学とみ子のブログ

病気と心を語り合いたいです。

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このブログでは、STAP細胞のES混入説では実験結果を説明できないと言っています。

単独犯であれば、膨大な実験を一目につかぬよう、一人で管理しなくてはならず、ひとりで何種もの質の異なる実験を独占する手しかありません。

小保方氏をES混入犯から守ってくれるものは、やはりSTAP論文しかありません。
論文には膨大な実験結果が載っており、これらの実験結果は、STAP細胞がESであったら説明できないのです。なぜなら、多くの実験は、STAP細胞とES細胞の比較実験だからです。

過去に、レター論文の図4などを貼り付けて当ブログに“混入説の問題点”書いているのですが、もう少し具体的に実験結果を載せてみることにしました。

以下はレター論文です。レターはFig1234で構成されており、Extented Figは123456となっています。それぞれFigごとに図表が4-9個含まれています。
レター論文では、CD45、ES,TS,STAP,STAP幹、FI幹細胞とオールスターが登場します。
この中で、混入説を採用すると、STAP,STAP幹、FI幹細胞は皆ESとなります。ESを用いてESと比較する実験になります。
こうした膨大な量の実験をねつ造するなど、実行不能なことと思います。

Fig1 STAP細胞とSTAP 幹細胞を用いた実験 
Octでソートした細胞は、胎児のみならず胎盤形成に寄与する

a bは若山氏が違うといった?胎児胎盤の写真 
c  STAP細胞はキメラの胎盤・卵黄のう形成に寄与するとの棒グラフ(キメラ胎児の6割に貢献)
d  STAP細胞は胎児形成能を持つOct4,Nalog,Rex1を発現するが、ESとの比較で示す
およびTSマーカー(Cdx2、Eomes, Elf5)の発現についてTSとの比較で示す
e  STAP 幹細胞3種は、胎盤形成に寄与しない。 TSとのGFP細胞の割合の比較
f  STAP 幹細胞、ES 細胞は Cdx2、Eomes,、Elf5 マーカーを発現しない。TSとの比較

Fig2
a STAP細胞塊からFI細胞へ転換していくとの図
b Fgf培地で細胞が平坦化コロニーへ変化していく写真 Octの発現
c d  FI細胞におけるインテグリンα7、Eomesの免疫染色
e  ES TS FI細胞 STAP細胞 CD45+細胞におけるOct4, Cdx2、Eomesの発現の違い
FI 細胞とSTAP細胞では、Cdx2転写量は十分だが、FI細胞の免疫染色では核内より細胞質内に十分量Cdx2蛋白の存在が確認でき、一方のSTAP細胞は転写量は十分であっても、Cdx2、Eomesの核内蛋白の存在は確認できない。これらの現象より、FI 細胞とSTAP細胞において、転写後の蛋白合成は複雑なダイナミックな調整である。
fg  FI細胞(Cag-GFP) は胎児の53%において胎盤に寄与する(n=60) 胎盤胎児写真
h  FI細胞3種における細胞レベルでの胎盤寄与率。FI細胞の種類によって、若干寄与率が異なるが平均10%  FI-SC‐1 では15%、 FI-SC‐2では4%、 FI-SC‐3では10%
(GFP陽性細胞の占める割合で示す)、一方ES3種では胎盤寄与率はゼロ
i デンドログラム
j k  JACKインヒビターを入れた時のESとFI細胞のqPCR (Oct4,Nalog,Rex1)の違い
(JACKインヒビターでESは除去され遺伝子のqPCR値が低下するが、FI 幹細胞はJACKインヒビターの影響を受けない)

Fig3
FI細胞をLIF+FBS培地で培養するとOct4、Nanog, SSEA-1を発現してきてES様細胞(STAP幹細胞)となり、このES様細胞は,TSマーカ(インテグリンα7、Eomes9)の発現を失う。

b ES様細胞はES並みの遺伝子発現(Oct4,Nalog,Rex1Kelf24,Sox2,Esrrb・・・)を保つが
TS並みの遺伝子発現(Cdx2、Eomes,、Elf5)を失う。
e f  FI細胞はMEKインヒビターを入れて培養するとバラバラになって死んでしまうが、ES細胞は生き残る (TSとFIはFGF-MEKシグナル系に依存しているが、ESは依存していない)。

Fig4 チップセックシークエンスによる遺伝子発現の図
このブログで過去に紹介した図、CD45+、STAP細胞,、STAP 幹細胞、FI 幹細胞、ES、TSにおける各細胞の違い

次に、Extented Figure に移ります。

Fig1 B6x129F1マウスから得たCD45+由来STAP細胞より作られたキメラが胎盤を形成するの写真. GFP陽性細胞は胎盤、卵黄のう共に存在する。

Fig2
a b GFPラベルしたES細胞とFI細胞を胚盤胞に注入して作製したマウス胎盤におけるGFPの存在の証明写真
FI細胞から作製した胎盤は、外中内側のどの部分にもGFP陽性細胞が確認できるが、ESを用いた場合は確認できない。組織写真
c FI-SC細胞における4種のgene蛍光免疫写真
d TS及びFI-SC培養において培地からFgfを除くと起きる変化の違い 
TSは多核の巨細胞を生じる。一方のFI細胞は増殖を止め次第に死んでいく。
生体内でのFI細胞の胎盤形成は、Fgfからのシグナル低下を超えた現象である。
e Fgfを除去して6日経ると、TS細胞は4N 8N細胞が増えるが、FI細胞ではそうでない。

Fig 3 
a トランスクリプトーム解析図 
それそれCD45、ES,TS,STAP,STAP幹、FI幹細胞において、mRNA発現量がアップしたか、ダウンしたかについて、多数の関連遺伝子(100を超える)ごとに調べて一覧とした図(ヒートマップ図)
ESとSTAPは異なっているが、ESはSTAP幹細胞、FI幹細胞に似ている。
内胚葉関連遺伝子 Gata4、Sox17は、ESに比べてSTAPの方が発現が多い(Oct-GFP-dim細胞において発現している)
b  CD45、ES,、STAPにおけるヒートマップ図 CD45、ESのプロファイルは異なるが、ESとSTAPは似ている。
CD45、ES, STAPにおけるヒートマップ図

Fig4 セルサイクルにおけるトランスクリプトーム解析 ESとSTAP細胞の比較

Fig5 
abcd JACKインヒビター(0.6μMと0.6 M)を入れてES細胞とFI細胞を48h培養した場合の違い 
ESは48hで死滅してOct-GFPが消失する。FI細胞は0.6 MでOct-GFPが残る。
ef 青い蛍光色素を挿入したES細胞をFI細胞の1/10量に加えて、Fgf入りTS用培地でFI細胞と共に培養すると48h 後、Oct-GFP陽性のESが残る。そこで、培地にJACKインヒビターを入れておくとOct-GFP陽性のESが消えている。
g FI細胞におけるα7とOct-GFP発現を示したFACS図

Fig6
a FIから転換させたES様細胞は、インテグリンα7を失うが、pluripotencyのマーカーOct, Nanog,SSEA-1を発現するの蛍光免疫写真
b FIから転換させたES様細胞は、テラトーマを形成し、内中外胚葉由来器官をつくる。外胚葉(神経上皮)、中胚葉(筋組織)、内胚葉(気管上皮様組織) 
c Oct-GFP陽性のFI細胞をMEKインヒビターを入れたTS培地で培養するとOct-GFPは消失
 桑実胚 胚盤胞 ES STAPのクラスターツリーダイアグラム
e ボルカノプロット図 桑実胚とSTAPとの比較
f ボルカノプロット図 胚盤胞とSTAPとの比較

この記事に

「万能細胞 iPS ES STAP」書庫の記事一覧

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体内時計さんがため息ブログに書いています。

>という謎に包まれた答えが返ってきました。

つまり、誰が何をしたのか?調査では解明できません。実験をした人の証言が合わないわけです。食い違う実験者同士の議論をさせていません。

多額の税金を使って、正当性不在のサンプル調査をしても、真相解明はできません。素人はそこまで気付かないと思った理研関係者がいるのです。

つまり、ES混入の事実があったかを誰も決められないし、証拠、証言も得られません。それでも、小保方氏に重い責任を負わせたのですから、桂報告書は、再考されるべきです。

須田文庫本に追記された調査委員の様子は、新たな展開につながるかもしれません!

桂報告書が、キメラ、幹細胞の責任をしっかり特定して、小保方氏反撃の道を残した----と言えそうです。

2018/10/13(土) 午後 2:11 学とみ子 返信する

アノ姐さんは、以下のようにコメントしてます。

ご自身が正しいと思ったことは、絶対に正しいと、アノ姐さんは最初から決めつけています。調査委員は正しく認識しているが、小保方氏が狂っている。調査委員は真実を知っているとの大前提です。

真実不在の事件であることの認識は微塵も感じられません。

須田氏に情報提供した人は、まさにES派です。
須田氏は、こうした人からのみ、情報操作されていた事を、ここでも暴露しています。

>述べた内容が客観的な事実と明らかに違ったりすることもあった。「あとで冷静になって他の情報もつきあわせるととても理論が成り立たず、間違っている発言もかなりあったと思わざるを得ない」

2018/10/13(土) 午後 3:37 学とみ子 返信する

----間違っている発言もかなりあったと思わざるを得ない」

間違っているかは不明である事についても、小保方氏は間違った事ばかり言っている❗️と読者に思わせることを目論んだ巧みな表現になっている。

小保方氏が、間違った事を言っていると断定したわけでないとの言い逃れがきく表現だ。

2018/10/13(土) 午後 5:23 学とみ子 返信する

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> 学とみ子さん

>小保方氏が、間違った事を言っていると断定したわけでないとの言い逃れがきく表現だ。

研究論文に関する調査報告書という題目なのですから、調査した結果を淡々と報告すべきなのに、

「たまたま小保方氏と共同研究する立場にはなかった大部分の研究者も、もし自分が共同研究をしていたらどうなったかを考えると、身につまされることが多いだろう。」
という調査者の「感想文」が入っています。これは、「小保方氏が、間違った事を言っていると断定した」のことと同然で、報告書の品位が疑われると思います。 削除

2018/10/13(土) 午後 6:19 [ WAINSHUTAIN ] 返信する

> WAINSHUTAINさん
同感です。
理研には、常識的なSTAP派と、小保方無能論、混入犯で事件を終息させようとするES派がせめぎあっていたと思います。

ご指摘の文章は、公的報告書に書き込むような内容ではありません。
こうした公文書の格調を落としてしまうような文章を書き込んでしまったのはES派ですが、それをSTAP派が見逃したのも、小保方側からの名誉毀損の戦いを有利にするためではないか?と感じています。

2018/10/13(土) 午後 8:06 学とみ子 返信する

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たまたま、テレビの再放送で「相棒」を見ていたのですが、若手有望画家に、偽ピカソを書かせる詐欺事件が題材でした。画家は苦しみながらも、贋作をかいたのですが、画家は、ブルーの時代のピカソ絵の中に、近所の喫茶店のコースターを書き込みました。この絵が贋作であることに周りが気づいてほしいとのメッセージでした。

犯行が確定されていない小保方氏の悪口がこのように調査書に書き込まれてしまった裏の背景に、「戦ってほしい」と、理研STAP派が報告書に込めたメッセージとして読むことはできないでしょうかね?

2018/10/13(土) 午後 8:34 学とみ子 返信する

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ため息さん、

つまらないことにからまないでください。
>アノ姐さんは、以下のようにコメントしてます。
のすぐ下の文章に、又、アノ姐さんと言う言葉がでてくるのだから、まだ、学とみ子の引用は始まっていないのですよ。引用の印>はちゃんと入っているでしょ。

WAINSHUTAINさんも、学とみ子の文章を理解してます。

学生の中には頭の悪い人がいるかもしれませんが、そうした学生のレベルに合わさせたような指導を持ち出すのを止めてください。

それより、オタクの体内時計さんも、plusさんも、Lさんの貴重なコメントを正しく理解していないようですよ。
Lさんのコメントが、間違って解釈されていたら、Lさんに迷惑がかかりますよ。
そちらをアドバイスしてあげてください。
彼らがSTAPを正しく論評できるよう、お役目をお願いします。

以下の体内時計さんのコメント、これの意味って何ですか?

>Lさんは「一ヶ月もあれば十分だったと思います」と書かれていますが、調査委にこれ以上の調査を望むことは不可能だったのではないでしょうか

2018/10/13(土) 午後 9:03 学とみ子 返信する

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つづく
>須田氏が須田氏を暴くのはありえないので、

須田氏が自らの未熟性を暴露しているという意味ですよ。
本人が意図しなくても、バレちゃいます。

2018/10/13(土) 午後 9:04 学とみ子 返信する

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>「間違っている発言もかなりあったと思わざるを得ない」これも桂委員会のある委員の発言を須田氏が著作に書いたものです。前のコメントにすぐ続くコメントですから、この記述をもって「読者に思わせることを目論んだ」のが須田氏なのかアノ姐さんなのかこれではわからない。どっちなんでしょ?

読者に目論んだのは、研究者です。研究者は、須田氏が記事を書くのを知っていて、須田記事を読んだ読者が、「小保方ってでたらめな奴なんだ!」と思うような内容で、研究者が須田氏にしゃべっているという意味です。

なんで、ため息さんもそうした解釈にならないのかが、不思議ですけど・・・。

2018/10/13(土) 午後 9:17 学とみ子 返信する

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>『「真実不在の事件」であることの認識は微塵も感じられません。』とはなんでしょね?

アノ姐さんは、STAP事件が未解決な事件であることの認識がなく、ES派の調査委員の言っている事が正しく、小保方氏の言っていることはでたらめに決まっている!から、一歩もでていないという意味ですよ。

ため息一家は、STAP事件の内容を理解できていない結果、ESねつ造説に疑問を持たないというのが学とみ子の主張ですから・・。もちろん、一家全員がそうだとは言っていませんけどね。

2018/10/13(土) 午後 9:29 学とみ子 返信する

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> 学とみ子さん
>「つまらないことにからまないでください。」
つまらないことではないですよ。
「ttps://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15701589.html 2018/10/12(金) 午後 2:00学とみ子 私にとって、このブログは妄想ではありません。公的文書のような精度や信頼性は求められません。ーー略ーーいくら推敲しても、良くなるとは限りません。」とおっしゃるから、学様の記事がわかりにくい・わからない原因が、推敲がなされてないからだと指摘したわけです。その例として、このコメントを取り上げたわけですね。

普通、「...引用します」とあったら、その次は引用文がきて、その後にこの引用文の反論、評価等々が続きます。ちがいますか?
(続く) 削除

2018/10/14(日) 午前 7:07 [ ため息 ] 返信する

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(続き)
学様のは「...引用します」の次に学様の評価・結論があり、引用文は最後にあるのです。あえてこのような構成にする意図がわかりません。もしこのような構成をするのなら、引用文の後に、再度、結論をしつこく記載することでしょう。2つのコメントは続いていて、最初のコメントには引用の後になにもないように見えるだけだと強弁するかもしれません。しかし連続しているとの表示もなく、2つのコメントを合わせても制限の500字を超えません。ワープロ等で推敲してからコメントすべきでしょうね。
こんな文章の構成で、他の人を納得させることができますか?

しかも、引用した文は、確かにアノ姐さんのコメント(ttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=13272#comment-18601)にありますが、アノ姐さんはきちんと「捏造の科学者 文庫版」からの引用と書いてあるわけですから、学様は元の文書にあたり、間違いのないことを確認して元の文書を引用すべきでしょ。孫引きはだめと教わったでしょ?
(続く) 削除

2018/10/14(日) 午前 7:07 [ ため息 ] 返信する

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(続き)
>「学生の中には頭の悪い人がいるかもしれません}
そういえば、mjもんた君の感想文も添削したことがありましたな。レベルを合わせられたと思うのなら、ご両者共に怒り狂う前に何故かを考えてほしいですね。

>「須田氏が自らの未熟性を暴露しているという意味ですよ。」
『スーパー大辞林:『ばくろ 1【暴露・曝露】(名)スル
� 他人の秘密・悪事などをあばいて明るみに出すこと。』
だから「須田氏が須田氏を暴くのはありえない」という当方の言葉の使いかが正しいと思うわけですな。「自らの未熟性をさらけ出している」が適切な表現でしょう。

で結局、学さんのこの2つのコメントは「アノ姐さん...」に始まるのですが、内容は須田氏への批判で、アノ姐さんは関係ないのでね。ようやくわかりました。 削除

2018/10/14(日) 午前 7:07 [ ため息 ] 返信する

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> ため息先生

不完全な学とみ子でご迷惑をおかけしています。
多くの省略があり、書き手の気持ちが読み手に伝わらないことがあると思います。

それぞれの人たちの知識のバックグラウンドも違いますし、理解の行き違いが起きると思います。

しかし、それは私の文章だけに限りません。
他の方も、それぞれに表現の理解が難しいです。

短すぎて、意味の分からない方
容易に、相手の知識を否定する方
根幹での理解が足らなくて、そこに触れずに文章をつくるため、結局、意味が分からない方

論じているSTAP事件が学術的に難しい、不明なことが多い、情報操作があちこちにある・・・

このように、STAP事件は、人びとを右往左往させる要因が多いと思います。

ですから、こうした問題を論じるには、お互いにエチケットが必要と思うのですが、このエチケットを、私を含めて皆もが守っていないと思います。

つまり、STAP論議の性格上、お互いに相手を否定せざるを得ない状態になっています。
ここで論じる人、皆が陥っているのではないでしょうか?

2018/10/14(日) 午前 7:48 学とみ子 返信する

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言語とはそもそもある程度の幅の広さ、曖昧さを持っており、時代とともに揺れ動いています。
散文的表現においては、コンテクストから意味を読み取る必要がありますね。

暴露について

■デジタル大辞泉(小学館)

[名](スル)
1 むき出しにすること。特に、悪事・秘密などをあばいて明るみに出すこと。また、それらが明るみに出ること。「真相を―する」「収賄が―する」「―記事」

2 風雨にさらすこと。また、さらされること。

3 細菌・ウイルスや薬品などにさらすこと。また、さらされること。「高病原性鳥インフルエンザウイルスに―する可能性の高い地域」「天然痘に―する危険がある」「水銀―」

■暴露 の例文(出典:青空文庫)

・・・前に自分の愚かしさを暴露するのを感じつつも、たどたどしく百二十七・・・ 有島武郎「親子 」

■ Wiktionary日本語版(日本語カテゴリ)

1 不正や秘密、恥などを暴くこと。または、自ら世間に曝(さら)すこと。

2 不正や秘密、恥などが明るみに出ること。発覚。

3 剥き出しになること。風雨に曝(さら)されるこ

2018/10/14(日) 午前 9:55 [ gen**ron ] 返信する

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ため息さん

>「須田氏が自らの未熟性を暴露しているという意味ですよ。」
>>‥だから「須田氏が須田氏を暴くのはありえない」という当方の言葉の使いかが正しいと思うわけですな。「自らの未熟性をさらけ出している」が適切な表現でしょう。

「須田氏が自らの未熟性を(自ら)暴露しているという意味です。」と大人は()を入れて読むのです。そうして暴露行為に等しいと言ったと理解して問題にしないのです。
いちいち揚げ足を取らないで、もう少し学さんに自由に語らせてあげたらどうですか?

学さんは、「長いものには巻かれろ」と桂報告書の矛盾に沈黙してしまう科学社会の人々の中で、同じく桂報告書に疑念を持つ一般人に、真摯に応えてくれている人です。
出来たら3年前に言ってほしかったとは思いますけどね。
あの一研究者グログの「在米ポスドグ」さんも、「思うことはあるが、火中の栗を拾い、怪我をして自分の将来をダメにしたくない」とポロっと言ってましたから。
(つづく) 削除

2018/10/14(日) 午後 0:31 [ セイヤ ] 返信する

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ため息さん

(つづき)
>推敲がなされてないからだと指摘したわけです。

推敲々と人に言われますが、ため息さんが私に投げ返した、「小生はセイヤさんを『「当方の頭はボケている」とか言って』いませんよ。どこに書いてあるんでしょ?」とのコメントは推敲されたうえでのことですか?
ため息さんが、自らそのように言ってる追加コメントは消されたかと思ったら、まだため息ブログに残ってますよ。あなたの言う推敲って「天保水滸伝」のことなの?

ため息さんのすごい記事があります。(侮辱罪ーmjもんた君へ2018年9月25日 sigh)
>一方、mjもんた君は、ある方の職業、所属先、氏名を明確にして誹謗中傷行為を行いました。mjもんた君が示した属性をもった実在する方がいた場合、その方がmjもんた君が本来対象としているかどうかとは関係なく、別人であっても、その方の社会的評価を低下させたことになります。

ある方って誰?
ため息さんであろうという人は、ブログで言われていて顔写真まで出てるのに、別の人がいるんだったら大変だッ。すぐ否定してあげなきゃ、その人は 削除

2018/10/14(日) 午後 0:36 [ セイヤ ] 返信する

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> gen**ronさん

暴露について様々な意味を提示し、コンテクストから意味を読み取れと発言するのは結構ですが、gen**ronさんは学さんの主張を理解きるのですか?「真実不在の事件であることの認識は微塵も感じられません。」の意味、弁解がある前に理解できました?
学さんの発言スタンス「公的文書のような精度や信頼性は求められません。」を承認できるのですか?
単に同じ擁護グループだといって横から茶々を入れるのはご自由ですけど、それが学さんをサポートすることになってると思っているんでしょうか。
サポートするのなら、記事、コメントを意味がわかるように書くように意見を差し上げたらどうでしょ。そのようなことができるのが仲間でしょうが。仲間でもないため息が推敲したらいかがでしょと言うのはおかしいでしょ? 削除

2018/10/14(日) 午後 0:44 [ ため息 ] 返信する

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> 学とみ子さん

>犯行が確定されていない小保方氏の悪口がこのように調査書に書き込まれてしまった裏の背景に、「戦ってほしい」と、理研STAP派が報告書に込めたメッセージとして読むことはできないでしょうかね?


返事が遅くなり申し訳ありません。

委員のメンバーを見れば、「戦ってほしい」と思う人はいないですね。仮に理研STAP派がお願いしても聞く耳を持たないでしょう。 削除

2018/10/14(日) 午後 1:45 [ WAINSHUTAIN ] 返信する

> WAINSHUTAINさん
調査委員のなかには、一部著者らに利害関係のある方が選ばれていた事は、公正でないとの追及の材料となるでしょう。須田氏もそこを暴露してるし----。

2018/10/14(日) 午後 3:20 学とみ子 返信する

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