エヴァのストーリーが意味不明です。

エヴァンゲリオンとは
人類を防衛するために人工的に作った使徒です。
使徒は、生物です。
それをコピーして、人間の思うとおりに動かせるように、
いろいろな機材を取り付けたというわけです。

使徒とはなにか？
なぜ、人類と敵対するのか？
どのような経緯でエヴァンゲリオンが作られたか？
について解説します。

はるかなる過去、
地球に知的生命が誕生する以前、
宇宙のどこかで、高度な知的生命体が誕生しました。
これを「神」とします。

その生命体は、他の惑星系にも、知的生命体が入った種をまきます。
本来、それらは、一つの惑星に一つづつ漂着するはずでしたが、
地球には二つの種が漂着します。
これがエヴァ世界におけるファーストインパクト（ジャイアントインパクト）です。

地球に落ちた生命の種の一つ、
第一使徒アダムの卵である「白き月」は南極に落下。
第一使徒アダムからは第三使徒から第１７使徒までが生まれました。

もう一つの生命の種
第二使徒リリスの卵である「黒き月」は神奈川県足柄下郡箱根町付近に落下。
（第三新東京市、ネルフ本部は「黒き月」の上に立てられています）
第二使徒リリスからは、知恵を持ち科学を操る第１８使徒リリンが誕生します。
第１８使徒リリンとは、別名ヒト、人類と呼ばれるものです。

「神」の本来の予定では、一つの惑星に栄えるべき、
知的生命の種は、一つであるべきとされ、第一使徒から生まれたものは、
第二使徒から生まれた、リリン（人類）を滅ぼそうとします。

使徒と人類の起源、、ロンギヌスの槍の使用法等を書いた文書が見つかります。
それが『死海文書』です。
情報はゼーレと呼ばれる、秘密宗教結社に独占、秘匿されることになります。

ゼーレは死海文書の記述どおりに、第一使徒アダムを発見。
これは、人類を滅ぼそうとするはずだから、
ロンギヌスの槍などを使って無力化しようとしますが、失敗。
セカンドインパクトを起こし、南極は死の世界となります。

ゼーレはさらに探索を進め、第２使徒リリスを発見。
勝手に動かれると、ゼーレの予定が狂うので、
体は、ネルフの地下で磔にし、魂を取り出して行動不能にしました。
（ゼーレは、ネルフの地下にいるのはアダムであるという偽情報を流しました。）

ゼーレは、やがて襲ってくる第３使徒から第１７使徒に対抗するため、
使徒と対抗できる、人工の使徒を作り始めます。
アダムとリリスをコピーして、人間の思うとおりに動く使徒を作ろうとしたのです。
それが、エヴァンゲリオンです。
（第一使徒アダムは粉々になっていましたが、ある程度復元できていましたし、
魂のサルベージにも成功していました。）
アダムとリリスをコピーしたのですが、コピーにはＳ２機関とよばれる動力源と
魂が入っていませんでした。

動力源は当面、電力で代用することにしました。

魂を作ろうとしましたが破壊本能しかない魂しか作れませんでした。
（それをダミープラグといいます。）
そこで魂の代わりに、人間が乗り込んでその代わりをしようとしたのです。

はじめは、事故など発生し、うまくいかなかったのですが、
パイロットの肉親の魂がエヴァンゲリオンに溶け込んでいた場合、
溶け込んだ肉親の魂がインタフェースの役割をして、
パイロットが操縦できることが、発見されました。
（綾波レイ、渚カヲルは人間ではないので、
このような仕組みなしでエヴァンゲリオンを起動できます。）

私はTV版、リニューアル版、DVD版すべて見ました
（劇場版はまだ見てません）
エヴァって何回見てもあきませんよね