司法省は行政権なので「長」である大統領の指揮下にあります。

是非はともかくとして、公の場でトップに喧嘩を売ったのだから解任されるのは当然のことでしょう。

日本で言えば、指揮権発動に背いた検事総長が解任されるようなものでしょう。

司法権の要である連邦最高裁判事は、大統領とて解任できません。
これをお間違いにならないよう。

この場合はもう辞めることがわかっているのでこれができるが、普通は人生がかかっているので、普通はそれに従うしか無い。

個人的には、ここで信念を貫いて、職を失える人間でありたいと説に願う。

大統領令が後で違憲だと判断されたらどうするのだろう。どの国でも同じですが、権力を持った者や集団（政党）は、慎重かつ謙虚であって欲しい。

どこまで強権主義が許容されるか試しているのかもしれない。He is flexing his muscles.

過去大統領令の違憲判決は2件あります。

今回のケースは、合衆国憲法修正第1条の信仰の自由の侵害かどうかですが、実際には過去にも同様の入国制限のケースがあり、又全イスラム教徒を対象としているわけでもないので、法律論としては合憲との見解が多い様です。

それにしても、いくら交代間近の行政官とは言え、即断即決もここまで乱暴だと別の意味で混乱が広がりそうですね。

司法省の上級官僚がどう反応するのだろうか。国務省のように続々辞任するか、それとも残ってトランプに尻尾を振るか。セッションズは南部のRacist代表みたいな奴だが、もちろん一人では司法省は切り盛り出来ない。司法省内が混乱すればそれをいいことにトランプはますます好き放題やる可能性も。

拙速な入国制限が決して良いとは思いませんが、選挙で選ばれた大統領の方針に従えないならクビだ、というのは仕方のないところなのでしょうね・・・　以下は、敢えてトランプ大統領側に立った「政治的に正しくない」かもしれない見方です。
米国民の分断とそれに乗じたIS等の活動でテロのリスクが高まっている折から、今の国境管理は甘過ぎる。国境管理が強化されるまで、多少の不便はあるとしても入国禁止措置を取る。そのくらいのことをしなければ、変化を好まない役人共は動かない。差し迫ったテロのリスクを緊急に抑える方が優先だ。綺麗事ばかりで何もしないジャーナリズムや学者、今の司法長官代行の言うことなど放っておけ。
ISをはじめとするテロ組織は米国にとって脅威だが、残虐と言われるアサド政権等の権力が米国にテロを仕掛けることはないだろう。弾圧を行う政権が残ると欧米への難民流入が後を絶たないが、それはテロ組織が跋扈する状況でも同じこと。ロシアと対立してテロ組織を栄えさせるより、ロシアと組んでテロ組織を叩き潰す方が米国にとって安全だ。ロシアと米国が手を組めば、アサド政権の影響力が及ばない安全地帯をシリアに設けることなど簡単だ。身の安全と権力が保証されるなら、アサド政権がロシア・アメリカ連合軍に「安全地帯」で刃向うはずがない。そうすれば、難民流出そのものが止められる。ロシアの脅威なんて、アメリカ自身には関係ない。俺は有言実行が信条のビジネスマン。国境管理の強化と併せ、米国民の利益と安全のため断固たる意思でやって行く。
当て推量の当否と善悪は別にして、こう見ると、最近のトランプ大統領の動きはそれなりに纏まりのある「政策」ではあるのでは？　自らの考え方を押し通す体制作りを司法長官ポストも含めて着々と進めるかに見えるトランプ大統領。難民受け入れに積極姿勢を見せるカナダでテロが起きて米国で防げればトランプ大統領の評価が上がり、米国でテロが起きればトランプ大統領は苦境に陥る、という構図を耳にしましたが、さて、この先、米国と世界はどこに向かうのか。

トランプ大統領が、入国制限に反対したイェーツ米司法長官代行を解任した。反対した流れは、下記リンク参照。
https://newspicks.com/news/2034658

で、こちらで解任の記事。