかしない.
構造がわかれば何かがわかるというコンセプトは蔓延している.結局それをクライオでやろうがコンセプトがこういうものだと...
理解はできる.構造を解くまでに難関があるので,たどり着いた時にはエネルギー切れという感じの論文は無限にある.あえて,本人を目の前にして言わないけれども...
その一方で,ムービーを作ってyoutubeにあげたり...そんなことよりも重要なことがあるんじゃない???
サイエンティフィックな意義を解決するために方法があるのではなく,方法のためだけにあるのではないか?という強い不信感が常にある.
biochemistry & structural biologyの専門家が見れば,一瞬で答えが出てくるわけで,そんなのは屈辱じゃないのか?ってことになる.
あまりにアホらしすぎるし,さっさととどめを刺さないと,妄想?の仮説をもとに10年も無駄にすることになる.コミュニティーのためにならないでしょ?誰かに遠慮していてばっかりだと.
p53とDNAの構造はおよそ26個ぐらいPDBに登録されている.p63, p73も入れればもう少しある.
今は僕はp53のDNA binding domainの構造解析の専門家といっても過言ではない.
(構造を決定することと,解析することとは全く別物)
2006年のMol Cellのものがp53/DNAの複合体構造解析がまともな最初のものに見える.(もう少し前にscienceに出ている構造は,ただ最初に決定したという意味で,それ以上に意味を持っていない)
結局この論文でDNAの配列によりp53の構造に違いが見えているかつ,記述されているのに,その違いは何を意味するのか?ということに答えられないからというのが事の発端になる.
時代のせいもあったので仕方がないけれども,binding assayがEMSAしか選択肢がないと言う状況が問題になる.ちなみにあとから出てくるFPは,当時はhigh through put readingは出来なくとも,実際可能であった.テクノロジーの現実的な限界は存在していることは間違いない.
あと補足しておくとコンセンサス配列は
RRRCATGYYY(n=0-10ぐらい?)RRRCATGYYYで直接認識されるのはCATGのGとCの反対鎖のGの合計4個.
突っ込まなかったけれども,このEMSA,Kd valuesが記載されているけれども,見た目を反映しているか???つまりbinding assayをやったけれども,差が見られなかったというところ.
結局Department of Structural Biology なんてやっている時点で問題なんだって言うことよ.
だから姉妹紙なんかに論文を出しても意味がないのよ.editorが興味がないと言うものではなく,構造に違いがあるとわかったのに,その答えが出ていないだろ?答えが出ていないから姉妹紙止まりなんだよってこと.
そのDNAの配列の違いによる結合能の違いを示している論文(著者たちは別のことを言いたいらしい)が2011のPNASなんだけど,これも日和っている稀に見る,根性のない論文.
お偉い先生が書かれた論文か知らないけどさ,この無駄な実験の数々
論文の結論はこのノンスペのbinding affinityがK120がアセチル化されると下がると言うもの.
他のことについて,全く記述がないんですけれども...
この論文によってK120の役割がノンスペに対するKoffに重要だと言う流れになってしまっている.本当か?ただ単に表面チャージを+からニュートラルにすればどれも同じ結果でしょ?本質を綺麗に外している.
それが当時の流行だったのかもしれないけれども,なぜ結果から目を背けて学ぼうとしないのか全く理解ができない.
はっきりとBax配列ではK120がアセチル化すると結合能が落ちると言えば良い.
こんな塩基配列特異性,つまりp21とBax, PUMA, などなどで特異性が異なるのか?
僕はこういうのは初めて見る例だけれども,それをサポートする結晶構造もあるので,それが正しいのです.構造を見ればK120がアセチル化するとsteric clashを起こすのですが,他の配列,p21もどきのものではK120がアセチル化してもsteric clashを起こさない.というかK120 sidechain自体がdisorderedしているので,アセチル化しても影響がない.
これはこのbinding dataと2006のMol Cellの構造をみれば簡単にたどり着く結論になる.
では,なぜ,そのような差が生まれるのか?その仮説を立てるには体系的なDNAの構造に関する根本的な基礎知識が必要になる.
ぱっとみて,その意味が理解できるか?必要な時に勉強すればいいと言う姿勢でははっきり言って不可能なこと.体系的な知識がないと答えに達することはない.仮説が立てられれば単純にそれを証明するだけになる.仮説が立てられれば簡単なことよ.
けど,日和って,テキストに書かないから論文を読めない人が理解できない.ノンスペが見られない条件下でp21配列ではアセチル化は影響しないけれども,Bax配列は影響する.
それが答えでしょ.このテーブルを見ればそのままでしょ?
何をとんちんかんなところを見て,ノンスペの結合力が下がる?は???ってな感じ.
表面の+チャージがなくなったから,ただ単にそれで下がっているだけでしょ?
150 mM NaClではなんでもベタベタつく条件で,そんなところでものを見る意味はあるのか???単にin vivoのphysiological conditionが150 mMと言われているからだけだろ?RNAでも,なんかよくわからない-チャージのタンパク質だってなんでもくっつくぜ?
所詮PNASというのはそう言う雑誌に過ぎない.
タンパク質がDNAをスキャニングしている?そうかもしれないけれども,こんな短いDNAで見ているものはそんなものにはなり得ない.biochemistならそんな結論にはたどり着かない.
なぜ目の前にあるものを直視しない???
仕事としては良い仕事をしているよ.コンプリヘンシブで違う塩濃度でいろいろな配列を使って調べている.それは非常に重要な仕事なのに,結論がそれ???ってバカにされても仕方がない.
それが嫌なら,真面目に向き合って記述すればいいだけのこと.
8年前のものだけれども...
付け加えて書くならp21配列は塩濃度を上げても結合能は落ちないけれども,Bax配列では塩濃度を上げると結合能は低下する.それはどういうことか?その答えは,前の構造論文に書いてあるでしょ?
つまりマイナーグルーブに侵入してこようとしているR248のコンフォメーションになる.このコンフォメーションの違いが結合能に重要に関わってきている.
つまり,結局見るところはそこの塩基配列になるってこと.
このArgのマイナーグルーブからの認識はDNAの結合に非常に重要なもので,非常にたくさんの記述がされている.だからこそ,みれば一瞬でぱっとわかった.
全てはもう答えが出ているのに何に遠慮して日和っているんだ???
かとおもいきや,その1st authorの人が独立してこのDNAとの構造解析をしたのだけれどもまたとんちんかんな....
2つのものを比べる時に,同じDNAの配列,Baxというの名前だけれども,違う塩基配列の物を持ってきて比較している.お前ら最悪だわな.違うDNAの塩基配列の共結晶構造を持ってきて,同じものとして比較してってそれはないだろ???
しれっとBax配列と書いてあるのに,そのPDBをみれば全く違う配列.
基本がなっていないってこと.
つまりK120のアセチル化の部分だけが違う2つのもので比べるのが筋でしょ?
違うDNAの配列のものを持ってきて何を言っているの???ってこと.
書けば良いこと.K120がアセチル化するとBax配列に結合しないって.
誰に遠慮しているのだ?ってか大丈夫???って感じになる.
所詮DNA damageでp53の蛋白量が増えたからだろ?
p53の量が増えなくてアセチル化だけが増えて,アポトーシスに行くならまだしも,全体量は増えているし,刺激前もプロポーショナルにアセチル化しているだろ???違うの???ってこと.
MOF, Tip60をKDしたK120のアセチル化を阻害した状態でDNA損傷を与えてもアポトーシスに行くんじゃない?ってことよ.
しかも,Baxの配列を見ればK120がアセチル化すればsteric clashするし,in vitroのデータとも完全一致するだろ???だいたいアセチル化ってなん%なんだよ?って感じ.
知らない人がいるとあれだけれども,ウエスタンに使うメンブレンは+チャージされているので,+チャージしているものが中和されたり,mutationをいれて-チャージさせるとメンブレンに吸着する効率がかわったりするからな.GFPみたいなものをつけても,メンブレンへの転写効率が変わるから,マススペックで割合を見積もるのが適当.簡単ではないのは知っているけれども重要な点だろ?1%か10%か100%で全く意味が違ってくるだろ?ってな話.
目を覚ませってこと.
ま,PIの大先生の仮説に真っ向から反する結果を出してきたわけでクビだわな.
ちなみに,エモリーにいた頃は,おかしなことを言っている人がいて,それを指摘した次の週にはさらっと,As I told you before, と自分が指摘されたことを,さらっと自分も前から言っていたという風にしていた人がいたwwwwwwww
ま,ぶっちゃけそれでいいじゃん...って感じ.
肩書きが偉くなっただけで,人間としてはミスもするし,間違った解釈もするわけで,素直に認めればそれでいいんじゃない?
ま,そういう人ばかりではなく,お前はクビだ!!と言い出す人もいるのも知っているので...
僕がいかに本質的に出世できないのかよくお分かりになるだろう...
自分に無理をしてもね,しょうがない.病気だし,寿命もそんなに長くないんだし...
構造の論文に何が書いてあるのかわからないから,読んでもわからないと言うのはわかるし,これらの論文は,プロである僕が読んでもさっぱり意味不明.なんで明らかなことを記述しないで,枝葉部分が違うというものばっかりなんだ???幹が違うんだよ.
ちなみに,この分析,解析は全てpublished dataのもの.
今後の課題はこれらをどう理解するか?ってこと.
この仕事はCellに出せるだけの仕事だし,レフリーの質問に全て答えることができるレベルに達している.が,
ただ,なんども説明しているのに耳を傾けようとしないのはお前らだってことになる.
感情的に受け入れられないかもしれないけれども,今すぐ自分たちで軌道修正の論文を出すか,他の人に間違っていると言う指摘を受けるかは,結局お前ら次第ってことになる.それに,誰も気にしていないんじゃない??誰かいるの???解釈が間違っていたなんて,当たり前なこと.なにも恥じることはない.
論文に書かれていない,まだ知られていない,記述されていないコンセプチュアルな原理も全部説明したでしょ?そして,僕が言ったように特定の塩基配列を変えることで全て結果が予想通りになったでしょ?何が不満?
結局は妄想に囚われたままいるから,まともに質問に答えられない.
アセチル化そのものはBAXの結合を阻害する.ただし,アセチル化の割合は非常に少なく,アポトーシス遺伝子群の発現制御にほとんどポジティブな関係はない.アポトーシスが誘導されるのはp53のタンパク質の量そのものが増えることで,p21よりも弱い結合であるBAX REにもp53が結合し,Baxをはじめとしたアポトーシス関連遺伝子を発現する.p53のタンパク質量が少ない時はアポートシスには行かず(結合が弱いから),p21転写産物を発現させるので細胞周期アレスとが起こる.その結合の強弱はbinding elementの配列に依存している.そしてその配列を変えることで,発現制御を人為的に操作することができる.この基本原理は構造解析とbiochemistryによって保証されている.
つまりは,p53はp21に結合することによって細胞周期の停止,Baxなどによるアポトーシスの誘導することができるけれども,基本は低濃度で結合することができるp21に結合し細胞周期の停止がデフォルト.そこにp53タンパク質の量が10倍?100倍?ぐらい蓄積(分解されないまま増える)と,弱い結合でも結合するBax様配列にも結合できることでアポトーシスにいく.つまりアポトーシスに行くかどうかはp53タンパク質の濃度依存性に依存している.ということになる.
これは仮説だけれども,TP53の転写活性がRE配列依存性,かつ,濃度依存性を持つということは,結合形式がdistributeである可能性がある.スキャンしてprocessiveにサイトを探す...というのはもう一つうまく説明できそうにないって感じがする.
DNA damage responseによるアセチル化はせいぜい数%でしかなく,さらにアセチル化したものはp21では影響がなく,Bax様配列のみにおいて結合が低下する.アセチル化が100%いけばBaxの発現はさらに阻害されるということになる.定量的に調べるということは非常に重要.
DNA binding assayだけで,そこまで仮説を作れるわけで,それを構造解析によって保証することができる.その仮説はin vivo, cell based assayで証明すること,確認することができる.何が問題???ってことになる.
構造解析でここが認識しているからとか,そういうものは本質ではない.そういうところばかり見ていると枝葉しか見えないということになる.
それともbiochemistの言っていることが理解できないから???この原理は笑っちゃうわってことが元になっているのだけれども,馬鹿にしているのか???ほんと笑っちゃうわってぐらいの単純答えにはちがいない.
麦茶を飲んでいるところが偉そうだから?それとも,ただの肩書きのないヒラ研究者だから?
もしやないとは思うけれども,お前は言われた通りやれば良いと言うこと???
そういう思想を持っている人は知っている.
まさかの僕の才能に対する羨望?ま,それはないだろう.所詮肩書きのないヒラの研究者なんだし...権力も何もないわけだし,潰そうと思えば簡単だしね...
DNA-proteinの専門家であることを知っている上で僕に頼んだわけで,p53の構造解析をやっている人たちが10年以上やって理解できなかったことを半年で完全に理解できたわけで,肩書きがないと言うからと言われるならば,どうぞどうぞ.ってことになる.
おそらく痛い目(別のグループが先に論文にしても)にあっても気がつかれないのかもしれない.
自分の自説を広めるために仕事をしているのではないので.
都合がいいと言われるかもしれないけれども,結晶構造の中のアーチファクトが複雑に絡んできているからになる.ただアーチファクトであることを逆手に取れば,全てを完璧に説明できる.
アーチファクとが起こりやすいところはDNA-DNAがスタックしているところで,通常では結晶構造解析とは無縁の部分.ただし,分子が結晶を作るためには無理なDNA-DNAスタッキングが時には必要不可欠で起こるため,そのためにL1 loopのdynamicに違いが見られる.アーチファクとであろうがなかろうが,そこにバイアスを除外した時に,L1 loopの安定性に注目すると見えてくるものが見えてくる.1つの構造を見れば,そうかもしれないと言うことがわかるからこそ,複数の構造を見れば確信に変わってくる.そして,実際にDNAの配列を変えると,ほぼ完璧に予想通りにコントロールできる.
こうすればこうなるから,こうしてみ?と言われるままにやれば,予想通りのin vitro, cell based assayで結果が出ているでしょ?K120Aに対する,今までほぼ無視されていたような2002年だったっけ?のjbcの論文にあることだって全て説明できているでしょ?しかも,自らの手で,結果が出せているでしょ???
10年以上理解されてこなかったことが,僕が優秀すぎて半年で答えが出てきてしまって困惑しているかもしれないけれども,僕にとってはむしろ失望に近い.なぜ,過去に縛られて生きているんだ?って.
過去の論文を見ていれば,結合能に違いが見えると言うことが記述されている.それは何故なのか?結晶構造を作って眺めているだけではダメなこと.自らの手でbiochemistryをやって,構造と機能をリンクさせていく必要がある.
別にp53に限らずの問題.
論理も全部文章の状態にして説明してあるのであとは自由にってことになる.口頭ではなく文章でと言うのはまったく重みが違うわけ.全ての根拠がロジックで隙間なく繋がれて書かれている,何度読み返してもらっても大丈夫な状態.それだけ完璧な理解に達している(ほぼほぼ1年で.理解したのは半年後,それから説得し続けていること6ヶ月...).でないと,構造生物をやっていますと言うことにはならないだろう.こんなのはほんと失望だわ.自分に対してね.
結局2011年のPNASの論文で,テキストとしてアセチル化するとDNAに結合しないと文字として書かないからこう言う風になる.
そんなにデータに自信がないのか???さらに続きの構造の論文でつじつま合わせをしようと言うのはおかしいこと.
はっきりそれはない!
と書けば良いことを書けないと言うのは,コミュニティーとして問題があるのではないでしょうか?
僕の2012bの論文では当時MBD4 glycosylase domainがメチル化Cを塩基除去できると言う論文を完全否定したからな.だからNature editorialもKim et al., 2009の加藤茂明捏造Natureをリトラクトしたわけで,それでなければ,メガコリゲでNature editorialも逃げ切ろうとしていたからな.加藤グループだけではなくNatureのeditorialもだからな.
そういう決定的な仕事ができなければ構造生物学なんてやる意味はないし,biochemistryがないままにやっても説得力が欠如してしまうのではないでしょうか?
原子レベルで原理を説明するから,誰もが納得できる状態になるので,議論に決着をつけることができる.つまり物理法則が覆らない限り,永遠性を持つ.
p53はお医者研究者様たちが好きそうな,がん抑制遺伝子であるはずで,もっと明確に答えが出されていてもいいのだけれどもグダグダなもの.p53に類似したp63, p73の構造解析はもっとグダグダ...
普通のお医者研究者様がこんな論文を読んでも,ほとんど理解不能だろう.
p53の構造だけやってるから,答えが目の前にあってもとんちんかんな方向に行くわけで,結局お前らは何にも価値をわかっていないままちんたら構造を決定して楽しんでいただけってことになる.
これはp53に限らずの問題.構造が明らかになればそれで終わりというような姿勢.
結局見えているもの,見ているものは何を意味しているのか?
重要だからというだけでプロジェクトが進んでいたような気しかしない.
構造がわかれば何かがわかるというコンセプトは蔓延している.結局それをクライオでやろうがコンセプトがこういうものだと...
理解はできる.構造を解くまでに難関があるので,たどり着いた時にはエネルギー切れという感じの論文は無限にある.あえて,本人を目の前にして言わないけれども...
その一方で,ムービーを作ってyoutubeにあげたり...そんなことよりも重要なことがあるんじゃない???
サイエンティフィックな意義を解決するために方法があるのではなく,方法のためだけにあるのではないか?という強い不信感が常にある.
biochemistry & structural biologyの専門家が見れば,一瞬で答えが出てくるわけで,そんなのは屈辱じゃないのか?ってことになる.
あまりにアホらしすぎるし,さっさととどめを刺さないと,妄想?の仮説をもとに10年も無駄にすることになる.コミュニティーのためにならないでしょ?誰かに遠慮していてばっかりだと.
p53とDNAの構造はおよそ26個ぐらいPDBに登録されている.p63, p73も入れればもう少しある.
今は僕はp53のDNA binding domainの構造解析の専門家といっても過言ではない.
(構造を決定することと,解析することとは全く別物)
2006年のMol Cellのものがp53/DNAの複合体構造解析がまともな最初のものに見える.(もう少し前にscienceに出ている構造は,ただ最初に決定したという意味で,それ以上に意味を持っていない)
結局この論文でDNAの配列によりp53の構造に違いが見えているかつ,記述されているのに,その違いは何を意味するのか?ということに答えられないからというのが事の発端になる.
時代のせいもあったので仕方がないけれども,binding assayがEMSAしか選択肢がないと言う状況が問題になる.ちなみにあとから出てくるFPは,当時はhigh through put readingは出来なくとも,実際可能であった.テクノロジーの現実的な限界は存在していることは間違いない.
あと補足しておくとコンセンサス配列は
RRRCATGYYY(n=0-10ぐらい?)RRRCATGYYYで直接認識されるのはCATGのGとCの反対鎖のGの合計4個.
突っ込まなかったけれども,このEMSA,Kd valuesが記載されているけれども,見た目を反映しているか???つまりbinding assayをやったけれども,差が見られなかったというところ.
結局Department of Structural Biology なんてやっている時点で問題なんだって言うことよ.
だから姉妹紙なんかに論文を出しても意味がないのよ.editorが興味がないと言うものではなく,構造に違いがあるとわかったのに,その答えが出ていないだろ?答えが出ていないから姉妹紙止まりなんだよってこと.
そのDNAの配列の違いによる結合能の違いを示している論文(著者たちは別のことを言いたいらしい)が2011のPNASなんだけど,これも日和っている稀に見る,根性のない論文.
お偉い先生が書かれた論文か知らないけどさ,この無駄な実験の数々
論文の結論はこのノンスペのbinding affinityがK120がアセチル化されると下がると言うもの.
他のことについて,全く記述がないんですけれども...
この論文によってK120の役割がノンスペに対するKoffに重要だと言う流れになってしまっている.本当か?ただ単に表面チャージを+からニュートラルにすればどれも同じ結果でしょ?本質を綺麗に外している.
それが当時の流行だったのかもしれないけれども,なぜ結果から目を背けて学ぼうとしないのか全く理解ができない.
はっきりとBax配列ではK120がアセチル化すると結合能が落ちると言えば良い.
こんな塩基配列特異性,つまりp21とBax, PUMA, などなどで特異性が異なるのか?
僕はこういうのは初めて見る例だけれども,それをサポートする結晶構造もあるので,それが正しいのです.構造を見ればK120がアセチル化するとsteric clashを起こすのですが,他の配列,p21もどきのものではK120がアセチル化してもsteric clashを起こさない.というかK120 sidechain自体がdisorderedしているので,アセチル化しても影響がない.
これはこのbinding dataと2006のMol Cellの構造をみれば簡単にたどり着く結論になる.
では,なぜ,そのような差が生まれるのか?その仮説を立てるには体系的なDNAの構造に関する根本的な基礎知識が必要になる.
ぱっとみて,その意味が理解できるか?必要な時に勉強すればいいと言う姿勢でははっきり言って不可能なこと.体系的な知識がないと答えに達することはない.仮説が立てられれば単純にそれを証明するだけになる.仮説が立てられれば簡単なことよ.
けど,日和って,テキストに書かないから論文を読めない人が理解できない.ノンスペが見られない条件下でp21配列ではアセチル化は影響しないけれども,Bax配列は影響する.
それが答えでしょ.このテーブルを見ればそのままでしょ?
何をとんちんかんなところを見て,ノンスペの結合力が下がる?は???ってな感じ.
表面の+チャージがなくなったから,ただ単にそれで下がっているだけでしょ?
150 mM NaClではなんでもベタベタつく条件で,そんなところでものを見る意味はあるのか???単にin vivoのphysiological conditionが150 mMと言われているからだけだろ?RNAでも,なんかよくわからない-チャージのタンパク質だってなんでもくっつくぜ?
所詮PNASというのはそう言う雑誌に過ぎない.
タンパク質がDNAをスキャニングしている?そうかもしれないけれども,こんな短いDNAで見ているものはそんなものにはなり得ない.biochemistならそんな結論にはたどり着かない.
なぜ目の前にあるものを直視しない???
仕事としては良い仕事をしているよ.コンプリヘンシブで違う塩濃度でいろいろな配列を使って調べている.それは非常に重要な仕事なのに,結論がそれ???ってバカにされても仕方がない.
それが嫌なら,真面目に向き合って記述すればいいだけのこと.
8年前のものだけれども...
付け加えて書くならp21配列は塩濃度を上げても結合能は落ちないけれども,Bax配列では塩濃度を上げると結合能は低下する.それはどういうことか?その答えは,前の構造論文に書いてあるでしょ?
つまりマイナーグルーブに侵入してこようとしているR248のコンフォメーションになる.このコンフォメーションの違いが結合能に重要に関わってきている.
つまり,結局見るところはそこの塩基配列になるってこと.
このArgのマイナーグルーブからの認識はDNAの結合に非常に重要なもので,非常にたくさんの記述がされている.だからこそ,みれば一瞬でぱっとわかった.
全てはもう答えが出ているのに何に遠慮して日和っているんだ???
かとおもいきや,その1st authorの人が独立してこのDNAとの構造解析をしたのだけれどもまたとんちんかんな....
2つのものを比べる時に,同じDNAの配列,Baxというの名前だけれども,違う塩基配列の物を持ってきて比較している.お前ら最悪だわな.違うDNAの塩基配列の共結晶構造を持ってきて,同じものとして比較してってそれはないだろ???
しれっとBax配列と書いてあるのに,そのPDBをみれば全く違う配列.
基本がなっていないってこと.
つまりK120のアセチル化の部分だけが違う2つのもので比べるのが筋でしょ?
違うDNAの配列のものを持ってきて何を言っているの???ってこと.
書けば良いこと.K120がアセチル化するとBax配列に結合しないって.
誰に遠慮しているのだ?ってか大丈夫???って感じになる.
所詮DNA damageでp53の蛋白量が増えたからだろ?
p53の量が増えなくてアセチル化だけが増えて,アポトーシスに行くならまだしも,全体量は増えているし,刺激前もプロポーショナルにアセチル化しているだろ???違うの???ってこと.
MOF, Tip60をKDしたK120のアセチル化を阻害した状態でDNA損傷を与えてもアポトーシスに行くんじゃない?ってことよ.
しかも,Baxの配列を見ればK120がアセチル化すればsteric clashするし,in vitroのデータとも完全一致するだろ???だいたいアセチル化ってなん%なんだよ?って感じ.
知らない人がいるとあれだけれども,ウエスタンに使うメンブレンは+チャージされているので,+チャージしているものが中和されたり,mutationをいれて-チャージさせるとメンブレンに吸着する効率がかわったりするからな.GFPみたいなものをつけても,メンブレンへの転写効率が変わるから,マススペックで割合を見積もるのが適当.簡単ではないのは知っているけれども重要な点だろ?1%か10%か100%で全く意味が違ってくるだろ?ってな話.
目を覚ませってこと.
ま,PIの大先生の仮説に真っ向から反する結果を出してきたわけでクビだわな.
ちなみに,エモリーにいた頃は,おかしなことを言っている人がいて,それを指摘した次の週にはさらっと,As I told you before, と自分が指摘されたことを,さらっと自分も前から言っていたという風にしていた人がいたwwwwwwww
ま,ぶっちゃけそれでいいじゃん...って感じ.
肩書きが偉くなっただけで,人間としてはミスもするし,間違った解釈もするわけで,素直に認めればそれでいいんじゃない?
ま,そういう人ばかりではなく,お前はクビだ!!と言い出す人もいるのも知っているので...
僕がいかに本質的に出世できないのかよくお分かりになるだろう...
自分に無理をしてもね,しょうがない.病気だし,寿命もそんなに長くないんだし...
構造の論文に何が書いてあるのかわからないから,読んでもわからないと言うのはわかるし,これらの論文は,プロである僕が読んでもさっぱり意味不明.なんで明らかなことを記述しないで,枝葉部分が違うというものばっかりなんだ???幹が違うんだよ.
ちなみに,この分析,解析は全てpublished dataのもの.
今後の課題はこれらをどう理解するか?ってこと.
この仕事はCellに出せるだけの仕事だし,レフリーの質問に全て答えることができるレベルに達している.が,
ただ,なんども説明しているのに耳を傾けようとしないのはお前らだってことになる.
感情的に受け入れられないかもしれないけれども,今すぐ自分たちで軌道修正の論文を出すか,他の人に間違っていると言う指摘を受けるかは,結局お前ら次第ってことになる.それに,誰も気にしていないんじゃない??誰かいるの???解釈が間違っていたなんて,当たり前なこと.なにも恥じることはない.
論文に書かれていない,まだ知られていない,記述されていないコンセプチュアルな原理も全部説明したでしょ?そして,僕が言ったように特定の塩基配列を変えることで全て結果が予想通りになったでしょ?何が不満?
結局は妄想に囚われたままいるから,まともに質問に答えられない.
アセチル化そのものはBAXの結合を阻害する.ただし,アセチル化の割合は非常に少なく,アポトーシス遺伝子群の発現制御にほとんどポジティブな関係はない.アポトーシスが誘導されるのはp53のタンパク質の量そのものが増えることで,p21よりも弱い結合であるBAX REにもp53が結合し,Baxをはじめとしたアポトーシス関連遺伝子を発現する.p53のタンパク質量が少ない時はアポートシスには行かず(結合が弱いから),p21転写産物を発現させるので細胞周期アレスとが起こる.その結合の強弱はbinding elementの配列に依存している.そしてその配列を変えることで,発現制御を人為的に操作することができる.この基本原理は構造解析とbiochemistryによって保証されている.
つまりは,p53はp21に結合することによって細胞周期の停止,Baxなどによるアポトーシスの誘導することができるけれども,基本は低濃度で結合することができるp21に結合し細胞周期の停止がデフォルト.そこにp53タンパク質の量が10倍?100倍?ぐらい蓄積(分解されないまま増える)と,弱い結合でも結合するBax様配列にも結合できることでアポトーシスにいく.つまりアポトーシスに行くかどうかはp53タンパク質の濃度依存性に依存している.ということになる.
これは仮説だけれども,TP53の転写活性がRE配列依存性,かつ,濃度依存性を持つということは,結合形式がdistributeである可能性がある.スキャンしてprocessiveにサイトを探す...というのはもう一つうまく説明できそうにないって感じがする.
DNA damage responseによるアセチル化はせいぜい数%でしかなく,さらにアセチル化したものはp21では影響がなく,Bax様配列のみにおいて結合が低下する.アセチル化が100%いけばBaxの発現はさらに阻害されるということになる.定量的に調べるということは非常に重要.
DNA binding assayだけで,そこまで仮説を作れるわけで,それを構造解析によって保証することができる.その仮説はin vivo, cell based assayで証明すること,確認することができる.何が問題???ってことになる.
構造解析でここが認識しているからとか,そういうものは本質ではない.そういうところばかり見ていると枝葉しか見えないということになる.
それともbiochemistの言っていることが理解できないから???この原理は笑っちゃうわってことが元になっているのだけれども,馬鹿にしているのか???ほんと笑っちゃうわってぐらいの単純答えにはちがいない.
麦茶を飲んでいるところが偉そうだから?それとも,ただの肩書きのないヒラ研究者だから?
もしやないとは思うけれども,お前は言われた通りやれば良いと言うこと???
そういう思想を持っている人は知っている.
まさかの僕の才能に対する羨望?ま,それはないだろう.所詮肩書きのないヒラの研究者なんだし...権力も何もないわけだし,潰そうと思えば簡単だしね...
DNA-proteinの専門家であることを知っている上で僕に頼んだわけで,p53の構造解析をやっている人たちが10年以上やって理解できなかったことを半年で完全に理解できたわけで,肩書きがないと言うからと言われるならば,どうぞどうぞ.ってことになる.
おそらく痛い目(別のグループが先に論文にしても)にあっても気がつかれないのかもしれない.
自分の自説を広めるために仕事をしているのではないので.
都合がいいと言われるかもしれないけれども,結晶構造の中のアーチファクトが複雑に絡んできているからになる.ただアーチファクトであることを逆手に取れば,全てを完璧に説明できる.
アーチファクとが起こりやすいところはDNA-DNAがスタックしているところで,通常では結晶構造解析とは無縁の部分.ただし,分子が結晶を作るためには無理なDNA-DNAスタッキングが時には必要不可欠で起こるため,そのためにL1 loopのdynamicに違いが見られる.アーチファクとであろうがなかろうが,そこにバイアスを除外した時に,L1 loopの安定性に注目すると見えてくるものが見えてくる.1つの構造を見れば,そうかもしれないと言うことがわかるからこそ,複数の構造を見れば確信に変わってくる.そして,実際にDNAの配列を変えると,ほぼ完璧に予想通りにコントロールできる.
こうすればこうなるから,こうしてみ?と言われるままにやれば,予想通りのin vitro, cell based assayで結果が出ているでしょ?K120Aに対する,今までほぼ無視されていたような2002年だったっけ?のjbcの論文にあることだって全て説明できているでしょ?しかも,自らの手で,結果が出せているでしょ???
10年以上理解されてこなかったことが,僕が優秀すぎて半年で答えが出てきてしまって困惑しているかもしれないけれども,僕にとってはむしろ失望に近い.なぜ,過去に縛られて生きているんだ?って.
過去の論文を見ていれば,結合能に違いが見えると言うことが記述されている.それは何故なのか?結晶構造を作って眺めているだけではダメなこと.自らの手でbiochemistryをやって,構造と機能をリンクさせていく必要がある.
別にp53に限らずの問題.
論理も全部文章の状態にして説明してあるのであとは自由にってことになる.口頭ではなく文章でと言うのはまったく重みが違うわけ.全ての根拠がロジックで隙間なく繋がれて書かれている,何度読み返してもらっても大丈夫な状態.それだけ完璧な理解に達している(ほぼほぼ1年で.理解したのは半年後,それから説得し続けていること6ヶ月...).でないと,構造生物をやっていますと言うことにはならないだろう.こんなのはほんと失望だわ.自分に対してね.
結局2011年のPNASの論文で,テキストとしてアセチル化するとDNAに結合しないと文字として書かないからこう言う風になる.
そんなにデータに自信がないのか???さらに続きの構造の論文でつじつま合わせをしようと言うのはおかしいこと.
はっきりそれはない!
と書けば良いことを書けないと言うのは,コミュニティーとして問題があるのではないでしょうか?
僕の2012bの論文では当時MBD4 glycosylase domainがメチル化Cを塩基除去できると言う論文を完全否定したからな.だからNature editorialもKim et al., 2009の加藤茂明捏造Natureをリトラクトしたわけで,それでなければ,メガコリゲでNature editorialも逃げ切ろうとしていたからな.加藤グループだけではなくNatureのeditorialもだからな.
そういう決定的な仕事ができなければ構造生物学なんてやる意味はないし,biochemistryがないままにやっても説得力が欠如してしまうのではないでしょうか?
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