人理継続保障機関・カルデアは、人類史を何より強く存続させる尊命のもと、魔術だけでは見えない世界、科学だけでは計れない世界を観測し、人類の決定的な絶滅を防ぐため日夜研究を続けていた。

そんなある日、カルデアで観測を継続していた未来領域が消え、計算の結果、人類は2017年で絶滅する事が判明―――いや、証明されてしまった。

そんな中、歴史上のさまざまな箇所に、突如として「観測できない領域」が出現する。カルデアはこれを人類絶滅の原因と仮定し、特異点の調査・解明、あるいは破壊を目的とした任務“聖杯探索” ――― グランドオーダーを発令する。

任務を負った立香とマシュが向かった先は、1273年に確認された特異点。本来であれば、十字軍に奪還されたばかりの“聖地”があるはずの場所に異変が起きていた。特異点そのものが「あってはならない歴史」になりつつあったのだ。キャメロットからこの地に降り立った、“獅子王”と“円卓の騎士”。そして、古代エジプトから現れた“太陽王”オジマンディアスが覇権を握っていたのだ。

２つの勢力に翻弄されるこの時代を修復し、人類滅亡を阻止することができるのか――。