拙ブログで記事をアップする際、擁護派の皆さんが訪れるような場所は、一通りチェックしております。
本日、またもSTAP論文が引用されたという話が持ち上がっています。
引用されている論文↓
http://www.nature.com/articles/srep27803
http://www.nature.com/articles/ncomms12144
公表された論文で引用されているからと言って、取り下げられたSTAP論文が正しかったということは決してありません。
埋もれちゃうといけないので、こちらの記事「クロマチン、ヌクレオソーム、転写因子と多能性幹細胞」も是非ご一読ください。
取り急ぎ。
2016.08.16 15:20追記、修正。
2016.08.16 16:35下記赤字部追記。タイトルから【速報】を削除。
〇http://www.nature.com/articles/srep27803で引用している部分↓
Stress based in vitro OCT-4 expression has been reported previously for stem cells 14,21.
この２つの文献を引用してますが、過去に、ストレスでOCT4を発現したとするレポートの一例として紹介しているだけです。
※OCT4を発現したこと、イコール、「多能性幹細胞樹立」、にならないことにご注意ください。理化学研究所の検証実験でも、OCT4の発現は確認されましたが、多能性（キメラ胚の作製）は確認されませんでした。
14.
Hjelmeland, A. B. et al. Acidic stress promotes a glioma stem cell phenotype. Cell Death Differ 18, 829–840 (2011).
21.
Obokata, H. et al. Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency. Nature 505, 641–647, 10.1038/nature12968 (2014).
〇http://www.nature.com/articles/ncomms12144で引用している部分↓
Reports on stimulus-triggered acquisition of pluripotency24 were re-evaluated by multiple analyses, including analysis of the genomic integrity of the samples using comparisons between the published CHIP-Seq data25.
STAP論文について、複数の再検証解析が行われており、その一つ（文献25）は、STAP現象は再現しなかったことを報告した論文です。
24.
Obokata, H. et al. Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency. Nature 505, 641–647 (2014).
25.
De Los Angeles, A. et al. Failure to replicate the STAP cell phenomenon. Nature 525, E6–E9 (2015).
自称ジャーナリストさまには、せめてSTAP論文がどういう文意で引用されているか、確認してからブログ記事をアップしていただきたいものです。
２つの論文は、いずれもポジティブな意味での引用ではありません。後の論文は、極めてネガティブな意味で引用しています。
どこをどう読むと、「小保方さんの発明した理論は多くの研究者に影響を与え、インスパイアを引き起しています。否定しているのは日本だけです。」になるのでしょうか？
「」部引用元：http://blog.livedoor.jp/obokata_file-stap/archives/1060247545.html
コメント
コメント一覧
自分では一発アクセプトの判定する時でも、判定に無関係のコメントとして参考文献のミスやtypoも指摘するんですけど
コメントありがとうございます。
筆者の力量不足で、ご期待に沿えるような記事にならず、申し訳ございません。
今回は、【速報】という形で記事にすることにより、専門の方々のコメントをいただきたいと思い、このような形を取らせていただきました。
ご理解いただければと存じます。
>公表された論文で引用されているからと言って、取り下げられたSTAP論文が正しかったということは決してありません。
おっしゃるとおりだと思います。
そもそもことの発端は、iMuSCs論文（http://www.nature.com/articles/srep17355）のReferencesに小保方さんがTissue Engineering誌で発表した論文が載ってたことですよね。
でも、論文をよく読めば
“The existence of pluripotent-like cells in adult tissues has been a matter of debate for years, since inconsistent results have been reported by various groups9,10,11,12,13,14,15; however, no study thus far has proven that such pluripotent stem cells can arise from differentiated somatic tissues.”
とあって、小保方さんの論文（ReferencesのNO,13）は多能性細胞についての「複数のグループから報告された矛盾する結果」の一つとして紹介されているだけで、木星さんの記事にあった「小保方晴子氏の研究が正しかった」とは程遠いものです。
論文に“Obokata, H”と載ってるだけで大騒ぎして、「stapはあった！」「小保方さんは正しかった！」「理研は責任取れ！」とか、さらに難治の患者さんの「希望が持てた。本当に良かった」というようなツイートを見ると、絶対にこの間違いは正さないといけないと思います。
モグラたたきのようで空しさはあるんですけど。。
「正しく引用しなければ、（査読者から）叱られるんだ」
わたしの指導教授は、引用文献に関してこう言ってました。
光陰矢の如しです。
「ワシントン大学がSTAP細胞論文を引用＿癌細胞を酸性浴で多能性確認」
http://blog.livedoor.jp/obokata_file-stap/archives/1060247545.html
＞1. 木星 2016年08月16日 13:28
今度はハーバード時代の論文ではなく、日本ではくそみそに言われた「STAP細胞論文」やないか。
ちゃんと研究参考論文として海外の研究者からは扱われている。
日本はどうなってんの？
利権で若い女性研究者の発明を潰すなんて。
ハーバード時代の論文が引用されたことに大喜びしガセネタ書いて世間を混乱させたのは誰だったのか。
ところで、「否定しているのは日本だけ」というのはデマですね。科学がワールドワイドなものだという認識がないのでしょう。←ここポイントなので、管理人さん取り上げてください（笑）。
私がもしこの件に対応するなら、話題の論文のきっちりした解説を書きます。擁護の人も見たくなるような（笑）。否定だけしても、一般の人にはどちらが正しいかわからないし、擁護の人は、例の「これだけ否定するのだから何かある」「否定しているのは日本だけ」思考になるだけと思います。これがモグラたたきに陥らない方法の１つではないでしょうか。
・取り上げないか
・きっちり解説するか
この２択かなと。科学の結果は皆のものなので、すべての人を取り込んでいくぐらいの包容力が必要かもしれません。
「幹細胞に関して、ストレスによる試験管内Oct-4発現は以前に報告された」
この文章であるなら、撤回されたSTAP論文は引用されるべきではないと思います。
科学的には、論文は生きていないからです。
論文筆者らの見識が疑われると思います。
あ、恥ずかしい。訂正します。
（誤）こういうのを掘り出して進駐する人がいるのでしょうね。
（正）こういうのを掘り出して注進する人がいるのでしょうね。
>この件に対応するなら、話題の論文のきっちりした解説を書きます。擁護の人も見たくなるような（笑）
英語が得意で分子生物学が理解できたら本当にそうしたいところです。。
今回は管理人さんがとても素晴らしい記事を書いてくださったので、本当に感謝です。
>科学の結果は皆のものなので、すべての人を取り込んでいくぐらいの包容力が必要かもしれません。
なるほど。勉強になります。
でも、「すべての人を取り込んでいくぐらいの包容力」ということが、stap問題ではとても難しい気がするんですよね。最先端のNGS解析をする研究者に対して、素人がその解析結果に異議を唱えている姿を見ると。。
>STAP論文は、これまで２００回ぐらい引用されているようなので、いったいどういう引用の内訳なのかの統計を作ってみるとよいかもしれませんね。
そんなに引用されてたんですか！知りませんでした。でも、200回ってどこかで聞いた回数ですね（笑）
どのような文章でSTAP論文が引用されているか、だけでも当該の論文に目を通して欲しいものです。
参考文献のリストに掲載されただけで喜ばれてもなあ、と思います。
＞STAP論文は、これまで２００回ぐらい引用されているようなので、いったいどういう引用の内訳なのかの統計を作ってみるとよいかもしれませんね。
この引用回数が非常に気になったので、本当なのかを簡単に調べてみたんです。Google Scholar という研究専用の Google サイトがあるんですが（ご存知かもしれないですけど）、例えば、ここに撤回された article の論文のほうのタイトルを入力して検索すると「引用元」というところに、引用回数が出て、確かに昨日の時点では「207回」と出るんです。
しかし、実際の文献にあたると、引用もされていないし、「Obokata」の文字もない。最近の論文では Supplementary Figures (Data) と言った、付録のデータもあるのが普通で、もしかしたらそちらで引用している可能性もなくはないですが、論文が発表されてから、小保方論文の「データのおかしさ、ねつ造、盗用」がほぼ研究者の間で共有されるまでには1か月もかかっていません。理研の発表までは時間がかかっていましたが、普通のまともな研究者であれば、そんな怪しい論文を無理して引用する必要はありません。
論文の引用については、適当に引用すればいのではなく、まず「引用しなければいけない」文献（もしくはそれと同等のもの）というものがあります。Editor や Reviewer の中には、Introduction で引用すべき論文が引用されていないだけでリジェクト（採用不可）にする人もいますし、そこまでしなくても、「文献の引用に不十分な点がある」と指摘する人や、具体的に「この論文を読むべきである（＝引用しろ）」と書いてくる人もいます。私は Introduction の文章の中での不十分なところを指摘して、「ここは適切な文献があるはずなので、それを引用すべき」と書きます。Obokata 論文を引用してたら、そこは理由を聞きますね。撤回されていることすら知らない人もたまにいるので。
> しかし、実際の文献にあたると、引用もされていないし、「Obokata」の文字もない。
200回と書いた私の根拠もGoogle Scholarです。引用側については、ちゃんと確認していません。いま、"cited by" の先の論文の題名を確認してみると、どう考えて別分野の論文が出ているので、自動処理によるフォールスポジティブが多いかもしれません。デマを流してしまったかもしれず、このサイトの信頼性を下げる結果になり申し訳ありません。私のほうでも時間があるときに、正しい引用状況について調査してみたいとは思っています。えりさんの言われるとおり、「２００回」は鬼門でした。
ちなみに、PubMedのほうでは、"Cited by 60 PubMed Central articles"となっていて、だいぶ数は減りますね。こちらのほうが信用できるかもしれませんが、やはり確認は必要でしょうね。
おはようございます。
Google Scholarで検索してみました。確かに引用回数は207回となっていますけど、引用元を確認すると、2011年に発表されている“Smart Phones, a Powerful Tool in the Chemistry Classroom”の様な論文もあったので、感想さんがおっしゃるように誤検出が起こってるのかも知れないですね。
でも、そもそも不正行為により撤回された論文を引用するっていうことが、どうなんだろ？って思うんですけど。。私が論文を書くとしたら、そんなケチが着いたような論文引用したくないです。
一研究者ブログで、ワシントン大学の論文に関連して、「STAP論文からポジティブな影響をうけた研究者は間違いなくいる」「あれだけ有名になったから読んだ研究者は多数いるし、そこからなんらかな着想を得た研究者は確実にいる」という研究者の方の意見があったんですけど、私には？？です。別スレ（http://blog.livedoor.jp/peter_cetera/archives/6091818.html#comments）で「84. Zephyrus」さんが指摘されていますけど、ワシントン大学の論文には“Stress based in vitro OCT-4 expression has been reported previously for stem cells. 14）,21）. ”とありますけど、Zephyrusさんがおっしゃるように『「酸性ストレスでOct4の発現が促進される」ということが、ワシントン大の研究のヒントであったというのならば、それは2014年のSTAP論文ではなく、2011年のHjelmelandの論文と考える方が妥当』だと思います。
あれだけ話題になった論文ですから、多くの研究者が読んだ、ということは同意しますけど、それを「ポジティブ」ととらえるのはどうなんでしょ？
もしstapから何かを得たとすれば「研究不正行為を行うとどういう目に会うのか」ということくらいしか思いつきません。
相当過激に言えば「stap論文からポジティブな影響を受けた」と捉えるような研究者がいる以上、生命科学の不正はなくならないようにも思えます。
> 「stap論文からポジティブな影響を受けた」と捉えるような研究者
一研究者ブログの「おぼ」さんらの話を聞いていると、STAP研究に影響を受けたという人は、STAP研究以前から「刺激による動物細胞の初期化」に興味を惹かれており、それが再刺激を受けたというほうが正しいような気もします。「刺激による動物細胞の初期化」というのは、変な言い方ですが、生物学者の間での一種の「民間信仰」のようなものでなかったかと思います。植物で切断による細胞の初期化（カルス）が生じるのだから動物でも、という発想です。そこに、実際にiPS細胞の手法が正しいことが示されたので、なおさら「刺激のみ」での初期化がありえるように思われてきたということかと。
簡単になされる変換というのは、科学者の古来の夢なのでしょうね。金以外のものを金に変える錬金術。パラジウム電極で重水を電気分解するだけで生じる核変換（常温核融合）などなど。自然界には正しく押せばよいツボのようなものがあって、そこを見つけた者には、簡単に事がなせる。
実際に、加速器などを用いてやれば金以外の原子核を金のものに変換する「錬金術」は可能ではないでしょうか。常温核融合も、現在は、効率は低いですが低エネルギー核反応（LENR)として研究が続いているようです。ただ、どちらも、最初に想像されたように簡単・高効率な手法では可能ではなかった。こういう物質の話はえりさんのほうがお詳しそうですが。
「stap論文からポジティブな影響を受けた」と捉えるというのは、「錬金術」や「常温核融合」に、科学者の夢を刺激して研究を進めさせたというポジティブな影響があったとすれば、そのような種類の影響のことを言っていそうです。もちろん、最初の「常温核融合」研究が核反応の分野にネガティブな影響を与えたこともよく知られています。
誤解を招きそうな点を補足しておきます。フライシュマン＆ポンズによる「常温核融合」研究は、研究不正ではなかったと理解しています。再現性が低かったこと、発表方法に不備があったこと（論文発表前の記者会見）が問題視されたと理解しています。一方、STAP研究は、データ改ざん・捏造が見つかり、研究の証拠である細胞も、調べてみれば正しいものではないという、初期化がなされたという証拠が否定された研究不正であり、本来は、常温核融合研究と同じ枠組みで語るのは不適切です。
コメントありがとうございます。
>「stap論文からポジティブな影響を受けた」と捉えるというのは、「錬金術」や「常温核融合」に、科学者の夢を刺激して研究を進めさせたというポジティブな影響があったとすれば、そのような種類の影響のことを言っていそうです。もちろん、最初の「常温核融合」研究が核反応の分野にネガティブな影響を与えたこともよく知られています。
感想さんのコメントを読む度に、日本にはこんなに素敵な研究者の方がいらっしゃるんだな、って思います。「科学者の夢を刺激して研究を進めさせたというポジティブな影響」という感想さんの言葉にはとてもシンパシーを感じました。
私の大学院時代の研究は医療技術用のmaterialについてだったので、「常温核融合」は全然詳しくないのですけど、確か、stap騒動を「常温核融合並みのスキャンダル」とか言う科学者がいて、すごく違和感があったことは覚えています。
感想さんがおっしゃるようにフライシュマン教授とポンズ教授が行った「常温核融合」の研究には不正は認められていないと思いますけど、二人の発表した常温核融合の仕組みが高校レベルの化学実験のような簡単な装置で核融合が起こせる、ということだったので、刺激だけで初期化できるというstapと同じように語られてしまったことは残念です。「常温核融合」の研究がいまだに継続されているのも研究そのものに「不正」が認められていないからかな、と思います。
「不正」のことばかり言ってると悪いところしか見ていないように思われるかもしれないのですけど、私は「不正はダメ！何が何でもダメ！」「反論があればデータで！」のスタンスは崩せないです。
不正をするということは自分自身を裏切ることなので、そういう人は研究者には向かないと思います。
１０月に東北大で常温核融合学会が開催されます。
> １０月に東北大で常温核融合学会が開催されます。
東北大学では、「凝縮系核反応研究部門」というのを作って、力を入れているようですね。関係ないですが、ボランティア団体？のMartin Fleischmann Memorial Projectというところは、LENRの追試実験のライブをYouTubeで放送し、Live Open Scienceを標榜しています。一時期楽しみに観ていました。ライブで温度測定グラフが出ていて、異常発熱が生じないか、今か今かと観ている訳です。というのは大げさで、長時間の実験なので、ときどき覗くだけですが。
PubMed Centralでの被引用データについて、いくつか論文内容を見ましたがある程度信用できるようなので、昨日、文献解析を行ってみました（計60論文）。基本的にPubMedの登録内容をそのまま信じてプロットしています。実際と違う点があるかもしれませんが、参考までに：
http://expo70.xyz/image/stap-article-cited-in-PMC.png
全体の傾向として、引用は減少傾向にあります（だいたい指数減少）。今回話題になった論文（Som et al.）は、特異な存在に見えますが、指数減少から予測される範囲とも言えます。
文献解析に興味がある人への今後の課題：
・どのような文脈で引用されたのか分類する。内訳グラフを作ってみるとよいかも。
・PubMed Centralに登録されていない論文もある。より包括的な統計を作る。
・他の同等数引用されている論文と傾向を比較してみる。論文撤回の影響を議論する。
・「海外ではSTAP現象の再評価が進んでいる、日本の研究者は保守的であるのに対し、海外の研究者は進取の気質に富む」というような説を検証してみる。
某ブログに、このスレッドの 3.えりさんの 投稿が無断引用されています。
ブログの内容についてはあえてコメントいたしません。
ご丁寧に番号を消してコピペなんて、やる事なす事、ご本尊さまと同じだなぁ…。
生データ
http://jupiter-press.doorblog.jp/
検証用WEB魚拓
http://megalodon.jp/2016-0828-2232-57/jupiter-press.doorblog.jp/
「あたかも無断引用のブログ主が記事をかいて、それにえりさんが謝辞を述べた」
ように誤解させる構成になっていますね。
これは、確信犯で決定でしょう。
少なくとも件のブログの主たる読者層では、騙されるでしょうね…。
ありがとうございます。見てきました。
私も色々な人のコメントやTwitterは引用するんですけど、でも引用元やURLは必ず載せます。いくらなんでもジャーナリストが引用のルールを知らないわけないんだから、Sweeperさんがおっしゃるように確信犯かも知れないですね。
結局あのブログで木星さんが言いたかったことは
・自分の書いた記事は誤解されている
・木星さんの傷ついた心に真葛原さんのTwitterが嬉しかった。
・真葛原さんは木星さんにとって人生の「師匠」だ
・木星さんは真葛原さんを敬愛してるから、真葛原さんを深く傷つけたSTAP事件を起こした「隠れた真犯人」を許せない。
なんだか、全然わけわかんないです。
結局、感情論なの？って思っちゃいます。木星さんにとってはstapの真実なんてどうでもいいんでしょうって。
だからいまだに「stap幹細胞は若山氏が作ったからESをすり替えたのは若山氏」とか言えちゃうんでしょうね。stap幹細胞って何から作ったと思ってるんでしょう。
一言文句を言ってこようかと思って有志の会のブログを見に行ったら、既に誰かが木星さんに伝えてくれていました。
恐るべし、 科学ブログ人気NO,1、ということでしょうか(^_^)v
コメントありがとうございます。
いつもはROMしているのですが、無断引用だけでなく悪用ですからね…
引用先の記載の必要性についてはえりさんに同意です。常識の範囲内かと。
件のブログは、論理矛盾と意味不明なのがデフォルトでしょう。
そのうち「STAPはみんなの心の中にあるのです」とか言いだしそう…