なぜ日本では忠孝の優先順位が逆転したのでしょうか。うまく説明した理論など知ら...

財を維持するためのシステムの違いによるのだと考えられます。
近代以前では、為政者は社会秩序の維持は行っても社会福祉までは考えておらず、人々は自ら集団を形成して生存のための財の維持をはかりました。
中国では宗族（そうぞく）と呼ばれる血縁集団を形成し、そこで相互扶助を行いました。同じ血縁集団のメンバーであることをはっきりさせるために自分の家系を示す姓を守る必要があり、だから夫婦でも別姓です。この血縁集団における倫理が孝で、これに対して職業集団における倫理が忠です。中国では職業の世襲は行われず（皇帝は別）、そして官吏登用のために科挙試験が行われ、科挙に合格して得た地位は世襲されるものではありませんでした。要するに、財は血縁に付随して維持されていたわけで、だから孝が忠に優先されたのでしょう。
わが国で相互扶助集団に相当したのは本家‐分家からなる家族（いえぞく）集団で、わが国では中国の科挙制度が導入されずに地位が世襲され、財は地位に付随していましたから、その地位（武士では役職、農民では先祖伝来の田畑の所有者）を次代に引き継ぐ男子さえ存在すればよかったわけで、もしもそれが途絶えた場合、跡継ぎとして平気で非血縁男子が養子に迎えられました。養子であっても親孝行をすべきですが、中国の論理からすれば、非血縁の人間が養親に行うそれは「忠」にあたります。また、養子となれば実の親に対する「孝」は行えないことになり、だから本来の「孝」の倫理がそれほど強調されなくなります。
そして、血縁的な集団の形成において血縁条件があいまいになったせいか、わが国では非血縁の組織集団も血縁集団に擬制（たとえば親方と弟子、大家と店子といった関係呼称から、社員を家族のようにみなす風潮など）されることが少なくなく、職業集団の倫理である「忠」に「孝」のニュアンスも入り込み、それで「忠」の倫理が強化された面があるのではないかと考えられます。

補足を拝見しました。
それは、社会的地位の高い人が扱うには少々キナ臭いことに関係しているテーマであったからではないかという気がします。
統治者がその支配を正当化しようとすれば、その根拠が必要になります。ヨーロッパで王にとってのその例は王権神授説でしたが、わが国の明治維新前後での天皇にとってのそれは儒学者山崎闇斎が唱えた垂加神道説でした。そして、もともと中国儒教でも『孝経』において「孝をもって君に事（つか）うれば忠」と言われていましたが、山崎闇斎の弟子の浅見絧斎が赤穂義士論争において赤穂藩士の主君（浅野長矩）に対する忠は孝でもあるという「忠孝一致」を唱え、それから後に水戸学派の「忠孝一本」、すなわち天皇は日本民族の家長であり、したがって忠と孝は本来一本であるとする考えが生まれました。この水戸学派のイデオロギーが幕末の尊王思想になるのですが、それが国家神道とともに、ついには第二次大戦における神風特攻隊をも支えたと考えられます。敵船に突っ込んで死ねば親に対する孝はもう果たせませんが、天皇に対する忠と「孝」は果たせたわけです。
こういったことを公に論じるのは、地位の高い人にとってはある程度気概が必要なことではないかと思われます。