アニメは「DRIFTERS」「ジョジョの奇妙な冒険」などを手がけた鈴木健一が監督。シリーズ構成は「月がきれい」「ちはやふる」の柿原優子、キャラクターデザインは「おおきく振りかぶって」「弱虫ペダル」の吉田隆彦、音楽は「逃げるは恥だが役に立つ」の末廣健一郎・MAYUKOが務める。アニメーション制作は、2017年7月に公開された本作のスペシャルアニメ映像も制作を担当したdavid productionが引き続き行う。
また公式サイトでは、アニメ化発表を行うPVを公開中。そのほか特設応募フォームから送られてきた依頼に細胞たちが応える「リアルはたらく企画」や、日本調剤株式会社監修による「オリジナルおくすり手帳」のプレゼント企画も用意されている。「オリジナルおくすり手帳」の当選者数は抽選30名で、応募期間は2月2日まで。
「はたらく細胞」は、人間1人あたり約60兆個あるという細胞を擬人化したマンガ。月刊シリウス（講談社）で連載されており、スピンオフ作品に吉田はるゆき「はたらく細菌」、杉本萌「はたらかない細胞」なども存在する。
清水茜コメント
アニメ化ありがとうございます！ 細胞の擬人化というポップな題材のおかげで皆様に受け入れていただき、非常に幸運だと思っておりましたが、その上アニメ化までしていただけるとは思いませんでした。皆様のご期待に沿えることができなかったり、周りの方にご迷惑をおかけしたり、 自分の未熟さを痛感する毎日ですが、未熟者ながら一話一話に「楽しんで欲しい」という気持ちを詰め込んで描いた漫画です。ぜひ見ていただけると嬉しいです！
鈴木健一（監督）コメント
私たちの体の中には、約37兆個もの細胞が24時間休まず働いています。「へぇ～、こんなことが起きてるんだ～」、「細胞たちがこんなに頑張ってくれてるんだ～」と、自分の体の中で起きている様々な出来事を、あれこれ妄想（笑）しながら、楽しんで観て貰えたら幸いです。スタッフ一同、細胞に負けない様、「はたらくスタッフ」となって頑張っていますので、何卒よろしくお願い致します！
柿原優子（シリーズ構成）コメント
こんなふうに体内で細胞たちが毎日がんばっていると思うと、もうちょっと自分のからだを大事にしてあげよう、と思うようになりました。 ユニークで想像力豊かな原作の魅力を、楽しくアニメ化できるよう、アニメスタッフ一同も一生懸命はたらいております。 面白くて、ちょっとためになる、細胞キャラたちのお仕事ドキュメンタリー、ぜひご覧いただけますよう、よろしくお願いいたします
