裁量労働制に関する厚生労働省の異常データ問題は、２０１８年度予算案の衆院通過を巡る与野党攻防にも影響を与えた。野党６党の反発を受け、与党は当初目指していた２７日中の衆院通過を断念した。与野党は２６日夜から２７日未明にかけて断続的に５回の幹事長・書記局長会談を開催。野党は、裁量労働制に関する調査やり直しや、働き方改革関連法案の国会提出断念を求め、明確な回答がなければ日程協議に応じないと表明。協議は折り合わず、与党は２７日中は衆院予算委員会や本会議での採決を見送ると野党に伝えた。
衆院通過は２８日以降にずれ込む。会談後、自民党の森山裕国対委員長は２７日の採決について記者団に「非常に難しくなった」と語った。立憲民主党の福山哲郎幹事長は「整わずだ。（２７日）午前０時を超えたので予算委理事会の再開はない。二階（俊博・自民党）幹事長が『もう（本会議は２７日中に）開けないな』と言った」と語った。
自民、公明両党は当初、２６日の衆院予算委員会の理事会で、安倍晋三首相と全閣僚が出席した締めくくり総括質疑を２７日に行って採決することを提案。同日中に衆院本会議で可決し、参院に送付する構えだった。
野党は先週末に再調査や法案提出断念を要求。これに関し森山氏が２６日に立憲民主党の辻元清美国対委員長に回答を伝えたが、再調査には「引き続き国民に対する説明責任を果たすよう政府に申し入れる」とするなどの内容だった。事実上のゼロ回答で、野党は「無責任な回答だ」（立憲の枝野幸男代表）と猛反発していた。
与野党幹事長会談の合間の２６日夜には、与党側の連絡不足で衆院財務金融委員会を開こうとする動きが生じ、野党側がさらに反発を強める場面もあった。【村尾哲、真野敏幸】
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