以下のバグは、ほとんどがベスト版、PSP版では修正されている。
要注意バグ
罪状が手に入らない
3-3をクリアした後、郵便屋に話しかけても罪状が手に入らない場合がある。事前セーブ推奨。
原因は不明だが、携帯袋が一杯で倉庫の途中に空欄があったりすると発生する模様。携帯袋を空けておけば恐らく大丈夫。
罪状に限らず、宝箱からのアイテムも手に入らない場合があるので注意が必要。
持ち上げっぱなしになる
敵を持ち上げた後、すぐにキャンセルすると、敵が持ち上げられたままの状態になる場合がある。
発生すると敵を全滅させることができなくなってしまう。
これまた原因不明。持ち上げていたキャラが戦闘不能になったら治ったという報告あり。
個数限定アイテムが手に入らなくなる
個数限定アイテムは売却しても再度入手することができるが、暗黒議会でわいろとして渡してしまうと、二度と手に入らなくなる。
（地図の切れ端を除く。）
その他のバグ
攻撃射程・範囲の表示が欠ける（PSP版でも発生）
大好き屋ありのラズベリルで高レベルの魔法を使用すると、攻撃射程の赤い部分、攻撃範囲の青い部分の表示が一部欠ける。
（範囲が広すぎると欠けるので、杖装備キャラにサファイアを隣接させても発生する。）
Mvが高いキャラの特殊技でも同様の現象が発生する場合あり。
ジオシンボルが動かない（PSP版でも発生？）
特定のマップで、移動するはずのジオシンボルが動かないことがある。リセットすれば元に戻る。
ベースパネルが消える
固定キャラ、汎用キャラ合わせて128人（最大人数）になると、修羅の国でベースパネルが消えてしまう。
流浪の鍛冶屋に別のアイテムを渡してしまう
暗黒議会で流浪の鍛冶屋にアイテムを渡す際に、渡すアイテムが倉庫にある場合、実際には24個下のアイテムが消えてしまう。
また、必要なアイテムが倉庫アイテムの下から24個以内にある場合、議題そのものが出現しない。
病院でフリーズ
病院の景品を受け取らずに溜めていると、33個になった時点で固まる。
（バグ技あり→本スレログ抜き出し。メモリを破壊しているので自己責任で。）
アクターレ＝バール？
携帯電話でダークヒーローを呼び出すと、「バール殺しの罪」が出現する。
ギブス関連
ギブスを装備したキャラの他の装備を外したり、弟子のレベルが上がったりすると、HP1で復活する。
摩訶不思議ゲート（PSP版でも発生？）
摩訶不思議ゲートで不思議な小部屋に入った場合、マップのどこかにゲートが残ってしまっている。
小部屋戦闘で摩訶不思議ゲートに入った場合、別の小部屋に行くことになる。
裁判所ゲートが存在する階で摩訶不思議ゲートに入ると、魔界裁判所に入ってしまう。
オーバーフロー（PSP版でも発生）
ダメージが一定値を超えるとループする。
ドレインなどのHP吸収技の回復量が一定値を超えるとダメージになる。
獲得経験値が一定値を超えるとマイナスになる。
樹巨人族のHPが一定値を超えると、HP回復量がループする。
プリニーのHPが一定値（約4000万）を超えると、ダメージ量がループする。
消費SPが一定値(32768？)を超えると逆にSPが回復する。
コンボ数が増えると命中率計算のためのHITがオーバーフローを起こしてミスになる。
その他
ステータスの数字などが青や緑になってしまう場合がある。再起動すれば直る。
ホルルト村の視点が45度ズレっぱなしになることがあるとか。これは話を進めれば戻るらしい。
お得意様ランクが11以下のときに、高額のアイテムを売って買い戻すと、13以上になる。意味は無し。
キャラメイク時の魔物型撃破数がおかしい。
ガンナー大好き屋の数値が25以上になる。効果は25まで。
