JR横須賀線北鎌倉駅から都営大江戸線勝どき駅までの通勤定期を経由新橋～汐留（徒歩）で購入したいのです

こんにちは。

鉄道会社の現業におります。

横須賀線の新橋駅⇔大江戸線の汐留駅を徒歩移動
・・・での定期券ということですね。

徒歩連絡駅ではないので、現状一枚にする術はありません。
ごめんなさい。
定期券は一枚に出来ませんし、質問者様が仰るように両方ICカード定期券にすると、間違えてチャージから引き落としてしまう可能性もあります。
（元々、ICカード定期券は一枚所持で複数所持は推奨していません。）

大江戸線の定期券自体は、都営線の駅でしたら購入できますので、
大江戸線の汐留駅でなくても大丈夫です。
ただ、都営線の駅で最南端は“泉岳寺駅”とか、横須賀線に近い駅だと“新橋駅”なので、汐留駅と変わらないですね。

※この回答は、“締め切られた質問への回答追加”として、2018/04/07 14:39に回答者の方よりご依頼をいただき、教えて!gooによって代理投稿されたものです。

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ご質問の経路ですと、ICカード定期券は2枚にせざるをえませんが、以下の方法もあります。
（1か月定期運賃の比較）

◆１
　北鎌倉～新橋：21,540円（Suica限定）
　汐留～勝どき：7,080円（PASMO限定）
→合計：28,620円
都営地下鉄の定期券は、都営の新橋駅で購入できます。
https://www.kotsu.metro.tokyo.jp/subway/branch/

◆２
しかし、浜松町・大門での乗り換えであれば、1枚にできます。
　北鎌倉～浜松町：21,250円
　大門～勝どき：7,440円
→合計：28.690円

◆３
JRのSuicaの2区間連絡定期にすると、1枚のSuicaにできます。必ずJRの駅で経路を紙に書いて示しながら、「2区間連絡定期」と言って購入してください。
https://www.jreast.co.jp/suica/new_s/info_2kukan …
　北鎌倉～新橋：21,540円
　大門～勝どき：7,440円
→合計：28,980円
※実際の乗り換えは、新橋（徒歩）汐留で問題ありません。
上記URLの経路図（3番目の主な発売パターン）で、
　A駅：北鎌倉
　C駅：浜松町（大門）
　B駅：新橋
　D駅：勝どき
そして、C駅とD駅の間に汐留があることになります。定期区間内の駅です。