１周目 無所属ルート
最初は刀も流派も弱いので、一定の所属に属さず、無所属ルートのほうが無難です。難易度：易しいで充分です。
◆港戦（チュートリアル）
ここでは、雑魚を何人か倒した後、赤城のところへ行くのですが、「娘から手を離せ」なんてカッコつけると、即効でやられます（特に、後に出てくるメリンダが鬼畜）。なので、無理せず、「おのれ卑怯な」を選び、琴吹のおじさんと同心達が来るのを待ちましょう。赤城か雑魚を一掃すると、チュートリアルはクリアです。
◆1日目 昼
まず、港から出ずに、写真屋がいるので、セーブしてもらいましょう。港広場の裏手、町と大通りを結ぶ道沿いに洋館が建っています。その敷地内、左手の奥に、泥棒（大蛇）さんがいますので、話しかけます。彼から仕事を貰いましょう。彼の仕事（大通り→街道→墓場→街道→墓場→街道→町→旅籠）が終わったら、最後に泥棒さんに話しかけます。「しばらくそっとしておこう」と出るので、港から出てまた戻ってくると、橋の近くにいます。もう一度話しかけると、彼の全仕事達成です。
貯まったお金は、町の道場（港から入ってすぐ右手の建物）の金庫に預けましょう。因みに今作の自宅はここです。但し、寝れませんけど。
次に、町の賭場（池のあるところ）に女将と小鳩（チンピラ）がいます。小鳩に話しかける前に、女将さんに「仕事が欲しい」「斬って捨ててくれる」と話しかけると、小鳩から仕事が貰えます。ヤクザの仕事です。泥棒さんと同じく全部こなします。この時点で、治安が最悪状態になっています。全部の仕事が終わって、報告に戻ると達成です。
次に居留地に行き、橋の下にいるおっつぁん（笠を被ったホームレス）から仕事を貰います。「くさいものにふた（前編）」まで行くと、代官所で止まります。代官所でイベントを見ます。
◆1日目 夕
同じく代官所（外・敷地内）に「くさいものにふた（前編）」のターゲットがいますので、話しかけます。次に、代官所にいる野戸仏（のどちん）から仕事を貰いましょう。代官所正門入ってすぐ右にいる鉢巻の同心です。誰かに似てます。全部終わったら、馬小屋の前で浪人とのどちんが睨めっこしてます。話しかけてると、ダチョウクラブ的な展開があります。最後にのどちんと浪人（虎鉄）に話しかければ達成です。
次に旅籠に行き、1日目夜まで寝ます。
◆1日目 夜
居留地に行くと、橋の下に同心が4人いるので、斬ると「くさいものにふた（後編）」の始まりです。全員片付ける（たまに領事館の門に引っかかってる）とクリア。最後におっつぁんに話しかけましょう。
次に街道に行き、見晴らしのよいところ（妻崎がいたところ）に行くと、旅人・霧鮫がいます。彼に話しかけ、虎鉄と大蛇とおっつぁんを召集して欲しいと言われます。虎鉄は町の稲荷前に、大蛇は港の橋の近くにいます。合言葉を伝えたら、居留地にいます。橋の下におっつぁんがいなければ、横の病院内にいます。話しかけると、四天王の代行をしてくれるよう頼まれます。街道に行き、霧鮫に、おっつぁん（十兵衛）が危篤であり、代行していることを伝えます。墓場で、四天王ｖｓ四人組が始まります。その前に、街道の写真屋にセーブしてもらいましょう。
◆四天王ｖｓ四人組
墓場での戦闘です。堂島（強い）がいるので、面倒なら、なすりつけましょう。運がよければ、四天王と四人組を、全員殺してくれます。ここで、四人組と四天王の各武器と流派が手に入ります。特に、虎鉄の浅比黒生流剣術は必ずとっておきましょう。
◆2日目
貯めたお金で、とりあえず、3日目まで寝るなり、拾った武器を分解して鍛冶屋で魅力付き武器を製作するなりして、3日目まで自由行動です。但し、イベントに関わらないように。ここで重撃３や活復３、銭呼３の武器を作って箪笥にしまっておくのも良いでしょう。あとで重宝します。
◆3日目
大通りでイベントを見ます。その後、居留地と黒船、墓場、神社以外の場所に、魔鱗組が現れるようになります。彼らと般若党、そこらへんの雑魚の上段構えの奴らを辻斬りし、流派（発素流、無頼流、不敗流）を拾います。こいつらは、よく喧嘩しています。
◆4日目
剣術大会告知イベントを見たら、町へ戻って（町にいる場合は一度出てから戻る）町人イベントを見ます。大通りに行き、剣術大会に参加。初戦相手の凶エ門が、流派（矢統流）を持っています。全て勝ち抜くと、表彰され、魔鱗組EDへ。
2周目 茂呂ルート
難易度：普通で始めます。
◆1日目
1週目と同じく港戦を終わったら、今度は、そのまま代官所へ行きます。代官所ルートを進めます。
◆2日目 昼
ここでセーブ。町の居酒屋「真実」へ行き、剣崎を斬りに行きます。代官所では小暮に援護を求めず、一人で倒しましょう。流派「綾手流」を剣崎から拾います。後は、代官所ルートを4日目まで進めます。
◆4日目
告知イベントを見たら、代官所へ行き、公儀の剣イベントをみます。大通りに行き、
剣術大会へ。全ての戦いに勝ったら、表彰台へは行かずに、辞退しましょう。
◆４日目以降
代官所で、鬼怒川、茂呂、琴吹の会談イベントがあります。正門の三姉妹に近づけば始まります。茂呂に賛同するように、途中で退席します。
港で茂呂とJJのイベントを見たら、写真屋でセーブ。夕方、神社で、茂呂とJJを味方に、赤城・小暮戦です。赤城から流派（貞破流）を拾います。出口に向かうと、琴吹戦です。琴吹を先に倒しましょう。流派（久土井流）を拾います。大砲を撃ってるやつを含めて全ての敵を一掃すると、変わりゆく心EDです。これで、上段構え全ての流派を手に入れました。
３周目 上段流派を極める
まず、カジノと語学所を開設します。語学所開設は、戦わずに、講師が曲がり角に来たら、「付いて来い」を連呼し、町の方へ誘導するだけです。カジノはJJが味方になってくれます。
４週目 最終なりわいを目指す
巻物増殖技が以前はありましたが、アクワイアの意図なのか、不壊砥石法が消されてしまいましたので、同じく、巻物も増殖することが不可能になるでしょう。なので、ここは正攻法。ひたすら金を集めて、コインに替えて景品に替えると言う苦行しかありません。
そこでお金を１つの周で大量に集める方法を行います。
◆１日目
最初の港戦で幕府側に味方し、赤城を倒します。小鳩と泥棒さんの仕事を全部、１日目の昼に終わらせます。その後、同じく、おっつぁんの仕事を「くさいものにふた（前編）」まで終わらせます。その後、代官所でイベントを見ると夕方になっています。代官所敷地内に、おっつぁんのなりわいのターゲットがいるので話しかけておきます。同じく敷地内にいる、のどちんから仕事を貰い、夕方中に全部終わらせます。貯まった金で、２日目の昼まで、旅籠で寝ます。
◆２日目
町の道場で、金を金庫に入れたら、街道に行きます。霧鮫に話しかけ、四天王に暗号を伝えにいきます。町の虎鉄、港の大蛇に暗号を伝えたら、居留地の病院へ。病院でおっつぁんに暗号を伝えたら、病院のドクターに話しかけます。薬を買う金を借りてくることをドクターに伝えます。町に行き、賭場の女将に話しかけ、おっつぁん（熊神）が危篤であることを伝えます。街道に行き、霧鮫たちと墓場に行きます。四天王ｖｓ四人組が始まります。途中で女将が仲裁に入ります。四人組が街道へ行くので、四天王も街道へ行くと女将に伝えます。
注意
- ここで、大量の武器を揃えるなり、阿修羅キノコやひよこういろうを買うなりして、万全の準備をしましょう。セーブも忘れずに。今斬りさんから、散華武器や不壊重撃武器、活復武器を貰っておくと超便利！
◆最終なりわい（侵略兵戦）
鬼畜ともいうべき難易度のミッションです。今現在やっている難易度の一つ上の敵が集団で襲い掛かってくるミッションです。堂島を鍛冶屋にし、先生を道場主にしておくと、途中で助けに来てくれます。１２人（主人公含め）のサムライ（裏ストーリー）です。
連続なりわい自体が、一つのストーリーになっており、EDがこの本当の隠しストーリー です。おおよそ３００人近い敵を皆殺しにすればクリアです。敵は不動心や剛体法極、錬気呼法極、○○いなし持ちがいるかなりの強者です。銃やライフルは辞めておきましょう。難易度やさしいでも確実に死にます。なお、敵にロックオンされる範囲内にいなければ、途中でマップを抜け出すことができます。ここで、、こまめにセーブしたり、体力を回復するなどしましょう。あせらず、【ゆっくりして逝ってね☆】
◆敵大将との決闘
全員を倒し終わると、敵の大将エリンケとの一対一の決闘です。乾坤一擲や抜突などを多用してくるので、かなり強いです。峰打ちにするなり、殺すなりするとクリア。
峰打ちで倒すと、切腹しようとしてきます。そのときに切腹をやめさせ、名前を聞くことが出来ます。侍道２に異国の狂犬として出てきた、エリンケさんです。気になる方は、侍道２をやってみてください。
◆戦い終わって
戦い後、集まったみんなに話しかけるなり、マップを出て回復しにいくなりしましょう。
２日目の昼になっています。のどちんのところに行きましょう。ちなみに居留地に行くと、おっつぁんの横に虎鉄がおり、喧嘩させることが出来ます。のどちんから緋横（ヒヨコ）退治の仕事を何回も選べできるようになります。お尋ね者３人（３０００文）＋報酬（５０００文）で、一度に８０００文もらえます。しかも場所が旅籠内（狭い店の中）なので、お尋ね者を見つけやすくなっています。ここでたっぷりと稼ぎましょう。
◆夜のカジノで、巻物集め
貯めたお金で、カジノで買えるだけコインを買い、そのコインで買えるだけの技の書、奥義の書、秘奥義の書を大量に買い占めます。白紙目録も何冊か買っておきましょう。町の道場に戻ったら、集めた流派の全部の技を覚えます（固有技を除く）。
□俺流を作ろう！
覚えた技で自分だけの俺流をつくります。道場を受け継いでおき、じじいに話しかけるとつくれます。
●おすすめ俺流
脇いなし極
剛体法極
丸飲み
丸食い
不動心
錬気呼法極
一刃 → 二刃 → 三刃
面打 → 翔打
応援華
砂けむり
昇雷閃
巨頭独楽（ごんどうごま） → 乙巨頭（おつごんどう）
鉄牙打（かながうち）
浄害断（じょうがいだん）
夜叉落とし
飛仙斬
コンボ１：面打 → 翔打→昇雷閃→巨頭独楽→乙巨頭
コンボ２：距離をとってから、鉄牙打or浄害断
□方法２：散華 クズリ爪
１・難易度：難しいで外国ルートを進める。
剣術大会当日に、領事館の門が開いていれば成功。そのまま、領事館に行き外国ルートとして、剣術大会に参戦。領事館でのムービー後、自由行動が出来るので、馬車のところの写真家でセーブ。
２・鬼瓦を撃破。
初戦はエリカという槍女と戦闘です。変に間合いを取っていると突かれてゲームオーバーなので、間合いをつめて一気に片をつけましょう。心配なら、事前に阿修羅キノコやワインで、つま斬りゲージを満タンにし、次の鬼瓦戦のためにも、いっぱい買っておきましょう。ワインは黒船船内に落ちていたり、黒船のバーや居留地の病院で販売されています。また港や居留地、黒船の樽を壊すと稀に出てきます。
２回戦目の鬼瓦は無手のガチムチホモです。長い爪を装備していたら、クズリ爪、短いなら虎爪です。リーチの長いクズリ爪がおススメ。無手なので簡単。コサック蹴りやバレエダンス（バレエダンスは技が終わると、隙が出来るのでチャンス！）に注意。
３・小暮は無視
３回戦目は小暮だが、怖いなら、その場で降参し、脳天の言われたとおりに、港から出る。
４・次の周で、なりわいをこなし小遣い稼ぎ。
港から出て、次周を始めたら、３０００文くらいなりわいで稼ぐ。難易度：易しいでOK.。おっつぁんのなりわい（一つだけのおにぎり）と泥棒さんのなりわい（スリ）をやると丁度、３０００文。まだ爪は使用しないこと。道場の箪笥に預けよう。
おっつぁんのなりわいは、３人の内、２人を追っ払い、残った奴におにぎりを渡せば完了。スリは、ひたすら真正面から芸者にぶつかってると落すので、紫の風呂敷を拾ったら、超逃げる。
５・下州屋で錬金術。
釣エサ（ミミズ）を１０個買う。すぐさま同じ店で売る。なぜか、買値より売値の方が高く、粗利益が貰える。そして、これを繰り返して、５００００文ぐらい集まればOK！
６・鍛冶屋で鍛錬
鍛冶屋で爪の攻撃力・耐久力をMAX（鋳金はDLでセットで１００円で売ってる。５００円分買ったら充分に鍛えられる。コンビニで３０００文のPSNカード買い、コードを打ち込むとチャージされるので、侍道４で検索し、鋳金セットを５個買う。夜の墓場で木の上の幽霊さんから、「鋳金セットか技書セットを確認したい」を選び、受け取る。）にする。次に、飯屋近くの薬屋で阿修羅キノコを１０個×７回買い、道場の箪笥に入れておく。
７・夜の賭場で大暴れ
町の写真屋でセーブをしたら、箪笥から阿修羅キノコを１０個持ってくる。夜の賭場へ行き、つま斬りで、客を全員倒す。斬殺数＝つま斬り人数になるので、５００人になるまで、賭場と道場（キノコがなくなったら、箪笥から持ってくる）と鍛冶屋（爪が折れたら修復）を行き来する。５００人斬ったら、港から出る。夜なので、そこらへんで野宿し、朝まで寝てから出る。
８・爪を流通させる
次の週を、難易度：難しいで始める。このとき、爪以外の武器は持っていかないこと。爪を装備し、港戦を無視。墓場に行き堂島の目の前で抜刀（鍛冶屋になっていたら、町の鍛冶屋にいる）。斬られてゲームオーバーのまま終了。次週から始め、もう一回斬られる。
９・散華の完成
２回斬られてところで次週を始める。港戦無視で、居留地へ。居留地の落とし物屋で爪が売っているので買う（万引きOKだが、物乞いに注意。蹴られると捕縛される。）。装備してみて、散華が付いていたら完成。付いていなかったら、そのまま港を出て、８からやり直し。
◎散華で攻撃力MAXだと、難易度：超難しいの敵でも、つま斬り中の一撃で死にます。
◆散華や不壊、魅力3の刀を造るのが面倒くさいと思ったら！
ここはプライドが傷つくでしょうが、あなたが初心者なので、まだ大丈夫です。ここは一つ、今斬りさんに甘えてみるのはいかがでしょう？一度、今斬りさんに成敗された後、墓場に行き、馬に離しかけ、再戦してください。堂島が墓場にいる状態にしておくことも前提です。更に、今斬りの難易度を【ひよっこ】にしておきましょう。【剣鬼】だと確実に堂島が殺されます。剣鬼クラスの強い武器が欲しいという貴方！DL（ダウンロードコンテンツ）の新撰組を購入しましょう！購入し、ダウンロードしたら、まず、大通りにいる汁部理人（桜の木の下にいる白い服装の浪人）に話しかけましょう。彼の最初のなりわい、近藤さん退治を受けます。大通りでセーブしたら、街道に行きます。街道に今斬り（○○一派が近くにいるようだというテロップが流れたら）が現れたら、近藤さんを2回キックし、今斬りに擦り付けます。鉄壁で不死身の近藤さんなので確実に今斬りが負けます。これで君も強い刀をゲット！
注意
- チート武器には気をつけてください。所有するだけでアカＢＡＮを食らったり、ネットにあなたのＩＤが晒される可能性があります。質（耐久力ではない）の分母が９９や１００だったり、表示名の色がピンクや緑なのに、魅力が1種類だったり、本来ならば、魅力の付かない特殊武器（拳銃、ライフル、爪、堂島のハンマー、三姉妹の拷問用棍棒、カツオ、出刃包丁）に魅力が付いていたりと、不審な武器は拾わないほうが良いです。別の今斬りさん（正式な武器も持った今斬り）に期待しましょう。
今斬りさんから貰った武器を愛用して、暇があったり、気が向いたら、オリジナル用に素材を集めて、分解・組立・不壊・散華の作業をしてみるといいでしょう。