なぜ基底礫岩が不整合の目安になるのかわかりません。 説明お願いします。

不整合は一度陸地になって浸食された証拠です。
その上に、新たに地層が載ってくることで不整合が形成されます。

陸地からまた海底になるときに一時期、海岸線の浅い海底になることがあったときに基底礫岩が不整合面に載ってくることになります。
河川から運搬されてきた土砂は海岸線から沖へ遠ざかるにつれて、粒の重量によって礫→砂→泥と、粒子が小さくなって堆積します。
陸から急激に深海底になるということはほとんどないため、たいてい陸地だったところは、海岸付近の礫が堆積しやすい環境に置かれることになります。そういうときに海岸に近いところに堆積しやすい礫が上に載ってくるので、不整合の目安となるわけです。層理面がはっきりしない地層中に基底礫があると、不整合の可能性が出てきます。

海成層での基底礫は円磨度が高め（角がとれている）なので、わかりやすくて判断の役に立ちます。

しかし、不整合の上に必ず基底礫がくるとは限りません。砂の多い地域だったら、不整合の上に砂が来ます。
また、不整合面の上下がほぼ同じ組成の粒でできていたりすると、不整合と気付かないこともあります。

礫があるかないかで不整合かどうかを判断するのは正しくないこともあるのです。私も観察していて判断に迷うことがあります(^_^;)