ひとつのゲームをひとつのチャートで構築すると、チャートが巨大になってしまい、管理が難しくなります。LiveNovelでは複数のチャートを扱うことができるので、ある程度の大きさのチャートに分割することをおすすめします。
どのように分割するかは自由ですが、例えば以下のような分け方が考えられます。
チャート1
【タイトル画面】

ゲームメニュー(スタート/終了)
 ゲーム本編呼び出し
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チャート2
【ゲーム本編】
 1日目呼び出し
 2日目前半呼び出し
 2日目後半呼び出し
 3日目呼び出し
 エンディング呼び出し
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チャート3
【1日目】
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チャート4
【2日目前半】
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チャート5
【2日目後半】
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チャート6
【バッドエンド】
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チャート7
【3日目】
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チャート8
【エンディング】
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チャート1はタイトル画面を表示した後、ゲームメニューを表示します。チャート2は本編の流れを管理するためのチャートで文章はありません。文章はチャート3~8に記述します。
新たにチャートを作成する時はチャートリストを使います。「表示」メニューの「チャートリスト」を選択するとチャートリストが表示されます。

新しいチャートを追加する時は、右クリックし、メニューの「追加」をクリックします。また、「複製」を使うと既存のチャートをコピーすることができます。チャートを編集する時は、リストをダブルクリックするか、右クリックメニューの「開く」をクリックしてください。
あるチャートから別のチャートを呼び出す時は
「チャート呼び出し」ノード

を使います。
「チャート呼び出し」ノードが実行されると、実行は指定チャートに移り、そのチャートの実行が終了するとまた戻ってきます。
例えば上記のシナリオだと以下のようになります。
 「ゲーム本編」チャート
|  「1日目」チャート
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まず最初の呼び出しで実行が「ゲーム本編」チャートから「1日目」チャートに移ります。そして「1日目」チャートが「終了」ノードによって終了すると、呼び出し元に帰ってきます。そして次は「2日目」チャートを呼び出すことになります。
「チャート移動」ノード

も同じように別チャートに実行を移すことができますが、こちらは移動先チャートが終了しても戻ってきません。
ゲーム起動時、どのチャートから始めるかという設定はプロジェクトオプションの「開始チャート」で変更できます。