「キャッツ＆ドッグス」は地球制服を企てる猫に対して、人間に寄り添う犬達が、人間を守るために猫達と激しい戦いを繰り広げるDVDです。
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間違って派遣された犬！？
物語の始まりは、ブロディー教授の家で飼われている犬「バディー」が、猫達に連行される所から始まります。このブロディー教授こそ、人間の犬アレルギーを治そうとする科学者で、犬達にとって希望の星だったのです。
しかし、人間に代わって地球を制服したいと考えていた猫達は、人間と犬の絆を断ち切るためにもブロディーを守る犬が邪魔だったのです！
犬達はブロディー教授を守る犬を新たに派遣しようとしましたが、間違えて何も訓練されていないビーグル犬の子供である「ルー」が、ブロディー教授の家に飼われる事になってしまいました。ブロディー教授の妻は、新しい犬がいれば、息子も元気になるだろうと安心します。
ルーは家に配置された早々、猫がエサに爆弾をしかけた物を送りつけられて危うく始末されそうになる所を、犬の「ブッチ」に助けられます。ブッチは本部から、訓練された犬が派遣されると思っていたのに、訓練されていない子犬だった事が分かって激怒します！
猫の親玉「Mr.ティンクルズ」が登場！
猫の本部では猫の親玉であるペルシャ猫「Mr.ティンクルズ」が部下達の猫にルーを始末できたか問いかけます。部下達はMr.ティンクルズの迫力に、最初は始末したような事を言いますが、途中で恐る恐る失敗に終わった事を告げます。
Mr.ティンクルズは部下達の不始末に激怒しますが、Mr.ティンクルズを飼っていた人間が現れて、Mr.ティンクルズは体を洗われるために連れていかれます。部下達の猫は、どこまで洗われるんだろうなぁと思って、笑い始めます。
Mr.ティンクルズは、人間に体のすみずみまで洗われる事に屈辱を覚えていました。Mr.ティンクルズは、地球を征服した後に人間に屈辱を与えた人間に対して「リベンジしてやる」と激怒します。
そんな時に部下の猫がひょっこり現れて「スリムに見えますぜ」と茶化してきます。そんな部下にMr.ティンクルズは、部下に対して「お前にもリベンジを」と脅します。そして、Mr.ティンクルズは言い放ちます「ニンジャを放て」・・・と。
ニンジャ猫が襲来！
Mr.ティンクルズから派遣されたニンジャ・・・つまりロシアンブルー3匹がブロディー家を空から襲来してきました。犬達は猫の襲来に気付き、ルーが家の中を探索します。しかし猫は巧みに身を隠して、ブロディー家の電話機に盗聴器を仕掛けます。
そして背後からルーに襲いかかりますが、外からブッチが戦いのアドバイスをしてルーが猫達と戦います。犬と猫が激しく戦っている物音に気付いたブロディーの夫婦が、近寄って来たので猫は退散して行きました。
猫を追い払ったルーは、はしゃぎますが、ブッチは「調子に乗るな」といさめます。ルーは落ち込んでしまいますが、ブッチの以前の恋人だった「アイヴィー」という犬になぐさめてもらいます。
一方で、Mr.ティンクルズは人間から可愛い被り物のフリル帽をかぶらされて激怒していました。そこへ、また部下がMr.ティンクルズを茶化しにやって来たら、Mr.ティンクルズは作戦の失敗をなじります。しかし部下は盗聴器は仕掛けたので、半分成功したと反論しますが、Mr.ティンクルズは納得しません。新たなる部下を送り込もうとしますが、この作戦も失敗するのです。
犬アレルギーの抗アレルギー剤が完成！
ブッチはルーに、人間を守る任務を最優先するためにブロディーの息子と距離を置くように言います。ルーはその言いつけを守ろうとしたら、ブロディーの息子が落ち込んでしまいます。ルーはその悲しそうな表情を見たら、ブッチの言いつけを破ってブロディーの息子と遊び、ブロディーの息子とルーは仲良くなっていくのです。
しかし、その仲の良さが事件を起します。ブロディーの息子とルー達が遊びに使っていたサッカーボールがブロディー教授の研究室に入って行きました。バウンドしていくサッカーボールをルーがヘディングをしてサッカーボールが数多くの試験管に入っていた薬をメチャメチャになぎ倒していきます。
そこへブロディー教授が研究室に戻って来て、研究室の惨状を見ても息子を責めなかったのですが、ルーはブッチに始末されると心配していました。しかし、メチャメチャになった薬が合わさった事により、奇跡的に抗アレルギー剤が完成するのです。ブロディー教授は早くも、このの快挙を電話で要人に伝えようとします。しかし、電話機に仕掛けられた盗聴器によって、その会話は猫につつぬけでした。
Mr.ティンクルズの企み
猫達は、抗アレルギー剤により、犬のアレルギーが治る薬が商品化される前に最後の作戦を実行します。猫達はブロディー家族3人を人質に取り、抗アレルギー剤と全ての研究資料を渡すように犬達へ要求したのです！もしも犬が、この要求に従わなければ、ブロディーの家族が猫達に始末されます。
犬の本部では、人命を最優先する意見と、人間達の犬アレルギーが治る方が重要という意見に分かれます。ルーは本部で、ブロディー達は自分にとって同じ家族だと主張しますが、犬の本部はブロディー達を見殺しにする事を決断しました。
ルーはブッチ達に黙って、抗アレルギー剤や研究資料を持って行きますが、待ち構えていた猫達に抗アレルギー剤や研究資料だけ持ちさられてしまいます。
そしてMr.ティンクルズは、電話で犬達に
「人間を倒すのに何匹の犬が必要か？・・・バカな子犬が一匹だけ」とあざ笑いました。
ルーは、騙された事を悔やみますが、猫達が乗っていた車にはアイヴィーが追跡装置を付けていました。その発信器を元に犬達は猫の本部へ突入します。
犬と猫達の戦いの結末は、果たして、どうなるのでしょうか？