特定の会社からのメールだけですか。
他の受信メールにおかしいところがないのでしたら、不具合のようには思えませんが。
そのメールはHTML形式のメールではないですね?
HTML形式のメールでは予め使用するフォントや大きさをメール側で指定することができるものがあるようです。
ver2は、もう、使っていませんが、Ver3.0では、メール側で設定されたフォントを使用したくばい場合は、「メッセージが指定したフォントを優先する」のチェックを外したらよいようです。
また、返信時は、「可能であれば、返信メッセージに既定の文字エンコーディングを使用する」がありますが、チェックを入れる設定があります。
画像では判別できないですが、ver2.0でもあるように見えますが。
http://mozilla.jp/support/thunderbird/tutorials/customize
それでも設定が効かず、おかしい場合は、プログラム本体を入れ替えてみてください。
なお、Ver3.0への移行はしないのですか?
また、メールデータのバックアップが必要な場合は、Import Export Toolsという拡張機能を使ったら、エクスポートやインポートが簡単にできますよ。
http://mozilla-remix.seesaa.net/article/28838742.html
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