筆者は半分くらいしか観てないので間違いとかあったら指摘してください。
・『エヴァ（旧世紀版＆新劇場版）』：同じ音楽を使用している点。ヤシオリ作戦の元ネタが分かる。
・『八岐之大蛇の逆襲』：「ヤシオリ」という名称（ヤマタノオロチを酔わせた酒）からすると、ヤシオリ作戦の元ネタはエヴァではなくこちらを挙げるべきであるとの意見あり。これに登場する八岐之大蛇は第2形態に似ている。
・『日本のいちばん長い日』：激しいカット割りの元ネタ。日本が危機に直面した時の官僚・政治家の動向を描く点は同一。監督岡本喜八の写真が本作に登場する牧吾郎の写真として使われている。
・『沖縄決戦』：同上。ただしこちらはシン・ゴジラと違って民間人の視点からも事件を描く／人の死亡シーンまで描く。
・『ゴジラ（初代）』：冒頭に古い「東宝」画面を使う意味、第2形態時の咆哮音、冒頭に襲われる船の名前の意味（栄光丸⇒グローリー丸）が理解できる。
・『ゴジラ（84年）』：今回のシン・ゴジラと同じテーマ（危機に直面した日本がどう対応するか）を扱った作品。第4形態時の咆哮音の元ネタ。本作のキーマンである牧吾郎の初出。
・『宇宙大戦争（59年）』：ヤシオリ作戦シーンのビーム作画、ビームSE、BGMの元ネタ。
・『イデオン』：ゴジラの攻撃の元ネタとの指摘あり。背びれから全方位ミサイル、尻尾からイデオンソードを出しているとのこと。
・『新幹線大爆破』：東京駅で作戦をするシーン、新幹線に爆弾を積んでぶつけるシーンの元ネタ。
・『太陽を盗んだ男』：ラスト、石原さとみと長谷川博己が語り合う建物が、菅原文太とジュリーの決戦の場と同じ。ヱヴァ破でこれのサントラを使っていたため、意識して使用した可能性がある。
・ラストシーンで凝固剤をクレーンで投入するシーンは、福島第一原発にコンクリートなどを流し込む姿を模しているとの指摘あり。