学とみ子のブログ

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このブログでは、STAP細胞のES混入説では実験結果を説明できないと言っています。

単独犯であれば、膨大な実験を一目につかぬよう、一人で管理しなくてはならず、ひとりで何種もの質の異なる実験を独占する手しかありません。

小保方氏をES混入犯から守ってくれるものは、やはりSTAP論文しかありません。
論文には膨大な実験結果が載っており、これらの実験結果は、STAP細胞がESであったら説明できないのです。なぜなら、多くの実験は、STAP細胞とES細胞の比較実験だからです。

過去に、レター論文の図4などを貼り付けて当ブログに“混入説の問題点”書いているのですが、もう少し具体的に実験結果を載せてみることにしました。

以下はレター論文です。レターはFig1234で構成されており、Extented Figは123456となっています。それぞれFigごとに図表が4-9個含まれています。
レター論文では、CD45、ES,TS,STAP,STAP幹、FI幹細胞とオールスターが登場します。
この中で、混入説を採用すると、STAP,STAP幹、FI幹細胞は皆ESとなります。ESを用いてESと比較する実験になります。
こうした膨大な量の実験をねつ造するなど、実行不能なことと思います。

Fig1 STAP細胞とSTAP 幹細胞を用いた実験 
Octでソートした細胞は、胎児のみならず胎盤形成に寄与する

a bは若山氏が違うといった?胎児胎盤の写真 
c  STAP細胞はキメラの胎盤・卵黄のう形成に寄与するとの棒グラフ(キメラ胎児の6割に貢献)
d  STAP細胞は胎児形成能を持つOct4,Nalog,Rex1を発現するが、ESとの比較で示す
およびTSマーカー(Cdx2,Eomes, Elf5)の発現についてTSとの比較で示す
e  STAP 幹細胞3種は、胎盤形成に寄与しない。 TSとのGFP細胞の割合の比較
f  STAP 幹細胞、ES 細胞はCdx2,Eomes, Elf5マーカーを発現しない。TSとの比較

Fig2
a STAP細胞塊からFI細胞へ転換していくとの図
b Fgf培地で細胞が平坦化コロニーへ変化していく写真 Octの発現
c d  FI細胞におけるインテグリンα7、Eomesの免疫染色
e  ES TS FI細胞 STAP細胞 CD45+細胞におけるOct4, Cdx2,Eomesの発現の違い
FI 細胞とSTAP細胞では、Cdx2転写量は十分だが、FI細胞の免疫染色では核内より細胞質内に十分のCdx2蛋白の存在が確認でき、一方のSTAP細胞は転写量は十分であっても、Cdx2,Eomesの核内蛋白の存在は確認できない。これらの現象より、FI 細胞とSTAP細胞において、転写後の蛋白合成はダイナミックで複雑な調整を受けている。
fg  FI細胞(Cag-GFP) は胎児の53%において胎盤に寄与する(n=60) 胎盤胎児写真
h  FI細胞3種における細胞レベルでの胎盤寄与率。FI細胞の種類によって、若干寄与率が異なるが平均10%  FI-SC-1 では15%、 FI-SC2では4%、 FI-SC3では10%
(GFP陽性細胞の占める割合で示す)、一方ES3種では胎盤寄与率はゼロ
i デンドログラム
j k  JACKインヒビターを入れた時のESとFI細胞のqPCR (Oct4,Nalog,Rex1)の違い
(JACKインヒビターでESは除去され遺伝子のqPCR値が低下するが、FI 幹細胞はJACKインヒビターの影響を受けない)

Fig3
FI細胞をLIF+FBS培地で培養するとOct4,Nanog, SSEA-1)を発現してきてES様細胞(STAP幹細胞)となり、このES様細胞は,TSマーカ(インテグリンα7、Eomes9)の発現を失う。

b ES様細胞はES並みの遺伝子発現(Oct4,Nalog,Rex1Kelf24,Sox2,Esrrb・・・)を保つが
TS並みの遺伝子発現(Cdx2,Eomes, Elf5)を失う。
e f  FI細胞はMEKインヒビターを入れて培養するとバラバラになって死んでしまうがES細胞は生き残る (TSとFIはFGF-MEKシグナルに依存しているがESは依存していない)に

Fig4 チップセックシークエンスによる遺伝子発現の図
このブログで過去に紹介した図、CD45+,STAP細胞, STAP 幹細胞, FI 幹細胞ES,TSにおける各細胞の違い

次に、Extented Figure に移ります。

Fig1 B6x129マウスから得たCD45+由来STAP細胞より作られたキメラが胎盤を形成するの写真. GFP陽性細胞は胎盤、卵黄のう共に存在する。

Fig2
a b GFPラベルしたES細胞とFI細胞を胚盤胞に注入して作製したマウス胎盤におけるGFPの存在の証明写真
FI細胞から作製した胎盤は、外中内側のどの部分にもGFP陽性細胞が確認できるが、ESを用いた場合は確認できない。組織写真
c FI-SC細胞における4種のgene蛍光免疫写真
d TS及びFI-SC培養において培地からFgfを除くと起きる変化の違い 
TSは多核の巨細胞を生じる。一方のFI細胞は増殖を止め次第に死んでいく。
FI細胞が生体内で胎盤形成する時、Fgfからのシグナル低下以上のものが関与する。、
e Fgfを除去して6日経ると、TS細胞は4N 8N細胞が増えるが、FI細胞ではそうでない。

Fig 3 
a トランスクリプトーム解析図 
それそれCD45、ES,TS,STAP,STAP幹、FI幹細胞において、mRNA発現量がアップしたか、ダウンしたかについて、多数の関連遺伝子(100を超える)ごとに調べて一覧とした図(ヒートマップ図)
ESとSTAPは異なっているが、ESはSTAP幹細胞、FI幹細胞に似ている。
内胚葉関連遺伝子 Gata4、Sox17は、ESに比べてSTAPの方が発現が多い(Oct-GFP-dim細胞において発現している)
b  CD45、ES, STAPにおけるヒートマップ図 CD45、ESのプロファイルは異なるが、ESとSTAPは似ている。
CD45、ES, STAPにおけるヒートマップ図

Fig4 セルサイクルにおけるトランスクリプトーム解析 ESとSTAP細胞の比較

Fig5 
abcd JACKインヒビター(0.6μMと0.6 M)を入れてES細胞とFI細胞を48h培養した場合の違い 
ESは48hで死滅してOct-GFPが消失する。FI細胞は0.6 MでOct-GFPが残る。
ef 青い蛍光色素を挿入したES細胞をFI細胞の1/10量に加えて、Fgf入りTS用培地でFI細胞と共に培養すると48h 後、Oct-GFP陽性のESが残る。そこで、培地にJACKインヒビターを入れておくとOct-GFP陽性のESが消えている。
g FI細胞におけるα7とOct-GFP発現を示したFACS図

Fig6
a FIから転換させたES様細胞は、インテグリンα7を失うが、pluripotencyのマーカー(Oct, Nanog,SSEA-1を発現するの蛍光免疫写真
b FIから転換させたES様細胞は、テラトーマを形成し、内中外胚葉由来器官をつくる。外胚葉(神経上皮)、中胚葉(筋組織)、内胚葉(気管上皮様組織) 
c Oct-GFP陽性のFI細胞をMEKインヒビターを入れたTS培地で培養するとOct-GFPは消失
 桑実胚 胚盤胞 ES STAPのクラスターツリーダイアグラム
e ボルカノプロット図 桑実胚とSTAPとの比較
f ボルカノプロット図 胚盤胞とSTAPとの比較






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> 学とみ子さん
釣りっていういい方は良くなかったですかね。
いや、まさか、私が引用した5ちゃんの文脈を読めば「小保方アウト」なのはわかるはずだと思ったので、ちょっと学さんのコメントに腰が引けてしまったわけです。

>確認です。STAP幹細胞の核をぬきとって未受精卵に入れるという話ですね。そして電気刺激して増殖を開始するかを観察する。そして、増殖確率を体細胞の核を移植した場合と比べてみるという実験ですか?

論文を見てないのでわかりません。

>ところで、ES細胞の核を抜き取り、未受精卵に入れて刺激して増殖していく確率は、体細胞核を移植した場合より高くなるのでしょうかね?予想でもかまいませんが、お考えありますか?

専門家ではないのでわかりません。予想とか、想像が大好きなようですが、もっと現実をみたらどうです?
例えば plus99% さんの「ドキュメントを出さない」をやったのは小保方氏ですね。
そしてドキュメントを出さないというのはそういうことねと、世間にそう判断された。」

これ、かなり的を得てると思いますが、学さんはどう思います? 削除

2017/11/24(金) 午後 8:05 [ 通行人 ] 返信する

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学さん、事実誤認があります。調査委員会と再現実験は、関係ありません。調査委員会委員長は桂勲国立遺伝学研究所長で幹細胞研究者ではありません。再現実験の責任者は、相沢慎一CDB顧問でした。それに小保方氏の再現実験の計画が発表されたのが2014年6月30日で、その時に監視カメラ2台と立会人がつくこと、タイムカードで研究室の出入りを管理することなどが発表されました。この発表と同時に2回目の予備調査をはじめることが発表され、桂調査委員会が設置されたのが9月だから、調査委員会が決めるのは不可能です。また、監視体勢は、あらかじめ発表され、小保方氏もそれを受け入れて再現実験に参加しているので、条件を示された時点で何も意義を述べず、あとから条件に文句を言ったり、再現できなかった理由したりしているのは卑怯です。 削除

2017/11/24(金) 午後 9:28 [ アホかいな ] 返信する

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学さん 補足
それから、他の方も説明されていましたが、再現性と不正は直接関係はありません。実験過程にちょっとしたミスがあることに気づかず論文を発表してしまい結果的に再現されなとか、培地や試薬の微妙な違い、生物の個体差などなど再現ができないことはままあるからです。小保方氏が問われたのはあくまでデータの不正であり、小保方氏自身が実験記録と生データ出して不正でないことを裏付られなかったからです。 削除

2017/11/24(金) 午後 9:48 [ アホかいな ] 返信する

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学さん
アホかいなさんの書いていらっしゃるように、日本の調査報告書は公開されていて誰にでも読めるようになっているのですよね。
でも、バカンティさん、小島さんからも異議はでていません。

アメリカでも調査が行われたという話が出ていたので、もしもアメリカと日本との調査結果があまりにも違っていて日本の調査で不利、不当な扱いをされていたとしたらバカンティさん、小島さんが黙っていないのではないでしょうか。バカンティさんは昨年、インタビューを受けていますが、調査については何も語っていません。

小保方さん、バカンティさん、小島さんが、今に至るまでSTAP細胞の存在について証拠となるデータを出せていないこと、出願人が特許の申請内容から「多能性」を消したことを見れば、間接的ですが調査報告書の内容は間違っていなかったと言えると思います。

2017/11/24(金) 午後 11:46 [ nte***** ] 返信する

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学さん
>だから、調査員たちはやりたい放題でした。再現実験での非常識な監視装置を作ることだってできたのです。

学さんは都合の良いストーリーを想像していませんか?
調査と検証実験は別個です。
調査委員は理研の研究員でもいいようですが基本第三者的立場で調査する機関です。
再現実験は理研内部にチームが設置されて実施され、調査委員とはリンクしていませんでした。

先にも書いたように、調査はガイドラインや規程を順守しながら行うものであり、訴訟のリスクもあるでしょうから好き勝手にはできません。ましてや、小保方さんは早いうちから代理人をつけていました。

それと、組織の運営を精査する役人の査察と論文を調査する調査委員会では働きや役割が違いますから調査に役人は関係ないですね。
理研は調査結果を参考に懲戒を決めましたが、早稲田は調査結果とは違う裁定を下してます。調査委員会には裁判所のような強制力はありませんし、絶対的な権力があるわけでもありません。

私も詳しくはないのですが、学さんのお話はいろんなことがごちゃ混ぜになっているように思います。

2017/11/25(土) 午前 0:30 [ nte***** ] 返信する

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補足ですが、検証実験の実施を決めたのは外部委員会である改革委員会の提言によるものです。

改革委員会は調査委員会とはまた違いますから、調査委員会が検証実験の実施方法を決めたかのような学さんの書き込み(非常識な監視装置)は勘違いだと思います。

2017/11/25(土) 午前 0:42 [ nte***** ] 返信する

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学さん
ここのエントリーを閲覧した感想です。

私は、STAP論文を理解する力がないので
論文内容がどういうものかは分かりません、でも、大まかな感想ですが

学さんのご主張は

膨大な実験までして、ESでSTAPを捏造するなど不可能、ESはコントロール
でありSTAPとの対比実験を論文で
証明したもの

対して
小保方細胞否定専門家の方々の主張は

様々な根拠を上げて、
膨大な実験であっても、そのつもりなら
ESでSTAPだと捏造することは
可能と反証していると
ESで実験し、そのデータをコントロールとし、さらに
そのESデータを使って、または新たに
別のES実験もして
改竄、又は捏造し、そして
STAPであると、不正した論文である。

こんな理解で宜しいでしょうか? 削除

2017/11/25(土) 午前 0:45 [ Ooboe ] 返信する

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続き
大まかな、感想ですみません
素人の閲覧者の方々になり変わって
確認させていただきたいと思いました。

専門用語理解なくとも
論文評価主張の違いは、素人にとっても
大まかには理解したいところです。

否定の方々でも、やさしく簡潔に違いを解説していただければ、と思います。 削除

2017/11/25(土) 午前 1:07 [ Ooboe ] 返信する

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アホかいなさん

「学とみ子の考えは、”誰も混入しないとしたら、どういう状況を考えれば、STAP(幹)細胞は、ESと酷似の結果の説明できるのか?”です。」

不正調査がどういうものか、何ができて何ができないのかを、少しでも分かってもらえるかと期待したのですが、やはり無理でしたね。学さんのスタンスが冒頭のものである以上、桂委員会の結論は誤りでなければならないし、そのためには役人が不当なプレッシャーをかけていなければならない、小保方さんは女性としてか弱い存在でなければならない、ESとの比較実験は小保方さん以外が行なっていなければならない…ということなのでしょう。

学とみ子さん

2度目の調査委員会となる桂委員会の立場に立てば、学さんがそうであって欲しいと望まれるような不公正な調査を行うことは、極めて困難だったと思います。一般的に、一度目の調査が不十分として厳しい批判を受けた場合、やり直しの調査は必要以上に慎重・保守的になることが多いです。桂委員会の不正認定の慎重さからもそれが見て取れます。報告書に書かれている以上のストーリーを創作されるのは、彼らの立場が分かる人間としてと 削除

2017/11/25(土) 午前 8:47 [ 理系学部卒 ] 返信する

> nte*****さん
誤解させてすみません。
もちろん、理研の調査員と委員会は違います。
ここは分けて書いているつもりです。
しかし、委員会は他からの影響を受けていますが、そこは考察となります。
検証実験は外圧ですね。

2017/11/25(土) 午前 9:00 学とみ子 返信する

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学さん、
>検証実験は外圧ですね。

これまた学さんの思い込みです。確かに改革委員会が小保方氏参加の再現実験わ行うことを提案しています。
しかし、6月4日の小保方氏が論文撤回に同意したときの代理人のコメントでは、「論文撤回に同意しないと再現実験に参加できないと思って同意した。撤回は本意ではない。」という主旨のことが述べられています。つまり小保方氏自身が再現実験に参加することを強く望んでいたと思われます。そして小保方氏の再現実験を実施さることが理研から発表されたときは、理研に感謝の言葉を述べ、STAP細胞の再現に並々ならぬ意欲を語っていました。つまり、再現実験は圧力などではなく、小保方氏に大きなチャンスが与えられた訳です。 削除

2017/11/25(土) 午前 10:04 [ アホかいな ] 返信する

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> nte*****さん
> 小保方さん、バカンティさん、小島さんが、今に至るまでSTAP細胞の存在について証拠となるデータを出せていないこと、出願人が特許の申請内容から「多能性」を消したことを見れば、間接的ですが調査報告書の内容は間違っていなかったと言えると思います。

「小保方さん・・・が、今に至るまでSTAP細胞の存在について証拠となるデータを出せていない」というのは誤解を生む表現ですね。
桂調査委員会報告書でいうなら、「若山氏の担当のキメラマウス、STAP幹細胞、FI幹細胞の存在について証拠となるデータを出せていない」とすべきでしょう。
小保方氏の担当はSTAP様細胞塊の作製、三胚葉系の細胞に分化可能であること、テラトーマ形成までで、それらはSTAP細胞論文で示されています。
なお、検証実験ではSTAP様細胞塊の作製に成功しています。
失敗したのは若山氏の担当パートです。
やはり若山氏に出てきてもらって「キメラマウス、STAP幹細胞、FI幹細胞の存在について証拠となるデータを出せていないこと」について見解を伺うべきでしょうね。 削除

2017/11/25(土) 午前 10:10 [ 南青山 ] 返信する

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つづき
丹羽氏の検証実については、3月に理研本部が決定し、4月から実施することが発表されましたが、こちらはむしろ、この実験を凍結して不正調査を優先してきちんとやるべきだと、分子生物学会や日本学術会議が声明が出されるなど、猛烈な反発がある中で強行されました。どこが外圧によるものですか?

>しかし、委員会は他からの影響を受けていますが、そこは考察となります。
どの委員会がどこからどのような影響を受けていたのか具体的に書いて貰わないと議論になりません。考察のしようもありません。 削除

2017/11/25(土) 午前 10:14 [ アホかいな ] 返信する

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学とみ子さん

コメント承認ありがとうございます。最後の文章が切れてしまっているので、再掲します。

(以下、再掲)
報告書に書かれている以上のストーリーを創作されるのは、彼らの立場が分かる人間としてとても残念です。 削除

2017/11/25(土) 午後 2:53 [ 理系学部卒 ] 返信する

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> 通行人さん、

ESの核移植の場合、初期化率は高くなるのか?の答えを、ネットでみつけました。だいぶ以前に若山氏らが医学雑誌に書かれた答えですが、今は違うかもしれませんが、ESの核移植での初期化の確率は、体細胞の場合より上がるようです。
2006年の雑誌「蛋白 核酸 酵素」です。
file:///C:/Users/nagayama/AppData/Local/Microsoft/Windows/INetCache/IE/QKSG4AVJ/1768_51_2006.pdf

2017/11/25(土) 午後 3:41 学とみ子 返信する

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> アホかいなさん
当方の言葉足らずですみません。
この場合の外圧とは、科学者界以外のコミューニティですね。改革委員会とか、政治家とかの人たちです。
学会も、科学者も、普通は再現実験など考えないでしょう。再現性のない実験は忘れられていくだけです。
再現実験で確認できなければねつ造と決めつけられることになったら、科学者はやってられません。
ライバルたちが、再現実験で応酬し合うのは不毛です。まして、STAPの場合は、諸条件が違いすぎて再現実験になっていません。相沢氏が責任者との事ですが、恐らく、多くの圧力やら制約があったと思います。

それより、学会は、公開データベース上のSTAP(幹)細胞のRNAレベルの機能解析のやり直しを理研にせまって欲しかったです。

2017/11/25(土) 午後 4:05 学とみ子 返信する

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> Ooboeさん
>学さんのご主張は
膨大な実験までして、ESでSTAPを捏造するなど不可能、ESはコントロールでありSTAPとの対比実験を論文で証明したもの

だいたいこれで良いのですが、
膨大な実験までして、ESでSTAPを捏造するなど不可能
というより、

ESでSTAPを捏造したとなると、その後の比較実験がすべて宙に浮く(ねつ造判定をしなければならなくなる・・ですかね。

2017/11/25(土) 午後 4:18 学とみ子 返信する

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> Ooboeさん
>小保方細胞否定専門家の方々の主張は
膨大な実験であっても、そのつもりならESでSTAPだと捏造することは可能と反証していると
ESで実験し、そのデータをコントロールとし、さらにそのESデータを使って、または新たに別のES実験もして改竄、又は捏造し、そしてSTAPであると、不正した論文である。

上の解説は難しいです。
ねつ造派の人により考えが違うと思います。

ESではこうなるというのはあらかじめわかっていると思うので、ESで予想される動態と違う結果を想像して作り出し、STAP(幹)細胞の動態とするということでしょうかね?FIはTSとESを混ぜて遺伝子解析できますが、混ぜて培養は難しいですね。

2017/11/25(土) 午後 4:23 学とみ子 返信する

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>学会も、科学者も、普通は再現実験など考えないでしょう。再現性のない実験は忘れられていくだけです。
再現実験で確認できなければねつ造と決めつけられることになったら、科学者はやってられません。

事実誤認。繰り返し説明しているように再現できないから捏造とされたわけではありません。あくまでデータに4件の捏造や改ざんがあると認定されただけです。また不正調査があつたとき、必要があれば研究機関は再現実験をさせることができると、文科省の研究不正ガイドラインや理研の規定に定められてました。
普通はやらないのは、大変な費用と手間が掛かるからです。STAP細胞の検証実験でま1800万円も使っています。 削除

2017/11/25(土) 午後 4:44 [ アホかいな ] 返信する

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南青山さん
>桂調査委員会報告書でいうなら、「若山氏の担当のキメラマウス、STAP幹細胞、FI幹細胞の存在について証拠となるデータを出せていない」とすべきでしょう。

それは当たり前です。調査、検証実験、追試により「多能性細胞であるSTAP細胞」はなかった、作れなかったと結果が出ていますから、STAP細胞からはキメラマウスなどが作れるわけはないのです。

若山さんの実験ノートや資料などは調査委員会に提出され、不正はないと認定されました。またキメラマウス、STAP幹細胞、FI幹細胞はいずれもES細胞の混入が確認されています。

つまり、若山さんのパートが失敗したという言い方は不正確であり、実験は正しく行っており不正はなかった(実験そのものは失敗ではなかった)がES細胞混入があったため、STAP細胞の多能性確認の実験結果は信用できないものとなった。STAP由来のサンプルは存在していない。~ということです。

若山さんのパートが失敗、というのは以前よく見られたフレーズですが、それは「STAP細胞の存在を示す証拠がなかった」ということを南青山さん自身が公表されているのと同じに

2017/11/25(土) 午後 6:17 [ nte***** ] 返信する

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