政府はまず、沖縄県に損害賠償を求め、続いて翁長氏の個人責任を問う住民訴訟を経て、翁長氏個人に損害賠償を求めることを想定している。
撤回で移設工事が中断すれば、人件費や機材調達費などの損害は１日当たり数千万円に上る見通し。政府は撤回への対抗策として執行停止を裁判所に申し立てるが、認められるまでに１０日前後かかるため、国が翁長氏に求める賠償額は数億円に上る可能性がある。
沖縄県は１５年５月、翁長氏の就任時の資産報告書を公表した。保有する土地と建物の資産総額は、固定資産税の課税標準額で約６９４万円。預貯金（当座預金、普通預金除く）、有価証券や貸付金、借入金はなかった。同県は昨年７月、翁長氏の１５年の所得等報告書を公表した。これによると所得総額は１７３９万１９７７円。
数億円の賠償命令が出た場合、翁長氏は個人資産面で窮地に立たされることになりそうだ。