（整理しておくべきことを思いついたら適宜加筆するかも？）
再調査によって文書が発見されたことで、今度は「ないと言ったじゃないか！」と野党と朝日新聞が攻勢を強める事は確実ですが、加計学園問題は「そもそも追及される問題点が二転三転しすぎ」ているので、この問題をずっと追っかけている人でないと、ちょっと分からないと言うのがあります。幸い？加計学園問題で検索してやって来る人が沢山いる様なので、私が追ってきている情報を纏めておきます。
文書について
まず本日みつかった文書についてです。
獣医学部新設 文科相陳謝「１４の文書 存在確認」 | NHKニュース
公文書なのか？
【前文科次官会見詳報（５）】前川喜平氏「出会い系バーに行ったことは事実。実地視察調査で教育行政の課題を見いだせ、意味があった」（3/5ページ） - 産経ニュース
一連の資料は、いわゆる『レク資料』と呼ばれるもので、部下が上司に説明するときに使う。複雑な課題を、要領よく要点を並べて分かりやすく整理したペーパーで、通常こういうものには日付も付けませんし、担当課の名前も付けませんし、保存用じゃありませんので、その場で説明する場合に使ったものです。
前川前貧困調査員が言うように、NOです。もしも公文書であれば、廃棄された時に公文書管理法違反に問われる事になり、安倍政権にとっては致命的な傷になっている事でしょう。少なくとも大臣の首は飛ばせます。
廃棄されていたとして問題か？
保存用でなく、個人で管理するものです。法的には問題はありません。
一旦ないと言った調査には問題がなかったか？
調査プロセスと調査対象の選定に問題があり、ミスがあった事自体は責められるべきでしょう。また文科省自身も深く陳謝しています、これを許せるかどうか？は個々人の価値観でしょうが、「違法行為ではない」ので責任問題とはいかないでしょう。
１４の文書の存在が確認できたとして、「大変申し訳ない」と陳謝しました。
仕事でミスをしたらクビになるのが当然という価値観は持ち合わせてないので、謝罪をして問題点を洗い出し反省したら次回に活かせと言うのが個人的な意見です。
民進党や、野党は何をしたか？
維新・丸山議員にみた民進党のあるべき姿 - 時事随筆
公文書管理に問題がある事が、省内から文書の存在を訴える証言が相次いだ時点で明らかとなっていたという背景があり、公文書管理法改正案が維新案、民進党を含む野党4党案の2本が提出されています。
民進党案では、
私も作業に加わりましたが、「加計」問題のように個人保管の文書が調査対象外とならないよう、「行政機関の職員が組織的に用いる」という行政文書の要件を削除します。また「森友」問題のように役所が保存期間を短くして勝手に廃棄しないよう、行政文書の厳格な保管と廃棄の手続きを定めます。政府側に不都合な情報がこれ以上隠蔽されないよう、速やかに国会に提出し、成立を目指したいと思います。
【階猛】「怪文書」扱いを許さない－公文書管理法改正 - 民進党 デモクラッツ・ドット・ジェーピー
https://www.minshin.or.jp/download/28326.pdf
レク資料＝個人的なメモも公文書にするという事でしょう。政府の問題追及のためにという笑うしかない様な幼稚な理由で案を出しています。同じように維新案でも行政文書の定義拡大を謳ってます。維新案では行政文書化しうる公開範囲の狭い文書の定義を行う事でメモとの差異を付けるという事でしょうが、その差異がどのように定義され・法案に吸収されるか注目したいと思います。
元官僚の観測
筆者は何かと嫌われていますが、記事に書いている予測は、これまでのところ当たっています。今後も基本的にはその通りに推移するだろうと私は思うので読まれると良いでしょう。
加計学園問題の本質は何か 〜このままでは政府の勝ちで終わるだろう（髙橋 洋一） | 現代ビジネス | 講談社（1/4）
公文書についてまとめ
違法行為はありません。調査プロセスのミスは、徹底的な問題点の調査と言う形で償われるべきでしょう。個人的には、組織犯罪処罰法改正案の採決直後に、まず文科省の調査、ついで内閣府の調査と段階を踏む政府のやり方は、海千山千だなと思った次第ですね。
ブコメを受けて加筆
id:semialt 「調査プロセスのミス」という言い訳を信用する理由が分からない。存在を知っていた文書についてあえて存在を無視し、存在しないと嘘をついていたが、隠しきれなくなったので存在を認めたと理解する方が合理的。
お気持ちはわかりますよ。疑いたくなる人が居るのもわかりますし、ここで対応を間違うと影響は出るでしょう。ですが、表に出ている事は「調査ミスを真摯に認めて謝罪した」という事です。ミスをおざなりにすれば、仰るように考える人が増えて大きな影響が出始めるでしょうが、徹底した調査をして、何度でも繰り返し「ミスがあった事は悪かった」と言い続ければ、それで十分に挽回ができる事象でしかないですよ、という事です。
プロセスが「加計ありき」で歪められたのか？
文書は私的なもので、それは法的な問題はなく、まして首相の責任問題には到底なり得ないものであることは明白です。では、文書によって指摘された「総理の意向」なのでしょうか？それは問題でしょうか？
安倍首相と加計学園の「共謀」なのか？
既に何度も述べていますが、今治市が獣医学部の誘致を開始したのは1990年代です。その時点で土地の準備も終えていますし、下記の記事にも参照しているように行政によって県内の高校生への意識調査までするような熱の入れようで準備をしています。間に民主党政権も挟んでおり、その間にも話は進んでいます。
【加計学園問題】って何？と言う人が忘れないでほしい、たった一つの疑問 - 時事随筆
鳩山由紀夫内閣時代の平成２１年の提案で「速やかに検討」へと方針が転換されたことを指摘し、「民主党政権があと２年続いていたら実現していた」と語った。
【加計学園問題】加戸守行・前愛媛県知事、「民主政権なら設置実現していた」。前川前次官は「則を超えた」（1/2ページ） - 産経ニュース
前知事が、この様に仰っています。安倍首相と加計学園で、行政プロセスを歪めて推進したという指摘のありえなさが分かりますね。
京都産業大学では荷が重い理由
「京都産業大学獣医学部設置構想について」
http://www.kantei.go.jp/jp/singi/tiiki/kokusentoc_wg/h28/teian/161017_shiryou_t_1.pdf
と言う資料を読めば、理由は明確です。
京都産業大学が本格的に取り組んだのは2016年です。1990年代から動き始めた加計学園とは準備の度合いが雲泥の差になるのは当然でしょう。現に京都産業大学は、豚を中心とした実験を行うものの実験動物の豚は自前でなく畜産センター依存です。
www.nikkei.com
そもそも宮崎口蹄疫事件や鳥インフルなどで、産業獣医の不足が謳われる中で、レンタルの豚のみを使った教育は有効でしょうか？
一方の加計学園はどうでしょうか？実に幅広いですね。
コンベンショナル動物区域、ＳＰＦ（specific pathogen free）動物区域、感染実験動物区域を配置します。さらに非齧歯類としてブタ、イヌ、サル類の飼育、実験区域を別途に配置し、水産・養殖実験のための
実験区域を設置します。電子顕微鏡を含む動物実験に必要な画像解析機器類も１階に配置します。動物施設についてはＡＡＡＬＡＣ（国際実験動物ケア評価認証協会）の認証をとる予定です。
今治市の所有する「のまうまハイランド（牧場）」は、本学部の近く（約４キロ）にあり、馬の行動学、動物衛生学、繁殖学、予防・治療等に本学部が責任を持つことになる予定です。大動物、特に馬に触れる機会を持つ獣医大学は少ない状況です。本学部では、このような大動物飼育施設での家畜衛生や動物管理に関する体験実習を行います。
http://www.kantei.go.jp/jp/singi/tiiki/kokusentoc/hiroshimaken_imabarishi/imabari/dai2_shiryou6.pdf
端的な差を一つ上げましたが、後の違いも文書を見ると分かると思います。お時間があればどうぞ。加計学園が選ばれたのは当然だと思いますし、官僚側が抵抗しきれないものであったことも、個人的には頷けます。あなたなら、京都産業大学を選びますか？これが企業による事業であるとしたら、加計学園と京都産業大学のどちらがコンペに勝つか？答えは自明ですね。
そもそも戦略特区とは？首相の意向は問題なの？
産業の国際競争力の強化及び国際的な経済活動の拠点の形成を図るため、国家戦略特区を突破口に、あらゆる岩盤規制を打ち抜いていきます。
つまり省庁によって規制されているものを、政治主導でどうにかしようというものです。首相の意向が働いてなんか問題がありますか？政治主導とは民主党も言っていた事ではないですか。
政治主導の実現に5原則＝民主党マニフェスト | ロイター
獣医学部は足りないのか？
これも以前書きましたが、宮崎口蹄疫事件などで既に産業獣医の不足は指摘されています。それも他ならぬ朝日新聞によってです。私の記事中に全国の公務員獣医の人数を示した資料もありますので見てもらえばわかりますが、圧倒的に足りてませんから、朝日新聞の指摘はもっともなのです。
【加計学園問題】って何？と言う人が忘れないでほしい、たった一つの疑問 - 時事随筆
にもかかわらず、こんな記事を書いている訳です。笑いますね。さすがに社運を賭けた戦いに臨んでるだけはあります。理も非もない。
獣医の数は「飽和気味」 獣医学部新設の根拠あいまい：朝日新聞デジタル
新設が解か？
公務員獣医の給料を倍にする？なんていう人も居ますが、他の公務員とのバランスは？とか他の案にも他の案で指摘し得る問題点があります。無根拠にこんな事を言ってる人もいますし、こればかりは答えはないでしょう。
加計大学の獣医学部設立の議論に思うこと(小野昌弘) - 個人 - Yahoo!ニュース
個人的な意見を言うと、小動物医が圧倒的に存在している首都圏での定数を削減し、地方に新設するのがいいと思いますね。地方で学ぶ事で、そのまま地方で職を得ようとする学生の母数が増す事を期待する事は一つの手段だと考えます。加計学園の企画書を見ると悪くはないとも思います。
獣医学部新設で安倍首相が利益を得ているか？
年間14万円の役員報酬を受け取ってますｗｗｗ 、あまりに筋が悪いので野党も1日で攻め手にするのを投げたようですｗ これ以上の大きな違法な贈収賄、背任行為は現在確認されていません。
【加計学園】安倍首相、年14万円の役員報酬受ける 便宜は「ない」と否定
まとめ
何度もまとめておきます。違法行為はありません。獣医学部新設に問題は全くありません。個人メモの調査ミスは適切に挽回されることを期待します。 個人的には、獣医師会から献金を受け取った玉木・福山議員と、獣医学部新設問題の関係や、レク資料の一部改ざんの経緯、流出経路などが大変気になっています。
【炎上】民進党・福山哲郎も獣医師連盟から100万円の献金を受け取っていた | netgeek
玉木雄一郎「弟はITの仕事なので私の加計学園叩きとは無関係です」→嘘でした | netgeek
加計学園問題、流出した文書は一部が書き換えられていることが判明。民進党終了へ | netgeek
結局は、官僚と政治家の間の政治闘争に敗れた前川喜平氏の私怨の域をでないなという印象が拭えません。元官僚と言うだけあって、今のところ高橋氏の予測はおおむね当たっている様です。
加計学園の認可は「総理の意向」の前に勝負がついていた | 高橋洋一の俗論を撃つ！ | ダイヤモンド・オンライン