Linuxのマルチブート環境だと、時刻はUTCなので問題ありませんが、

WinとLinuxの場合は時刻が９時間ズレる場合があります。

これは、UTC(Linux)とlocal time(Win)の差が原因です。

Ubuntu 16.04の場合、local timeへの設定方法が従来と異なっており、９時間ズレる現象が発生します。

【従来の手法】

/etc/default/rcS  をエディタで編集し、UTC=no  (UTC=yes ならUTC)

【Ubuntu 16.04の場合】

$ sudo timedatectl set-local-rtc 1 (0 ならUTC)

又は、

$ sudo timedatectl set-local-rtc true (false ならUTC)

2016-06-30付Ubuntuバグ報告で、マニュアルの訂正が要望されています。

UbuntuTime Make Linux use Local time documentation is outdated

https://bugs.launchpad.net/ubuntu-docs/+bug/1597592

Ubuntu 15.04以降(16.04など)、local timeへの設定は次のコマンドで行う必要がある。

timedatectl set-local-rtc 1

反対に、Win側を強制的にUTCに変更する方法もあります。

ArchiWiki - 時刻 - Windows で UTC を使う

https://wiki.archlinuxjp.org/index.php/%E6%99%82%E5%88%BB

Linux に localtime を使わせるよりも Windows に UTC を使わせるようにすることが推奨されます。

Windows に UTC を使わせる場合、Windows のインターネット時刻機能をオフにするようにしてください。

regedit を使って、レジストリに十六進数で 1 の DWORD 値を追加してください:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\TimeZoneInformation\RealTimeIsUniversal

異なるO/Sの混在、併用は、結構面倒ですね。。。

時間差を埋める手立てに四苦八苦