FeliCa対応のiPhone 7に「総務省指定」刻印があるのに、同じくFeliCa対応のAndroid...

Apple Payの機能に必要だからです。

おさいふケータイだけであれば、端末に内蔵されたICチップに
おさいふケータイの情報を読み書きする機能だけ
実装されてれば利用が出来ました。

これだけでは総務省指定は必要ありません。

端末に内蔵されているICチップとの
やり取りなので、電波を使っていませんからね。

Apple Payは、例えばiPhoneにSuicaをかざして、
SuicaのICチップの情報をiPhoneが読み込んで、
iPhoneに情報を取り込む仕組みがあります。

このとき、SuicaとiPhoneが電波のやり取りを
するので、総務省指定が必要なのです。

iPhoneの外部のSuicaとのやり取りなので、
電波でやり取りしないと情報を読み込めないんですね。

Apple Payは、Androidにはない機能です。

だからAndroidには総務省指定が必要ないのです。