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当ブログで、周回遅れで相澤論文の話題をアップしたが、研究者層、すなわち、その筋の人たちからのコメントはなかった。研究者層のコメントがあるとしたら、どんな内容か？は少し気になったが・・・・。
このブログでは、相澤論文を文言通りに理解してはいけない、相澤論文は小保方パートの限界をしっかり示し、挑戦はあくまでキメラに限定し、その確認が得られなかったのでSTAP論文は再現できないと結論したまで！と言っている。
相澤氏がキメラにこだわったのは、小保方氏擁護であった。それを受けて、オーステンスミス氏も、STAP細胞とSTAP論文を分けて考える必要性を示しながら、コメントを書いている。
いづれにしろ、STAP問題は現状でも、結論が出ていない状況で、それを思えば、相澤論文の解釈について、同意でも反発でも出てもおかしくないかと・・・。
２０１６年、相澤論文が出た頃は、ネットでどのような議論があったのか、ネット検索をしていくと、
やはり、いろいろ、擁護派に大変な出来事があったようだった。
残念ながら、専門家によるサイトでは、多くがSTAP細胞を否定している学者たちによる議論となっている。
専門家と思われる人のうち、STAP否定者はネット書き込みをするが、STAP擁護の人は、ネットに不用意な書き込みはしないとの構図がある。
もともと、学者界は、選ばれた人たちによるスモールワールドであるわけだから、その中でもSTAP細胞否定をしている学者たちからしか意見が出ないのは残念であるし、ここにSTAP事件の問題点がある。 専門家たちによるESねつ造推進サイトやブログと言えど、書き込み者はHNしか書かれていない。
結局、書き手はどこの誰かはわからないのだが、このスモールワールドに属する筋の人たち同士では、ある程度には、それぞれがお互いに、どこの研究所か、どこの大学の人であるかはわかっているのかもしれない。
しかし、その筋の人以外の素人にはわからない。
学とみ子にとっては、HNしか書かれていないコメント内容を、勉強させてもらったりしながら、書き手が専門家かどうかを判断するしかない。
そして、感じることは、このスモールワールドに属する人たちは、STAPがESから作られたとする説では、論文を説明するのができない事が分かっている人たちである事だ。
もちろん、この筋の人たちは、公開サイトには、ESねつ造論は正しいとしか書かない。
ESねつ造論で矛盾がでてくる部分には触れない。
STAP細胞の柔軟性を論じた論文の結論には触れない。
STAP細胞はフェイクだから、論じる必要など無い！と言う。
そして、論文結論に影響がでないような図表のミスに執着して批判文を書いている。
STAP実験は小保方氏による空実験では説明がつかないとの指摘に対して、この筋の人たちは決して議論に入ってこない。
この筋の人たちは、学とみ子が当ブログに、STAP細胞とES細胞との比較実験の責任者は誰だ？！と騒いでいても、無視している。
ESねつ造で矛盾が出てくる部分など無い！とのスタンスを崩さないようだ。
話は少し変わるが、ESねつ造論をかつぐその筋の人たちが集まるサイトの話をしたい。
そのサイトで、科学論文の和訳をめぐって論争が起きた。
対象となった論文とは、細胞が周りの環境を察知して、生き残りのために細胞の周りの環境を変えるという結果を示したものであった。
酸性条件により、細胞が変化するとの論文であった。
腫瘍細胞が、細胞周囲の環境を酸性条件に傾かせ、周りの細胞に影響を及ぼすとの観察である。
酸性条件になることで、細胞に初期関連遺伝子が働きだす事が確認できた。
つまり、（悪い）腫瘍細胞が影響力を発揮して、周りの細胞を同じ（悪い）仲間にさそっていくとの話である。
STAP現象と共通するところがあるのではないか？との議論が、擁護派から起きたようだ。
それに呼応するように、この論文の興味深い部分を、ES論者ブログ管理人が和訳をアップしてくれた。
しかし、それを読んだ一読者（仮にA氏）がかみついた！
「この訳は間違っている、あなた方は、どうしてそんなに英語ができないの？」と。
この挑戦的なコメントを発した人は、英語は得意なのだろうが、科学者ではない。 だから、細胞が周りの環境を酸性にするとか、細胞が薬に抵抗するとかが理解できていないようであった。
生物学を知らない人にとっては、細胞が電気を作ったり、細胞同士、接触してお互いを感じ合ったりしている現象を理解していないであろうから・・・。
この挑発に乗せらされた形で、このサイトの常連さん（科学者たち）から、
「訳は間違っていない！」の応援のコメントが寄せられた。
科学者である常連さんは、当然、科学用語には詳しい。おまけに、日常的に科学英文を書いているし、“使える英語”を操る人たちだ。
A氏のような一般人で英語が多少得意なだけでは、常連さんたちに太刀打ちができるわけはない。
しかし、このA氏も強気な人で、自身の主張をなかなか曲げなかったため、議場は大いに盛り上がった。
当然、A氏は科学的な知識がないので、科学者たちが日常的につかっている用語の意味がわからないのである。
辞書には訳が無いなどつっぱっていたが、最後は、A氏は折れた。
このやり取りを読んでいて、学とみ子が感じたことは、
ここに書き込んでいる人達の中には、実際にSTAP裁定に関与した人たちはいるであろう？
最終の報告書が書かれる前に、調査内容の情報が入ってくる立場にいた人もいるのだろう？
であった。
そして、若山氏がどのような証言をしたのかも、知っているかもしれない・・と思った。
桂調査員会は、小保方氏や若山氏を呼んで質疑応答(尋問）をしたが、その実態は全くのブラックボックスである。
小保方氏は、ある程度に調査の様子を「あの日」で語っているが、若山氏の発言は全く不明である。
若山氏は、STAP細胞は特殊な条件で一過性にできたかも知れない？・・・と言ったのだろうか？
学とみ子の勝手な想像で恐縮だが、こんな若山発言があってもよいかと思う。
「STAP幹細胞がどのような性質のものか？幹細胞としての機能と性質をしっかり保有しているかの実験は、私たちの研究室でやった。幹細胞の能力に関する実験を小保方氏一人で空実験ではできない。私は、直前に論文を見せられたが、空実験であれば、即座に空実験とわかるので、その場で論文発表に反対するし、私が論文発表会に参加する事など考えられない（怒り）」
以上の記述は、あくまで想像ですが、幹細胞を作るというのは、その性質を実験で確かめることを含むものだ。
いつか、若山氏からこうしたSTAP幹細胞の話を聞ける機会はあるだろうか？
そして、この筋の人たちが、いつかSTAP事件で見聞きした事を語ってくれる時はくるのであろうか？・・・
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この記事に
## 全塩基でゲノムを比較したときの近似度について
たとえば、これが私が計算してみた一例です。
expo70.xyz/image/k80-distance-matrix-4.png
このときの値は、木村の方法による配列間距離で表しています。つまり、値が小さいほど、配列が似ています。配列は測定によるばらつきをどこまで許容するかによって変わってきます。だからここでの値も、相対的なものです。また、同じ細胞株を２回シーケンスしたサンプルの間で、既に 3.03 x10^-4 の違いがあります。つまり、FES1や他の３つの細胞株の間の違いというのは、測定に伴う「ばらつき」ぐらいしかないということです。
expo70.xyz/stap-related-cells.html
にまとめてあります。
2018/2/13(火) 午後 6:07 [ kanso2 ] 返信する
## 考察
さらに細かく違いを見ても、（２回のシーケンスで異なる測定による「ばらつき」らしきものを除くと）ほとんど塩基は細胞株間で一致しています。
expo70.xyz/image/FES1-FES2-specific-SNVs-in-STAP-related-cells.png
ここから推測するに、「近縁率表」で見ている近縁率の違いというのは、シーケンスに伴う「ばらつき」に因るのではないかと思います。データから言えるのは、３つの細胞株のゲノムは、ＦＥＳ１のものにほぼ一致していている、また、３つの細胞株の間の違いは「ばらつき」とほとんど区別ができず議論できない、ということだと思います。
2018/2/13(火) 午後 6:08 [ kanso2 ] 返信する
> kanso2さん
お忙しいところ恐縮です。
＞点変異と見なせそうな部分 24649塩基ですか？つまり、この部分の塩基が変化しやすい部分ですね。塩基結合が弱いのか？つまり、全ゲノムを見なくても（お金がかかるので）、この２，４万部分をチェックすれば、ある程度は近縁率を予測できるのでしょうね？
長く培養を続けたり、凍結融解をくりかえすと、さらなる塩基変化が起きると言うことですね。
＞そう言うためには、実験や見積もりなどの議論が必要です。
いくつかの議論を経れば、ある程度の確率で近縁率から、細胞が作られた順（可能性）は出てくると考えて良いですか？今回のような99%を超える近似値では、順序の決定は無理ということの理解で良いでしょうか？
2018/2/13(火) 午後 7:32
返信する
続き
3.03 x10^-4の表記の意味ですが、１０の4乗でいいですか？すると、３０３００個の塩基の測定誤差（違い）が出るということで、元のいくつの塩基を決定すると、測定誤差で3万の違いが出てくるのでしょうか？１－２％で出てきてしまうのでしょうか？これは技術(（測定機器）の向上で克服できるのでしょうか？
結局、FLS3, CTS1,129/GFP、FES１の3細胞は極めて近縁とまでしか言えないというご教授ですね。
ご教授、本当にありがとうございました。
外野の騒音にめげず、又、いらしてくださいね。
2018/2/13(火) 午後 7:33
返信する
> gen**ronさん
＞和モガ氏「FES2はFLS3を混ぜて作った」という仮説を完全に捨てたわけではなく、FES2のSNPパターンを解析すると、「もとから129X1B6の受精卵ES細胞だった」とも考えられる、というくらいに解釈していました。
今回はSNPではなく、ミトコンドリアDNAからES2は受精卵ESと決め手と思います。FES2は、核のDNAと細胞質のミトコンドリアDNA（母型）が一致したからです。
一方、FES1は両者が一致していないとの見解だと思います。
和モガ氏はTS氏が解析アップしたデータから推論していますね。和モガ氏も、TS氏も勘の良い天才肌ですね。TS氏はもしかすると研究所などで解析をしていた方ではないか？？だから、Ts氏はあまり文章を書かないのかな・・・・・。
2018/2/13(火) 午後 8:22
返信する
つづき
遺伝子解析は、今はいろいろな職種の人たちが参入していて、研究者以外でも、起業家、解析用の機器・試薬メーカーの人は、専門的な知識を持っていると思います。
つまり、以前の遺伝子解析業界は、研究者でなければ論じられないような難しい課題が多かったのでしょうが、理論や技術が進歩してきて、知識が一般化してきていると思います。つまり、アマプロの垣根は低くなってきていると言う意味です。いろいろな層の広い業界の人たちも、和モガ氏やTS氏の解析結果を見ていると思います。
アマと言えど、論文を読めば、研究界の進捗状況もわかります。和モガ氏やTS氏は、いろいろ専門文献を読んで発想しています。外野のチェックにさらされたりもして、彼らの言っていることの信頼性は高いです。
2018/2/13(火) 午後 8:23
返信する
蛇足ですが、医学もプロアマの垣根は低くなっていて、医者でなくてもたくさんの論文を読んで知識のある一般人もいます。しかし、一般人がたくさんの病気や治療効果を自ら経験できるかとなると、できませんね。せめて、ご自身と限られた周りの人たちの病気までしか経験できません。ここは、アマプロの垣根があります。
ため息氏からみると、なんでバカのことをいうババアだと言われるでしょうから、先にここに書いておきます。
2018/2/13(火) 午後 8:23
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kansoさん
解説ありがとうございました
kansoさんの解説
なんとなく、理解できたかんじがします
あなたの、全ゲノム解析によっても
桂調査報告とは、
FES1は、STAP.FLS、など
3サンプル細胞は、ほぼ同一の細胞と
いう結論に変わりないと。
受け止めていいですか？
2018/2/14(水) 午前 1:36 [ Ooboe ] 返信する
＞その「近縁率表」から、「ES細胞は事後に作成された」という結論が導き出されているということです。それも、科学的、論理的にです。
科学的、論理的に明らかに間違っている推論なのに。大笑い。
ずっと無視していたブログですが、あまりにもおかしい意見を見たので、つい。
2018/2/14(水) 午前 8:50 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん
お久しぶりです｡
揚げ足とりのコメントでなく、プロとしての示唆的コメントを期待します｡
見て見ぬふりでなく、大事な事を論じてください ｡
2018/2/14(水) 午前 8:59
返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん
近縁率表は桂調査委員会が提示した資料です。
しかも、有効桁数4桁表示で。
普通に考えれば、4桁にはそれなりの意味があることになります。
「科学的、論理的に明らかに間違っている推論」というのは、kanso2さんが出された疑義によるものですか？
現状、kanso2さんから和モガさんの解釈に対して疑義が出されているという段階と理解しています（その意味でもkanso2さんと和モガさんの議論が待たれるところです）。
学とみ子さんが紹介した、和モガさんが「FES2にFLS3が混ぜられていると推理しましたが、今は訂正しています」というのは、別に「近縁率表」に対する解釈が間違っていたと認識したわけではなく、別の新しい事実から導き出されたものではないでしょうか。
実際、kanso2さんも「値の違いに測定値としての意味があるのかどうかすら確かではありません。そう言うためには、実験や見積もりなどの議論が必要です」とされていますからね。
2018/2/14(水) 午前 10:24 [ gen**ron ] 返信する
gen**ronさん
希望は分かるのですが
和モガさんのこれまでのスタンスは
マイペース、ですね。
和モガさんへのコンタクトには
ほとんど対応なさってませんから、
議論しながら究明していくタイプでは
ない感じを受けます。
2018/2/14(水) 午後 0:56 [ Ooboe ] 返信する
別に私はプロではない。 少し論文が読めて、不正調査報告書の内容が理解できる程度の人間。
この近縁率表の解釈は、もう３年以上前に某ブログなどで議論されていたのを読んだだけ。
仮に、最初に作ったFES1細胞を1000倍くらいまで増殖させて、10本のチューブに小分けして冷凍保存したとしよう。（さらにその１本を増殖して小分けにしたりもしたかもしれないが）
小分けされたチューブ間で、例の報告書にある24649sitesのSNPsを比較したら、近縁率はいくつになると思う？
ES細胞を増殖させる際、1回の細胞分裂で約30億塩基対の内、3～4ヶ所の塩基に複製ミスが発生するという研究報告もあることを考えると、、
99.33％と99.28％に意味があるという考え方自体が、科学的に無意味だと判るだろう。
2018/2/14(水) 午後 2:04 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん
学とみ子のコメント、ご気分を害されたら、言い過ぎでした。
すみません｡
1回の分裂で十億に一個の複数ミスなら、測定誤差の方が大きいですね｡連続的に培養を続けた場合、後で取り出した細胞の方が変異が多いとの原則はあるのではないか？と｡
但し、細胞の違いとか、培養条件の違いによる影響も大きいかと思いますが…｡
おっしゃりたい正解とは、どのようなものでしょうか？
さらに、理研はなぜ機能解析をせずに、塩基配列にこだわったのでしょうか？
2018/2/14(水) 午後 6:44
返信する
有効桁数の意味がわからない人に「科学的に無意味」と言われてもなあ（笑）。
2018/2/14(水) 午後 6:45 [ gen**ron ] 返信する
0067 名無しゲノムのクローンさん (ﾜｯﾁｮｲ adef-qX8t) 2018/02/13 20:07:37
学のコメ・・
＞＞3.03 x10^-4の表記の意味ですが、１０の4乗でいいですか？すると、
３０３００個の塩基の測定誤差（違い）が出るということで、
＜＜
どこに目をつけているかが良くわかったよ。
0070 名無しゲノムのクローンさん (中止 Sdc2-/4Ts) 2018/02/14 09:45:44
>>67
しかも、-4乗（マイナス4乗）の意味が解ってない。中学からやり直しだね。（笑
2018/2/14(水) 午後 8:58 [ 弥次馬 ] 返信する
有効桁数という要するに測定の精度の話と、その精度に基づく測定結果の(目的外)解釈に意味があるかの話を区別できない人に、(笑)って言われてもねぇ。
yap*ari*w*katt*na*さんのコメントに補足すると、「99.33％と99.28％(が測定値として信頼できたとしても、和モガ氏のように実験の前提条件や目的を無視した勝手なデータ解釈に)意味があるという考え方自体が、科学的に無意味だと判るだろう。」というところですかね。
2018/2/14(水) 午後 9:14 [ 匿名 ] 返信する
> 連続的に培養を続けた場合、後で取り出した細胞の方が変異が多いとの原則はあるのではないか？と｡
なぜ「連続的に培養を続けた場合」という前提が出てくるのですか？桂委員会はそのような前提条件でSNP比較実験を行ったのですか？検証実験においてそのような前提条件を揃えるためには、学さんであればどのような追加の対処を行いますか？そして、桂委員会が「培養順序」という目的外の解釈のために、どのように前提条件を揃えたと仰るのでしょう？
2018/2/14(水) 午後 9:26 [ 匿名 ] 返信する
> 匿名さん
> 連続的に培養を続けた場合、後で取り出した細胞の方が変異が多いとの原則はあるのではないか？と｡
原則は無いんですか？こちらからお聞きしたいです。
＞「連続的に培養を続けた場合」という前提が出てくるのですか？桂委員会はそのような前提条件でSNP比較実験を行ったのですか？
桂委員会とは関係ないですよ。なんで、そうした質問につながるのですか？
＞検証実験においてそのような前提条件を揃えるためには、学さんであればどのような追加の対処を行いますか？
学とみ子は実験者ではないし、なぜ、私が意味のない質問の答えを考えなければならないのですか？近縁率は和モガ氏の発想です。
大学の先生が、学生向け質問としてのもってき方に似ています。
2018/2/14(水) 午後 11:12
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> 弥次馬さん
＞しかも、-4乗（マイナス4乗）の意味が解ってない。中学からやり直しだね。（笑
お笑いのようですけど、そういう趣味の方ですか？
相手の間違いが、野次馬さんにとって、至上の喜びというiことですね。もしかするとため息先生か？（間違っていたら大変、失礼なので、先に謝っておきますね。）
この意味は、１万に3.3回のミスが起きるという意味なのですか？kansoさん、そうなら、そうとわかりやすくかいてくださいね。
老婆心ながら、野次馬さん、日常生活では、こうしたことをしない方が良いかと・・・。ご自身の性格を（学生たちに？）隠しているつもりでも、相手にはバレバレですよ。
2018/2/14(水) 午後 11:16
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