他にこうしたほうがいいとか、この設定も必要だったとか、この設定はいらないとかあればコメントかTwitterなどどこでもいいので教えていただけると嬉しいです。

Gradle Pluginのアップデート

-        classpath 'com.android.tools.build:gradle:3.0.1'
+        classpath 'com.android.tools.build:gradle:3.1.0'

最新のビルド環境にする

+android.enableD8=true
+android.enableD8.desugaring=true
+android.databinding.enableV2=true

DataBindingを使っているプロジェクト

databinding.enableV2でincludeタグで使っているDataBindingがNullableじゃなくなるので!!を消します。(ビルドのログの中で警告が出るので、それで場所がわかります)
ほかNullableになっているところを!!を追加を行ったりします。

.idea/codeStyleSettings.xmlがあるプロジェクトのマイグレーション

Android Studio 3.0.1まではコードスタイルの設定の置き場所が.idea/codeStyleSettings.xmlになっていましたが、3.1からは.idea/codeStyles/codeStyleConfig.xmlと.idea/codeStyles/Project.xmlに分かれました。

マイグレーション方法としては3.0のプロジェクトを3.1のAndroid Studioで開くことで自動的に2つのファイルが作られます。
どうやら.idea/codeStyles/codeStyleConfig.xmlがどのコードスタイルを使うかの設定が書かれており

<component name="ProjectCodeStyleConfiguration">
  <state>
    <option name="USE_PER_PROJECT_SETTINGS" value="true" />
  </state>
</component>

.idea/codeStyles/Project.xmlにはプロジェクトのコードスタイルが入るようになっています。

<component name="ProjectCodeStyleConfiguration">
  <code_scheme name="Project" version="173">
    <option name="USE_SAME_INDENTS" value="true" />

.gitignoreを以下のようにしました

-!.idea/codeStyleSettings.xml
+!.idea/codeStyles/*