|
Because of the inability clone STAP cells from single cells, we must await future technical advancement to examine whether their dual-directional differentiation potential at the population level may reflect one totipotent state at the single-cell level or two different states of STAP cells coexisting (or fluctuating between them) in culture
.
狸氏が、上記の記事の英文を楽しく解説してくれた。http://giveme5.hateblo.jp/ 落語のようにオチ付きであるが、これを考えるのに、どの位の時間がいるのか？
いづれにしろ、才能の無い人では思いつかない文章だ。
狸さん、話題作りをありがとう。
確かに、この英文をグーグル訳に入れると、全然訳さず、とんでもない日本語になってしまうことがわかった。 グーグル訳は、英文の医学論文を、医学論文らしい日本語で訳す。
そのための秘密は、訳の参考となる専門用語に関連する周辺知識をさがし、それとふさわしい日本語言い回しも選ぶ仕組みにあるようだ。
今回は、主語の判断が難しかった・・・。
この訳の話題からはなれるが、学とみ子がレター論文の後半に書かれた英文を紹介したのは、大事なことを伝えたいと思ったからだ。
STAP研究が途上にあること、未知の部分が多いことを、上の英文は語っている。 今後、STAP細胞を単一の細胞として検索をしていった時に、STAP細胞がどのような初期化状態にあるのか？がわかるかもしれなかった・・・。
元の細胞の何がキメラの体細胞を構成することができたのか？
STAP細胞を単細胞とした場合、細胞1個単位で胎盤と胎児になれる能力を持つのか？
TS様細胞とES様細胞の別々の細胞のミックスなのか？
TS細胞と、ES細胞が分かれる時、遺伝子制御はどう変化するのか？
注入された胚盤胞が着床する時、胚が子宮の状態を見回すとしたら、その時の遺伝子発現はどうなるのか？
着床後の胚では、元の各細胞間で、陣地取り合戦はどうなるのか？
上記のように、単一細胞としてのSTAP細胞の検索と、集団としてのSTAP細胞の検索との２方向で、研究が進むのかな・・・。 集団としてキメラマウスの臓器を作っていく過程の研究において、元T細胞やB細胞由来STAP細胞でもキメラの体細胞になれるのか？
同時に、STAP細胞単離への努力も続くだろう。
STAP細胞は、元の細胞が何かがわからない。
CD４５のもろもろ細胞集団のままで、ESとされて研究が終わらされてしまった・・・。
学とみ子が落ち込んだところで、話題を変えていこう。
注入されたSTAP細胞が、T細胞やB細胞由来であったとする場合を考えてみる。
キメラマウスで運よく増殖できて体細胞となった際、それらの細胞のTCR（BCR）の再構成パターンはまちまちである。
キメラマウスを調べても、いろいろなTCR（BCR）パターンがでてきてしまえば確認はできない。
だから、査読者2氏のようなアドバイスになるのだろう。
単一のTCR（BCR）を持った細胞が、大規模に増殖でき、どこかの臓器を形成すれば、その臓器ではサザンブロッティングで証明できるのかも・・・？
普通に考えると、キメラマウスにおいては、ホスト細胞のTCR（BCR）パターンも混ざってしまう。
このホスト細胞のTCR（BCR）パターンも多様だから、もう、何がなんだか、わからなくなってしまうだろうなあ～。
どなたか、ご意見ありますか？
|
この記事に
> 学とみ子さん
キメラの尾っぽでも、どこでもいいから体細胞をとりだしTCR遺伝子の構成を調べるのです。具体的なTCR遺伝子構成の調査方法は、私は専門家でもないので知りませんが、できるわけで、行ったのでしょ？その結果、キメラの体細胞にはTCR再構成はなかったわけでしょ？
ここまで（１）は同意していただけますか？
TCR再構成のパターンは関係ないのです。本来（キメラでも）体細胞ではTCR再構成がないからです。「元ドナーTCR再構成パターン」はどうでもいいのです。どんな形でも再構成があればいいのです。あれば、その由来はTCR再構成のあった注入したT細胞にあるのです。つまり初期化されたT細胞が増殖分化してキメラの体細胞になったわけです。STAP現象の証明ができたことになります。
これ（２）は同意していただけますか？
（続く）
2018/10/3(水) 午前 9:11 [ ため息 ] 返信する
> 学とみ子さん
（続き）
方法の議論ではないです。ロジックです。学さんは注入したT細胞のTCR再構成パターンがわからないから、論理的にできないとおっしゃっているんでしょ？その意見はちがうと私は言っているのです。
実験の組み立ては専門ではないので実験方法を知らないから、当方にはできません。もし（実際にそうでしたが）TCR再構成が認められなければ、方法の議論をしてもいいです。（丹羽氏が解説したように）本来はあるべきなのに、検出できない理由を議論してもいいのです。しかし、その議論ではSTAP現象があったともなかったとも結論できないでしょう。
2018/10/3(水) 午前 9:12 [ ため息 ] 返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん
＞ＴＣＲ再構成があるかを調べればよいのですよ。
だから、それをどうやって調べるか？ですよ。探索方法をご解説ください。
2018/10/3(水) 午前 11:40
返信する
やっぱり、TCRパターンが個々の細胞ごとに違うというTCRの意味を理解できてない人が多いようです。これだけ説明してるのに－－－－(涙)｡
細胞学者が、TCRの部分で反STAP論者になった理由ですね。
2018/10/3(水) 午後 0:01
返信する
>普通に考えると、キメラマウスにおいては、ホスト細胞のTCR（BCR）パターンも混ざってしまう。
このホスト細胞のTCR（BCR）パターンも多様だから、もう、何がなんだか、わからなくなってしまうだろうなあ～。
「免疫細胞以外の体細胞」と「免疫細胞」を適切に分離できれば、「ホスト細胞の内の<免疫細胞以外の体細胞>」から遺伝子再構成を検出することは出来ません(機器の精度の限界は勿論あります)。
またそれらの適切な分離の上にしか、論文には採用されなかったとは言え、笹井氏が参加して以降の特許書類にも採用されている「2Nキメラの電気泳動図」も存在しえません。
ジェイコブ・ハンナの論文でも同様です。
ttps://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(08)00447-9
この「分離」の実施に関して、彼の論文に具体的直接的な記載があることを期待したのですが、そうはっきりしたものではなかったです。が、FACSソートで実現していることは十中八九間違いないでしょう。
マテメソに97%以上の精度があると書かれています。
2018/10/3(水) 午後 0:09 [ aruimiouji ] 返信する
続きです。
＞ＴＣＲ再構成があるかを調べればよいのですよ。
だから、それをどうやって調べるか？ですよ。探索方法をご解説ください。
例えば二種類の免疫系に特異的な抗原を利用し(論文の別の実験では、ダヴル陽性細胞などが頻繁にあられます)、二回に分けて(か、同時に出来るのかも実地の実験経験がないので分からないですが……)、ソートを実施したとして、(3/100)^2で、9/10000≒1/1000の精度です。1000個に1個しか免疫系細胞は混じりません。
実験系の正当性を担保するに十分です。
ジェイコブ・ハンナの論文で、具体的直接的に記載されていないのは、恐らくあまりに常識的過ぎるからでしょう。
2018/10/3(水) 午後 0:18 [ aruimiouji ] 返信する
aruさん、
ハンナさんの論文のセルラインやキメラのサザンの図からの考察を書き込んでください。
そして、他の方にも2008年のハンナさんの論文を読むように勧めてください。
他の方も、STAP実験との違いが理解できると思います。
2018/10/3(水) 午後 0:20
返信する
STAP論文でのTCR遺伝子再構成を利用したリプログラミングの証明論では、正にSTAP細胞が雑多な集団で単一細胞に乖離して培養系で増殖/維持させることが出来なかったが故に、B-iPSを用いたジェイコブ・ハンナの論文のようには「単一の遺伝子再構成を持つポピュレーション」をキメラアッセイに利用することは出来ませんでした。従って、培養系で維持された「胚盤胞注入前の遺伝子再構成を持つ細胞」と「キメラアッセイで体細胞から見つかった遺伝子再構成を持つ<免疫細胞以外の体細胞>」の同一性を示す実験を必須としていません。
多くの人が認めるSTAP論文に於ける<リプログラミングの証明論>では、STAPの元細胞とキメラアッセイでキメラ寄与した体細胞(細分化後は免疫細胞以外)の同一性証明は不要なのです。
それは、「単一細胞に乖離して培養系で増殖/維持させることが出来なかった」STAP細胞の特徴をポジティブに汲んだ結果です。
まあ、立論者によるものなので当然と言えば、当然ではあります。
2018/10/3(水) 午後 0:21 [ aruimiouji ] 返信する
すみません、投稿した順番のままで公開してくれませんか？。
それだけでもニュアンスが随分と変わってしまいます。
2018/10/3(水) 午後 0:32 [ aruimiouji ] 返信する
>PCRで増幅したDNAをゲル展開した2NキメラマウスのTCR遺伝子再構成を示した結果は、サイエンス誌査読で間違いと指摘されたではないですか？
このレフリーの指摘を理解していたら、なぜ、著者らがこの図をとりさげたかの理由もわかるのと思います。
簡潔にまとめれば、STAP細胞には増殖能はなかったので、その事実を事実として真摯に受け止めれば、サイエンスの「査読者２」の査読は常識的な擁護派(具体的に誰なんだ？、とツッコまれると困りますが……最後の砦はJISAIさんだけになってしまったようなので(^^A)には、無理難題を押し付ける過剰なイチャモン査読に写っていると思います。
学さんのユニークな点は……内緒話にしませんか？。
ツイッターには「ダイレクトメール」という機能が付いていて、内緒話が出来ます。そっちは文字数制限はないですよ(^^A。
2018/10/3(水) 午後 0:36 [ aruimiouji ] 返信する
> 学とみ子さん
aruimioujiさんと同じことなんですけど...繰り返していっているんですけど。
キメラ動物の体細胞（免疫関係を除く）のDNAにTCR再構成があったらその原因はなんですか？
キメラだろうと正常発生した動物であろうと、体細胞にはTCR再構成が生じないのだから、原因は注入したTCR再構成があるT細胞にしかないでしょ？
ほかに理由があるのなら教えてください。
この場合、注入したT細胞のTCR再構成遺伝子パターンを知る必要があるのですか？
「TCRパターンが個々の細胞ごとに違う」ことと、この実験には直接の関係がないのです。
同一のTCR再構成パターンを持ったT細胞を注入する必要はないのです。複数のT細胞のTCR再構成パターンでもいいのです。ともかくキメラの体細胞に、どのようなパターンであってもTCR再構成が認められれば、そのTCR再構成は注入したT細胞に由来することになるのはおわかりでないのでしょうか？
2018/10/3(水) 午後 1:10 [ ため息 ] 返信する
> 学とみ子さん
＞だから、それをどうやって調べるか？ですよ。探索方法をご解説ください。
Nature論文のMETHODに書いてある方法（TCR-b chain gene rearrangement analysis.）で調べればよいでしょ。
STAP細胞ではFig1.iのように「TCRパターン？が個々に違う」ので、ラダーのようなバンドになってますが、仮にそのうちの１つのSTAP細胞がキメラに寄与した場合には、そのラダーの中のどれかがバンドとして見えるでしょうし、複数のSTAP細胞が寄与した場合には複数のバンドとして見えるでしょうね。
2018/10/3(水) 午後 1:13 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
> aruimioujiさん
さっそくのコメントありがとうございます。
＞キメラアッセイに利用することは出来ませんでした。
だから、STAP特許の図では、たとえ、元のT由来細胞があってもPCRゲル図ではそのTCRはみえない。
＞同一性証明は不要なのです。
同一TCRを証明するというのではなく、同一TCRでないと、ゲル図で見る事ができないからです。
ハンナさんは、B-iPSにおいてBCR遺伝子切り取り状態(再構成)を単一化させたセルラインを使っています。複数のセルラインを作って、それぞれのセルラインBCR遺伝子ごとに、ゲル図を展開させています。ここを揃えないと、ゲル図でラインが多すぎちゃいます｡特許図のように｡
携帯にて作文しており、説明不足ですみません。
2018/10/3(水) 午後 1:26
返信する
続きです。
簡潔にまとめれば、STAP細胞には増殖能はなかったので、その事実を事実として真摯に受け止めれば、サイエンスの「査読者２」の査読は常識的な擁護派(具体的に誰なんだ？、とツッコまれると困りますが……最後の砦はJISAIさんだけになってしまったようなので(^^A)には、無理難題を押し付ける過剰なイチャモン査読に写っていると思います。
学さんのユニークな点は……内緒話にしませんか？。
ツイッターには「ダイレクトメール」という機能が付いていて、内緒話が出来ます。そっちは文字数制限はないですよ(^^A。
2018/10/3(水) 午後 3:02 [ aruimiouji ] 返信する
＞キメラアッセイに利用することは出来ませんでした。
だから、STAP特許の図では、たとえ、元のT由来細胞があってもPCRゲル図ではそのTCRはみえない。
ttps://twilog.org/aruimiouji/nomen
特許図はこちらが元になっていますので、こちらを載せます。
TCR再構成を示すバンドは写っています。
これなしに吉村先生の立論はあり得ません。
>ここを揃えないと、ゲル図でラインが多すぎちゃいます｡特許図のように｡
一つのレーンに複数写っているバンドのことを言っていますか？。
僕は尻尾を十本もまとめてPCRに掛ける前の下処理をすればいいと、吉村説には取り敢えずの反論をしています。但し、「キメラ1」「キメラ2」という表記がそれぞれ一匹のキメラマウスを表すのなら、的外れな「原理論的な批判」に過ぎなくなりますが。
キメラはかなりの数があったと推定できます。
2018/10/3(水) 午後 3:33 [ aruimiouji ] 返信する
> aruimioujiさん
ヤフーでも、内緒モードありますが、建設的意見交換は、いろいろな立場の方に見ていただきたいとの希望があります。
しかし、反STAP派の方は、議論でなくて、学とみ子の言っていることを頭ごなしに否定し、認知症と言います。
こうした方は、TCR、BCRを本気で理解しようとの熱意が感じられません。同じ議論を繰り返すだけです。これをピラニア軍団と呼ぶのでしょうか？
2018/10/3(水) 午後 5:57
返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん
やっぱり、議論が同じところを回っています。ため息一家での議論なら盛り上がると思います。
このブログでは、ハンナさんの論文や、ここで紹介しているTCR論文に関する論文についての意見交換を希望します。
2018/10/3(水) 午後 6:06
返信する
> aruimioujiさん
＞例えば二種類の免疫系に特異的な抗原を利用し(論文の別の実験では、ダヴル陽性細胞などが頻繁にあられます)、二回に分けて(か、同時に出来るのかも実地の実験経験がないので分からないですが……)、ソートを実施したとして、(3/100)^2で、9/10000≒1/1000の精度です。1000個に1個しか免疫系細胞は混じりません。
実験系の正当性を担保するに十分です。
タブルポジティブというのは、2種類のBCRがでる事があるという意味ですか？
BCRは分化の過程で、細胞表面に表出するBCR蛋白の種類を変化させていきますよね。その過程で、二種類のBCRが出るという意味でしょうか？
2018/10/3(水) 午後 7:41
返信する
つづき
いづれにしても、キメラ臓器に浸潤するホストB細胞の率が低いはずという話なら、それだけではバンドの複雑性は説明がつきません。
ハンナさんの実験では、キメラ臓器を構成する元B細胞のBCRを揃えているからこそ、きれいなBCRのバンドが出ます。ハンナさんのキメラマウス全体が、単一BCRのB－iPSとホスト細胞で構成されています。単一BCRを持つ細胞から臓器が構成されているので、バンドがクリアです。
STAP実験の場合は、尻尾細胞に寄与したT細胞のTCRは元から多様ですから、バンドが無数に出てしまいます。そこにさらに、ホスト細胞のTCRも混じります。
2018/10/3(水) 午後 7:44
返信する
> ため息さん
＞キメラの尾っぽでも、どこでもいいから体細胞をとりだしTCR遺伝子の構成を調べるのです。具体的なTCR遺伝子構成の調査方法は、私は専門家でもないので知りませんが、できるわけで、行ったのでしょ？その結果、キメラの体細胞にはTCR再構成はなかったわけでしょ？
＞できるわけで、行ったのでしょ？
STAP論文の方法ではできないです。
TCRのできる過程を理解できれば、その理由がわかります。
ご自身が専門家でないという理由はとおりません。
専門家でない人には、学とみ子がでたらめを言っているかどうかを決めつけることができないはずです。
コメンテイターが次々と悪口を書き込むのに賛同できないはずです。
仮にT細胞がSTAPキメラの一部を構成できたとしても、それが元のT細胞由来のTCRかの判断ができません。遺伝子ゲル展開の図では、バンドの情報だけで元の細胞を判別する必要があります。この説明では理解してもらえないかもしれません。
TCR再構成図や、ハンナさんの論文のゲル図をもう一度、じっくり見てください。
2018/10/3(水) 午後 8:33
返信する