中学校の入学式当日。さっそく寝坊したエレンはミカサの声で目が覚める。慌てて家を駆けだしたエレンは、同じ中学校の一年生らしき生徒達と出会いがしらに次々とぶつかってしまい、追いかけられたり吹き飛ばされたりしながら、巨大な建物の前へと辿りつく。そここそ、彼らが入学する進撃中学校。響くチャイムの音に教室へと急ぐ一同。しかし、周囲の様子が何かおかしい。そんな中、扉を開けたエレンの頭上に巨大な何かが落下する！

一年生は購買の焼きそばパンを買うべからず。それ以外にも挨拶、服装、髪型と、生徒の間で引き継がれる暗黙のルールはたくさんある。そうとは知らずにルール違反を重ねてしまったエレン達一年生は、罰掃除に次ぐ罰掃除に次第に苛立ちを募らせた末、リヴァイ達三年生に喧嘩を売ってしまい、オルオ達二年生を巻き込み学年対抗体育大会で勝負をつける事になるのだが、負けた学年には巨人棟の掃除が待っている！　エレン達は勝てるのか？

調査団の親睦をより深めるためにハンジが企画したのは、泣く子も黙るKIMODAMESHI! 日も沈む頃、集合場所の教室へと向かうエレン達。昼間とはうって変わって夜の校内は薄気味悪い。「暗いの怖い」と怯えるアルミン。それを怖がりすぎだと笑うエレンの足も、恐怖でガタガタ震えている。その時、背後の暗闇から伸びてきた手が、強がるエレンの肩をわし掴む。闇夜に響くエレンの悲鳴。果たしてエレンには何が見えたのかっ!?