参考サイト 3ds.guide ---> Finalizing Setup
上記サイトは頻繁に更新されています。
今回の記事は、2018/01/14時点の記載内容を参考に作業を行なった行なった物です。

   
Sys 11.3.0-36J となっています。

Anemone3DS (cia ファイルを入手)
Checkpoint (cia ファイルを入手)
hblauncher_loader
GodMode9
DSP1 (cia ファイルを入手)
FBI (cia ファイルと3dxファイルの２つを入手)
Luma3DS Updater (cia ファイルを入手)
CTRNAND セットアップスクリプト (setup_ctrnand_luma3ds.gm9)
SDカードクリーンアップスクリプト (cleanup_sd_card.gm9)
homebrew starter kit 　(前編で入手導入済みの場合は不要)

FBI（CIAフォーマットのゲームやアプリケーションをインストールするツール）
Anemone3DS（カスタムテーマをインストールするツール）
Checkpoint （3DSおよびDSゲームの保存ファイルのバックアップと復元）
Luma3DSアップデータ（CFWインストールを簡単にアップデート）
GodMode9（NANDとカートリッジ機能を実行できる多目的ツール）
Homebrew Launcher Loader（自作アプリ起動用のランチャー）

ファイル更新により記事の構成方法と異なり正常動作しないことも考えられますので
この記事作成時点でのファイルのセットを置いておきます。
極力最新版を入手し使用して下さい。

以上で必要なファイルの入手が完了しました。

SDカードをPCにセットする。
   
SDカード内を確認し3dsフォルダが存在しない場合は、
starter.zip を解凍し3dsフォルダをSDカードのルートにコピーする。
3dsフォルダにFBI.3dsxをコピーする
SDカードのルートにciasフォルダを作成する。
hblauncher_loader .zipを解凍し、hblauncher_loader.ciaを ciasフォルダにコピー。
lumaupdater.ciaをciasフォルダにコピー。
FBI.ciaをciasフォルダにコピー。
DSP1.ciaを ciasフォルダにコピー。
Anemone3DS.ciaをciasフォルダにコピー。
Checkpoint.ciaを ciasフォルダにコピー。
   
SDカードのlumaフォルダにpayloadsというフォルダが存在しない場合は作成する。
GodMode9.zipを解凍し、GodMode9.firmを/luma /payloadsフォルダにコピー。
/luma /payloads フォルダ内に ntrboot_flasher.firmがあれば削除する。
Godmode9 .zip の gm9フォルダをSDカードのルートにコピー。
setup_ctrnand_luma3ds.gm9 を/gm9 /scripts フォルダにコピー。
cleanup_sd_card.gm9 を/gm9 /scripts フォルダにコピー。

[SD]
├[Nintendo 3DS]
├[boot9strap]
├[luma]
│└[payloads]
│　└GodMode9.firm
├[3ds]
│├
│└FBI.3dsx
├[cias]
│├hblauncher_loader.cia
│├lumaupdater.cia
│├FBI.cia
│├DSP1.cia
│├Anemone3DS.cia
│└Checkpoint.cia
├[gm9]
│├[scripts]
││├
││├cleanup_sd_card.gm9
││└setup_ctrnand_luma3ds.gm9
│└[support]

3DSを本体バージョンの更新を行ないます。
    
本体設定 --> その他の設定 --> 本体更新
更新実施。
   
2018/01/14時点の配信バージョン 11.6.0-39J に更新されました｡

HBL起動環境の構築。
    
ダウンロードプレイ アプリを起動します。
L + ↓ + SELECT 同時押しで、Rosalinaメニューを出す。
    
Miscellaneous options を選択する。
Switch the hb. title to the current app. を選択する。
    
Operation succeeded. と表示。
Ｂボタンを数回押してRosalinaメニューを閉じる。
HOME ボタンを押しダウンロードプレイを一旦終了。
   
再度、ダウンロードプレイを起動する。
Homebrew launcher が起動すれば成功です。

    
HBL メニューから FBI を選択し起動します。
    
SD --> cias と進み、＜current directory＞をAボタンで選択。
    
“Install and delete all CIAs” を選択してCiasフォルダ内のアプリを全てインストール。
(各ciaファイルを削除しない場合は、“Install all CIAs”を選択します。)
インストール後のファイル削除確認のメッセージが出ますのでAボタンを押す。
Install finished. と表示され終了。Aボタンを押します。
    
終了後、HOME ボタンを押してHOMEに戻る。
HOME画面にアプリが追加されます
追加されたプレゼントボックスを開けます。

    
HOME画面からDSP1のアイコンをタップし起動させインストール実行する。
Bボタンを押すとHOME画面に戻るとともにアイコンが削除されます。

STARTボタンを押しながら電源ONでGodMode9を起動させる。
    
初回起動時等の場合、必須ファイルのバックアップ作成のメッセージが出る。
バックアップを作成するように求められたら、（A）を押して実行し、（A）を押すと完了する。
RTCの日付と時刻を修正するように求められたら、日付と時刻を設定してください。
    
HOMEボタンを押しアクションメニューを出します。
    
“Scripts…”を選択
“setup_ctrnand_luma3ds”を選択。
Aボタンを押しスクリプト実行。
SDカードなしでも実行出来る環境を作成するか？の問い合わせメッセージが出る。
Aボタンを押し開始。
    
SysNAND (lvl1) のロックを解除し書込みを実行するメッセージが出る。
Aボタンを押す。
画面に表示されたキー操作を行ないCTRNANDに書込み実施
Luma3DS copied successfully 書込み完了
Aボタンを押す。
    
Aボタンを押し再ロックする。
GodMode9のメイン画面に戻る。

以上でCTRNAND Luma3DS の構築が完了。
これで、SDカード未挿入でも3DSが起動できるようになります。

    
“Scripts…”を選択
“Backup SysNAND”を選択。
バックアップファイルの保存先が表示されます。
Aボタンを押しスクリプト実行。
    
バックアップには少々時間がかかります。
完了すると、バックアップファイル名が表示される。
Aボタンを押す。

RとBを同時に押します。
上画面のファイルリストから SDCARDの表示が消えます。
SDカートを取り出すことが出来ます。

SDの/gm9/out/の中に、＜date＞_＜serialnumber＞_sysnand_###.bin と
＜date＞_＜serialnumber＞_sysnand_###.bin.sha が作成されます。
PC内に大切に保管してください。
SDカードを3DSに戻します。

B9Sセットアップ後の不要ファイルの削除を行ないます。
ciasフォルダやboot9strapフォルダ等を他の用途でを使用している方は、このスクリプトは
使用しないで今回使用したファイルをマニュアルで削除して下さい。
    
GodMode9のメイン画面にて、HOMEボタンを押しアクションメニューを出します。
“Scripts…”を選択
“cleanup_sd_card”を選択。
    
ファイルの消去を行ないます？
Aボタンを押し実行。
Cleanup completed successfully と表示され終了。
Aボタンを押しGodMode9のメイン画面に戻る。
STARTボタンを押し再起動する。

バージョンは、Sys表記です。

CFWの環境構築方法についても参考サイトでは随時見直しが行なわれています。
当ブログでもB9Sのインストール方法をいくつか紹介していますが、
CFW環境構築については記事公開日によって内容が異なります。
初期導入アプリの見直しやGodMode9のスクリプト使用による簡素化か主です。
当記事内容で躓いたら他のB9S導入記事も参考にしてください。
Boot9Strap の新規導入。v9.0～11.3 (2017/06/24版) 後編。
Boot9Strap の新規導入。v9.0～11.3 (2018/01/14版) 後編。
ntrboothaxを用いた B9S の新規導入。(2017/08/13版) 後編。
hardmodを利用したB9Sの新規導入。(2017/11/12版) 後編。
B9Sの新規導入。v4.0～9.0 (2017/12/10版) 後編。