自民党では31日、分裂選挙となった東京都知事選で、与党の推薦候補が自民党衆院議員だった小池百合子元防衛相に苦杯をなめる結果となり「完敗だ」（石原伸晃・党都連会長）と衝撃が走った。党幹部は「安倍政権の戦略ミスだ」と漏らした。一方、2020年東京五輪・パラリンピックを見据え、小池氏との関係を修復し、連携に期待する声も上がった。

　自民党の茂木敏充選対委員長は「誠に残念な結果だ」としながらも「新知事には都政の混乱を一日も早く収拾し、直面する課題の解決に力を尽くしていただきたい」とコメント。石原氏は推薦候補の事務所で「力不足だった。申し訳ない」と肩を落とした。