菅義偉官房長官は４日の記者会見で、米軍普天間基地（沖縄県宜野湾市）の同県名護市辺野古移設をめぐる県との対立が長引いて移設時期が遅れかねない場合、沖縄振興予算を減額する可能性に言及した。「基地の跡地利用が遅れると予算が少なくなっていくのは、現実問題としてそうではないか」と述べた。
政府は「沖縄振興と基地問題はリンクしない」との立場。菅氏は「両方の課題を総合的に推進するという意味でリンクしているのではないか」と述べており、政府方針を見直す考えを示した。
鶴保庸介沖縄・北方相も同日の記者会見で「確実にリンクしている」と述べた。辺野古移設への反対姿勢を崩さない沖縄県の翁長雄志知事をけん制する狙いとみられるが、地元で強い反発が出る可能性もある。
沖縄振興予算は2016年度当初予算で3350億円を計上。安倍晋三首相は「（21年度まで）毎年3000億円台を確保する」との見解を表明し、菅氏も堅持する考えを示している。沖縄県幹部は「３千億円ギリギリまで減額されるのではないか」と懸念を示した。