荷主からコスト削減目的で外国人船員の採用を求める声が出たことがある。しかし、「日本人船員とのコミュニケーションの問題や、混雑した港を航行する技術が必要なため、外国人船員（の採用）は難しい」（内航海運大手）として、現在そうした要望は出ていない。
もっとも、内航海運業界内でも船員不足の状況は一律ではない。これには特有の契約形態が影響している。
運送事業者は「オペレーター」と呼ばれ、元請けのほかに2次、3次の下請け事業者がいる。オペレーターは自社保有船のほかに、貸渡事業者（オーナー）から船員ごと船を借り、請け負った貨物を運送する。荷主はオペレーターに運賃を、オペレーターはオーナーに用船料を支払う多重構造になっている。
貸渡事業者の6割が「一杯船主」
オペレーターは2018年3月時点で1515事業者おり、主に荷主である石油元売り会社や鉄鋼会社などの系列に属する上位60事業者が総輸送量の8割を契約している。一方、オーナーも1470事業者いるが、その6割程度が主に小型船を1隻のみ保有する「一杯船主」だ。
大型船を複数保有するなど事業規模の比較的大きいオペレーターやオーナーは、船内環境を含めた待遇の良さをアピールできるため、「船員採用ではそれほど苦労していない」（内航海運大手）。海技教育機構の卒業生も大手事業者を中心に入社していく。
内航船は女性船員の育成も課題になっている（写真：協同商船）
深刻なのは一杯船主を含めた小規模事業者だ。国交省の調査では船舶1～2隻、船員20人未満の事業者では50歳以上の比率が6割を占め、60歳以上の船員も34％に達している。こうした小規模事業者の中には、「とうちゃん船長、かあちゃん機関長」と呼ばれてきた家族、親族だけで運航するオーナーも存在する。
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