DTMのみで耳コピーする時に音源の問題 有料音源じゃないと再現出来ない表現があ...

そもそも「耳コピ（ー）」というのは譜面を用いず、自分お耳を頼りに音を拾う行為のことです。
音を拾って何をするのかはまた別のお話です。

自分の勉強のために行う耳コピなら多少の音色の違いはあっても奏でるフレーズは忠実であれば目的を果たせると思います。
音源を自分で再現するための耳コピなら、どんな楽器音を用いようが結果的に同じように聞こえるようにミックスできれば良いのでしょう。

あなたの耳コピは何のためのものでしょうか？
既成曲を耳コピで打ち込んで再現しそれを合法的に公開するにあたって、一部の楽器音を別の楽器で代用している場合にそれがアレンジに当たってしまうのかどうかを気にしているのなら、答えはNOです。
単に楽器を変更するだけではアレンジや改変にあたらないというのを著作権関係の書籍で見た記憶があります。残念ながらその書籍がなんだったかは思い出せないのですが。

>代用とアレンジはやっぱり違いますかね？
目的次第ですよね。少なくとも個人で楽しむ範囲ならどうでもよいと思いますが、楽器音を変更して同じフレーズを奏でるだけなら「アレンジ」とは言い難いと思います。