http://www.nature.com/nature/journal/v525/n7570/full/nature15366.html
「STAP cells are derived from ES cells」のFig.1 f g hをもう一度よく見てみました。f は標本全体をDAPIで染めたもの。DAPIでは核が染まりますから、白いところは細胞のある場所です。g h は小腸・膵臓組織を含んだ部分の拡大図。g h の一番上がDAPIで白いところが細胞のある場所。真ん中の図がGFPで、白いところがGFPタンパク質があるところ。
http://www.nature.com/nature/journal/v525/n7570/full/nature15366.html
The article1 also describes teratomas derived from Oct4-GFP STAP cells as evidence for pluripotency (Fig. 2 and Extended Data Fig. 4 in ref. 1). We found a glass slide specimen from which all these teratoma images were taken, and its corresponding paraffin block.
**
f, DAPI staining of a section taken from the STAP cell teratoma paraffin block
Quantitative PCR of genomic DNA extracted from this paraffin block reproducibly indicated that these teratoma tissues formed from FES1-derived cells (Fig. 1d, e).
We found a glass slide specimen from which all these teratoma images were taken, and its corresponding paraffin block. Quantitative PCR of genomic DNA extracted from this paraffin block reproducibly indicated that these teratoma tissues formed from FES1-derived cells (Fig. 1d, e).
f, DAPI staining of a section taken from the STAP cell teratoma paraffin block.
http://www.nature.com/nature/journal/v525/n7570/full/nature15366.html
「STAP cells are derived from ES cells」のFig.1 f g h、DAPI及びGFP染色パターンについて、もう一度まとめです。
DNAにCAG-GFPが挿入された細胞ならば、この免疫染色において、「GFPタンパク質」はすべて陽性になるはずです。CAG-GFPはすべての細胞で発現するからです。したがって、f g h で示されたテラトーマ組織にはCAG-GFPが挿入されていないということになります。当然、CAG-GFPと共挿入であるAcr-GFPも挿入されていないはずです。
>(e) in genomic DNAs prepared from the STAP cell teratoma paraffin block. Lanes 1: STAP cell teratoma; 2: STAP cell teratoma (separately prepared); 3: FLS4 (Acr/cag-GFP+ STAP stem cell); 4: 129B6F1 ES-5 (control ES cell); 5: GLS13 (Oct4-GFP+ STAP stem cell); 6: C57BL/6NCrSlc mouse; and 7: no template DNA.
ところが、e 左端のAcr-GFPのグラフでは、1と2 において「stap cell teratoma」の「genomic DNA」 のAcr-GFPが陽性です。ですから、この 1と 2にはAcr/CAG-GFPが挿入されているということです。ということは、f g hのテラトーマ組織(パラフィンブロック)と e のPCRのテラトーマ組織(パラフィンブロック)は間違いなく別物だということです。
1213.
J・ワトソン
2017年04月07日 07:31
f g hの免疫染色のテラトーマ組織(パラフィンブロック)はOct4-GFP挿入の小保方氏作製のアーティクル論文のテラトーマ組織であり、 e のPCRのテラトーマ組織(パラフィンブロック)は、若山氏のオリジナル実験である「光る精子」の実験(男性不妊の実験)のために作製されたテラトーマでしょう。
>Comparison of EGFP expression in tissues from ROSA26-EGFP and the CAG-EGFP mice. ROSA26-EGFP mice show generalized pancellular EGFP expression in sections of various organs at 6 weeks of age, top row. Variegated EGFP fluorescence is seen in CAG-EGFP mouse, middle row. Cells that do not express EGFP are demonstrated with DAPI staining (bottom row) of the same sections shown in the middle row.
CAG-GFPの組織発現様式は「凄く粗い」。したがって、DAPI陽性細胞と必ずしも一致しない。ROSA26-EGFPはほぼ一致する。比べてみればすぐわかるでしょ。だから、「BCA論文」f g hのGFPはCAG-GFPとは言えないよ、という反論ですね。
しかし、「凄く粗い」と言っても「Variegatedまだら状」になるわけでしょう? ご紹介の論文の図は、胃・大腸・心臓・肝臓・脾臓、すべての組織で「まだら状」に抜けていますよね。一方、「BCA論文」f g hにおいては、小腸・膵臓組織のところだけ綺麗に抜けています。「Variegated」じゃないですよ。
ですから、やはり、「f g h のGFPはOct4-GFPである可能性が高い」、という私の結論を変更する必要はなさそうですが。
1229.
J・ワトソン
2017年04月08日 07:36
もう一度「BCA論文」の 図 g h を見てください。
http://www.nature.com/nature/journal/v525/n7570/full/nature15366.html
コメント
コメント一覧
g hの他のところを見ると、小腸・膵臓組織に接するところに一部GFP陽性(白く光っているところ)のところ(2)がある。そのGFPは何なのか?
ここだけAcr/CAG-GFP細胞由来と考えるのは極めて不自然。ちょっと考えられない。なぜなら、f のDAPIを見ればよくわかるように、組織(1)と組織(2)は連続性があるから、同じ細胞由来と考えられる。
組織(2)は、ここはまだ未分化なためにOct4-GFPが陽性になっていると考えるのが最も自然だろう。
> テラトーマ解析についてもお答えがないようですが。桂調査委は、小保方氏の残したテラトーマの小腸・膵臓組織を解析し、DNAに関するPCRの結果を示すことなく、無意味な免疫染色(Oct4-GFPタンパク質のための検査)の結果に基づいて、DNAにOct4-GFPの挿入はなかったと結論しています。
テラトーマ組織なら、分化した小腸・膵臓組織の周りに未分化のOct4-GSP陽性細胞が存在するのでは?
もはやアンチは、小数派かと思われます(^_^)
当たり前ですが、正直者がバカをみる世の中は、有ってはなりません。
>テラトーマ組織なら、分化した小腸・膵臓組織の周りに未分化のOct4-GSP陽性細胞が存在するのでは?
そうですよ。それはあったのです。だから、これはホストマウスの組織ではないのですよ。
これは、若山氏にしっかりと説明してもらうしかあり得ない。
この人は、いつまで逃げるのだろうか?
>それはあったのです。
Oct4-GSP陽性細胞は、テラトーマ組織内に(ホストマウス組織との境界まで)ランダム散布様に残存するが、ホストマウス由来の組織には、ランダム散布様のOct4-GSP陽性細胞は見られないのでは?
テラトーマのホストマウスのものとされた部分との連続性に関しては感想さんも不思議がってましたね。
ここまで接着しているのは後付けで偽装したとは考えられないとか言ってました。
普通そう考えるでしょうね。
定量PCRですが、欠失の部分も含めて量で考えると面白いと思います。コントロールのFLS4との比較で考えます。
まずテラトーマはアクロシンGFPのコピー数が多いという事です。FLS4の約5割ましです。これは大きいと思います。
次に8番の欠失です。これは明らかにFLS4に比べて少なすぎる。ちなみに8番欠失は129にありました。
これらを総合的に判断すると、
B6×B6、B6×129、oct4などいろんな細胞が含まれたテラトーマなのではないかという事です。
しかしこれはこのテラトーマは1種類の系統の細胞だけから作られていることを前提としている訳です。
で結果が何かおかしいとなる訳ですが、その1系統だけの細胞から作られているという前提を崩してみると、最も合理的な答えが出てきます。
おっしゃられるように、IL2は一細胞あたり2コピーあると思われるので、相対定量がきちんと行われていたならFLS4の8番欠失はホモという事になります。どうでしょうか? 定量がきちんと行われていない可能性の方が高い気がするのですが。桂報告書には、増幅効率や検量線を用いた定量は行われていないと記載されていたように記憶しています。テラトーマの8番欠失が低過ぎるのではなく、FLS4が高過ぎるのではないでしょうか?テラトーマのOct4-GFPに関しても、定量がきちんとできてなければ、その意義を論じるのは困難なように思います。しっかり定量していない事自体は、問題だと思いますけどね。
テラトーマの小腸組織については、まず元論文のH&Eの写真を見た方が良いと思います。綺麗な絨毛構造が見られ、腸内残渣らしきものまで見えており、腫瘍性の腸組織とは考えにくいです。BCAの免疫染色を見ると、塊になっているテラトーマの表面に小腸組織を貼り付けた(小腸を縦に割いて開き、シート状にしてテラトーマの表面に貼り付け、固定したような感じ)ように見えます。テラトーマの塊の内部に小腸構造が見られる訳ではないですし、もしこの小腸構造がテラトーマの塊と連続しているならば、このテラトーマは表面に小腸の絨毛が生えている感じの腫瘍になります。テラトーマはあまり詳しくないので断定できませんが、そんな腫瘍を作りますかね? 小腸のorganoidでもこんなに綺麗な絨毛構造はできないと思いますよ。
>塊になっているテラトーマの表面に小腸組織を貼り付けたように見えます。
結局そこですか。見た目だけ。PCRも免疫染色も何の証明にもなっていないということはお認めになったということですね。
>テラトーマはあまり詳しくないので断定できませんが、そんな腫瘍を作りますかね?
テラトーマ組織の専門家のコメントなんかどこにもありませんよ。でも、専門家でも、断定はできないと思いますよ。テラトーマというのは、高分化から低分化、未分化まで様々な組織が混在しうる腫瘍でしょうからね。
原始生殖細胞は体を構成するすべての細胞の元であり,あらゆる細胞に分化成熟する能力(多分化能)を持っています.そのため,それが腫瘍化した胚細胞性腫瘍の分化度,組織型は多彩であり,
1)ほぼ完全に成熟した細胞からなる良性の成熟奇形腫,
2)未分化な細胞で構成される絨毛がんや卵黄嚢がん等の悪性胚細 胞性腫瘍,3)その中間の未熟奇形腫があります.
さらにこれらの成分が混在しているものもみられます.
**
完全に成熟した細胞や未分化な細胞が混在しているものもあるのです。
そんなことをどうやって証明するんですか?一人の非専門家である L さんの単なる「感じ」に過ぎないじゃないですか。結局そんな「感じ」以外に何もなかったのですね。それだけが捏造の根拠に過ぎなかったのです。証明は存在しないのですよ。
なるほど、そうも考えられますよね。
しかし確かPCRは長さによって増幅効率も変わってくるとかありませんでしたか?またホルマリン漬けで長さを制限とかありましたので、わたし的には、あくまでll2を基準として相対化したものを3番欠失、アクロシンGFPなど個別に比較してました。小保方さんに批判があったのであくまで同時に増幅していると思うので(別シートでPCRを行なっていない)個別にはそう大差は出ないだろうと。だからあくまで有意に差が出たものを指摘しました。いくら厳密に定量していなくても、そこまで差が出るわけないでしょうと。
わたしがこの仮説で疑問に思ったのは3番欠失に差がないことです。私の仮説通りならテラトーマでは有意に3番欠失は増えるはずです。この疑問への返答はB6全てに3番欠失があった訳ではないでした。ちょっと都合が良すぎるかもしれませんが。しかし他のブログで感想さんと議論した通りFLSは全て同じ細胞ではない可能性が高いのでありえると考えました。
>Oct4-GSP陽性細胞は、テラトーマ組織内に(ホストマウス組織との境界まで)ランダム散布様に残存するが、ホストマウス由来の組織には、ランダム散布様のOct4-GSP陽性細胞は見られないのでは?
小腸・膵臓組織部分は完全に分化した成熟細胞部分と考えられます。だから、Oct4-GFPは陰性なのです。それ以外のGFP陽性部分は未分化な細胞で構成された部分。だから、そこはOct-4-GFPが陽性なのです。この組織は、成熟細胞と未分化細胞の混在した奇形腫だと考えられます。
私は感じで議論するのもいいと思いますので歓迎します。私の仮説も感じなんで。
テラトーマの分化組織に関しては私からは何も言えませんが、感想さんは顕微鏡でここまで拡大したものをみると、この細胞密着度は後付けでは考えられないと言っていました。
私的には違った視線から一つ。
小保方さんはこのテラトーマの疑惑の時の答えで、小保方さんがアメリカに出張していたと答えました。この答えには何の意味があるのかと批判がありましたが、私が考えるに小保方さんには違和感があったのでしょう。なぜ私のアメリカ出張が決まっているのに、テラトーマ実験の計画を立てるのか?という記憶です。それも出発直前です。出張の実験計画も前もってしているはずですから、小保方さんには当時憤りがあったのでしょう。小保方さん批判者がいう通り若山さんがあくまで研究の補佐だったならこんな実験計画ありえないのですけどね。小保方さんがアメリカ出発ギリギリに細胞注入する計画立てますか?もうそこからおかしいのですけどね。
私は多能性幹細胞による再生医療には懐疑的です。なぜならリプログラミングは細胞の安全装置の破壊だからです。
私の感じでは複雑な分化によって成り立つ動物の細胞がリプログラミングできないのは、できないのではなく、させないよう設計されてるからです。これが偶然リプログラミングが起きる現象が癌です。だからリプログラミングが起きないようこのリプログラミングを阻止するため安全装置があるのです。
だからiPSのようなリプログラミングされた多能性幹細胞はこの安全装置を破壊することによって作成されます。だからこのiPS細胞から作成された再生医療は問題となります。
STAP幹細胞も同じように安全装置の破壊からですので再生医療には問題です。
しかしSTAP細胞はどうでしょう?これは安全装置を破壊しているのでしょうか?STAP細胞はiPSのところまでリプログラミングされていないのが前提です。また安全装置が機能したままで戻れるところまで戻っているのがSTAP細胞の定義です。このSTAP細胞が増殖能力を持つところまで行けるのなら再生医療に向いているのではないでしょうか?
再生医療には何もES細胞レベルまでリプログラミングする必要は無いという発想の転換が私の感じです。
若山さんの目的を推測すると、あくまでSTAP幹細胞の裏の条件を小保方さんやハーバードには秘密で実験を行う。STAP細胞は小保方さんしか作れない。そのような制約の中でどのようにして若山さん側の目的を達するかだったと考えます。
oct4の陽性に関してですが、グラフによる量はあくまでll2によって換算された量ですよね。
だからPCRではそれなりに出ていると思うのですが?3番欠失はoct4より量が少ないですよ。
だから陽性だったのは間違いないと思うのですが。これを無視するのはあまりにも虫が良すぎると思います。
誤解はないとは思いますが、一応。私は別に「感じ」で仮説を提示すべきではないと主張しているのではありません。「感じ」だけで、あれをホストマウスと断定することはできないと主張しているのです。
それは確かにそうですね。
閲覧者さんへ
どうしたのですか?
下品な茶々に、感情的になるのは、
わかるけれど、彼等に合わて、
下品に対応してしまってますよ~
せっかくの閲覧者さんの、考察品位を
下げてしまいかねませんから、
いつもの、整然冷静な閲覧者にお戻りくださいませ。
彼の本質を露呈させたに過ぎない。
精神に清々しさを感じた事はない。
使ってはいけない者を使えば・・必ず反動が君にきますよ・・( ^ω^)・・・(笑
>この記事からなにか?気が付くこと、ありませんか?
日経サイエンス記事「STAP細胞の実験当時,若山研究室には,岡部マウス,129系統マウス,そしてこれらのマウスを掛け合わせて作ったES細胞が存在した。」は、969. Ooboeさんの御指摘「1」の通り、大田ES細胞「FES1」がSTAP細胞の実験当時に若山研に存在したことを示しています。日経サイエンス記事の情報源の確認はできないでしょうか?
>綺麗な絨毛構造が見られ、腸内残渣らしきものまで見えており、腫瘍性の腸組織とは考えにくいです。
ある症例報告
**
http://journal.kyorin.co.jp/journal/jsog-k/detail.php?-DB=jsog-k&-recid=5279&-action=browse
病理組織学的に完全な腸管構造を有した卵巣嚢胞性成熟奇形腫の一例を経験したので報告する.
両側卵巣腫瘍の内容物はともに毛髪,皮膚,脂肪組織であったが,左卵巣腫瘍内には20 cm程の両側盲端の腸管様構造物を認めた.病理組織学的検査で,この管状構造物は角化扁平上皮,筋板,粘膜下層,固有筋層を備えたほぼ完全な腸管構造であった.
**
完全な腸管構造を有した腫瘍性の腸組織もあるようですね。
縦隔奇形腫は時に破裂することがあるそうです。その原因は?
**
http://www.medicaldata.jp/trc/case/344/344_7_2.html
縦隔奇形腫破裂
・大部分は前縦隔。中・後縦隔にも稀に発生
・通常は無症状だが、時に破裂することあり
ー膵組織を含むことあり(消化酵素→自己融解)
ー汗腺・腸管組織からの分泌物による炎症
ー壊死や感染
などが、破裂の理由と考えられている
**
腸管組織からの分泌物だそうです。
Fig. 2 e Haematoxylin and eosin staining showed intestinal villi (endoderm)
**
このHE染色小腸絨毛様構造付近に浮いている物質が「腸内残渣」? 腸管上皮細胞が普通に脱落しただけでは?「腸管上皮.の細胞は、日々莫大な数が死んで脱落し、ほぼ一週間ですべてが. 入れ替わる」そうですよ。
楠本英正、様
訂正をお願いいたします。
「研究者プログ」の専門家、
おぼ、さん宛にお伝えしたものでありまして
私が、相沢先生とお会いするのではありませんので、
よろしく訂正をお願いいたします。
勘違いしていました。
訂正しました
すいませんでした。
どういたしまして、
いつも、貴重な情報をアップして下さって
おられ、
有りがたく感謝しています。
「STAP cells are derived from ES cells」のFig.1 f g hをもう一度よく見てみました。f は標本全体をDAPIで染めたもの。DAPIでは核が染まりますから、白いところは細胞のある場所です。g h は小腸・膵臓組織を含んだ部分の拡大図。g h の一番上がDAPIで白いところが細胞のある場所。真ん中の図がGFPで、白いところがGFPタンパク質があるところ。
問題は、このGFPは何か?ということです。三つの可能性があるわけです。
1)Acr-GFP = 精子が光る
2)CAG-GFP = すべての細胞が光る
3)Oct4-GFP = 多能性(未分化)細胞だけ光る
しかし、ここにまさか精子はないでしょうから、Acr-GFPではない。ですから、CAG-GFPかOct4-GFPかどちらかということになります。で、CAG-GFPだったら、すべての細胞が光るのですから、DAPIで光るところは、GFPでも全て光るはずです。ところが実際は光っていないところがある。
そこが、主に、小腸・膵臓様組織のところです。ですから、もしこの組織全体が一種類の細胞由来ならば、このGFPはOct4-GFPとしか考えられない。すなわち、未分化な細胞がGFP陽性、分化した細胞は陰性ということです。
しかし、それだと、小保方氏はテラトーマ作製に成功していたことになる。捏造派は困る。そこで、捏造派はこのGFP陰性部分だけを小保方氏がホストマウス(すべての細胞でGFP陰性)から取ってきてここに貼り付けたと主張しているのです。
バカ丸出しですね。
もう科学じゃなくて宗教ですよね。STAPアルアル教の。
ジェネラルに説明できないあたり、終わってるなぁ。
>>1173
もう科学じゃなくて宗教ですよね。STAPアルアル教の。
ジェネラルに説明できないあたり、終わってるなぁ。
早稲田の常田研なら、いまねらい目ですよ?
STAP再現する! 常田先生の名誉を回復する!! っていえば
喜んで入れてくれますよ。最低限の能力さえあればね。。。
それができなきゃ、ただの「タラレバ」妄想なだけで。
>すべての細胞が光るのですから、DAPIで光るところは、GFPでも全て光るはずです。ところが実際は光っていないところがある。
ここは「光る」というより「白く見える」です。
動物実験では、奇形腫のもとになる細胞を直接注射しています。しかも、宿主の方は免疫不全マウスですから、腫瘍組織発達の阻害要因を除去してあるわけです。ヒトで自然発生した奇形腫でも症例があるということですから、このような動物実験ならば、あって当然とも思われます。
f-hのスライドガラス標本と
d.eで解析した切片は
対応していると書いてますけど、
これも嘘なんですかね?
The article1 also describes teratomas derived from Oct4-GFP STAP cells as evidence for pluripotency (Fig. 2 and Extended Data Fig. 4 in ref. 1). We found a glass slide specimen from which all these teratoma images were taken, and its corresponding paraffin block.
**
>これも嘘なんですかね?
嘘だと思いますよ。まず、論文のテラトーマ画像がすべて一つの「glass slide specimen」からのものだとは信じられません。小腸・膵臓以外の組織はこの標本のどこにあるのですか?
>1180. J・ワトソン
>捏造派はこのGFP陰性部分だけを小保方氏がホストマウス(すべての細胞でGFP陰性)から取ってきてここに貼り付けたと主張しているのです。
しかし、これはおかしい。
図 g h の組織をよく見ると、確かに矢印で示されたGFP陰性部分は大きな塊部分との間に隙間があるように見える。ですから、一見すると、ここだけ持ってきて貼り付けたという見方も完全には否定はできないような感じもします。
しかし、図 g においては、右下にDAPI陽性かつGFP陰性の丘のような形の部分(1)がありますが、ここは f を見れば、明らかに小腸組織部分とは別の塊部分と連続しています。ですから、ここは人工的な接着とは考えられません。
それから、図 h おいても、DAPI陽性かつGFP陰性の矢印部分と、上半分の大きな塊部分との間に、DAPI陽性かつGFP陰性の境界部分(2)がありますが、ここは左端上部において塊部分との間に連続性が見られます。ですから、ここも人工的な接着とは考えられません。
ですから、この(1)と(2)の領域は大きな塊部分と同じ細胞由来としか考えようがないのです。ですから、この組織標本は一つの細胞由来の標本である可能性が極めて高いのです。したがって、この同じ標本の中に、GFP陽性部分と陰性部分が混在しているのである以上、やはりこのGFPがCAG-GFPであるとは考えにくい。すなわち、このGFPはOct4-GFPである可能性が極めて高いと思われます。
したがって、「STAP細胞はあります」、ということが、ほぼ、証明されている、ということに、なりますね。
●FES1=129X1B6F1由来
●B6=岡部マウス、129系マウス=129X1?129+Ter?
●FES1=Acr-GFPとCAG-GFPが第3染色体にヘテロ共挿入
●岡部マウス=Acr/CAG-GFPホモ挿入、129系マウス=GFP無挿入
●FLS3=129X1B6F1由来
●B6=岡部マウス、129系マウス=129X1
●2014.3/25 若山氏は小保方さんに129系統(129sv)マウスを渡してSTAP細胞作製を依頼したと主張(≠129X1B6F1)
●FLS3=Acr-GFPとCAG-GFPが第3染色体にヘテロ共挿入(FES1と同一部位)
●若山氏の交配認識=CAG-GFPホモ挿入129マウスとCAG-GFPホモ挿入B6マウスを交配したF1=Acr-GFP無挿入
●交配ミス?=Acr/CAG-GFPホモ挿入B6マウス(岡部マウス)とGFP無挿入の129マウスを交配
●「若山氏の交配ミス」が否定できれば(?)、FLS3のAcr-GFP挿入の可能性はFES1の混入以外にないので、桂調査委の判定「FLS3=FES1」は正しいことになる
これはちょっと違いますか。
>f, DAPI staining of a section taken from the STAP cell teratoma paraffin block.
DAPIもGFP免疫染色も、パラフィンブロックから組織切片を切り出して染め直しているということでしょうね。
ですから、捏造派は、そのパラフィンブロックの作製前の段階で、小保方氏が、(ESで捏造した)テラトーマの塊に、正常の小腸や膵臓を接着剤かなんかでくっつけた?と言っているのかな?そんなことできますか?って感じですよね。
いずれにしたって、異なる組織をつなぎ合わせたら、そのつなぎ目が残りますからね。HE染色で拡大してみればすぐわかるはずですよね。そのような明確な証拠を公表してもらわないととても信じられない話ですね。
Quantitative PCR of genomic DNA extracted from this paraffin block reproducibly indicated that these teratoma tissues formed from FES1-derived cells (Fig. 1d, e).
勘違いしてました。少なくともd.eとfは同じパラフィンブロックの解析と書いてありますね。
ワトソンさんの説が正しいとなると、実はパラフィンブロックが他にもあって、別々に解析したにも関わらず、同じものとして捏造したという事ですかね?
>勘違いしてました。少なくともd.eとfは同じパラフィンブロックの解析と書いてありますね。
どこに書いてありますか?
>ワトソンさんの説が正しいとなると、実はパラフィンブロックが他にもあって、別々に解析したにも関わらず、同じものとして捏造したという事ですかね?
おそらく、d eと f のパラフィンブロックは別だと思いますよ。
f, DAPI staining of a section taken from the STAP cell teratoma paraffin block.
これらの記述から、パラフィンブロックは同一の物だと解釈しました。
p11より
1)残存試料の同定
Article Fig.2e と Extended Data Fig.4a-c に提示された STAP テラトーマの全ての画
像は、CDB に残されていたテラトーマのスライドグラス標本「6weeks+PGA 12/27 移植 Haruko」から得られたものである。このスライドグラスの試料は、小保方研に保存され ていたパラフィンブロックの形態の比較から、「CD45 カルス-テラトーマ」と記されたパ ラフィンブロックより採取されたことが判明した。
調査報告書でも、見つかったパラフィンブロックは一つですね。
ワトソンさんは、論文の記述から、見つかったパラフィンブロックは複数あり、それぞれ別の方法で解析したと解釈したのでしょうか?
f g h のDAPIとGFP染色パターンについて、paraffinさんは何かご意見がありませんか?そこが私の話の要点だということはご理解いただけているのでしょうね?
ワトソンさんは、論文の記述を読んだ上で、見つかったパラフィンブロックは複数あり、それぞれ別の方法で解析したと解釈したのですね。
We found a glass slide specimen from which all these teratoma images were taken, and its corresponding paraffin block.
見つかったパラフィンブロックが一つでなければ、blocksとなるはずですよね。
●2014.3/25 若山氏は小保方さんに129系統(129sv)マウスを渡してSTAP細胞作製を依頼したと主張(≠129X1B6F1)
「あの日(p.90)」の記述「ある日、若山先生から『ES細胞にはES細胞が樹立しやすい系統のマウスと樹立が難しい系統のマウスが存在している。・・・その系統のマウスを使って小保方さんのキメラマウスの作製を行ってみたい。』とご提案いただいた。若山先生が準備してくれたマウスは129×B6 F1と呼ばれるマウスで・・・」は、小保方さんが渡されたマウスが桂調査委の解析結果による129X1B6F1系統マウスであることを証言しています。
●若山氏の交配認識=CAG-GFPホモ挿入129マウスとCAG-GFPホモ挿入B6マウスを交配したF1=Acr-GFP無挿入
「あの日(p.208-209)」の記述「6月の終わりの検証実験参加の打ち合わせの帰り道に、STAP細胞が間違いなく和歌山県にいたマウスに由来しており、そのマウスがアクロシンGFPマウスであることが分かったと私は連絡を受けた。・・・「若山先生は光る精子で実験をしていました。」と告げると、「確信犯」と言葉が返ってきた。」から、若山氏のAcr-GFP無挿入交配発言に疑念が生じます。
さらに、桂調査報告書には「STAP幹細胞FLSから作製した4Nキメラを戻し交配して得た子にGFPを含まないマウスが含まれていた。このことは、STAP幹細胞FLSから作成したマウスは129(CAG-GFPホモ)とB6(CAG-GFPホモ)を交配したF1であるとの、若山氏の認識と矛盾する結果・・・」と明記されています。
この人たちは、何が人として最も大事な事なのかわかっているのだろうか?
全く疑問だ。
「STAP cells are derived from ES cells」のFig.1 f g h、DAPI及びGFP染色パターンについて、もう一度まとめです。
ここに示されたテラトーマ組織においては、DAPI陽性である細胞存在領域において、GFP陽性部分とGFP陰性部分が連続性を持って混在していることが読み取れる。このGFP染色パターンは、CAG-GFPにおけるGFPタンパク質の発現様式とは異なるものであり、この組織がDNAにAcr/CAG-GFPが組み込まれた細胞由来であるとは考えにくい。
一方、Oct4-GFPが組み込まれた細胞ならば、GFP陽性部分は多能性を持った未分化細胞部分、GFP陰性部分は分化した細胞部分である、というように、合理的な解釈が可能である。
したがって、このテラトーマ組織は、DNAにOct4-GFP遺伝子が組み込まれた細胞由来である可能性が極めて高いと考えられる。ゆえに、小保方氏はOct4-GFP陽性細胞からのテラトーマ作製に成功していた可能性が極めて高いと判断される。
つまり、「STAP細胞はあります」ということです。
擁護だの批判だのは関係なく、nature論文を読める程度の能力を有する人間ならば、
桂不正調査報告書のテラトーマに関する記載を読み、「STAP cells are derived from ES cells」のFig.1 f g h、を見れば、このテラトーマがどのようなものなのかは理解できる。
(不正調査報告書の記載だけだと、FES1由来部分の組織とホスト由来の正常組織の位置付けが理解しにくいが)
この解釈は、擁護派でも批判派でも中立でも、まともな科学的知識がある人ならば合意されるだろう。
擁護か批判かの立場で分かれるのは、このテラトーマを作成したのは誰か、その意図は何か、という部分であろう。
ハーバードをはじめ、理研事態がまともな確認もなく特許申請したの何故か?
この辺が疑問では有ります。
元々、この発表は理研がわから小保方さんに持ちかけた話です。
その最大の首謀者である理研が何故、自身が裁判官となり若き研究者一人に罪を被せるのかが、そもそも大きな間違いであり、腐った科学の方程式と思われても仕方がない。
勿論、マスゴミもです。科学界のゴミとマスメディアのゴミが合間見れて招いた悲劇だと思います。
>ここに示されたテラトーマ組織においては、DAPI陽性である細胞存在領域において、GFP陽性部分とGFP陰性部分が連続性を持って混在していることが読み取れる。このGFP染色パターンは、CAG-GFPにおけるGFPタンパク質の発現様式とは異なる
DNAにCAG-GFPが挿入された細胞ならば、この免疫染色において、「GFPタンパク質」はすべて陽性になるはずです。CAG-GFPはすべての細胞で発現するからです。したがって、f g h で示されたテラトーマ組織にはCAG-GFPが挿入されていないということになります。当然、CAG-GFPと共挿入であるAcr-GFPも挿入されていないはずです。
>(e) in genomic DNAs prepared from the STAP cell teratoma paraffin block. Lanes 1: STAP cell teratoma; 2: STAP cell teratoma (separately prepared); 3: FLS4 (Acr/cag-GFP+ STAP stem cell); 4: 129B6F1 ES-5 (control ES cell); 5: GLS13 (Oct4-GFP+ STAP stem cell); 6: C57BL/6NCrSlc mouse; and 7: no template DNA.
ところが、e 左端のAcr-GFPのグラフでは、1と2 において「stap cell teratoma」の「genomic DNA」 のAcr-GFPが陽性です。ですから、この 1と 2にはAcr/CAG-GFPが挿入されているということです。ということは、f g hのテラトーマ組織(パラフィンブロック)と e のPCRのテラトーマ組織(パラフィンブロック)は間違いなく別物だということです。
>e 左端のAcr-GFPのグラフ
>e のPCRのテラトーマ組織
↓
>d 左端のAcr-GFPのグラフ
>d のPCRのテラトーマ組織
同じことですが。
論文書いた事がないのかな?
捨てハンで代り映えのしない投稿が続いていますが、アクセスポイントがそれぞれ違っているので管理者サイドは別人による投稿と認識しています。しかし、コメントの中身は投稿者を区別する必要もないと判断し、すべての捨てハンに仮名で「アンチ君」の名を差し上げます。
もしも対話の意思があるのであれば書き込みを許可しますが、固定ハンドルを使用して下さい。その際、ご自分の過去の投稿番号をお知らせいただければ「アンチ君」の名はご指定のハンドルに変更します。但し、「傍観者」「第三者」「閲覧者」「一般人」等のハンドルは、別人と被る可能性も高いので個人らしい名を考えて下さい。
今後、固定ハンドルを使用せず投稿者に絡んだ場合には、攻撃目的と判断し即時アクセス禁止とします。
n
「間違いを指摘して真っ当な科学的議論に戻すこと」は大切ですが、そうであれば、まっとうな手法で行ってください。
また、当ブログにはmさんというハンドルネームの方がいらっしゃいますので、その紛らわしいハンドルネームもアンチ君に変更しました。
司法の場での解明が待たれる疑義を下記にまとめてみました。
●若山氏はAcr-GFP挿入の子マウス(親マウス=岡部マウス)を小保方さんに渡していない。
(疑義1)「若山先生がどの系統のマウスを実際に交配し、どの赤ちゃんマウスを私に渡していたのかについての記録はつけられていなかった「あの日(p/106)」。
(疑義2)若山氏の交配ミスの可能性がある。
(疑義3)桂調査委のSTAP幹細胞FLSの解析結果によれば、FLSのマウス系統は129X1B6(Acr/CAG-GFP)である。
●大田氏が置き忘れたAcr-GFP挿入ES細胞(129B6F1 GFP FES1=FES1)を小保方さんが入手して、STAP細胞(幹細胞FLS3)を捏造した。
(疑義1)大田氏の記憶=すべて運び出した。
(疑義2)FES1とFLS3のSNP一致率=99.33%(<99.9%)から、FLS3はFES1の捏造細胞とは言えない。
(疑義3)大田FES1のマウス系統が129X1ではなく、129+Terの可能性がある=桂調査委の解析試料FES1は大田FES1ではない可能性がある。
●小保方さんが129/GFP ES(由来不明)を入手して、STAP細胞を捏造した。
(疑義1)129/GFP ESは誰も知らない(若山清香氏作製=石川氏情報)。
(疑義2)129/GFP ESとFLS3のSNP一致率=99.95%(>99.9%)から、129/GFP ESは幹細胞FLS3である可能性が高い。.
CAG-GFPの組織への寄与は、遠目では満遍なく寄与しているように見えます(教科書的な説明ではそうですが)が、顕微鏡の倍率を上げて組織の微細構造が良く見える程度にすると、凄く粗いんです。
ちょっと上手く説明されているコンテンツを見つけることが出来なかったですが、取り敢えず、この直接比較のFigureをご覧下さい。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2121618/figure/F3/
論文そのもののURLは、「figure/F3」を除いた残りです。念のため。
※論文の本体は、造血幹細胞の移植実験です。この「Fig.3」は、ジャームライン・トランスミッション確認後の完成したトランスジェニック・マウス(多分、GFPホモ)にて、それぞれのGFPの寄与度を比較しています。念のため。
ご配慮、有り難うございます。
ソンビさん
よく調べましたね。本当に頭が下がります。
ただ、不安な点は専門的な事と思うので司法の場で戦うことが可能かという事です。
司法の場にも、科学に詳しい方がいらっしゃるのでしょうか?
解明して頂きたいのは山々なのですが…
無知な疑問でしたらお許し下さい。
続き。そもそも自分で散々言ってきたことなので、「2つの独立した切り出し方の薄片での、独立した2つの実験」に於けるOct4-GFPの含有率を予め不正に、意図的に操作して、理研があの結論を引き出した、ということであるならば、全面的にJ・ワトソンさんの仮説と見解を支持します!(自分の説を全面的に支持します!、と言うこっ恥ずかしさを乗り越えて書き込んでいることを御了解下さい)。
また、念のための蛇足を一つ。
「一研究者のブログ」の議論の後追いではありません(ツイログに証拠はあります)。
更に、蛇足の屋上屋を。
どこから話が縺れ出したのか分かりませんが、上記論文の内容を踏まえ……BCA論文の「eGFP」って出ているのは、正にCAG-GFPのeGFPなので、特に理研の不当判決/虚偽認定を言うために、この部分を覆す必要は全くないように思えます。
妙な茶々で腹立たしいことと思います。
読んでいるだけで、本当、胸糞悪くなってくる。
でも、そうやって餌を撒くと余計に喜ぶ輩がいて……悪循環。
リンカーンは言いました。
余り背景の詳細は知らないのだけれど、敵対心を剥き出しにした<反対陣営>の当時のマスゴミ相手にリンカーンもホトホト手を焼くことが多かった。そんな時に、好意的なマスコミに対して言ったこと。
『豚と喧嘩してはならない。何故なら、互いに汚れるし、その上、豚だけが喜ぶ』
Stap細胞の実験は成功していたが何らなの理由で隠している。
という事ですよね?
だったら、科学的な議論は全く無意味です。
何故なら、すでに結論は決まっていてそれを発表すればよいだけですから。
この発表に対し、世界の科学界が監査をする訳ではありませんから、結論ありきで確定と成るでしょう。
それが権威です。
そんなことは、世界中にいくらでも有ることで、日本の科学界には無いとは言い切れませんよね。
勿論、自分はこの説が絶対に正しい事をという訳では有りませんが…
更に続きです。
基本的にSTAPテラトーマの植え付けの後に、Acr/CAG-GFPのES細胞で「お注射攻撃」したのだ思っています。細胞を含んだPGAの足場を外科的手術で植え付けているので、その痕跡ははっきりと分かったでしょうから。ラボ内破壊工作犯が大手を振るっていた様子が目に浮かぶよう……。
もうどうしても、学校のイジメの延長の酷いのしか思い浮かばない。
それならどうして、天下のネイチャー論文に載せるのに、誰かが怪しく手を加えたのが分かっている組織標本を利用したのか?、と一つの疑問が湧くと思います。
成熟テラトーマは、STAP細胞の大切な特徴で、そのこと自体に価値がある。
須田本(『捏造の科学者』)のP197に、こんな記述があります。
笹井さんの言葉です。
『これらの画像は、私自身が顕微鏡下でサンプルを実際に見て観察しているが、奇形腫の細胞塊の一部だった。STAP細胞から出来た奇形腫は、ES細胞由来に比べて、全般的に大きさは小さいが、組織の局部的な構造がはっきりしている点で、成熟の度合いが高いと感じた。そうした組織形成は、いわば奇形腫内の自己組織化と言える。ES細胞のテラトーマで膵臓が出来にくい(これも本当かどうかは分からない)からといって、STAP細胞のテラトーマでも同じであるべきというのは、論理的ではない。……』
笹井さんにとって「自己組織化」というのは世界的な名声を獲得した論文のテーマでもあるし、そのままライフ・ワークの研究テーマになったものでもあるし、凄く重い言葉の筈で、軽々しく語っているとは思えない。
だから、理研の解析は、その元となったサンプルは「でっち上げ」だと考えるのは僕は早計だと思っていて、「お注射攻撃」の秘密を、唯一、笹井さんには話したのではないのかな?、と。
しつこくてゴメンなさい。……別に限定する必要もないのですがw。
笹井さんとだけ特別な秘密を共有してしまったことが、後の悲劇にも繋がっているのかな?、と。
須田本にはもう一つ重要な記述があって、ある関係者の証言として(若山研の人間以外には、ありえない内容)、小保方さんの発言で、『(胎盤で)Oct4-GFPがポジティブでした』ってのがあります。
僕の版(2刷り)ではそうなのですが、後の版では書き換えられているようです。
桂報告書と整合させるためでしょう。
普通には、胎盤でOct4ってのは何らかの単純なミスだと考えると思います。
そこで調べると、若山さん共著のntTSの論文に行き着きました。暫し、胎盤でOct4の異常な発現(本来はない)があることが分かりました。
で……去年の2月6日、4:27:09のツイートに繋がります。
http://twilog.org/aruimiouji/month-1602/nomen-5
「ああ、自分の直感力が怖い……。
完全にやっているね、クローン化。
平行実験で。本当のFES1は大田浩関係ないね。
そのときに作ったのが、FES1でしょう。」
これは、取り敢えず、明確に撤回したいと思います。
もっとずっと慎重に考えることとします。
慎重にも慎重に……Ooboeさんのパートナー氏の刑事告発を成就させるためには、と。
>CAG-GFPの組織への寄与は、遠目では満遍なく寄与しているように見えますが、顕微鏡の倍率を上げて組織の微細構造が良く見える程度にすると、凄く粗いんです。
>Comparison of EGFP expression in tissues from ROSA26-EGFP and the CAG-EGFP mice. ROSA26-EGFP mice show generalized pancellular EGFP expression in sections of various organs at 6 weeks of age, top row. Variegated EGFP fluorescence is seen in CAG-EGFP mouse, middle row. Cells that do not express EGFP are demonstrated with DAPI staining (bottom row) of the same sections shown in the middle row.
CAG-GFPの組織発現様式は「凄く粗い」。したがって、DAPI陽性細胞と必ずしも一致しない。ROSA26-EGFPはほぼ一致する。比べてみればすぐわかるでしょ。だから、「BCA論文」f g hのGFPはCAG-GFPとは言えないよ、という反論ですね。
しかし、「凄く粗い」と言っても「Variegatedまだら状」になるわけでしょう? ご紹介の論文の図は、胃・大腸・心臓・肝臓・脾臓、すべての組織で「まだら状」に抜けていますよね。一方、「BCA論文」f g hにおいては、小腸・膵臓組織のところだけ綺麗に抜けています。「Variegated」じゃないですよ。
ですから、やはり、「f g h のGFPはOct4-GFPである可能性が高い」、という私の結論を変更する必要はなさそうですが。
http://www.nature.com/nature/journal/v525/n7570/full/nature15366.html
2段目のGFP染色です。小腸・膵臓様に見える高分化型の細胞が集まっている部分が「均一に」抜けているのです。そこは、真っ暗ですね。これがCAG-GFPならば、白い部分が「まだら状に」分布していないとおかしいのです。
g h から読み取れることは、高分化細胞のところだけ「特異的に」陰性になっているということです。ですから、これはOct4-GFP挿入細胞だとしか考えられないのです。
>だから、「BCA論文」f g hのGFPはCAG-GFPとは言えないよ、という反論ですね。
↓
だから、「BCA論文」f g hのGFPはCAG-GFPの可能性もあるよ、という反論ですね。
>しつこくてゴメンなさい。
そうですね。あんまりしつこいと、閲覧者さんかな?と誤解されかねませんよ。嫌でしょ?そんなの。問題を一つ一つ論じていきませんか?
>不安な点は専門的な事と思うので司法の場で戦うことが可能かという事です。
「FES1は大田FES1か?」など科学的解析でしか真偽が解明できない場合、科警研や科捜研(大学や企業などの研究機関との連携も可能?)で実行可能な範囲で期待したいと思います。「若山氏の交配ミスの可能性がある。」などの真偽は複数の専門家の証言で十分だと思います。
また、「129/GFP ESは誰も知らない」など、単なる証言の真偽は司法の場で明らかになるのではと期待します。
また図のf-hから、パラフィンブロックの試料には、GFP陽性部分と陰性部分(矢印)がある事が確認された。
陽性部分に関して、aruimioujiさんによれば、CAG-GFPは発現は粗いため、DAPI染色と一致しない部分があったということですね。
分かりやすい資料を提示していただき、ありがとうございます。
しかし、矢印の部分は一様にGFP陰性であった。
そのため、矢印の部分はホストマウス由来であるという事が判明したのですね。
http://www.nature.com/nature/journal/v525/n7570/full/nature15366.html
2段目のGFP染色です。小腸・膵臓様に見える高分化型の細胞が集まっている部分が「均一に」抜けているのです。そこは、真っ暗ですね。これがCAG-GFPならば、白い部分が「まだら状に」分布していないとおかしいのです。
g h から読み取れることは、高分化細胞のところだけ「特異的に」陰性になっているということです。ですから、これはテラトーマではなく、張り付けられたホストの正常組織だとしか考えられないのです。
>そのため、矢印の部分はホストマウス由来であるという事が判明したのですね。
h を見ていただくとよくわかります。2段目の図の下半分に広がっている均一にGFP陰性の膵臓様組織部分(均一に暗い部分)は、1段目のDAPIの図で見ると、その上縁の三箇所(左端、中央、右端)で、図の上半分の大きな塊部分の下縁に広がるGFP陽性部分(白い部分)と連結されています。
ですから、このGFP陽性部分とGFP陰性部分は同じテラトーマ組織としか考えられません。したがって、この陰性部分だけをホストマウス由来とみなすことはできません。
やはり、私の結論は変わりません。f g h の組織所見は、この組織がOct4-GFP細胞由来でなければ合理的に説明することができないのです。
あんなの初めっから、STAPテラトーマとしか思っていません。
自分のツイートを探すのも膨大になってしまって、難儀なのですが、例えば、http://twilog.org/aruimiouji/month-1604/nomen
この辺をご覧下さい。一番上で、「mentionを除く」をクリックすると僕のツイートだけになります。
直接的に返せば、1128、1129は全くその通りです。
しかし、それが僕のコメの趣旨に対する反論のようになるのは理解できません。
CAG-GFPテラトーマが捏造であるのも、「お注射攻撃」で示しているでしょ?。
手段/方法はともかく、Oct4が光っていてOct4-GFPのTGマウス脾臓から論文通りに作られた「成熟度の高いテラトーマ」であるのも、全然、全く同意です。
僕は木星さんと方針が全く合わなくなったので、有志の会を辞めました。
木星さんが根拠なく若山氏の捏造説に走るからです。
今、あっちもこっちも話し出すと膨らんじゃって大変で、この手の話は止めます。
1130は、全面的に却下です。
界隈で、クローン仮説流行になっていて、「J・ワトソンさんも、そっち行ったら大変だ~~!」という老婆心と、須田本の笹井さんの発言は知ってましたか?。
笹井さんが、『自己組織化』と言っているのは凄く重要だと思いませんか?。
かなり強固な証言ですよね?。
DAPIの理研の意図が実は良く分からなくて調べ中です。
あと、僕は議論嫌いなので、多少はマナーの一貫と思って致し方なく応じますけれど、「在米ポスドク」氏の代わりは出来ないことは、予め御了承ください。……。
続きです。それなりに主張がボリーュームあるので、しつこいですが御勘弁を。
「したらばの人」とは一緒にしないで下さい!。
ま、関わり初めって、こんなものなのでしょうけれど。
延々とSTAP完全ある派、オボちゃん完全冤罪派を公言してきました(ネットで発言し出したのは、桂報告書以降)。
それに、J・ワトソンさんの御活躍もかなりディープに知っているつもりです。
やっぱり僕のこと全く目に留まっていなかったんですね。
残念……。
時間的に難しいですけど、Ooboeさんのパートナー氏のさんの告発を後押ししたいので、擁護派で科学に詳しい人(僕は文系ですけど)が、上手く集結してできるだけ、「これは確定事項、これは怪しい話だから却下!」てな感じで、告発に使えるファクトとエビデンスをの取捨選択を上手くできたら、と思っているのですけど。
JISAIさんやジミーさんやTs・マーカーさんや……などに協力頂いて。
まとめて記事書いてくれませんか?。
そのときに、使えることを想定して作りました。
愚民さんや木星さんに「No!」とは言わせません。
BCA論文の「保険」なグラフです。
ホンのちょっとの「Oct4-GFPのコピー数」は、IL2の約4割です。
https://pbs.twimg.com/media/C81utSYV0AAxrMs.jpg:large
後もう一つは、J・ワトソンさんは全然御存じないかもですが、感想さんのモデルが破綻していることを示す、図と文章。
https://pbs.twimg.com/media/C81xobwUMAAvuOA.jpg:large
科学の面で締まった議論が出来るための叩き台としては、凄く重要でしたので、敬意を表してください。只、teabreak2さんや和モガさんへの彼の攻撃は酷過ぎる。
「誤解析」を正当化するためには、こんなに知恵を絞らないとならないということです。
それでも破綻しているということ。
これは直接、感想氏と遣り取りしていたので、ジミーさんが詳しいです。
6/16の「誤解析」をもっと煮詰めて欲しいのですけれど。
告発をサポートできるように。
後、「自分でやれよ!」という批判も予め却下です。
一人であれもこれもはできません……。
「三人寄れば文殊の知恵」ってのもありますし。
>僕も全然STAPテラトーマある派です。
>あんなの初めっから、STAPテラトーマとしか思っていません。
よくわからない人だなあ。それなら、ROSA26-EGFPの論文は何のために出したんですか?
>『これらの画像は、私自身が顕微鏡下でサンプルを実際に見て観察しているが、奇形腫の細胞塊の一部だった。STAP細胞から出来た奇形腫は、ES細胞由来に比べて、全般的に大きさは小さいが、組織の局部的な構造がはっきりしている点で、成熟の度合いが高いと感じた。そうした組織形成は、いわば奇形腫内の自己組織化と言える。ES細胞のテラトーマで膵臓が出来にくい(これも本当かどうかは分からない)からといって、STAP細胞のテラトーマでも同じであるべきというのは、論理的ではない。……』
これは知りませんでしたが、実に真っ当なお考えです。しかし・・
「自己組織化」なんて言葉は、ちょっと口をついて出ただけでしょう。これが何で「お注射説」の根拠になるのか?さっぱり訳のわからないことをおっしゃる。という点で、この人も閲覧者さんとそっくりなんですよ。しつこいしね。
>まとめて記事書いてくれませんか?
なんで私がそんなことを???
あなたのために???
あほらしい!
どうしてそうなります?。
やっぱこういう人だったんだ。
小保方晴子さんのためになると思いますけれど。
何とか御助力願えませんかね?。
自分の分は別に自分でブログ立ち上げたんで自分で書けますから。
ケチが付いてるから、ここに記事は提供したくないんですよ。
画像ぐらいは出来ますけど。
いずれにせよ、J・ワトソンさんの自由ですが。
「有志の会」のこのブログの記事ですよ。