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2009年3月発行
SNP解析入門

東海大学総合医学研究所・医学部
井ノ上逸朗 監修
BIOWEB(R)

 

電子出版

定価 5,142円 (4,762円+税8%)
PDFファイル形式、総ページ数:183ページ

第1章 初めて統計遺伝解析に接する研究者のための解説
第2章 SNPを用いた疾患感受性遺伝子同定
第3章 SNPによる集団遺伝学的研究
第4章 SNPによる連鎖解析
第5章 多重検定についての考え方および解決策
第6章 遺伝子間相互作用の検出法
第7章 遺伝子コピー数変異(CNV)と疾患
第8章 高密度SNPタイピングアレイを用いたゲノム全域解析による疾患遺伝子解析
第9章 BeadChipを用いたゲノム全域解析による疾患遺伝子解析
第10章 これだけは知っておきたいSNP解析のための統計学

正誤表(PDF) (2016年1月21日以降にお求めの方はすでに修正されています。)

■ 第1章 初めて統計遺伝解析に接する研究者のための解説

東海大学総合医学研究所・医学部
井ノ上 逸朗

はじめに 立ち読みする(PDF)

どのような検体収集をおこなうか

統計学的検定の前提

アソシエーション・スタディーにおける統計遺伝解析

有意差があるというのはどういうこと

得られた有意差をどのように評価したらいい?

Hardy-Weinberg平衡と乖離した場合の統計遺伝解析

さいごに

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■ 第2章 SNPを用いた疾患感受性遺伝子同定

東海大学医学部
田嶋 敦

はじめに 立ち読みする(PDF)

SNPを用いた疾患感受性遺伝子マッピングの概略

研究対象とする「多因子疾患」の遺伝性について

疾患感受性遺伝子マッピングのための研究デザイン

タイピングするSNP について

SNPによる遺伝子マッピング法

エビデンスに基づく治療・診断に向けての課題

おわりに

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■ 第3章 SNPによる集団遺伝学的研究

東海大学医学部
田嶋 敦

はじめに 立ち読みする(PDF)

集団遺伝学とは

遺伝的浮動、自然選択、そして「中立的」な突然変異

集団の有効な大きさ、塩基多様度、そしてmost recent common ancestor (MRCA)

疾患関連研究としての集団遺伝学の意義

全ゲノムSNPスキャンからの疾患感受性候補遺伝子の抽出

SNPと遺伝子発現量多型との関わり

おわりに

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■ 第4章 SNPによる連鎖解析

東海大学医学部
成田 暁

はじめに 立ち読みする(PDF)

連鎖と組換え

連鎖解析とは

SNPと連鎖解析

SNPLINK−高密度SNP連鎖解析用Perlスクリプト

おわりに

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■ 第5章 多重検定についての考え方および解決策

東海大学医学部
成田 暁

はじめに 立ち読みする(PDF)

Bonferroniの補正法

False discovery rate(FDR)を制御する手法

パーミュテーションテスト(並べ替え検定)

各手法のまとめ

おわりに

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■ 第6章 遺伝子間相互作用の検出法

東海大学医学部
成田 暁

はじめに 立ち読みする(PDF)

遺伝子間相互作用とその検出法

ノンパラメトリック法

組み合わせ法

再帰分割法

セット関連解析法

ニューラルネットワーク

グラフィカルモデリング

遺伝子間相互作用解析法の課題と今後の展望

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■ 第7章 遺伝子コピー数変異(CNV)と疾患

東海大学医学部
秋山 康一

CNVとは 立ち読みする(PDF)

CNVの成り立ち

CNVと疾患

CNVの検出方法

利用可能なCNVデータベース

最後に

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■ 第8章 高密度SNPタイピングアレイを用いたゲノム全域解析による疾患遺伝子解析

理化学研究所 基幹研究所
小島 俊男

はじめに 立ち読みする(PDF)

高密度SNPタイピングアレイ実験

ターゲット配列の増幅、末端ラベル

アレイとターゲット配列のハイブリダイゼーション

アレイの洗浄とイメージスキャン

データ解析(SNPタイピング)

データ解析(DNAコピー数変異解析)

まとめ

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■ 第9章 BeadChipを用いたゲノム全域解析による疾患遺伝子解析

東海大学医学部
秋山 康一

はじめに 立ち読みする(PDF)

BeadChipの原理

BeadChip実験

ターゲット配列の増幅、断片化

アレイとターゲット配列のハイブリダイゼーション

アレイの洗浄とイメージスキャン

データ解析(SNPタイピング)

データ解析(遺伝子コピー数変異/ヘテロ接合欠失)

まとめ

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■ 第10章 これだけは知っておきたいSNP解析のための統計学

東海大学医学部
田嶋 敦

はじめに 立ち読みする(PDF)

推定と仮説検定

推定

仮説検定

ベイズ推定

おわりに

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■ 用語説明

■ 参考文献

 

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ご覧のような機関の方に購入いただいております。(順不同)

岩手医科大学、京都大学、金沢大学、慶應義塾大学、香川大学、山梨大学、自治医科大学、新潟大学、川崎医科大学、長崎大学、帝京大学、東海大学、東京医科歯科大学、東京大学、東邦大学、奈良県立医科大学、奈良先端科学技術大学院大学、浜松医科大学、福井県立大学、北海道大学、北里大学、名古屋大学、琉球大学、和歌山県立医科大学、鳥取大学、藤田保健衛生大学 等
その他、製薬系企業の研究所や病院などのお客様

お客様の声

  • 非常に分かりやすく、研究に役立つものでした。

  • 今回購入した目的は、これまで生化学や組織化学が主で、分子生物学的解析、特にSNP解析に関してはまったく未知の分野だったため、とにかく特殊用語が多く難解で、この分野に参入するにあたって基礎的な解説書が必要だったためです。
    SNP解析入門では、主な用語の解説から、実際の解析方法までを図を用いながら初心者向けに記されているので、わかりやすいと思います。
    少しはずれますが、メタアナリシスなどの項目もあるといいかと思います。

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