サイエンスライターの片瀬久美子氏が、『EM菌で鶏舎を消毒していたら「鶏舎内環境からのサルモネラ検出率」が年々上昇してしまった農場の事例』を紹介している。

これは2011年度に徳島県の畜産関係業績発表会で発表されたもので、公文書開示請求によって入手したものとのこと。文書自体も公開されている。これによると、ある養鶏場で食中毒の原因菌として知られるサルモネラ菌の検出率が年々上昇するという出来事があったそうだ。この養鶏場ではEM菌液を鶏舎内に頻繁に散布し、消毒薬は使っていなかったという。そこで徳島家畜保健衛生所にて調査を行なったところ、EM菌液についてサルモネラ菌を排除する効果は見られたものの、消毒効果が証明されている1％消石灰水と比べて効果は弱く、鶏舎内での使用を考えると消毒効果は期待できないという結論が得られたという。

また、その結果を踏まえて問題の養鶏場に消石灰水での消毒の利用を指導したところ、サルモネラ検出率は減少する結果となったそうだ。