DirectXからWindowsSDKに乗り換えたところXInputのバージョンが変わったようで設定に注意が必要でした。
結論から言うとWIndows7でWindowsSDKのXInputを使う場合、リンクするライブラリは
%WIN_SDK_ROOT%Lib\win8\um\{x64,x86}\XInput.lib
ではなく
%WIN_SDK_ROOT%Lib\win8\um\{x64,x86}\XInput9_1_0.lib
が正解らしい。
もしくはDirectXのXInputを使い続けるという選択肢もありかも。
Windows7ではWindowsSDKをインストールしてもXInput1_4.dllがインストールされないのでXInput.libをリンクしてしまうと、アプリ起動時に以下のようなエラーが出て起動できない。
コンピューターに XINPUT1_4.dll がないため、プログラムを開始できません。この問題を解決するには、プログラムを再インストールしてみてください。
これはXInput1_4がWindows7をサポートしていないらしいので諦めるしかない
ネタ元：XInput Versions (MSDN)
