首都圏など各地の鉄道にも影響が出ています。
【新幹線】
東海道新幹線は始発からほぼ平常通りのダイヤで運転していますが、今後の風や雨の状況によって一部の区間で速度規制を行い列車に遅れが出る可能性があるということです。
山形新幹線は、福島県の福島駅と山形県の新庄駅の間で、正午ごろまで運休するということです。
【首都圏在来線】
ＪＲの在来線は、京葉線の東京と蘇我の間の上下線烏山線の全線、日光線の今市と日光の間の上下線、外房線の安房鴨川と勝浦の間の上下線、内房線の君津と安房鴨川の間の上下線、成田線の佐原と銚子の間、久留里線の木更津と上総亀山の間、湘南新宿ラインの全線、京浜東北線の磯子と大船の間の北行き南行き、中央線の高尾から小淵沢の間の上下線、八高線の八王子から拝島の間の上下線、青梅線の青梅と奥多摩の間の上下線、横浜線の東神奈川と八王子の間の上下線、水郡線の常陸大宮から郡山の間の上下線、鹿島線の佐原と鹿島神宮の間の上下線、上越線の渋川と水上の間の上下線、吾妻線の渋川と大前の間の上下線で運転を見合わせています。
また、上野東京ラインは上野と東京の間の上下線で、始発から正午ごろまで運休となります。
横須賀・総武快速線、中央・総武線の各駅停車については通常より本数を減らして運転を行うことにしています。
山手線は始発から平常通り運転しています。

首都圏の私鉄も運転見合わせが相次いでいます。
小田急・小田原線の新宿と箱根湯本などを結ぶ特急「ロマンスカー」は、始発から運転を見合わせています。
東京メトロは東西線が南砂町と西船橋の間で運転を見合わせています。
このため、中野と東陽町の間で折り返し運転を行っています。
千代田線は小田急線との直通運転を見合わせています。
西武秩父線は飯能と西武秩父の間の上下線で始発から運転を見合わせています。
西武多摩湖線は、大雨の影響で東京・東村山市の萩山駅と西武遊園地駅の間で上下線とも運転を見合わせています。
京王・相模原線は、京王多摩センターと橋本の間、京王・高尾線は北野と高尾山口の間のそれぞれ上下線で運転を見合わせています。
また、京急線は京急久里浜と三崎口の間の上下線で運転を見合わせています。