鎌倉市議会に「EM菌」について環境省の正式な見解を求める意見書が提出されたが、否決されたそうだ（Togetterまとめ）。

EM菌は水質浄化に効果があると主張されているものの、その科学的根拠や定量的な効果については明らかにされていない。また、「EM菌の効果は重力波と想定される波動によるもの」といった主張や、「2000度でも死なない」といった主張もある。