学とみ子のブログ

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2019/2/24(日) 午前 2:47 万能細胞 iPS ES STAP

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あのね説、最新論理の展開を記事として紹介します。

以下があのね説 青字
敢えて、STAP細胞の電子顕微鏡解析の杜撰な記述を指摘します。小保方さんがES細胞とSTAP細胞を電顕観察する場合、細胞を理研の電顕担当者に持ち込み、担当者は、固定、脱水、置換、Epoxy Resin に包埋、Ultra Microtome で超薄切片を銅meshに載せて電子染色を施して担当者の立ち会いの下、彼女に操作方法を教えます。例えば、観察視野移動の左右のシフトハンドルの使い方や倍率の変え方、全体観察や部分観察での蛍光板の上げ下げの方法、倍率を上げると視野が暗くなるのでコンデンサーレンズのノブで明るくすると電子ビームが偏向する調整等。想像するに、彼女は「あの日」78~79Pの記述されているミトコンドリアのクリステに付着するribosome、貧弱な細胞質内に散らばるribosome(Ooboeさんが言われているncRNAを含みます。) などの形態観察して写真撮影を担当者に依頼した様子が浮かびます。問題なのは、記述が0.1M cacodylate buffer (pH 7.2) 中で2.5%グルタールアルデヒド+2%ホルムアルデヒドで固定だけになっていること。 削除
2019/2/22(金) 午前 3:07 [ あのね ] 返信する
                       
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緩衝固定液を用意する電顕解析方は、試料作製についての全てを電顕解析に無知な彼女に提示する責任があります。担当者は論文に記載すべきマテメソ全てを教えていません。最も重大な箇所は、グルタールアルデヒド+の前固定の後、後固定の「1%四酸化オスミウム固定」の記載不備です。電顕試料の固定は、特別な研究を除き二重固定が必須でオスミウム酸固定をしないと脂質や脂肪滴がアルコール脱水で溶出して細胞質が穴だらけにななります。電子顕微鏡の蛍光板に映るコントラストは電子線が透過する電子密度で表されます。(二重電子染色、酢酸ウラニール:放射性物質 染色の後、酢酸鉛染色があって、核やクロマチン等が重金属オスミウムの存在で最もコントラストが強調される)2%ホルムアルデヒドは、2%パラホルムアルデヒドが標準的な前固定液。小保方さん擁護の立場から見ると、後に突っ込み所を用意してるかと感じてしまいます。理研の電顕担当者は果たして彼女に協力的だったかは疑わしく、STAP細胞がFractionなのか、Cultureなのかも分かりません。 削除
2019/2/22(金) 午前 3:09 [ あのね ] 返信する

                       
> あのねさん
今回の投稿もとても参考になります。ありがとうございました。
他の実験系でも、小保方氏は、いろいろ技術を教えてもらえない事があったかもです。
逆に、こうした事が共同研究だった証拠です。
研究室は、新人には冷たいでしょうからね。
新人は、早く業績を獲得しないと蹴落とされる業界でしょうし。 削除
2019/2/22(金) 午前 6:43 学とみ子 返信する


                       
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> 5さん
>あのねはわけがわかっていないね。 L氏は小保方の不正の内容を把握していてケアレスミスなどではないと知っているのに、呆れられてしまうよw

私は、過去に論文を書くときにコピペはやるし、定量ではなく、定性を表現するときは、チャンピオンデータを何回も使った。先輩を敢えて呼び捨てにするけど、委員会の座長の岸は彼女の問題で、自らの研究不正を暴かれ、座長を降りなければならなくなったのは、お笑いだね。ミイラ取りがミイラになった訳だ。彼女は論文の正しい書き方を知らない将来性のある希有な科学者だった。同じ立場から、命より次に大事な博士号まで取り上げるのは、あまりにも酷である。日本の科学の損失だ。しかも退職した後も再就職を妨害している。これは、「小保方晴子日記」にも書かれている。理由はこうだ。彼女が海外でSTAPに関する実験で成功すると恥をかくからだ。STAP研究の研究者同士の利権の争いで彼女は犠牲になった。指導者の若山氏がこんなデータじゃだめだと言ったら、彼女はどうすれは良いのだ?敢えてアンチに聞く。 削除
2019/2/24(日) 午前 2:45 [ あのね ] 返信する
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> 5さん

>小保方が不正認定されたことで、本人は退職に追い込まれ懲戒解雇相当に、 若山さんは理研では出勤停止相当、客員研究員解任など重い監督責任を問われた。 ケアレスミスなんかではない小保方の不正のせいで、若山さんだけでなく共著者や関係者は十分窮地に陥れられているんだけどね?


若山氏が解任やら思い監督責任に問われただと?アホか?彼女がデータを開示したら若山氏の首が飛ぶ。彼女は騒動が起こって、「いったいどうなっているのか?」と自分の研究過程を見直したはずだ。コピペや画像の判定などを指摘されて、若山氏が豹変して、もうSTAP論文がもたなくなったと感じた時に、責任の発端は自分にあることを認識して、実験に大変お世話になった若山氏せめて若山氏の関与をなくしたくない気持ちでデータの開示を拒否した。あんたらの頭は大丈夫ですか?こんな単細胞の連中で社会は成り立っていることを認めつつ回答する。 削除
2019/2/24(日) 午前 2:47 [ あのね ] 返信する

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「あの日」106p
キメラマウスの実験は若山先生に全面的に任せてしまっていたが、一度だけリンパ球以外のさまざまな臓器からSTAP細胞を作製しキメラ実験を行ってもらったことがあり、それらのサンプルは別の箱に保存してあった。この実験を行ってもらった時は、「各臓器から作製したSTAP細胞を渡すところから、キメラ実験を行い、胎児を取り出すところまで」を若山先生の隣でずっと観察していた。若山先生の言う「成功したキメラ」に比べると、これらのキメラマウスはSTAP細胞からの組織形成率は不十分だったかもしれないが、その実験に関しては自分も見ていたので「ぜひそのサンプルを解析してほしい」と申し出たが叶わなかった。

2019/3/7(木) 午前 0:31 [ あのね ] 返信する

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「あの日」151p
その一方で、著者の中で若山先生だけが自分に自分が所持しているサンプルを解析し、自分の意見を社会に向けて発言することが許されていた。そしてその行為があたかも研究者の模範のように取り上げられた。解析されている細胞を作製し、保存していたのは若山先生だったにもかかわらず、理研内の著者らにも平等に自ら再解析する権利を与えられていたなら、社会の反応はどう変わっていただろうか。この不公平さを助長していた理研CDBの幹部たちは、何を目的として、著者から再解析の機会を奪っていたのだろうか。この時点で、すでに、この混乱に乗じて誰を罰したいのか、調査する人たちの間で明確な線引きが行われているように感じられた。

2019/3/7(木) 午前 0:32 [ あのね ] 返信する

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「あの日」154p
2014年3月25日、小保方に渡したマウスと若山先生が解析したSTAP幹細胞のマウスの系統が違うとの報道が出た。理研に保存されているはずの凍結細胞サンプルが山梨で解析されたという報道から、私はこの時、若山先生が冷蔵庫内の私の名前が書いてあるサンプルボックスから、冷凍保存されていた細胞サンプルを抜き取って山梨に持って行ったことを知った。若山先生の指導下で実験を行い、共著者である私に何の連絡もなくいきなり報道機関に発表されたことに対する悲しみは大きいものだった。その上、報道内容はすべて若山先生からの一方的な情報のみに基づくもので、実際に若山研で解析されたとされるSTAP幹細胞がどれで、どのように保存されていたのかも不明だった。

2019/3/7(木) 午前 0:33 [ あのね ] 返信する

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私は渡されたマウスで実験しており、マウスの系統を管理していたのは若山先生だったので若山先生が突然、「小保方さんから渡したマウスとは違う系統の細胞を渡された」と報道機関に発表する意図が理解できずにいた。理研の中では、「若山先生はどうして遺伝子を解析すれば自分の想定とは違う結果が出るかもしれないと予想できたのだろう。一体何の細胞を解析したんだろう」と不思議がる研究者もいた。しかし、当時のテレビでは「捏造ですね」と断言する、専門家を名乗る人たちも登場した。こうして、まるで私が恣意的に細胞をすり替えたのではないか、と世間に邪推させるための最初の伏線が敷かれた。

2019/3/7(木) 午前 0:34 [ あのね ] 返信する

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STAP論文のメソッドセクションを全体として見ると、記載が不十分な点が多々ありますが、電顕については許容範囲のような気もします。筆頭著者が行ったのはサンプルのpre-fixだけで、あとはコアファシリティで行われたと思われます(最後のイメージングは筆頭著者かもしれませんが)。詳しく記載されていませんが、pre-fixのあとはオスミウム固定を含め標準的方法でプロセスしたと読んで良いと思います。できれば、過去に理研から出ている論文で、電顕のメソッドがきちんと書いてあるものを引用しておけばよかったと思います。

酸浴時の浸透圧を実際に計算したらどのくらいになるのでしょうね? いずれにせよ、酸浴後には正常浸透圧の培地に戻されるので、細胞体積への影響はあったとしても一時的と思われます。 削除

2019/3/7(木) 午前 4:19 [ L ] 返信する

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> Lさん

私が小保方さんが記述された「あの日」の重要な箇所を貼り付けているのは、Ooboeさんの話によると、あなたが海外におられて、「あの日」や「小保方晴子日記」を読めない環境だから教えているんですよ。あなたは純粋な科学議論を望まれておられるようですが、桂報告書の認証バイアスだけではこの問題は解けません。全体的な構図の把握が必要です。あなたが研究者なら、小保方さんが博士号を喪失した彼女気持ちの側になぜ寄り添えられないのですか?私はあなたが何者であるかに少し不信感があります。元臨床医の立場から、とある人の評論をされて、STAP問題の立場の比較的な意見の捨てゼリフがありますが、私には、あなたの臨床医の未練を感じました。元臨床医の表現なんて必要はありませんよね。

2019/3/7(木) 午後 2:16 [ あのね ] 返信する

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学さん

auに相談しましたところ、原因は機械の作動不調と、私の不適切操作が原因でした。作動不調のため投稿ボタンを何度も押していたためでした。ご迷惑をお掛けしました。御免なさいませ。 削除

2019/3/7(木) 午後 9:04 [ Ooboe ] 返信する

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> Lさん

>詳しく記載されていませんが、pre-fixのあとはオスミウム固定を含め標準的方法でプロセスしたと読んで良いと思います。

記載は必須で「肝」です。電子染色は記載を省いても構わないかも知れません。細胞の脂質が喪失してコントラストとしてクロマチンの電子密度が得られません。電子染色をしなくてもコントラストをつける方法はあります。対物レンズの絞りをいれて焦点深度を深くしたり弱拡で同じ視野に電子線を照射すると、電子線コンタミがついてコントラストがつきます。シャーレのSTAP細胞は、オスミウム固定後の包埋の時に細胞塊を剥がしてfractionにするとUlutra-cutが容易ですが、cultureの状態のダイヤモンドナイフのUlutra-cutは高難度の技術なので、理研の担当者がそれができる技術を持っているかどうかですね。大隅氏が初心者丸出しの発言していましたね。円錐形のEpoxy ResinのUlutra-cutで金太郎飴を想像してES細胞とSTAP細胞の大きさについての疑問を投げていましたね。こんな人が学会の頂点にいたんですね。お笑いです。座布団1枚あげて下さい。

2019/3/8(金) 午後 0:25 [ あのね ] 返信する

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あのねさんへ
Ooboeさんのスマホが現在不調なので変わりにOoboeさんの質問にコメントして下さり、感謝の気持ち気持ちを伝えたいと思います。
ありがとうございました。

2019/3/9(土) 午前 1:18 [ hidetarou ] 返信する

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小保方さんの理研における出勤日の問題について。
DC1博士課程3年間の身分はハーバードで研究をしていても所属は早稲田大学で期間中に学振から給与と所定の研究費が支給されています。学生の時に神戸理研でキメラ実験しても滞在費や交通費などは研究費から当てられます。博士号を取得して、女子医大の研究員や、ハーバード大学からポスドク研究員要請され、これからキャリアを積んでいくには、ネームバリューからハーバード所属の研究員を選択するのは当然のことです。そもそもスフィアの研究がハーバードの知的所有権の問題も絡んでいます。想像ですが、ハーバードの初任ポスドク研究員では、日本に比べて結構破格の待遇だったと想像しています。そこで、理研での共同研究員としてSTAP論文の研究に至っています。理研には共同研究員の規定があって、他方から(ここではハーバード大学)の研究員が所定の収入を得ている場合、たとえ腰掛け研究員であっても謝金は満額支払いません。

2019/3/9(土) 午前 6:08 [ あのね ] 返信する

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規定では確か、週に3日以上の勤務があっても、3日しか認めない規定です。腰掛け研究員のアルバイト的な表現だと思います。調査委員会はそれを盾に細胞増殖グラフの問題を指摘しているのかな?と思います。それより、若山氏が山梨に赴任して、理研の非常勤になってからCDBに何回来ているか記録があれば面白いと思います。小保方さんのいない時に彼女の研究室に来ていそうな気がします。
「参考」
日本学術振興会特別研究員DCをはじめとする他の若手研究者育成制度に既に採用されている場合、他のフェローシップ・奨学金等あるいは報酬の受給を制限している制度もありますので、本制度への応募に際し問題がないか、必ず支給元に事前に確認してください。

2019/3/9(土) 午前 6:09 [ あのね ] 返信する

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> あのねさん
> それより、若山氏が山梨に赴任して、理研の非常勤になってからCDBに何回来ているか記録があれば面白いと思います。小保方さんのいない時に彼女の研究室に来ていそうな気がします。

これはすごい(興味深い)指摘ですね。もしそのようなことがわかったら、若山氏は何と答えるのでしょう(もちろん若山氏は表には出て来ないでしょうが)。 削除

2019/3/9(土) 午前 8:59 [ 渋谷一郎 ] 返信する

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単文は投稿出来た、みたいです。
ご迷惑ですが、
長文はエラーになる現象なので
長文書き込みして、試して下さいとの
ことですので、長文書き込みいたします
学さんに届けば、承認Upは紙面に
迷惑になるので、なさらずに
届いたことのみ、連絡くださいませ。 削除

2019/3/9(土) 午後 0:59 [ Ooboe ] 返信する

> Ooboeさん
携帯で書き込みがうまくできたかどうか確かめる時は、お仲間同士でトライしてください。

そして、うまく行くようなってから、ここに書き込まれたらいかがでしょうか?

ここでは、知らない人同士が、特殊な話題については意見交換していますので、お互いに相手に手間隙をかけさせない工夫が必要です。

2019/3/9(土) 午後 2:19 学とみ子 返信する

> Ooboeさん
2019/3/9(土) 午後 0:59の投稿は届いておりアップしました。ここでも、手動のリターンキーが余計に入っていると思います。

どなたかにパソコン画面を見せてもらって問題点を検討してください。

したらばにもあなたのコーナーがありますので、あなたがそこに書き込み、他の方が読みにいくよう、当ブログでお誘いするのが良いと思います。

2019/3/9(土) 午後 2:54 学とみ子 返信する

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> Ooboeさん

書き込みの改稿の件です。Ooboeさんはスマホからの書き込みのこと、ドキュメントアプリに下書きしてからクリップボードに記録して投稿コーナーに貼り付けしたら簡単です。その際は、ドキュメントアプリを横向きにして書いて下さい。横文字数がおよそ42文字で自然改稿します。

2019/3/9(土) 午後 4:08 [ あのね ] 返信する

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「和もが」氏から引用します。
STAP細胞は7日間の勝負である。小保方氏は細胞に張り付いてでも再現させるつもりだったに違いない。彼女のハードワーカー振りは論文が発表された直後の「SpermEgg Journal Club」掲示板のコメントに紹介されている。Cumulinaという人物は若山氏のはずだ。Cumulina(クムリナ)とは最初のクローンマウスに付けられた名前である。

2019/3/9(土) 午後 4:45 [ あのね ] 返信する

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No. 2172 (2014/02/02 02:51) Cumulina
べさま コメントをありがとうございます。核移植を一番の専門にしているのに、核移植のいらない初期化方法を発表して、自分で自分の首を絞めている論文の関係者です。今回の小保方さんの発見はすごすぎたのかレフェリーに相手にしてもらえず、ずいぶん苦労しました。いまマスコミでリケジョとか違う方向で話題になっていますが、本当にすごい研究者で膨大な実験を徹夜続きで行いました。論文ですが、サプリにたくさんのデータが乗っていますが、それもほんの一部です。たとえば細胞の樹立がなかなかできず、STAP細胞を注入したキメラ胚を使って初めて樹立に成功したデータは、当初それだけで論文にするつもりでしっかりした表と解析を行っていたのですが、途中から直接簡単に樹立できるようになり、葬り去られました。実験中にどんどん発展していったのでしょうがないですが、STAP細胞の将来がすごく楽しみです。

2019/3/9(土) 午後 4:46 [ あのね ] 返信する

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「たとえば細胞の樹立がなかなかできず、STAP細胞を注入したキメラ胚を使って初めて成功したデータは、当初それだけで論文にするつもりでしっかりした表と解析を行っていたのですが、途中から直接簡単に樹立できるようになり、葬り去られました」この意味は、2回目のキメラ胚実験に符合します。「あの日」205~206p「葬り去られました」とは彼は小保方が大切にしまっていたキメリズムの少ないが、女子医大で遺伝子検査で2種類の遺伝情報が1匹のキメラマウスに存在する結果の実験「あの日」66~67p 材料を小保方さんに無断で破棄したと暴露しているようにも感じます。そこで、理研を非常勤になった若山氏が彼女のいない時に理研の研究室来ていないのか、フリーザーに何かを置いていないのか邪推しました。

2019/3/9(土) 午後 4:47 [ あのね ] 返信する

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訂正
「符号します」→「符合します」

2019/3/9(土) 午後 5:54 [ あのね ] 返信する

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