マイナンバーカードには本人を証明するための機能もあるが、総務省はスマートフォンとマイナンバーカードを組み合わせることで、スマートフォンをマイナンバーカード代わりに使って本人確認を行う機能の提供を進めている。すでにAndroidでは一部端末での対応予定も公表されているが、これに加えてiPhoneでの対応も見通しが付いたと報じられている（ITmedia、エスマックス）。

AndroidやiOS向けの専用アプリを端末にインストールし、スマートフォンのICカードリーダーもしくはPCに接続したカードリーダー経由でマイナンバーカードを読み取ることで、マイナンバーカードの情報をスマートフォンに転送するという仕組み。転送した情報は AndroidではSIMカードに、iOSではOSのKeychainに格納される。

2019年の実用化を目指しているとのことで、東京オリンピックや関連イベントで本人確認に利用することも目指しているという。