macOS 10.13.4 High Sierraでは誤った記述のplist設定ファイルを読み込むとファイル自体が削除されてしまうバグが修正されたようです。詳細は以下から。
High SierraではmacOS 10.13.3までに間違った記述があるプロパティリスト(以下、plist)を読み込むと、plist自体が削除されてしまう不具合が報告されていましたが、AppleはmacOS 10.13.4でこの不具合を修正したようです。
Summary:
If a plist is invalid (missing a closing tag for example) attempting to read the plist with `defaults read /path/to/plist` deletes the entire file.rdar://37729361: defaults read deletes entire file when reading invalid plist – OpenRadar
この不具合は米Meredith Corporationのシステム管理者Eric Holtamさんらによって報告され、AppleはHigh Sierraで誤った記述のあるplistを読み込むとNSUserDefaultsがplistを削除し再設定するよう仕様を変更(強化)しているので、この問題も正しい動作なのではないかと議論されていましたが、
macOS 10.13.4 Build 17E199で試してみたところ以上の通りdefaultsで間違った記述のあるplistを読み込んでもplist自体が消去されることはなく、これによりユーザー設定が半永久的に反映されないという現象も起こらなくなると思われるので、High Sierraの方はmacOS 10.13.4へアップデートしてみて下さい。