気象庁が余震確率の公表方法を改めたのは、一定規模以上の地震後にはより大きな地震が起きないことを前提にしていた発生予測が熊本地震で見直しを迫られたためだ。熊本地震後、政府の地震調査委員会が過去の内陸地震を調べたところ、約６％で最初の地震を上回る規模の地震が発生していたことが判明した。
地震で倒壊した熊本県益城町の家屋（４月）
気象庁はこれまで大地震後に「余震」が起こる確率を、地震調査委が過去の地震データから1998年にまとめた「余震確率評価手法」の数式に基づき算出。大地震のおおむね１日後に発表してきた。
余震確率を初めて発表したのは同年９月に起きたマグニチュード（Ｍ）6.2の岩手県内陸北部地震。不安を抱える被災者に余震の見通しを示し、防災にも役立てる狙いだった。これまで東日本大震災や熊本地震を含め震度６弱以上を観測した15の地震で発表した。
ところが、熊本地震では最初の地震をいったん「本震」とした後により大きな地震が発生。これを受け、地震調査委が1923年から今年６月までの地震を再調査したところ、Ｍ５以上で震源の深さが30キロ以内の内陸地震は563回あり、このうち、前に発生した地震より規模が大きかった地震は35回（６％）あった。
海外の事例では、震源の深さが30キロ以内でＭ6.5以上の地震が発生した後、より大きな地震が起きたケースは2.2％だった。
地震調査委は「最初の大きな地震よりもさらに大きな地震が発生することは頻繁にあるとは言えない」とする半面、「まれにはあり得ることを呼びかけるのが適当だ」と説明。気象庁は地震調査委からこうした報告を受け、今回の見直しに至った。