どれが正しい敬語になりますか？

え？ 逆でしょう。

一番自然な表現が「構いません」、適切だが固い表現が「結構です」で、「差し支えございません」は言葉は丁寧に見えるが不適切、だと思います。

例えば、
「お時間のある時で構いませんので、一度ご覧いただければ幸いです」と目上の方に言うと失礼でしょうか。

でも「お時間のある時で差し支えございませんので～」では、返って無礼ではありませんか。相手の態度が自分にとって差し支えあるかどうかを直接伝えるのは、いささか尊大な態度で、自分を謙譲する敬語の作法としては違和感ある表現でしょう。

「構う」とは、本来「構える」の文語で、気にする、気にかける、相手をする、などの意味合いの言葉です。「構うもんか」なら「気になんかしていられない、気にしないぞ」という意味ですよね。

これが「構わない」「構いません」ならやはり、気にしない、という意味ですが、例えば「明日以降では構います」なんて使いませんよね。
否定表現に限って「そんな些細な違いは気にしない≒問題ない、大丈夫だ、差し支えない」という意味合いを、婉曲に伝える定型表現なんです。

「今すぐ見るか、ずっと後に見るか、なんて些細な違いだから全然気にしない」と言うことで、実はそれなりに違いがある事情を持つ自分を謙譲し、直接的な意向表明を控える表現が「構いません」なんです。

「会う」を謙譲語にすると「お会いする」ではなく「お目にかかる」になるのと同じです。相手が関わる表現では、婉曲な言い回しで自分の意思や事情を表さないのが敬語の作法で、丁寧な言葉を使えば敬語になる、というわけじゃないんです。

で(笑)、例文ならば、
「メールでご回答いただいても構いません」がより自然でしょう。「構いません」とこちら側の動作につなぐなら「いただく」の方が自然です。「メールでご回答くださる場合には、以下のフォーマットをご利用ください」など、そのまま相手の動作に視点がある場合には「くださる」が自然になります。

仮に恩師の先生に教え子が「メールでご回答いただいても差し支えございません」という表現を使ったなら…？ 先生は「何を偉そうに。じゃあどのような形、どのような内容なら最も『差し支えない』完璧な回答例なのか、ご教示賜りたいものだな(笑)」なんて思うかもしれません。

４番が良いと思います。
「メールでご回答下さっても結構でございます」
とか
「メールでのご回答も承っております」
でも問題ないかと。

あと関係ないですが「どれが正しい敬語になりますか？」は日本語として不適切だと思われます。
「どれが正しい敬語ですか？」が適切です。

「結構です」という言葉は「それでよい、満足です」という意味があるので、「なんか見下しているように感じてしまいます。」というあなたの感覚は正しいと思います。「回答なさる」というのも「やりたいならそうしなさい」という感じで「回答くださる」のほうがいいでしょう。

ただ、質問の「でも構いません｣「で結構です｣「でも差し支えございません｣を使う理由がはっきりしません。メールで回答するのでないとしたら、どんな回答方法を望んでいらっしゃるのでしょうか？本来は手紙やハガキで返事をもらいたいのですが、もし面倒でしたらメールでも構いません、という意味なのでしょうか？

日本語は話す相手だけでなく、話す状況・文脈によって、文章が変わります。
メールでこの文章を送って、そのメールを見ることができる方が相手なら、普通はメールで返信しますから、こんな文章は不要です。
手紙やハガキでこの文章を送るのでしたら、返信用ハガキを入れるのか(往復はがきにするのか）、電話番号とメールアドレスを書いておいて、電話かメールで回答してもらいたいのかによっても文章は変わりますので、参考にしてください。