伏字にしたがる筆者・出版社

私は、質問者さんのおっしゃる「ノリ」の要素が強いのではないかと思います。

「おちょくる」とか「放送禁止用語のような扱い」ではなく、視覚的効果を狙っている、つまり、伏せ字にすることでより読者の目を引く効果を狙っている、と。

質問者さんも、「あれ、なんでここ、伏せ字になっているんだろう。一文字伏せ字にしたところで、あの会社の名前だって、誰にだって分かるよな」と、そこで引っかかったわけですよね。
そういう「引っかかって欲しい」という意図が書く側にあるのだと思います。

特に漫画などにあるのでしたらその可能性が高く、伏せ字で引用された側も、前後関係から明らかな悪意が感じられるとか、よっぽどのことがない限り、バカにされたとか失礼だと感じることはないのではないかと思います。

具体的な事例がないので何ともいえませんが、基本、「モノを書くプロだからこそ」の表現方法なのではないかなあと思います。

本当に問題になる表現であれば、編集者が規制をかけるはずです。編集者とはそのためにいるのですから、そのままで通っているということは、問題がないと判断されたのだと思います（もちろん、俗悪な週刊誌のようなものであれば、そのような規制はあってなきがごとしですが）。

漫画や小説などとは無縁ですが、一応、書籍を作る側の人間であり、書籍を売る仕事も兼業している人間としての意見でした。

出版は放送と違い、恒久的な物的証拠ですから、問題になってから訂正ができない。

明らかな誹謗中傷やデタラメ記事だけでなく、真実でも名誉毀損罪は成立しますから、今、問題にならなくても、今後問題になる可能性はある。
世相を反映した時事ネタは、少なくても現在ネタにするだけの話題性はある訳で、収束していないからネタになっていて、今後、事実が改変されるおそれがある。
重版を意識してマンガは出版されますので、そういう争いのもとを避ける出版社があるんだと思いますよ。
特に、ネットの普及した現代は、コピペで何度でも過去を掘り返して流通しますので、当時知らなかった事が、後で当事者に目に触れる可能性が高まっています。

あと厳密には、雑誌やマンガでネタにすると、他の著作権や商標権を利用して売上を出しているので、著作権や商標権の寡占権を侵害しているという訴訟は可能です。
原告に被害が出ているのではなく、原告の知的財産で被告の利益を生んでいる。これが個人と法人の権利侵害の違い。
損害証明が難しいので裁判は難しいのですが、差し止めや回収ならば可能ですので、その回収費用がそのまま権利者の被害額に一致して算出できてしまいます。