本当に個人的な意見ですので、参考までにって思ってもらえれば。

基本的に二次創作っていうのは著作権的にはすべてグレーだと思ってます。
著作権保持者様に「コレ違反してるから作品を削除しろ」といわれたら、「あ、はい。」ってなる奴。

ニコニコ動画にうｐられてる作品の多くが（完全オリジナルの楽曲や創作物以外）ほぼグレーだとも思ってます。
アニメMAD・音MAD・ゲーム実況etc、もちろんMMDのモデル作って配布したりしてるのも、やめて下さいっていわれたら、「あ、はい！」ってなるようなレベルでグレーだと思ってます。
わかっててなんでやってるかっていわれたら、好きだから、楽しいからって言うしか無いんだけど、全ては著作権者様がファンアートとしてお目こぼししてくれているから成り立ってるものだと思ってます。
もしかしたらある日突然、やっぱ許せないから削除＆配布停止しろって言われるかもしれませんが、その日が来るまではキャッキャ(*´-∀-)ﾌﾌﾌｯして楽しみたいなーって気持ちでMMDやってるし、モデル配布してます。
モデルの規約に個人的にやって欲しくないこととと、原作にガイドラインがある場合はそれに従うようにとは書いてますが、線引きはとても曖昧なものだと思います。
どれくらいまでがOKなのかっていうのは、本当に難しいと思うのですが、よっぽど「や～め～て～」って思うようなことが無い限りは私から「削除して下さい」って製作者様に連絡することはありません。
明らかに規約違反って思った場合は個人的に連絡させて頂きますが、それ以外では個人の責任や判断でお願いします。
第三者がモデルの規約に違反してます！削除して下さい！っていう判断はおやめ下さい。
とくにコメント等での指摘はおやめ下さい。
本当にダメな場合はこちらから直接連絡させて頂くし、著作権者様が削除依頼をニコニコ動画に出すと思うので。
それまではグレーな二次創作を楽しんで行けたらな…と思います＾＾；

個人的に許せないって思う場合はスルーする、それがニコニコ動画の楽しみ方かな～って思います。